序列比对之Clustalx与Clustalw使用指南_精品文档.pdf

序列比对之Clustalx与Clustalw使用指南_精品文档.pdf

《序列比对之Clustalx与Clustalw使用指南_精品文档.pdf》由会员分享，可在线阅读，更多相关《序列比对之Clustalx与Clustalw使用指南_精品文档.pdf（6页珍藏版）》请在冰豆网上搜索。

序列比对之序列比对之Clustalx与与Clustalw使用指南使用指南这几天实验需要做多序列比对，很久不做了，一时之间不知道如何使用clustal这个工具了。

在网上搜集了一些资料，做个整理，总结了Clustalx和Clustalw的使用，省得以后久不使用又生疏了，又要去整理了，在此分享给大家，希望有所帮助。

1.先提供下载地址：

先提供下载地址：

官方下载地址：

http:

/www.clustal.org/download/current/Clustalx、Clustalw的各种最新版本都能下载到，包括linux、Win、Mac.2.原理：

序列同源性分析：

原理：

序列同源性分析：

是将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物种的序列中进行多序列同时比较，以确定该序列与其它序列间的同源性大小。

这是理论分析方法中最关键的一步。

完成这一工作必须使用多序列比较算法。

常用的程序包有CLUSTAL等;Clustal是一个单机版的基于渐进比对的多序列比对工具，由HigginsD.G.等开发。

有应用于多种操作系统平台的版本，包括linux版，DOS版的clustlw，clustalx等。

CLUSTAL是一种渐进的比对方法，先将多个序列两两比对构建距离矩阵，反应序列之间两两关系;然后根据距离矩阵计算产生系统进化指导树，对关系密切的序列进行加权;然后从最紧密的两条序列开始，逐步引入临近的序列并不断重新构建比对，直到所有序列都被加入为止。

3.操作操作3.1Clustalx的操作的操作第一步：

输入序列文件。

第二步：

设定比对的一些参数。

参数设定窗口。

第三步：

开始序列比对。

第四步：

比对完成，选择保存结果文件的格式-3.2Clustalw的使用的使用（一一）第一步：

按屏幕提示选择1，输入序列文件注意：

请把你需要比对的多条序列合并为一条，放在一个文件中第二步：

选择保存文件的形式，按提示选择，你会的!

第三步：

参数设置好后，按Enter返回主界面，开始比对!

EBI提供的在线clustalw服务http:

/www.ebi.ac.uk/clustalw/可以在这里得到更多关于clustal的帮助：

http:

/www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalX/Top.html