1、序列比对之序列比对之 Clustalx 与与 Clustalw 使用指南使用指南 这几天实验需要做多序列比对，很久不做了，一时之间不知道如何使用 clustal 这个工具了。在网上搜集了一些资料，做个整理，总结了 Clustalx 和 Clustalw 的使用，省得以后久不使用又生疏了，又要去整理了，在此分享给大家，希望有所帮助。1.先提供下载地址：先提供下载地址：官方下载地址：http:/www.clustal.org/download/current/Clustalx、Clustalw 的各种最新版本都能下载到，包括 linux、Win、Mac.2.原理：序列同源性分析：原理：序列同源性分
2、析：是将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物种的序列中进行多序列同时比较，以确定该序列与其它序列间的同源性大小。这是理论分析方法中最关键的一步。完成这一工作必须使用多序列比较算法。常用的程序包有 CLUSTAL 等;Clustal 是一个单机版的基于渐进比对的多序列比对工具，由 Higgins D.G.等开发。有应用于多种操作系统平台的版本，包括 linux 版，DOS 版的 clustlw，clustalx 等。CLUSTAL 是一种渐进的比对方法，先将多个序列两两比对构建距离矩阵，反应序列之间两两关系;然后根据距离矩阵计算产生系统进化指导树，对关系密切的序列进行加权;然后从最紧密的两
3、条序列开始，逐步引入临近的序列并不断重新构建比对，直到所有序列都被加入为止。3.操作操作 3.1 Clustalx 的操作的操作 第一步：输入序列文件。第二步：设定比对的一些参数。参数设定窗口。第三步：开始序列比对。第四步：比对完成，选择保存结果文件的格式 -3.2 Clustalw 的使用的使用(一一)第一步：按屏幕提示选择 1，输入序列文件 注意：请把你需要比对的多条序列合并为一条，放在一个文件中 第二步：选择保存文件的形式，按提示选择，你会的!第三步：参数设置好后，按 Enter 返回主界面，开始比对!EBI 提供的在线 clustalw 服务 http:/www.ebi.ac.uk/clustalw/可以在这里得到更多关于 clustal 的帮助：http:/www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalX/Top.html
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