向GenBank提交序列详解.pptx

向GenBank提交序列详解.pptx

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序列的提交,http:

/www.ncbi.nlm.nih.gov/WebSub/?

tool=genbank,GenBank序列提交要求,向GenBank提交的序列应该是由提交者确定和注释的新序列。

来源于或用于构建非GenBank的第三方数据库的数据也可能用Bankit提交。

以下几种情形不允许提交到数据库序列长度小于200bp，除非它是完整的外显子、非编码RNA（ncRNA）、微卫星或古DNA。

人工拼接的不连续的序列：

例如拼接了多个外显子而没有内含子序列，或者内含子区域有误。

仅有引物序列仅有蛋白质序列单条序列标注多种分子类型，例如即标注为基因组序列，又标注为mRNA序列表达序列标签（EST），ESTs应当通过dbEST系统进行提交。

基因组勘测序列（GSS），GSSs应当通过dbGSS系统提交。

序列标签位点（STS），STSs应当通过dbSTSA系统提交。

GenBank序列提交需要的条件,通过登录系统注册MyNCBI序列可以通过复制粘贴或文本形式上传（多条序列必须是FASTA格式）提交序列公布的期限（是立即公布还是指定特定日期）序列提交者、文章作者、题名等相应的参考文献等基本信息。

序列来源物种名称等描述信息序列特征（例如CDS，gene，rRNA，tRNA，内含子，产物名称等）,依次填入：

名、姓、部门、机构、街道地址、城市、省份、邮编、国家、电话、传真、电子邮箱信息。

点击继续continue,参考文献信息：

填写序列提交者姓名、文章题名、发表状态等,在该页面中，可以指定序列信息公布时间、说明序列是否为16SrRNA，序列分子类型、拓扑结构、基因组信息完整性。

分子类型分为基因组DNA，由cDNA到mRNA，基因组RNA，RNA前体，转运RNA，非编码RNA，小胞浆RNA，cRNA，其他RNA和其他DNA。

拓扑结构为线性或环形。

点击Continue后会跳出一个确认窗口，如果信息准确无误，则可以点继续，如果部分信息有误，则会指出错误位置。

选择提交数据类型：

Original是由提交者直接提交，ThirdPartyAnnotation是从其它数据库中第三方进行注释的序列。

测序技术的选择,传统的桑格的双脱氧测序方法，一般单条短序列测定都采用此方法。

罗氏公司的高通量测序平台,ABI公司的高通量测序平台,线粒体线粒体：

动质体质体：

叶绿体、apicoplast（原生动物质体样细胞器）、有色体、蓝色小体、白体、原生质体、核形体。

前病毒染色体外的大核。

检查输入信息无误后，点继续。