如何用NCBI和uniprot数据库查找目的蛋白的氨基酸序列或目的基因的碱基序列mRNA序列_精品文档.doc
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运用NCBI数据库查找目的蛋白序列或目的碱基序列
第1种方法
1.打开NCBI官网,并选择Gene菜单,如下图。
2.在搜索栏内输入想要查找的蛋白名称或基因名称,此处以基因RSK2为例,如图。
3.在搜索结果中查找目的蛋白,注意Description栏会标明物种信息,以human为例,Aliases栏会列出目的蛋白的各种别名。
4.在Searchresult页面中点击你要找的蛋白名称(Name/GeneID),进入页面并在页面找到“”“NCBIReferenceSequences(RefSeq)”条目,并在其子条目中找到“mRNAandProtein(s)
”,查找mRNA碱基序列点击NM,查找蛋白氨基酸序列点击NP,以下以查找mRNA碱基序列为例如下:
点击NM-004586.2进入页面后如下:
在页面下方会列出mRNA的序列:
第2中方法
1.进入Uniplot数据库,在搜索栏中直接输入要查找的基因或蛋白名称,如下图:
2.进入以下页面:
3.在搜索结果Entryname栏中会列出不同物种选项,且会有Proteinnames及Genenames,点击所要选择物种蛋白,进入以下页面。
4.点击页面页面左侧的Sequence栏,并找到Sequencedatabases,其下面表格中有RefSeqi,其中包含NP及NM。
5.此处以查找mRNA为例,点击NM,页面会跳转至NCBI的查找页面,如下: