以endobeta14galactanase为例介.docx

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以endobeta14galactanase为例介

以endo-beta-1,4-galactanase为例介绍其氨基酸序列调取、序列比对及建树的流程

一：

序列序列调取

1.在BRENDA（http:

//www.brenda-enzymes.org/）搜索酶，如下图：

在搜索框内输入“endo-beta-1,4-galactanase”选择搜索内容，如下图篮框“Enzyme”,点击“Startsearch”显示搜索结果。

2.搜索结果见下图

3.双击红色方框，显示所搜索的酶的氨基酸序列号

4.双击上图红色序列号，如Q9X0S8，显示搜索酶的氨基酸序列，如下图：

5.可以下载单个序列，也可以下载所有的数据中的endo-beta-1,4-galactanase，下载序列，保存。

二、序列比对

1.下载到的序列比对，选用比对软件”ClustalX”比对，序列载入

2.序列比对

3.保存

三、构建系统发育树

选用MEGA6构建系统发育树：

Mega因为操作简单，结果美观，很多研究者选择用它来建树。

（1）首先用ClustalX进行序列比对，剪切后生成D:

\文老师\酶\Bifidobacterium.aln文件；

（2）打开Mega程序，转化为mega格式并激活目标文件，

（3）File-ConvertToMEGAFormat-D:

\文老师\酶\Bifidobacterium.aln→D:

\文老师\酶\Bifidobacterium.meg，

（4）Phylogeny-Neighbor-Joining（NJ）

（5）Proteinsequence→OK

（6）开始计算－得到结果；

endo-beta-1,4-galactanasebacteroides

endo-beta-1,4-galactanaseaspergillus

endo-beta-1,4-galactanaseBifidobacterium

endo-1,6-beta-galactosidase

Bif+Asp+Bacteriodesendo-beta-1,4-galactanase