以endobeta14galactanase为例介.docx

1、以endobeta14galactanase为例介以endo-beta-1,4-galactanase为例介绍其氨基酸序列调取、序列比对及建树的流程一：序列序列调取1. 在BRENDA（http:/www.brenda-enzymes.org/）搜索酶，如下图：在搜索框内输入“endo-beta-1,4-galactanase”选择搜索内容，如下图篮框“Enzyme”, 点击“Start search”显示搜索结果。2. 搜索结果见下图3. 双击红色方框，显示所搜索的酶的氨基酸序列号4. 双击上图红色序列号，如Q9X0S8，显示搜索酶的氨基酸序列，如下图：5. 可以下载单个序列，也可以下载所有

2、的数据中的endo-beta-1,4-galactanase，下载序列，保存。二、 序列比对1.下载到的序列比对，选用比对软件”Clustal X”比对，序列载入2.序列比对3.保存三、构建系统发育树选用MEGA6 构建系统发育树：Mega因为操作简单，结果美观，很多研究者选择用它来建树。(1) 首先用Clustal X进行序列比对，剪切后生成D:文老师酶Bifidobacterium.aln文件； (2) 打开Mega程序，转化为mega格式并激活目标文件，(3) File-Convert To MEGA Format- D:文老师酶Bifidobacterium.aln D:文老师酶Bifidobacterium. meg，(4) Phylogeny-Neighbor-Joining(NJ)(5) Protein sequenceOK(6) 开始计算得到结果；endo-beta-1,4-galactanase bacteroidesendo-beta-1,4-galactanase aspergillus endo-beta-1,4-galactanase Bifidobacteriumendo-1,6-beta-galactosidaseBif+Asp+Bacteriodes endo-beta-1,4-galactanase