基因组特征评估_精品文档.pdf

基因组特征评估_精品文档.pdf

《基因组特征评估_精品文档.pdf》由会员分享，可在线阅读，更多相关《基因组特征评估_精品文档.pdf（1页珍藏版）》请在冰豆网上搜索。

RAD-seq评估相对杂合度RAD-tag数统计SNP检测、统计相对杂合度分析基因组Survey分析基因组大小评估杂合度评估重复比例评估GC分布评估SSR检测初步组装DNA样品总量:

3g/个体（RAD-seq）10g（Survey）样品要求文库类型测序策略与深度分析内容项目周期基因组DNA40天HiSeqPE125/PE1501X（RAD-seq）；50X（Survey）RAD文库或小片段文库技术参数技术参数基因组特征评估包括两个产品：

RAD-seq评估相对杂合度：

RAD-seq是指利用限制性内切酶对基因组进行酶切，结合一定大小的插入片段文库，对其进行高通量测序；对于无参考基因组的物种，通过构建RAD文库，进行低深度测序，可以用来评估基因组的相对杂合度，为后续基因组项目挑选合适的材料。

基因组Survey分析：

对于没有基因组参考序列的物种，在正式启动基因组项目之前，基于小片段文库的低深度测序数据，通过K-mer分析，可以有效地评估基因组大小、GC含量、杂合度高低以及重复序列含量等信息，是全面了解某一物种基因组特征的有效方法，为后续全基因组denovo测序及组装策略的制定提供依据；此外，通过基因组Survey分析也可对基因组进行初步组装。

RAD-seq评估和基因组Survey分析的不同之处在于：

RAD-seq仅用于评估相对杂合度，主要用于筛选多个样品中杂合度相对较低的样品进行分析；而基因组Survey分析则可对基因组特征进行全面评估，并对后续组装提供依据。