用Phylomatic和PhyloCom进行Word格式.docx
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物种名录的准备
复制拉丁文属名，打开
查询每个属所在的科等信息
图1
查询属名所在的APG科
输出结果如下：
图2
属名查询结果
新建一个Excel空白文档，将结果粘贴到Excel中
选中粘贴过来的列，点击Excel的菜单，数据>
分列>
分隔符号>
空格
从中选择APGFam列
图
3
选取APG科名
将没有查到的属，手动添加相应的科名。
整理种名，去掉去空格和括号，报名命名人等信息
将种名中所有的空格用“.”或者“_”代替。
按照科/属/种的顺序，将各列粘贴到一个新的excel表格中。
图4
删除物种的命名人和括号
图5
将物种内的空格用“_”替换，并粘贴到对应的科属
删除其中的非被子植物。
将非被子植物删除后，选中全部内容，复制后粘贴到记事本中。
将其中的制表符，用“/”来替换。
所得数据，形式如下：
6
将excel表格中的数据粘贴到记事本中，并将tab制表符替换为“/”
将所有的科名首字母，改为小写字母。
将所得数据，粘贴到Phylomatic在线对话框中。
2
Phylomatic建树
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将科的起始字母替换为小写字母，并粘贴到phylomatic的对话框中。
数据输出形式，选择默认的Newick即可。
点击提交，即可得到无枝长的，newick格式的进化树。
（（（（（（（（（Castanopsis_eyrei,Castanopsis_carlesii,Castanopsis_fargesii,Castanopsis_tibetana）castanopsis,（Cyclobalanopsis_gracilis,Cyclobalanopsis_glauca）cyclobalanopsis,Lithocarpus_glaber）fagaceae,Myrica_rubra）,Elaeocarpus_decipiens）,Syzygium_buxifolium）,（Daphniphyllum_oldhamii,Loropetalum_chinense））,（（（Rhododendron_latoucheae,Rhododendron_ovatum）rhododendron,Vaccinium_carlesii）ericaceae,（Schima_superba,Adinandra_millettii,Eurya_muricata,Camellia_fraterna,Ternstroemia_gymnanthera）theaceae））,（（Machilus_thunbergii,
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输出的进化树
将输出网页中的进化树,复制到记事本中，并另存为phylo文件，该文件不要有任何扩展名。
二
PhyloCom软件的使用
本部分内容包括：
用PhyloCom的bladj模块为进化树添加枝长,.利用PhyloCom中的练习数据，计算群落的系统发育多样性，系统发育结构等。
下载phylocom软件
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填写信息，并下载phylocom
首先提交相应的信息，之后，便可下载phylocom软件
将下载的文件解压缩，
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将下载zip文件解压缩
Example_data
中是练习数据
Mac
中是苹果机的运行软件
R，是驱动Phylocom的R脚本
Src
是Phylocom的源程序，phylocom是C语言写的。
W32
是Windows平台下可以运行的exe程序
Phylocom_manual是说明书
README注意事项
创建工作路径
在C盘根目录下，创建一个名为phylocom的文件夹。
将w32中的文件，拷贝到该文件夹C:
\phylocom。
再将做好的包含进化树的phylo文件，拷贝到该文件夹C:
\phylocom
将\example_data\bladj_example
文件夹下的
文件，拷贝到C:
\phylocom，并将
改名为ages，也不留任何扩展名。
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将ages文件和phylo文件phylocom,exe程序拷贝到C:
\phylocom文件夹
3用bladj为进化树拟合枝长
运行Phylocom
开始
>
运行
输入
cmd
cdC:
\phylcom
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用cdC:
\phylocom切换路径。
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用Phylocom的bladj拟合枝长，并存储到out文件中
phylocombladj>
则生成的就是含有枝长的进化树
该进化树可以用TreeView软件，Figtree软件查看。
15用Figtree软件绘制的进化树
4phylomatic软件生成的进化树在R中的操作
在R软件的ape程序包中，计算,即所得有枝长进化树中，物种两两之间的进化距离（分化时间）
16在R软件的ape程序包中，读取phylomatic树出现的问题
Phylomatic建立的进化树，在ape程序包中，不能正常读取，提示“Thereisapparentlytworootedgesinyourfile:
cannotreadtreefile.
ReadingNewickfileabortedattree”
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用记事本打开拟合好枝长的进化树,删除最外面的euphyllophyte及相应括号，保留“;
”
删除进化树中最外面的一层,euphyllophyte，包括前面的一对括号，即紧挨着euphyllophyte的“）”和最前面的“（”。
最后的分号保留。
之后，即可在ape中读取。
在R中读取进化树，并计算物种之间的进化距离脚本:
library（ape）
setwd（"
C:
/phylocom/"
）
tr<
-（"
"
phylodist<
-（tr））
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在phylocom软件中，计算其他指数
在解压缩的phylocom文件夹下，的example_data
文件夹中，还有sample文件，sample文件第一列，表示样方的名称，第二列，是个体数，第三列，是物种名。
物种名一定要与phylo文件中的物种名完全对应。
可以将example_data
中的sample文件和phylo文件拷贝到C:
\phylocom文件夹下，
在开始>
cmd>
cdC:
\phylocom>
输入：
phylocomcomstruct>
计算群路的系统发育结构。
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用phylocom计算系统发育多样性指数
输入
phylocompd>
计算每个群落的系统发育多样性
phylocomcomdist>
计算群落两两之间系统发育距离
参考资料：
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