用Phylomatic和PhyloCom进行Word格式.docx

1、1物种名录的准备复制拉丁文属名，打开查询每个属所在的科等信息图1查询属名所在的APG科输出结果如下：图2属名查询结果新建一个Excel空白文档，将结果粘贴到Excel中选中粘贴过来的列，点击Excel的菜单，数据分列分隔符号空格从中选择APG Fam列图3选取APG科名将没有查到的属，手动添加相应的科名。整理种名，去掉去空格和括号，报名命名人等信息将种名中所有的空格用“.”或者“_”代替。按照科/属/种的顺序，将各列粘贴到一个新的excel表格中。图4删除物种的命名人和括号图5将物种内的空格用“_”替换，并粘贴到对应的科属删除其中的非被子植物。将非被子植物删除后，选中全部内容，复制后粘贴到记事

2、本中。将其中的制表符，用“/”来替换。所得数据，形式如下：6将excel表格中的数据粘贴到记事本中，并将tab制表符替换为“/”将所有的科名首字母，改为小写字母。将所得数据，粘贴到Phylomatic在线对话框中。2Phylomatic建树7将科的起始字母替换为小写字母，并粘贴到phylomatic的对话框中。数据输出形式，选择默认的Newick即可。点击提交，即可得到无枝长的，newick格式的进化树。（Castanopsis_eyrei,Castanopsis_carlesii,Castanopsis_fargesii,Castanopsis_tibetana）castanopsis,（C

3、yclobalanopsis_gracilis,Cyclobalanopsis_glauca）cyclobalanopsis,Lithocarpus_glaber）fagaceae,Myrica_rubra）,Elaeocarpus_decipiens）,Syzygium_buxifolium）,（Daphniphyllum_oldhamii,Loropetalum_chinense）,（Rhododendron_latoucheae,Rhododendron_ovatum）rhododendron,Vaccinium_carlesii）ericaceae,（Schima_superba,Ad

4、inandra_millettii,Eurya_muricata,Camellia_fraterna,Ternstroemia_gymnanthera）theaceae）,（Machilus_thunbergii,8输出的进化树将输出网页中的进化树,复制到记事本中，并另存为phylo文件，该文件不要有任何扩展名。二PhyloCom软件的使用本部分内容包括：用PhyloCom的bladj模块为进化树添加枝长,.利用PhyloCom中的练习数据，计算群落的系统发育多样性，系统发育结构等。下载phylocom软件9填写信息，并下载phylocom首先提交相应的信息，之后，便可下载phylocom软件

5、将下载的文件解压缩，10将下载zip文件解压缩Example_data中是练习数据Mac中是苹果机的运行软件R，是驱动Phylocom的R脚本Src是Phylocom的源程序，phylocom是C语言写的。W32是Windows平台下可以运行的exe程序Phylocom_manual是说明书README注意事项创建工作路径在C盘根目录下，创建一个名为phylocom的文件夹。将w32中的文件，拷贝到该文件夹C:phylocom。再将做好的包含进化树的phylo文件，拷贝到该文件夹C:phylocom将example_databladj_example文件夹下的文件，拷贝到C:phylocom，

6、并将改名为ages，也不留任何扩展名。12将ages文件和phylo文件phylocom,exe程序拷贝到C:phylocom文件夹3用bladj为进化树拟合枝长运行Phylocom开始运行输入cmdcd C:phylcom13用cd C:phylocom切换路径。14用Phylocom的bladj拟合枝长，并存储到out文件中phylocom bladj 则生成的就是含有枝长的进化树该进化树可以用TreeView软件，Figtree软件查看。15用Figtree软件绘制的进化树4 phylomatic软件生成的进化树在R中的操作在R软件的ape程序包中，计算,即所得有枝长进化树中，物种两两之

7、间的进化距离（分化时间）16在R软件的ape程序包中，读取phylomatic树出现的问题Phylomatic建立的进化树，在ape程序包中，不能正常读取，提示“There is apparently two root edges in your file: cannot read tree file.Reading Newick file aborted at tree ”17用记事本打开拟合好枝长的进化树,删除最外面的euphyllophyte及相应括号，保留“;”删除进化树中最外面的一层,euphyllophyte，包括前面的一对括号，即紧挨着euphyllophyte的“）”和最前面的“（”。最后的分号保留。之后，即可在ape中读取。在R中读取进化树，并计算物种之间的进化距离脚本:library（ape）setwd（C:/phylocom/）tr - （phylodist cmd cd C:phylocom输入：phylocom comstruct 计算群路的系统发育结构。18用phylocom计算系统发育多样性指数输入phylocom pd 计算每个群落的系统发育多样性phylocom comdist 计算群落两两之间系统发育距离参考资料：