晶体解析步骤Word文档格式.docx
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得到res文件：
包含了ins文件的内容和所有的Q峰信息。
5.5用xp程序与xl程序完成原子的指认，付利叶加氢或理论加氢，画图等。
达到比较好的结果标准：
A化学上合理（键长、键角、价态）
BR1<
0.08（0.06），wR2<
0.18（0.16），goof=S=1+-0.2（1.00）
CR（int）<
0.1,R（singma）<
0.1
DMaximum=0.000
5.5.1原子的指认
打开xp
输入fmol
出现一系列的Q峰信息。
每次打开xp后都要先输入此命令。
输入pick
进入Q峰之间连接的结构体系中。
根据化学经验（键长，键角以及连接方式）和自己晶体的预测的结构，对Q峰进行取舍。
取舍完毕后，进行原子的命名。
当闪点在某个原子上时，从键盘上输入要命名的原子的符号，然后回车；
闪点就会跳到下一个要命名的Q峰上。
当闪点在某个Q峰上时，如果直接回车，会删掉此原子，用backspace可以复原；
如果直接敲空格键，闪点会跳到下一个Q峰上。
敲“/”键，保存命名结果，退出；
敲“esc”键，不保存结果，退出。
输入pers
可以看棍球图，如果有错误的原子命名，可以继续用pick命令进行修改。
输入proj
可以看到结构图，并可以旋转观看
输入grow
可以长出对称的单元。
如果没有对称的单元，则此命令无效。
输入fuse
删除grow出来的原子和其他操作长出的原子，这些原子不能带入精修的过程中。
输入sort/n
对原子进行排序，按照原子名称的序号；
如果输入sort$C$N则按照原子种类进行排序。
输入filename.ins
保存所作的命名信息。
会有提示询问是否从name.res中拷贝信息，直接回车。
注意：
name指用xs解析时命名的作业名，不能更改。
输入quit
退出程序，敲esc退出程序
5.5.2用xl进行精修
点击xl
出现精修过程，看是否符合5.5中的标准（可以关闭xl后，通过增加ins中的ls的次数或者copyname.restoname.ins命令进行反复精修，切记每次xl精修后生成的是res文件，因此要将res拷贝成ins再次进行精修才有效）。
如果其他的条件不符合，则要修改ins文件：
加入
anis（对所有指令后的非氢原子进行各向异性精修，anisn对指令后的前n个原子进行各向异性精修，anisC对指令后的指定原子进行各向异性精修）
omit（忽略指定的衍射点，一般都要用到omit052）
afix（将指定的原子坐标强制性的固定在指定的位置上，或者在指定的位置上产生原子）
afix3表示固定H原子的坐标
afix13表示固定垂直于某个平面的H原子的坐标
afix23表示固定亚甲基上的H原子的坐标
afix137表示固定甲基上的H原子的坐标（好像是afix33）
afix43表示固定类似于苯环上的H原子的坐标
dfix（限定两个指定原子间的距离）
hfix（限制氢原子在固定的位置上，如hfix43N6）
在原子的数字信息部分查找是否有H原子的产生（即付利叶计算出来的H原子），如果有则要把它固定起来（afix2表示固定温度因子，精修坐标；
afix3表示固定坐标，精修温度因子），以防在精修时其随处飘动，引起漂移值不稳定等。
保存后退出。
继续用xl精修，看是否符合标准（也可以省略此步，因为H原子还没有加完）
5.5.3用xp程序进行理论加氢
输入kill$q
去掉所有的q峰
输入hadd
理论加氢（constr）
输入pers或者proj
查看H原子加的是否正确，如果不正确则要用“kill原子名”干掉。
回车
5.5.4继续用xl精修
几轮精修之后，看标准是否达到，如果没有达到，还要继续查找原因，修改ins文件。
产生数据信息的ins文件中的命令，可以将这些命令加在unit和wght之间：
Bond$h（产生包括h原子在内的键长键角）
Conf（产生扭角）
Acta（产生cif文件）
Htab（产生可能的氢键，在lst文件中找）
Eqiv（和htab一起使用，指定形成氢键的两个原子的名称，将产生分子间和分子内有键合作用的原子的对称性代码，并将信息写在cif中）
Sizeabc（晶体三个方向的大小，依此计算透过率）
mplac1c2c3c4…
mplac7c8c9…
（计算由c1c2c3c4andc7c8c9产生的两个平面的夹角，在lst文件中）
输入这些命令后，精修一轮就可产生相应的信息。
一直精修到达到标准，才能算是完成精修任务。
可以通过调整wght来修正S值。
5.5.5用xp画图
点击xp
A画椭球图
输入info
显示所有原子和q峰的坐标和位移参数信息等。
输入proj
调整好视角，以保证所有的原子都能看清晰且美观。
输入labl0（模式）500（大小）
a=0，表示没有任何标注
a=1，表示不标注H原子，原子序号不用括号
a=2，表示不标注H原子，原子序号用括号
a=3，表示标注H原子，原子序号不用括号
a=2，表示标注H原子，原子序号用括号
b，表示标注字体的大小，一般简单的椭球图用300左右输入telpabcdcelltelpcell表示画出带晶胞框的棍球图
telp0-500.0520less$h
其中0表示：
立体角度
-50表示：
位移椭球图的概率百分比，负值表示是椭球图，一般选择-30或者-50
0.05表示：
键的半径，默认值是0.09，一般用0.05
20表示：
观察的距离
如果用less$q则表示：
不画所有的氢原子。
回车后，将出现椭球图，对原子进行标记（敲回车可以跳过原子，用backspace可以倒退，如果原子标记的字体大小不合适，要从labl命令从新开始）。
标记完毕后，自动退出，此时会让输入要保存的*.plt的文件名。
输入draw*
选a后回车
输入要输出的图像文件的名称
选回车保存成黑白图，选c保存成彩色图
等一分钟左右
此时就会有*.ps文件生成，该文件可以用photoshop打开。
B画晶胞堆积图
也可以用matr命令来调整视角。
输入pboxab
a表示在当前图形的位置下要堆积的晶胞格子的宽度
b表示在当前图形的位置下要堆积的晶胞格子的深度
当前图形的位置下要堆积的晶胞格子的高度是宽度的0.75倍
输入matrx
x=1表示从a轴的方向看；
x=2表示从b轴的方向看；
x=3表示从c轴的方向看
输入pack
表示堆积。
此时会出现堆积的图形，可以对堆积出的分子进行删减。
选择倒数第二项退出，表示保存了此pack图形。
调整方向
输入lablab
输入telpcell
如果要命名部分原子，就要一直按回车键直至退出。
如果没有命名原子，可以按esc键退出。
输入要保存的*.plt的文件名
输入draw命令，以下同画椭球图的命令。
提示：
画完椭球图后可以直接pbox和pack命令进行堆积图的处理；
堆积图处理后，用fuse命令删除原子后可以进行椭球图的处理。
5.5.6xp程序的其他有用的命令
输入enviC13
显示出距离C1原子为3埃的所有原子，用此法可以寻找是否有氢键的存在？
输入sgen2565
长出由2565对称操作长出来的原子
1555：
1表示对称操作的编号；
三个5依次表示轴a，b，c的方向。
如果向a轴正方向平移一个单位，则对称号码为：
1655；
如果向b轴正方向平移一个单位，则对称号码为：
1565；
如果向c轴正方向平移一个单位，则对称号码为：
1556；
1555=+x，+y，+z
2555=-x，-y，-z
3555=0.5-x，0.5+y，0.5-z
4555=-0.5+x，-0.5-y，-0.5+z
输入sgenC1C2C3N4N5N7S83566
长出这些原子
输入joinbond-typekeywords
Bond-type=1表示实线（缺省值）；
=2表示空心线；
=3表示虚线
Keywords表示要连接的两个原子的标志号码。
输入mplnkeywords
如输入mplnC1C2C3C4mplnC7C8C9C10将计算出由C1C2C3C4和C7C8C9C10确定的两个最小二乘平面以及两个平面简单夹角。
氢键的形成经验距离：
X-H…Y，X…Y=3.2-4.0埃，H…Y<
3埃
一些正常键长数据
C-C=1.53，1.51，1.47
C-N=1.47-1.50
C-O（H）=1.41-1.44，1.30（羧酸根的）
C=O=1.19-1.23，1.21-1.23（羧酸根的）
C-Cl=1.72-1.85
C-NO2=1.21-1.22
C-S=1.82
5.6用platon程序检测
有些错误要返回到5.5重新精修以解决
6、用platon程序检测cif文件，解决掉不可忽略的错误
XP应用指南
1．进入界面
直接点击XP.exe的应用程序图标。
或者从命令提示符进入。
2．如何打开一张RES图？
（1）首先确定RES扩展名的文件的位置及其文件名。
然后将其拷到XP所在的文件夹中。
例如：
在我的文档中有一个08122m.res的文件
（2）在XP的界面中如下操作：
XP》read08122m
XP》fmol
按enter键后，会出现一系列数据标示。
按enter使屏幕滚动，提示符重新出现。
XP》mpln/n（选择项）（分子沿对称轴方向定向）
屏幕出现x.y.z轴坐标。
XP》proj
即可进入08122m的XRD结构图，右上角有一系列命令
3．如何只显示部分图形？
方法一：
XP》pick
屏幕出现一张结构全图，并自动扫描各键。
确定拟保留和除去的键及原子，然后当扫描到某个键时，按“空格键”保留该键，按“enter”键删除该键。
依次操作。
依次操作直至满足要求。
①当误删时，按“backspace”即可恢复上步操作。
②处理完毕，按“ESC”返回至XP》____状态。
但保留处理。
③处理完毕，按“？
/”键即可将处理后的图保留下来。
④当扫描到某个原子时，可键入元素符号和数字来改变原子的编号。
方法二：
XP》pick＄C
则光标自动扫描所有C原子。
按“空格键”或“enter”键来决定是逐个保留还是删除。
方法三：
XP》killP1
此法需要在已知拟删原子的坐标符合之后才能运用。
否则很容易误删。
上面的命令可删除结构图上的P1原子，然后给出“一个原子被删”的提示后直接回到XP》_____.
以上三个方法均可用通配符“？
”或“*”，C1toC6
4．如何进行晶胞堆积？
（1）按X，Y或Z轴方向堆积：
XP》matr1（按X方向堆积）
XP》matr屏幕会给出一系列参数
XP》pack屏幕会给出在一定长、宽范围沿X轴的晶胞堆积图，用红蓝两色给出。
若戴上一幅红蓝镜片的眼镜，则可看到立体图。
如果要贮存，在退出时选择右上方“SGEN/FMOL”命令，那么接下来用PROJ命令打开时，即为该图，而不是以前的单晶。
若想恢复到最初的单晶胞图，则用XP》fuse命令即可。
（2）按自定方向堆积
先用XP》proj命令打开一张图。
再用其中的rotate选项选择合适的方向，退出。
然后XP》pack可显示所选方向的晶胞堆积图。
5．有关旋转的两个快捷键：
①选中旋转命令，按enter键可均匀缓慢旋转，在按下可停止RV
②在缓慢RV时，若按下空格键可加速选转，再次按下可恢复慢速。
6．修改显示空间
XP》pbox屏幕显示图形区域的长、宽值（默认20A，80A）
XP》pbox3010将区域改为30A、10A
XP》pack即可看到更多晶胞堆积在一定区域内。
7．如何求二面角？
（以a.res为例）
XP》reada
XP》fmolCu1P1P2N2N4C40C41C42（将两个面上的原子）
XP》mplnCu1P1P2（列出第一个面上的原子）
XP》mplnC40C41C42N3N4（列出第二个面上的原子）
给出第二个面与第一个面的二面角值。
8．如何显示部分图形？
XP》reada（读入文件a.res）
XP》fmolC1C2C3?
?
（列出所要显示的原子）
XP》
即可显示部分图形。
9．除两个原子间的连接：
XP》undoP1P2
10．如何将晶体对称生长完全？
XP》grow
11．用diag命令可将图形放于屏幕的右上角，方便以后编辑（如kill、pick等）
12．如何给出与Cu1所连接各原子的键长和键角？
XP》bangCu1
13．如何退出XP？
XP》quit
14．一张已经修改过的图，以便下次可直接进入该画面？
15．如何测量两个并不相连的原子的距离？
XP》envixn
X：
代表某个原子序号n：
为自然数
该命令可以求出距离x原子n倍正常键长范围内所有原子与该原子的距离，并且给出所有以x原子为中心的各连线之间的夹角。
16．如何测量两个平行平面间距？
XP》cent/x______（一个平面S1上原子）
将给出这个平面中心一点X1A
XP》mpln______（另一个平面S2的原子）
将给出X1A到S2的垂直距离。
如何平面S1和S2中心之间的距离？
可以用同样的方法求出平面S2的中心X1B，然后用envi命令求出X1A到X1B之间的
距离。
17．如何保存一张处理过的图形？
当用完pick或kill命令后，可用proj命令显示出处理的结果。
当把它调整到适当的角度后，退出，并用save命令可将其保存下来。
XP》save（键入一个文件名）
XP》telp0－30
出现一大堆数据。
当出现plotfile时，键入一个文件名，然后出现一张热椭球图形，可对其进行原子编号。
（可移动鼠标来确定编号的位置，enter键：
跳过编号原子，space键：
确定编号。
）当完成编号后，键入“b”、“空格”，此按键可将上述处理保存为一张plt的文件。
18．如何作出能粘贴到word中的图？
①得到*.plt后，在XP中draw____（键入文件名）
然后出现一堆参数要求选择：
h（可将其存为hgl文件）
a（可存为ps文件）
a4
即可得到*.hgl文件
在word中即可插入。
②把附件hpg.zip解压成hpg.reg；
hpglim32.flt
把文件copy到C：
\programfiles\commomfile\Microsoftshared\graphflt
双击hpgl.reg使其注册
19．如何回到以前已经保存过的一张*.sav的图形？
XP》read*.res
XP》mpln/n
XP》next_____键入想要调出的文件名（后缀为sav）
20．如何将不完整的分子结构图画完全？
可以将一个原子沿着它所连接的原子逐个生长出去。
XP》envi（键入一个原子，假如a）
显示与该原子相连的其他原子符号（假如b），以及内部编号（****）
XP》sgenb****
可显示b原子，用此法可将一整个链画完整。
21．查看晶胞参数的命令？
XP》cell
22．查看是否有空洞的命令？
将结构晶胞堆积图旋转到一定方向后XP》spix即可出现一张结构堆积图。
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