分子生物设计性实验ars307完成内科大Word文档格式.docx
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四.Puc18载体的准备……………………………………………12
五.限制性内切酶和酶切buffer的选择…………………………19
六.Puc18载体和目的基因双酶切………………………………20
七、琼脂糖凝胶电泳检测DNA……………………………………21
八.目的基因和Puc18酶连………………………………………22
九.大肠杆菌感受态细胞制备……………………………………22
十.大肠杆菌感受态细胞转化宿主细胞及其筛选鉴定…………24
一、目的基因的查找
1.查找过程
ARS在第三号染色体的位置
2.搜索结果:
>
ARS307Chr3
LOCUSAF087952654bpDNAlinearPLN12-NOV-1999
DEFINITIONSaccharomycespastorianusARS307-likegenomicsequence,including
putativephosphatidylserinesynthasegene,partialcds;
andunknown
gene.
ACCESSIONAF087952
VERSIONAF087952.1GI:
3695283
KEYWORDS.
SOURCESaccharomycespastorianus
ORGANISMSaccharomycespastorianus
Eukaryota;
Fungi;
Dikarya;
Ascomycota;
Saccharomycotina;
Saccharomycetes;
Saccharomycetales;
Saccharomycetaceae;
Saccharomyces.
REFERENCE1(bases1to654)
AUTHORSTheis,J.F.,Yang,C.,Schaefer,C.B.andNewlon,C.S.
TITLEDNAsequenceandfunctionalanalysisofhomologousARSelementsof
SaccharomycescerevisiaeandS.carlsbergensis
JOURNALGenetics152(3),943-952(1999)
PUBMED10388814
REFERENCE2(bases1to654)
AUTHORSYang,C.,Theis,J.F.andNewlon,C.S.
TITLEConservationofARSelementsandchromosomalDNAreplication
originsonchromosomesIIIofSaccharomycescerevisiaeandS.
carlsbergensis
JOURNALUnpublished
REFERENCE3(bases1to654)
TITLEDirectSubmission
JOURNALSubmitted(31-AUG-1998)Micro.&
Mol.Genet.,UMDNJ-NewJersey
MedicalSchool,185SouthOrangeAve.,Newark,NJ07103,USA
FEATURESLocation/Qualifiers
source1..654
/organism="
Saccharomycespastorianus"
/mol_type="
genomicDNA"
/strain="
244"
/db_xref="
taxon:
27292"
/chromosome="
III"
/note="
Carlsberglagerproductionstrain"
misc_feature1..654
similartoSaccharomycescerevisiaeARS307"
CDS<
1..107
similartoSaccharomycescerevisiaeYCL005w"
/codon_start=3
/product="
unknown"
/protein_id="
AAC62758.1"
GI:
3695284"
/translation="
TNETLMSLSNRANLRRNVSDADIVNIKALRRNSR"
gene421..>
654
/gene="
similartoSaccharomycescerevisiaePEL1"
CDS421..>
similartoSaccharomycescerevisiaePel1p"
/codon_start=1
putativephosphatidylserinesynthase"
AAC62759.1"
3695285"
MTTRLLQLTRPHYRLLSSPFRKSSIIQRQMSASSPSPANSYLNM
ITKSLQHNLQTWFHFEPNEIDIIESPSHFYDLLK"
ORIGIN
1ccaccaacgagaccctaatgtctctttccaatagagccaaccttcgaagaaatgtgagtg
61atgccgacatcgttaatatcaaggctttaagaagaaattcaagatgaaacggccattact
121tcttcacattcactaataaataataatcgagatggtaaataattaattagttacataggc
181tccgcattatactctttagcatattcttcccttttcttctcttcccttcatgtttcgttt
241tgtaacttgaatatcaagaagaaaacattaaaaagaaaaagcaatagcggaactacaaat
301tgaaaagattagtgttcaatttcccctaaaaagtaacatacctaaaaatagcaaagaaat
361agcccttcctaccttactcattcatagttgctaatagcacatccaggaccacgaatattc
421atgacgactcgtttgctccaacttactcgtcctcattatagattattatcctcacctttc
481cgcaaaagctccatcatacaaaggcaaatgtctgcttcaagcccttctccagccaatagc
541tatttgaacatgattactaagtctctacaacataatctacagacatggttccatttcgaa
601ccaaacgaaatcgacatcattgaatcaccctcacatttttacgaccttctaaaa
//
二、设计引物
1引物的搜索
2:
引物的结果:
三.PCR扩增目的基因及产物纯化
1.实验设备及器材:
2.设计原则:
(1)、引物长度约为16-30bp
(2)、引物中G+C含量通常为40%-60%,粗略估计引物的解链温度Tm=4(G+C)+2(A+T),且接近72℃最好。
(3)、四种碱基应随机分布,在3'
端不存在连续3个G或C,因这样会使引物在G+C富集序列区引发错误。
(4)PCR过程
(5)PCR产物的纯化
纯化后就得到比较纯的扩增的目的基因
四:
Puc18载体的准备
1.查找过程:
pUC18
TCGCGCGTTTCGGTGATGACGGTGAAAACCTCTGACACATGCAGCTCCCGGAGACGGTCACAGCTTGTCTGTAAGCGGAT
GCCGGGAGCAGACAAGCCCGTCAGGGCGCGTCAGCGGGTGTTGGCGGGTGTCGGGGCTGGCTTAACTATGCGGCATCAGA
GCAGATTGTACTGAGAGTGCACCATATGCGGTGTGAAATACCGCACAGATGCGTAAGGAGAAAATACCGCATCAGGCGCC
ATTCGCCATTCAGGCTGCGCAACTGTTGGGAAGGGCGATCGGTGCGGGCCTCTTCGCTATTACGCCAGCTAGAGGACCAG
CCGCGTAACCTGGCAAAATCGGTTACGGTTGAGTAATAAATGGATGCCCTGCGTAAGCGGGTGTGGGCGGACAATAAAGT
CTTAAACTGAACAAAATAGATCTAAACTATGACAATAAAGTCTTAAACTAGACAGAATAGTTGTAAACTGAAATCAGTCC
AGTTATGCTGTGAAAAAGCATACTGGACTTTTGTTATGGCTAAAGCAAACTCTTCATTTTCTGAAGTGCAAATTGCCCGT
CGTATTAAAGAGGGGCGTGGGGTTCGAGGTCGACGGTATCGATAAGCTAGCTTAATTAGCTGAGCTTGGACTCCTGTTGA
TAGATCCAGTAATGACCTCAGAACTCCATCTGGATTTGTTCAGAACGCTCGGTTGCCGCCGGGCGTTTTTTATTGGTGAG
AATCCAAGCTAGACTGCGATGAGTGGCAGGGCGGGGCGTAATTTTTTTAAGGCAGTTATTGGTGCCCTTAAACGCCTGGG
GTAATGACTCTCTAGCTTGAGGCATCAAATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTATCTGTTGTT
TGTCGGTGAACGCTCTCCTGAGTAGGACAAATCCGCCGCTAGGAGCTTGCGGCCCGGACGATATCATGCATGAGCTCACT
AGTGGATCCCCCGGGCTGCAGGAATTCCTCGAGAAGCTTGGGCCCGGTACCTCGCGAAGGCCTTGCAGGCCAACCAGATA
AGTGAAATCTAGTTCCAAACTATTTTGTCATTTTTAATTTTCGTATTAGCTTACGACGCTACACCCAGTTCCCATCTATT
TTGTCACTCTTCCCTAAATAATCCTTAAAAACTCCATTTCCACCCCTCCCAGTTCCCAACTATTTTGTCCGCCCACAGCG
GGGCATTTTTCTTCCTGTTATGTTTGGGCGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGG
GCGCTCTTCCGCTTCCTCGCTCACTGACCCGCTGCGCTCGGTCGTTCGGCTGCGGCGAGCGGTATCAGCTGATAACGCAG
GAAAGAACATGTGAGCAAAAGGCCAGCAAAAGGCCAGGAACCGTAAAAAGGCCGCGTTGCTGGCGTTTTTCCATAGGCTC
CGCCCCCCTGACGAGCATCACAAAAATCGACGCTCGAGTCAGAGGTGGCGAAACCCGACAGGACTATAAAGATACCAGGC
GTTTCCCCCTGGAAGCTCCCTCGTGCGCTCTCCTGTTCCGACCCTGCCGCTTACCGGATACCTGTCCGCCTTTCTCCCTT
CGGGAAGCGTGGCGCTTTCTCATAGCTCACGCTGTAGGTATCTCAGTTCGGTGTAGGTCGTTCGCTCCAAGCTGGGCTGT
GTGCACGAACCCCCCGTTCAGCCCGACCGCTGCGCCTTATCCGGTAACTATCGTCTTGAGTCCAACCCGGTAAGACACGA
CTTATCGCCACTGGCAGCAGCCACTGGTAACAGGATTAGCAGAGCGAGGTATGTAGGCGGTGCTACAGAGTTCTTGAAGT
GGTGGCCTAACTACGGCTACACTAGAAGGACAGTATTTGGTATCTGCGCTCTGCTGAAGCCAGTTACCTTCGGAAAAAGA
GTTGGTAGCTCTTGATCCGGCAAACAAACCACCGCTGGTAGCGGTGGTTTTTTTGTTTGCAAGCAGCAGATTACGCGCAG
AAAAAAAGGATCTCAAGAAGATCCTTTGATCTTTTCTACGGGGTCTGACGCTCAGTGGAACGAAAACTCACGTTAAGGGA
TTTTGGTCATGAGATTATCAAAAAGGATCTTCACCTAGATCCTTTTAAATTAAAAATGAAGTTTTAAATCAATCTAAAGT
ATATATGAGTAAACTTGGTCTGACAGTTACCAATGCTTAATCAGTGAGGCACCTATCTCAGCGATCTGTCTATTTCGTTC
ATCCATAGTTGCCTGACTCCCCGTCGTGTAGATAACTACGATACGGGAGGGCTTACCATCTGGCCCCAGTGCTGCAATGA
TACCGCGAGACCCACGCTCACCGGCTCCAGATTTATCAGCAATAAACCAGCCAGCCGGAAGGGCCGAGCGCAGAAGTGGT
CCTGCAACTTTATCCGCCTCCATCCAGTCTATTAATTGTTGCCGGGAAGCTAGAGTAAGTAGTTCGCCAGTTAATAGTTT
GCGCAACGTTGTTGCCATTGCTACAGGCATCGTGGTGTCACGCTCGTCGTTTGGTATGGCTTCATTCAGCTCCGGTTCCC
AACGATCAAGGCGAGTTACATGATCCCCCATGTTGTGCAAAAAAGCGGTTAGCTCCTTCGGTCCTCCGATCGTTGTCAGA
AGTAAGTTGGCCGCAGTGTTATCACTCATGGTTATGGCAGCACTGCATAATTCTCTTACTGTCATGCCATCCGTAAGATG
CTTTTCTGTGACTGGTGAGTACTCAACCAAGTCATTCTGAGAATAGTGTATGCGGCGACCGAGTTGCTCTTGCCCGGCGT
CAATACGGGATAATACCGCGCCACATAGCAGAACTTTAAAAGTGCTCATCATTGGAAAACGTTCTTCGGGGCGAAAACTC
TCAAGGATCTTACCGCTGTTGAGATCCAGTTCGATGTAACCCACTCGTGCACCCAACTGATCTTCAGCATCTTTTACTTT
CACCAGCGTTTCTGGGTGAGCAAAAACAGGAAGGCAAAATGCCGCAAAAAAGGGAATAAGGGCGACACGGAAATGTTGAA
TACTCATACTCTTCCTTTTTCAATATTATTGAAGCATTTATCAGGGTTATTGTCTCATGAGCGGATACATATTTGAATGT
ATTTAGAAAAATAAACAAATAGGGGTTCCGCGCACATTTCCCCGAAAAGTGCCACCTGACGTCTAAGAAACCATTATTAT
CATGACATTAACCTATAAAAATAGGCGTATCACGAGGCCCTTTCGTC
3.载体的制备
实验设备及器材:
(1)仪器微量移液器、微量离心管(又称Eppendorf管)、常用玻璃器皿、台式高速离心机、分光光度计
(2)材料含有质粒的大肠杆菌DH5a
(3)试剂及溶液LB培养基、葡萄糖
(4)用于碱法提取质粒DNA的溶液
溶液I:
50mmol/L葡萄糖25mmol/L三羟甲基氨基甲烷(Tris)Tris.HCl(pH8.0),10mmol/L乙二胺四乙酸(EDTA)(pH8.0)
溶液II:
O.4mol/LNaOH,2%SDS,用前等体积混合
溶液III:
5mol/L乙酸钾60mL冰乙酸11.5mL水28.5mL
(5)缓冲液:
TBE缓冲液(10Χ):
称取Tris108g,硼酸55g,0.5mol/LEDTA(Ph8.0)40ML,用H2O定容到1000mL高压灭菌作为10Χ贮藏,稀释10倍后作为工作液使用。
TE缓冲液:
10mmol/LTris-HCl,1mmol/LEDTApH8.0,其中含有RNase20μg/Ml
(6)其他试剂:
异丙醇,70%乙醇等
(7)实验内容:
用碱裂解法提取DNA
1.将2mL含相应抗生素(Amp:
50μg/mL)的LB液体培养基加入到试管中,接入含pUCl9质粒的大肠杆菌,37℃振荡培养过夜。
2.取1.5mL培养物倒入微量离心管中,4000r/min离心2min。
3.吸去培养液,使细胞沉淀尽可能干燥。
4.将细菌沉淀悬浮于100μL溶液I中,充分轻柔混匀。
5.加200μL溶液II(新鲜配制),盖紧管,混匀内容物,将离心管放冰上5min。
6.加入150μL溶液III(冰上预冷),盖紧管口,颠倒数次使混匀。
冰上放置10min。
7.12000r/min,离心15min,将上清转至另一离心管中。
8.向上清中加入等体积酚:
氯仿(1:
1)(去蛋白),反复混匀,12000r/min,离心5min,将上清转移到另一离心管中。
9.向上清加入2倍体积无水乙醇,混匀后,室温放置5-10min。
12000r/min离心5min。
倒去上清液,把离心管倒扣在吸水纸上,吸干液体。
10.用1mL70%乙醇洗涤质粒DNA沉淀,振荡并离心,倒去上清液,真空抽干或空气中干燥。
11.加20μLTE缓冲液,其中含有20μg/mL的胰RNA酶,使DNA完全溶解,-20°
C保存。
五.限制性内切酶和酶切buffer的选择
1.限制性内切酶选择的依据:
我们在查找载体的时找到其酶切位图
2.选择的结果:
由上图中我们知道pUC18存在EcoRI识别位点和HindIII识别位点
且可以获取比较大的基因序列。
EcoRI识别位点HindIII识别位点
3.酶切buffer的选择:
注:
只要其中一种酶需要添加BSA,则应在双酶切反应体系中加入BSA。
BSA不会影响任何内切酶的活性。
注意将甘油的终浓度控制在10%以下,以避免出现星号活性,可通过增加反应体系的总体积的方法实现这一要求。
所以我们选择:
1XM+BSA(附带测定buffer的活性)
咪唑68.0850mmol/L3.40g(缓冲剂EGTA和EDTA螯合Ca离子)
KCl74.5550mmol/L3.73g,MgCl26H2O203.300.5mmol/L0.1g
EGTA380.401.0mmol/L0.38g,EDTA2H2O372.240.1mmol/L0.04g
B-巯基乙醇78.131.0mmol/L70ul,甘油92.094.0mmol/L294.8ul
加水定容至1L,PH调至7.2
六.Puc18载体和目的基因双酶切
1.实验设备及器材:
(1)仪器,微量移液器,常用玻璃器皿,电泳仪,电
泳槽,凝胶成像系。
(2).材料实验一中提纯得到的质粒DNA以及标准DNA
(3).试剂EcoRⅠ酶解缓冲液(10×
):
1mol/LpH7.5Tris.HCl,0.5mol/LNaCl,0.1mol/LMgCl2,HindⅢ酶解缓冲液(10×
0.1mol/LpH7.4Tris.HCl,1mol/L,NaCl,0.07mol/LMgCl2.
2.实验内容:
(1)将上一试验提纯并溶于20μLTE的质粒DNA以及标准DNA用于酶切,按下表分别加入所需试剂.
质粒
样品
酶解缓冲液
酶液
自提质粒
16μL
2μL
2μL
标准质粒
加样后小心混匀,置于37℃水浴中酶解半小时(有时可以长一点,数小时或过夜),然后向管中加入上样液4μL后等待电泳分析。
(2)加样
用移液枪将已加入上样缓冲液的DNA样品加入加样孔(记录点样顺序
及点样量)。
(3)电泳
1.接通电泳槽与电泳仪的电源(注意正负极,DNA片段从负极向正极移动)。
DNA的迁移速度与电压成正比,最高电压不超过5V/cm。
2.当溴酚蓝染料移动到距凝胶前沿1-2cm处,停止电泳。
(4)染色
将电泳后的凝胶浸入溴化乙锭染色液中,染色(15min)以观察在琼脂糖凝胶中的带(戴手套操作)。