MEGA建树图解Word文件下载.docx

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2011-08-1614:

30:

45| 

分类：

系统进化树|举报|字号 

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本文详细出处参考：

http:

//liucheng.name/603/

MEGA的全称是MolecularEvolutionaryGeneticsAnalysis分子进化遗传分析。

MEGA可用于序列比对、进化树的推断、估计分子进化速度、验证进化假说等。

MEGA还可以通过网络（NCBI）进行序列的比对和数据的搜索。

打开软件：

选择Alignment----AlignmentExplorer/CLUSTAL，出现一个对话框：

根据提示内容，进行选择，在此我选择第一个“Createanewalignment”，出现：

根据自己的序列是核酸还是氨基酸序列进行选择，在此我选择“Yes”，出现：

Date---Open---RetrieveSequencesfromFile，选择已在ClustalX中已对齐的格式文件[CLUSTAL文件（.aln）]，如下图：

选择之后，得到：

双击文件名可以进行修改（某些ClustalX版本无法识别原FASTA文件名的，在这里就可以修改了，就像我用汉化版的ClustalX1.81不可以识别某些序列文件名），修改后如下：

右键菜单点击删除ClustalX中附带的“※”号行，修改文件名后可以保存“当前比对结果”，以便下次再用。

然后再补充一下，此软件整合了ClustalX程序，菜单Alignment中选择“AlignbyClustalX”即可。

选择所要比对的序列，单击后出现下面这个对话框：

选择默认设置，点击OK就进行比对了。

此后会出现一个过渡对话框，显示的是两两比对和多序列比对的过程：

等待其运行完成后，可以保存，也可以直接删除，出现对话框：

选择Yes，出现：

输入一个名称,如SIV-N2，接下来几步类似,保存后点YES出现：

当这个序列数据界面出来后，注意软件的主界面发生了一定的变化，多出了几个功能菜单：

选择主界面中的Phylogeny菜单，BootstrapTestofPhylogeny---Neighbor-joining…

Bootstrap选择1000次重复，模型选择核酸---p-distance。

Compute后，得出系统结构树，如下：

替换成辐射图：