技术需求项目背景本项目旨在满足首都医科大学附属北京Word文档下载推荐.docx
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Ø
先进性
本系统方案所采用的技术既要符合业界的发展方向，又要在未来几年内仍具有很高的技术先进性，保持在同类系统中的领先地位。
要求不仅具有符合要求的峰值性能（PeakPerformance），更重要的是应具有稳定的应用性能（sustainedperformance）。
各种复杂的研究课题在本系统中能够得到准确、快速的计算结果。
可扩展性
高性能计算平台应具有较强的扩展能力，可以方便地实现节点增加、系统扩充和升级。
计算节点的扩展不受硬件品牌限制。
开放性和兼容性
系统应符合公认的工业标准，包括体系结构，硬件，I/O，网络，操作系统，开发环境和开发工具等。
便于和其他平台上的系统兼容。
支持应用软件开发
平台能够兼容研究课题的解决方案和相应的软件系统，例如高通量基因组学数据处理相关软件及流程开发、智能病理影像识别算法移植等，提供并行计算应用分析。
管理简单，用户易用
尽量减少数据中心的设备管理难度，简化架构，底层硬件对用户透明，实现应用简单易用的目的。
三、设备采购清单
设备名称：
生物信息分析与基因检测系统高性能运算集群。
数量：
1套
各分项指标如下：
序号
产品名称
功能要求
数量
单位
备注
3.1生物信息分析计算系统
1
通用序列比对分析计算节点
双路节点，运行bwa、clustal等生物信息学软件。
详细要求见技术参数4.2.1
80
台
核心产品
2
通用节点刀片平台
满足通用序列比对分析计算节点所需的配套刀片平台。
详细要求见技术参数4.2.2
8
3
高主频序列比对分析计算节点
双路节点，运行tophat、hisat2等生物信息学软件。
详细要求见技术参数4.2.3
4
高主频节点刀片平台
满足高主频序列比对分析计算节点所需的配套刀片平台。
详细要求见技术参数4.2.4
5
序列拼接大内存计算节点
四路和八路节点，运行大内存生物信息软件详细要求见技术参数4.2.5
6
系统管理登录节点
双路节点，系统管理和登录。
详细要求见技术参数4.2.6
3.2测序数据存储
测序数据存储
与测序仪进行连接。
详细要求见技术参数4.2.7
3.3主体在线分布式并行存储系统
并行存储数据节点-86盘位
在线数据存储。
详细要求见技术参数4.2.8/9
16
套
缓存盘
详细要求见技术参数4.2.8/10
128
块
数据存储
详细要求见技术参数4.2.8/11
1280
并行存储索引节点
详细要求见技术参数4.2.8/12
3.4磁带库备份存储系统
备份服务器
详细要求见技术参数4.2.13
FC交换机
详细要求见技术参数4.2.14
磁盘阵列
详细要求见技术参数4.2.15
备份软件
详细要求见技术参数4.2.16
磁带库主机
详细要求见技术参数4.2.17
磁带
详细要求见技术参数4.2.18
1500
7
清洗带
详细要求见技术参数4.2.19
30
3.5系统网络与安全系统
计算存储网络-IB交换机
详细要求见技术参数4.2.20
可为进口产品
计算存储网络-IB网络页板
计算存储网络-IB线缆
135
根
管理监控网络-千兆交换机
详细要求见技术参数4.2.21
管理监控网络-万兆交换机
网络安全
详细要求见技术参数4.2.22-25
3.6系统软件与在线运维
系统软件与在线运维
详细要求见技术参数4.2.26
3.7生物信息应用软件与工具
生物信息分析平台软件
详细要求见技术参数4.2.27/28
基因位点数据库系统与可视化平台
详细要求见技术参数4.2.27/29
3.8配套基础设施
视频切换系统-集群控制台
详细要求见技术参数4.2.30/31
视频切换系统-KVM主控端
视频切换系统-节点CIM模块
54
个
工作站
详细要求见技术参数4.2.1.30/32-34
4.2.33可为进口产品
机柜
详细要求见技术参数4.2.30/35
UPS
详细要求见技术参数4.2.30/36
四、参数要求
4.1总体要求
投标人须按照使用方要求，完成包括但不限于硬件设备安装、内部传输网络连接、软件安装调试等方面的工作。
用于高通量测序数据的生物信息分析、存储、共享，以及精准医疗相关研究中大数据的分析、解读。
参数条目4.2.1-4.2.8，以及4.2.32和4.2.34，相应设备所涵盖的的运算服务器、管理服务器，存储设备，需为同一品牌，运算集群搭建完成后需原厂协助调试，使集群整体性能达到最佳。
双精度浮点峰值不低于400万亿次，投标人须分别给出CPU和GPU总峰值；
存储系统所有硬盘裸容量不低于7.5PB，实际可用容量不低于硬盘容量的80%。
运算集群需满足高通量基因组学数据处理与智能病理影像识别方面的需求，整合高性能计算系统、存储系统、基础软件与并行环境、集群管理与作业调度系统。
构建完整的、面向精准医学的生物信息与智能影像研究平台，并提供有效的软硬件系统及应用层面（包括但不限于软件并行化、数据分析和存储方面）的技术支持服务。
投标人须协助使用方，提供运算集群运转时的产热量，并协助规划机柜摆放、制冷等基础设施的实施方案。
4.2技术参数要求
4.2.1通用序列比对分析计算节点
功能或技术指标项
详细技术参数要求
*1
合计≥80个计算节点，合计≥2240个物理核心
*2
架构
采用刀片式架构，不接受例如2U4节点等高密度服务器或整机柜架构
#3
处理器
每节点处理器（CPU）个数≥2颗，每颗CPU采用Skylake架构，14纳米制程，每颗处理器物理核心数≥14，基础主频≥2.6GHz，每颗CPU的总体性能不得低于intelXeonGold6132
#4
内存
采用DDR42666MHzECCREG内存，总内存≥192GB，平均每颗CPU配置≥6条内存，确保每CPU达到六通道
硬盘
每节点配置≥1块240GBSSD硬盘
以太网络
每节点配置≥2个内置千兆以太网接口
#7
高速网络
采用EDRInfiniBand高速网络接口，配置≥1*100Gb高速网络端口，所有节点必须做到100Gb全线速无阻塞；
4.2.2通用节点刀片平台
规格
支持投标通用计算节点的标准机架式刀片机箱，附带上架套件。
根据刀片节点数量匹配所需的刀片机箱，数量满足刀片需求且数量≥8台
以太网模块
每机箱配置千兆以太网交换模块，每个对外提供≥4个RJ45千兆接口和≥2个SFP+万兆以太网上连端口，且保证上连万兆端口带宽≥刀箱内所有刀片千兆下行带宽，即万兆上联端口数量≥刀片数量*2/10。
IB网络模块
每机箱配置EDRIB网络模块，对外端口数量不低于机箱内部实际配置刀片数量。
管理模块
每机箱配置1个内置管理模块，实现远程虚拟介质、远程KVM、刀片状态、故障定位、远程开关机等功能。
电源模块
满配电源和风扇，保证有电源故障时所有刀片及内部配件不宕机。
软件配置
提供配套bwa、clustal等生物信息学软件，以及相应的通用序列比对分析解决方案
4.2.3高主频序列比对分析计算节点
#1
合计≥80个计算节点，合计≥320个物理核心
#2
每节点配置≥1颗CPU，每节点支持≥2颗处理器（CPU），
每颗CPU核心数≥4，基础主频≥3.5GHz.
采用DDR42400MHzECCREG内存，单节点内存16GB
每节点配置≥1块500GB硬盘
支持扩展EDRInfiniBand高速网络接口
4.2.4高主频节点刀片平台
支持投标高主频计算节点的标准机架式刀片机箱，附带上架套件。
支持扩展EDRIB网络模块，每刀箱对外端口数量不低于机箱内部实际配置刀片数量。
4.2.5序列拼接大内存计算节点
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