pymol使用笔记详解Word文档下载推荐.docx
《pymol使用笔记详解Word文档下载推荐.docx》由会员分享，可在线阅读，更多相关《pymol使用笔记详解Word文档下载推荐.docx（29页珍藏版）》请在冰豆网上搜索。
label氨基酸残基 7
氢键 8
氢键概念 8
目前使用的氢键做法：
8
各种方法氢键数量比较 8
氢键做法汇总 8
结构叠加比对 9
Align命令用法 9
Wiki中的"
align"
命令 9
静电势APBS（目前没有大问题） 10
各种静电势方法总结 10
安装 10
精简的步骤 10
分链作图 11
动画 11
Pymol出动画图方法 11
手工抽图方法 11
每帧都被光线追踪 11
友立GIF动画使用 11
Pymol教程与实例 12
合用的教程分类 12
使用Pymol进行蛋白质分子结构的比较 12
label驴子笔记 12
显示氢键（活性中心） 14
用来寻找配体口袋的残基的一个pymol命令 15
其他结构描述方法 15
Contacttable 15
基本知识 15
用CCP4NCONT 16
用CCP4 CONTACT/ACT 16
Interface 16
用PISA做结合分析 16
计算BSA的软件讨论 16
Ligplot 17
静电势DelPhi（有问题） 17
DelPhiv.5.1使用方法 17
Pymol打开DelPhi电势文件 18
Grasp2打开DelPhi电势文件 18
修结构方法搜集 19
修结构刚开始据说是要先修主链 19
修结构的时候发现侧链越大的氨基酸残基越容易在密度中找到正确的位置 19
修结构重在整体形象。
19
修结构新番总结 20
过度修正 20
认清身边有毒的朋友 21
高考阅卷得到的收获 23
附录 23
基本知识 23
RMSD（RootMeanSquaredDeviation） 23
氨基酸分组方法和代表性颜色 23
Pymolpml文件实例 24
C10IQsort 24
图像处理 26
批量裁剪 26
4个大小相同的图片排成一个 26
未整理 26
某人总结的结构解析方法：
26
结构修正时遇到的问题和用到的小tips：
27
分子置换的步骤 28
COOT中添加小分子的方法 28
如何画出氢键 28
Pymol的笔记
软件安装与初始设置
安装python先，在windows7里msi右键中没有“以管理员权限运行”的选项，写一个批处理（.bat文件）来运行msi进行安装，bat文件有这个选项。
.bat文件内容如下：
（D:
\Temp\，是msi文件的目录，pyt.msi是msi文件名，pyt是为了方便，pymol安装用的msi文件名的简写）
msiexec/iD:
\Temp\pyt.msi
新版的pymol安装在python27目录下，pymolrc文件需要拷贝到"
C:
\Users\YOU"
，启动文件为PyMOL目录下的pymol.exe。
如果不能加载pymolrc，可以运行PyMOL目录下的pymol.cmd，再不行就试运行一次
\Python27\Scripts\pymol.cmd。
Pml格式的右键菜单
后缀名为pml的文件，打开方式可以用普通方法设定。
windows7下右键菜单添加“编辑”，并将“编辑”关联为记事本的方法如下：
在注册表编辑器里，HKEY_CLASSES_ROOT>
pml_auto_file-shell下建立新项：
edit，再建立新项：
command，值为：
"
\Windows\System32\NOTEPAD.EXE"
"
%1"
软件使用难题与Bug
2013年12月31日在联想E49，Win7下安装1.61beta版，bg_color white设定背景色后，
label就不显示了。
单字母标记氨基酸残基Windows用户
windows下不能建立.pymolrc文件，认可的文件名是：
'
pymolrc'
'
pymolrc.py'
or'
pymolrc.pym'
从本博文下载附件（pymolrc）后拷贝到安装目录即可,无需后缀名。
1.6版的PyMOL目录下还有一个.pymolrc_example文件，也包括单字母氨基酸的命令。
pymolrc文件里起作用的是这一段#start$HOME/.pymolrcmodification
single={'
VAL'
:
V'
'
ILE'
I'
LEU'
L'
GLU'
E'
GLN'
Q'
\
ASP'
D'
ASN'
N'
HIS'
H'
TRP'
W'
PHE'
F'
TYR'
Y'
ARG'
R'
LYS'
K'
SER'
S'
THR'
T'
MET'
M'
ALA'
A'
\'
GLY'
G'
PRO'
P'
CYS'
C'
}
#endmodification
使用时用single[resn]代替resn即可，例如
1.标记第77号残基，标出残基号和残基名：
PyMOL>
labelresi77andnameca,（"
%s/%s"
）%（resn,resi）##（"
）:
设定显示格式。
三字母格式
）%（single[resn],resi）##（"
单字母格式
基本知识
1.几乎所有修饰都可以在菜单setting下面的setall里更改
2.文件操作
load****.pdb
3.氢原子，水
氢原子：
removehydro
加氢：
h_add水：
4.对象和选择的on/off
5.选择、抽出还是新建对象？
pngF:
/BioData/IQCGStructures/Orientation/test.png
saveF:
/BioData/IQCGStructures/Orientation/test.pse,format=pse
log_opentest.pmllog_close
hidelabelsutil.cbc
util.cbak
util.cbac
util.colors
util.cbab
util.cbaw
util.cbap
util.cbc
util.mrock
util.cbas
util.chainbow
util.cbao
util.cbag
util.rainbow
c
util.cbam
util.cbay
util.mroll
util.ss
景深
全屏
cmd.full_screen（'
on'
）
通用命令
例一
loadC10.pdb
setdepth_cue,offbg_colorwhite
setcartoon_fancy_helices,1setray_shadows,off
setstick_radius,0.2hideeverything,all
removeresnhoh'
remove（hydro）
结构显示细调
雾气调节：
滚动鼠标中键
背景色：
菜单命令或者：
bg_colorwhite
球的大小：
setsphere_scale1
label的字体大小调节：
菜单上有
螺旋和sheets的反面与正面颜色不同
sethighlightcartoon
将会使beta条带和loop沿骨架的正确路径延伸并给出更精确的结构描述
setcartoon_flat_sheets,0
setcartoon_smooth_loops,0
有管状边的Ribbon螺旋
setcartoon_fancy_helices,1 #开启fancyhelices
beta-sheet厚度和宽度
setcartoon_rect_width,0.2
setcartoon_rect_length,1.4
Stick粗度
setstick_radius,0.2
Ray无阴影
setray_shadows,off
Spheres的大小
setsphere_scale,0.5
选择
选择原子
selectcc,bbornameo
宏：
（斜杠开头从头读取，非斜杠开头从尾读取）
coloryellow,/pept/lig/a/10/cacoloryellow,a/10/ca
showcartoon,a//
选择侧链
selectactive,（resi538+542andnot（namen,c,o））
selectSideChain,HbsResiCaMandnot（namen,c,o,ca）
选择骨架上的原子
selecteiqbone,eiqandnamen+c+ca
选择钙离子
selectcalciums,CA/
选择范围内原子
1、Howtoonlyshowstructurethatisseveralangstromfromtheligand?
showstick,xxxx&
HETATMaround4
（xxxxisyourpdbname,4=4angstrom）
HETATM指从ProteinDataBankHETATMrecords中载入的所有原子
2、选择a链中在B链4.5A范围内的所有原子（为什么要抽出？
extractcha,chainaextractchb,chainb
selectnear,chawithin4.5ofchb
从选择的原子扩展到残基
createpocket,byres4dxdwithin5ofresn9pc
（这条命令的目的就是以残基9pc为中心，在4dxd这个蛋白质里找出跟9pc距离在5A的氨基酸，生成一个pocket，9pc这个残基是4dxd这个蛋白质晶体中的一个配体）
color
rainbow_rev）
spectrumco
升级会员 