pymol使用教程.docx
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pymol使用教程
简介&安装
Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由Warren
LyfordDeLano编写，并且由DeLanoScientificLLC负责商业发行。
Pymol被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。
据软件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用Pymol来制作的。
Pymol名字的来源：
“Py”表示该软件基于python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子（molucule）的缩写，表示该软件用来显示分子结构。
由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需要的朋友有所帮助。
今天先来说说安装吧。
自2006年8月1日起，DeLanoScientific对事先编译好的PyMOL执行程序（包括beta版）采取限定下载的措施。
目前，只有付费用户可以取得。
不过源代码目前还是可以免费下载，供使用者编译。
如果你和我一样，不想为此花钱的话：
1.如果你是Windows用户，首先下载Pymol的源代码。
然后安装CygWin，并且确保正确安装以下模块：
C++（gccorg++packagename）?
Python?
OpenGL?
PNG?
然后在源代码目录里面依次运行：
2.如果你是Linux用户，首先确保以下东东已安装：
Python?
Pmw
?
OpenGLdriver（我用的是NVdia）?
libpng
?
Subversionclient（下载源代码需要）?
然后下载Pymol的源代码
$mkdirpymol-src
$svncopymol-src
然后进入源代码目录
#cdpymol-src
开始依次编译
#pythonsetup.pyinstall
#pythonsetup2.pyinstall
拷贝执行脚本到某个$PATH，安装就搞定了
#cp./pymol/usr/bin
如果运行时得到错误信息?
灭牯?
牲牯?
潎洠摯汵?
慮敭?
浐屷，那么你应该运行
#pythonsetup2.pyinstallpmw
如果你在使用Gentoo，请确保编译python时添加了tcl/tk支持，否则运行是会提示错误ImportError:
Nomodulenamed_tkinter
#USE=cltkemergepython
好了，下面我们就可以进入Pymol的世界了。
基本的鼠标操作
里主要介绍一下Pymol的基本操作，包括窗口菜单、加载文件、图像的基本鼠标操作等等。
．
当你打开Pymol后，你将会看到如下图所示的界面：
。
ViewerWindowExternalGUI）和下面的（该界面分为2窗口，上面的外部GUI窗口），右边则又分为左右两块，左边用来显示结构图像的（ViewerViewerWindow自身包含一个命令行（如图中左ViewerInternal窗口（GUI）。
是一个内部GUI中则可以InernalGUI提示符），可以用来输入Pymol命令；在下方的PyMOL>则包含一个标准菜单、一ExternalGUI选定一些特定的对象并完成一些操作。
标准的“复一个命令行输入区以及右边的一些常用命令按钮。
个输出区、请注意，、中完成，并且必须使用“Ctrl＋C制、剪切和粘贴”操作只能在ExternalGUI的最重要的优点。
＋V”来完成，这也是这个所谓的外部GUICtrlCtrl＋X以及加载文件，有二种方法：
OpenFile中选择－ExternalGUI1.在2.使用命令行：
load<>
例如我们现在从上下载了一个离子通道蛋白的pdb文件（PENTAMERICLIGAND
GATEDIONCHANNELFROMERWINIACHRYSANTHEMI），名字为2vl0.pdb，然后用pymol打开它：
load2vl0
该蛋白质的结构就被显示出来啦，如下图：
:
基本的图像操作那是因为蛋白质分子都是不是觉得上面的那个三维结构图看起来乱七八糟的阿，文件时是默认把所有的原子都显pdbPymol是由成千上万个原子组成的，而打开窗口里面的，当然看起来就很乱了。
这时候就需要我们Viewer示在那个小小的对这个图像进行一些操作，来得到漂亮的清晰的蛋白质三维结构图。
先说说鼠标吧。
对准图像的任意处点住鼠标左键然后移动鼠标。
任意旋转图像：
?
向上是对准图像的任意处点住鼠标右键然后移动鼠标：
/缩小图像：
放大?
缩小，向下则是放大。
对准图像的任意处点住鼠标中键或者滚轮，然后移动鼠标。
移动图像：
?
Shift＋＋鼠标中键或滚轮。
Ctrl设定图像旋转中心：
?
＋鼠标右键。
鼠标上下移动：
调整前剪切平面（离Shift移动剪切平面：
?
你近的）；鼠标左右移动：
调整后剪切平面（离你远的）。
．
最后一项“移动剪切平面”有点不容易理解，需要多试几次。
配合下面的示意图你会发现Pymol的这项设定其实很方便。
今天没时间了，明天还要出远门，就学到这里吧，用下面这个图作为结束，其实的形式显示了上面的那个蛋白质，不过还比较难看。
。
。
cartoon就是用
Byweilu
PyMOL用法（教程二）
基础Pymol命令
这里主要介绍一下Pymol的一些基本命令操作。
就像Linux一样，要想更好的操作Pymol，掌握一些常用的命令是必不可少的。
Pymol是区分大小写的，不过目前为止Pymol还是只用小写，所以记住，所有的命令都是使用小写字母的。
当你开始用Pymol来完成一个项目时，你也许想会让Pymol自动保存你所有输入过的命令，以方便日后你再次读取并修改。
这个可以通过创建一个log文件来达到，该文件的后缀名应为.pml，记住，Pymol像Linux一样支持Tab键命令补全：
log-Pymol>log_open
如果你想终止记录，只需要键入：
Pymol>log_close
好了，现在载入pdb文件（继续前用的pdb文件）：
Pymol>load2vlo.pdb
现在Pymol就创建了一个叫2vlo的对象，你可以在内部GUI窗口里面看见这个项目的名字。
但是你也可以自己定义该项目的名字（如test）：
Pymol>load2vlo.pdb,test
下面说说如何来操作你新建的对象。
首先：
representationPymol>show
representationPymol>hide
representation可以为：
cartoon,ribbon,dots,spheres,surface其中和mesh。
使用这2个命令可以让Pymol以不同的方式显示蛋白质结构。
例如当我们键入：
Pymol>hidelines
Pymol>showribbon
我们将得到如下结果：
那个一模一样的蛋白质分子，只是方向不同而已，也许你已经注意到结构中有2只显示当中的一个分子呢？
首先输入如下命令：
么如何让PymolPymol>labelall,chains
第一个分你会发现，这个命令的作用是让Pymol给蛋白质结构中的“链”编号，组成。
－J子由“链”A－E组成，第二个则由F去－J好了，如果我们想把一个蛋白质分子去掉，那么只要把“链”A－E或者F掉即可：
Pymol>hideribbon,chainf+g+h+i+j
上面的东东还可以这样完成：
Pymol>selecttest,chainf+g+h+i+j
Pymol>hideribbon,test
，然后在第二句命，并命名为test上面的第一句命令的作用是选择“链”F－J你可以在后面随一旦你选择并命名了某个目标，令中隐藏它。
这样做的好处是，时对它进行各种操作。
并且你在右边的控制面板里面也可以看到你选定的目标，并可以对其进行操作。
比如你可以：
Pymol>hideeverything,test
Pymol>showcartoon,test
这样你会得到：
它的就是选择并命名目标，Pymol的一个比较重要的东东，说到这里就提到了基本语法就是：
selection-name,selection-expressionPymol>select
组成，但是要避免已经下划线[_]，数字Z/z][0－9]其中名字可以由字母[A/a－使用：
!
@#$%^&*（）'[]{}\|~`<>?
/
如果你要删除你选定的目标或者整个对象，你可以：
selection-namePymol>delete
object-namePymol>delete
窗口GUI下面讲讲如何给对象以及目标改变颜色。
预定义的颜色名字可以在外部中找到：
Settings－Colors的color-namePymol>color
color-name,selection-expressionPymol>color
比如我们可以：
Pymol>colorred,ssh
Pymol>coloryellow,sss
Pymol>colorgreen,ssl+\
，sheet“s”代表BetaHelixsecondary其中“ss”代表structure，“h”代表，和所以其他结构。
Loopl+\代表变成黄色；sheetBeta把所有的变成红色；Helix句的作用分别是把所有的3这．
把所有的Loop以及其他部分变成绿色，于是我们得到：
pdb可以同时打开多个文件：
Pymolobject-name-1.pdbPymol>load
object-name-2.pdbPymol>load
/打开某个对象，可以这样：
如果你想暂时关闭object-name-1Pymol>disable
object-name-1Pymol>enable
但是命令去除最后一个选择的目标上出现的粉红色的小点，你也可以用disable该命令并不会使你选定的目标不可见。
selection-namePymol>disable
等等orientzoom，使用鼠标通常是改变图像视角的最方便的办法，不过命令如有时候使用起来也是很有用的，它们提供了另一种改变图像视角的办法。
放大选定目标：
selection-namePymol>zoom
定向选定目标，可以使选定目标最大的尺寸水平显示，次大的尺寸竖直显示：
：
selection-namePymol>orient
命令保存你目前的视角，注意，该命令只保存视角，并不保存view你也可以用你的对象显示方式：
key,actionPymol>view
或者store其中“key”是你随便给当前视角定的名字，“action”可以为：
：
recallrecall。
如果不加任何“action”，则默认为Pymol>viewv1,store
Pymol>viewv1,recall
Pymol>viewv1
说了这么多，最后说说如何保存文件吧。
Pymol有3个层面的保存方式，下面来分别说说。
1.使用log_open命令把你所有使用过的命令记录为一个文本文档：
script-Pymol>log_open
这样以后当你再次调用该文档时，Pymol将执行上面的所有命令：
script-Pymol>@不过注意，如果你想记录当前视角，则必须使用get_view命令。
你可以选择外部GUI窗口中的File－Append/Resume/CloseLog来分别暂停记录/恢复记录/停止记录该文档。
你可以随时编辑该文档。
在linux下，该文档的默认保存目录为当前用户的home目录。
2.如果你想下次打开Pymol时直接回到当前所在的状态，那么你可以选择外部GUI窗口里面的File－SaveSession，创建一个会话文件（.pse）。
该会话文件和上面提到的文档文件的区别在于，首先文档文件可以编辑，但会话文件不可以；记录文档文件前必须先运行log_open命令，而会话文件可以随时创建；最后文档文件以文档形式运行（@），而打开会话文件则必须选择外部GUI窗口中的File－Open。
什么时候需要创建会话文件呢？
比如当你在某时有多个选择时，你可以保存当前状态，然后一一尝试这些选择，不满意时只需要重新打开该会话文件即可。
也就是说创建会话文件起到了“undo”的作用，这正是Pymol所缺少的。
希望开发者能赶快加入该功能，那么这个会话文件好像就没什么大用了，呵呵。
3.如果你觉得当前显示窗口里面显示的结构图像已经满足你的要求了，你可以把它保存为图片。
在这之前你可以使用ray命令来优化你的图像，它可以使你的图像具有三维的反射及阴影特效：
Pymol>ray
your_path/image_namePymol>png
最后就用该命令导出的图片结束这次笔记吧。
命令的语法与目标选择的表达Pymol
命令的语法，的基本命令。
现在来具体说说Pymol上次介绍一些PymolPymol还有在选择操作目标应该如果表达。
个人觉得这部分内容对学习来说是至关重要的。
）keyword的命令都是由关键词（Pymol从上次讲的一些例子中不难看出，argument）组成，格式如下：
加上一些变量（argumentPymol>keyword
）当然是必须的，而变量则不是必须的，比如退其中关键词（keywordquit出命令就不需要附加变量：
Pymol>quit
当然更多的命令通常是需要加变量的，比如放大命令zoom，但是你会发现即使你不加任何变量该命令也可以被执行，这是因为Pymol的许多命令有一个默认变量，下面两个命令的作用是一样的，其中的目标选择all就是zoom的默认变量：
Pymol>zoom
Pymol>zoomall
还有些命令可以带多个参数，比如加色命令color，它的用法如下：
color-namePymol>color
color-name,selection-expressionPymol>color
第一个color虽然只带一个变量捜汯牯渭浡履，但其实它包含了第二个默认变量all，所以它的作用是把整个结构变成捜汯牯渭浡履的颜色。
第二个color带两个变量，和第一个的区别就是把默认的目标选择变量all变成了獜汥捥楴湯攭灸敲獳潩屮，也就是说只有被这个变量选中的部分才会被变成捜汯牯渭浡履定义的颜色。
要注意的是，如果一个命令带多个变量，则这些变量之间必须用逗号?
隔开。
通过这个例子，大家可以发现，有些变量本身是很简单的，比如捜汯牯渭浡履，就是一个颜色名字而已，没什么复杂的。
另一些则不一样，比如獜汥捥楴湯攭灸敲獳潩屮，它可以很简单，也可以非常的复杂。
这个东东，我称之为选择表达，对Pymol命令的使用非常重要，所以下面要详细的讲一下。
．
选择表达（selection-expression）表示的实际就是一些被选中的部分，它们可以是一些个原子，一些个Helix，一些个Betasheet，或者它们的混合物。
你可以给你的选择表达起个名字，以便可以多次使用它们。
名字可以由大小写字母，数字以及下划线[_]组成，但是因避免使用下列符号：
!
@#$%^&*（）'[]{}\|~`<>?
/
选择表达由所谓的獜汥捥潴屲加上楜敤瑮晩敩屲组成，其中獜汥捥潴屲定义了某类属性，而楜敤瑮晩敩屲则在该类属性下需要被选择的部分。
如下例：
Pymol>selecttest,namec+o+n+ca
其中湜浡履就是一个selector，它表示在pdb文件中描述的原子的名字；捜漫渫挫屡则是对应的楜摮湥楴楦牥，它表示我们要选择pdb文件中名字叫捜?
扣的原子（ca代表alphacarbon，cb代表beta
carbon）。
整个语句的作用就是选择上诉的原子并命名为瑜獥屴，这样我们可以在后面继续使用它。
下表列出了大多数的selector：
Selector简写Identifier及例子
chemical-symbol-list
e.周期表中的元素符号symbol
Pymol>selectpolar,symbolo+n
atom-name-list
n.pdb文件中的原子名字name
Pymol>selectcarbons,nameca+cb+cg+cd
residue-name-list
resn氨基酸的名字r.
Pymol>selectaas,resnasp+glu+asn+gln
resi
residue-identifier-list
i.
pd文件中基团的编
Pymol>selectmults10,resi1+10+100
residue-identifier-range
Pymol>selectnterm,resi1-10
alternate-conformation-identifier-list
alt一些单字母的列表，选择具种构型的氨基alt
Pymol>selectaltconf,alta+b
chain-identifier-list
c.一些单字母或数字的列chain
Pymol>selectfirstch,chaina
segment-identifier-list
segi
一些字母（最多４位）的列s.
Pymol>selectligand,segilig
flag-nummer
flag
f.一个整数（０－３１Pymol>selectf1,flag0
type-nummer
numeric_typent.一个整
Pymol>selecttype1,nt.5
type-string
tt.一些字母（最多４位）的列text_type
Pymol>selectsubset,tt.HA+HC
external-index-number
id一个整id
Pymol>selectidno,id23
internal-index-number
index
一个整idx.
Pymol>selectintid,index23
secondary-structure-type
ss
ss代表该类结构的单字Pymol>selectallstrs,ssh+s+l+\
下表是另一些Selector，有关比较的：
Selector简写Identifier及例子
comparison-operatorb-factor-value
一个实数，用来比较b
b
b-factor
Pymol>selectfuzzy,b>12
comparison-operatoroccupancy-value
一个实数，用来比较occupancy
q
q
Pymol>selectlowcharges,q>0.5
comparison-operatorformalcharge-value
formal_chargefc.一个整数，用来比formalcharge
Pymol>selectdoubles,fc.=-1
comparison-operatorpartialcharge-value
partial_chargepc.一个实数，用来比partialcharge
Pymol>selecthicharges,pc.>-1
另外有一些Selector是不需要Identifier的，它们被列在下表中：
Selector简写描述
所有当前被Pymol*
加载的原子all
none什么也不选none
h.Pymolhydro
加载的氢原子所有当前被hetatmhet所有从蛋白质数据库HETATM记录中加载的原子
visiblev.所有在被“可见”的显示的对象中的原子
presentpr.所有的具有定义坐标的原子
在Identifier中用到的原子以及氨基酸的命名规则可以在下面的网址中找到：
在选择表达中，selector还可以配合逻辑操作子（logicaloperator）使用，这样我们可以表达更加复杂的选择。
这些操作子被列于下表中：
Operator!
s1nots1s1&s2
s1ands2s1|s2s1ors2s1ins2s1ins2s1likes2s1l.s2
简写
效果与例子
选择原子但不包括
s1
中的
Pymol>selectsidechains,!
bb
选择既在Pymol>selectfar_bb,bb&farfrm_ten
选择原子）Pymol>selectall_prot,bb|sidechain
选择resn,chain,segi）Pymol>selectsame_atom,peptinprot
选择符合Pymol>selectsimilar_atom,peptlikeprot
s1s1s1s2
或者中的那些原子，其中的那些原子，其中对应的原子
s1
又在s2
中的原子（也就是包含全部的
s2
中的原子
全部符合
identifiers（name,resi,identifiers（name,resi）
s2
中对应的原子
s1
和
s2
选择那些原子，其vanderWaals半径至少和s1的van
s1gapXderWaals半径相差X
s1gapX
Pymol>selectfarfrm_ten,resi10gap5
选择以s1中任何原子为中心，X为半径，所包括的所有s1aroundXs1a.X原子
Pymol>selectnear_ten,resi10around5
选择以s1中任何原子为中心，X为半径，然后把s1扩s1expandXs1e.X展至该新的范围所包含的所有原子
Pymol>selectnear_ten_x,near10e
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