向GenBank批量上传序列的方法.docx

向GenBank批量上传序列的方法.docx

《向GenBank批量上传序列的方法.docx》由会员分享，可在线阅读，更多相关《向GenBank批量上传序列的方法.docx（15页珍藏版）》请在冰豆网上搜索。

向GenBank批量上传序列的方法

向GenBank批量上传序列的方法

Qin

1.利用DNAstar的editSeq制作待序列的FASTA文档：

待上传序列删减至合适长度后，将待上传序列全部打开

随后点击File-exportasone，保存文件格式为：

*.fas，将待上传序列全部归至一个FASTA文档。

注意序列命名：

2.在GenBank的SubmissionTools里，下载序列信息编辑软件Sequin。

网址：

http:

//www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/（下图中点击Instructions下载软件）

注意打开安装文件后，程序会自动安装在安装包所在的文件夹。

3.打开Sequin，点击StartNewSubmission。

4.随后选择序列发布日期，输入论文题目。

若之前保存有模板，可以点击下面的“Clickheretoimportatemplate”导入。

模板导出在下文的第五点提到。

5.联系人、作者信息、机构或者学校信息

建议导出模板，之后修改信息时可以直接导入模板而不需重新输入。

6.选择上传的序列类型。

7.导入之前准备好的FASTA文件：

导入之后，输入序列ID（序号ID相当于编号，可以自由命名，只要各个序列的ID不一致即可。

在这里以病人编号作为序列ID）：

导入序列成功后，显示各个序列信息如下：

点击SequencingMethod，将测序方法输入：

选择上传序列的用途：

病毒类型：

8.编辑每条序列的信息：

点击ImportSourceTable可以导入模板，点击ExportThisTable可以输出模板备用。

9.选择核酸类型，序列内容后，点击OpenRecordViewer。

10.添加每条序列的信息，包括编码区重复区RNA结构等等。

双击相关信息可进行修改，点击Annotate添加相关信息。

11.检查信息是否有误（也可以点击Search里的Validate检测是否有明显错误）：

有些错误是可以忽略的，如上传的序列为CDS序列，那么软件报错”序列无终止子”时可忽略。

随后，点击Done保存待上传序列：

注意此时保存的文件包含所有序列信息，因此只需保存一次即可。

12.将保存好的文件作为邮件附件，发送至：

gb-sub@ncbi.nlm.nih.gov

13.收到accessionnumber即表示上传成功。