MS疑难杂症.docx
《MS疑难杂症.docx》由会员分享，可在线阅读，更多相关《MS疑难杂症.docx（31页珍藏版）》请在冰豆网上搜索。
MS疑难杂症
MS计算XRD后怎样用origin把几个XRD图合并在一起
作者:
jelly62 （站内联系TA） 发布:
2012-03-22
我想用MS计算几个模型的XRD图，计算后怎么样把这些数据导出来用origin作图呢？
而且我想把这几个模型的图都合并在一个图中，用什么方法实现啊。
很多虫友给了我帮助，但是我的问题还是没有解决，下载了一个8.0的origin做出来的图和MS的图还是不一样，有部分不能显示出来。
下面第三幅图是MS计算出来的，第一、二两幅图是origin做出来的，都是后半部分没有显示出来。
origin6.1
origin8.0
MS
举报删除此信息
贺仪 （站内联系TA）
在ms里面直接复制，然后再origin里直接黏贴就行
xhzha （站内联系TA）
origin有合并图片的功能
jelly62 （站内联系TA）
2楼:
Originallypostedby贺仪at2012-03-2220:
41:
01:
在ms里面直接复制，然后再origin里直接黏贴就行
可是粘贴后在origin中做出来的图和MS中的图不一样哦
weiyongkai （站内联系TA）
很简单，上面有合并图形的图标！
贺仪 （站内联系TA）
4楼:
Originallypostedbyjelly62at2012-03-2220:
45:
44:
可是粘贴后在origin中做出来的图和MS中的图不一样哦
怎么不一样？
jelly62 （站内联系TA）
6楼:
Originallypostedby贺仪at2012-03-2220:
46:
43:
怎么不一样？
你看看这两幅图
jelly62 （站内联系TA）
6楼:
Originallypostedby贺仪at2012-03-2220:
46:
43:
怎么不一样？
后半部分没有了
lifeycc （站内联系TA）
在origin里面画好两个图，然后用edit-merge这个功能可以合并图
chikn （站内联系TA）
我也很想知道怎么搞，坐等答案，祝福楼主
lleo （站内联系TA）
plot里面有选项的选什么瀑布的那个就行了
贺仪 （站内联系TA）
7楼:
Originallypostedbyjelly62at2012-03-2220:
52:
22:
你看看这两幅图
7d/c6/1087580_1332420713_403.jpg
84/a7/1087580_1332420720_874.jpg
你是不是没有全选上呀？
jelly62 （站内联系TA）
12楼:
Originallypostedby贺仪at2012-03-2221:
56:
26:
你是不是没有全选上呀？
我确认全选上了，还是这样。
不知道为什么。
贺仪 （站内联系TA）
13楼:
Originallypostedbyjelly62at2012-03-2309:
51:
46:
我确认全选上了，还是这样。
不知道为什么。
这个可以不选直接复制，你试试看
jelly62 （站内联系TA）
14楼:
Originallypostedby贺仪at2012-03-2314:
28:
45:
这个可以不选直接复制，你试试看
是了，还是一样哦
贺仪 （站内联系TA）
15楼:
Originallypostedbyjelly62at2012-03-2315:
22:
29:
是了，还是一样哦
那你用origin是不是启用了speedmode？
关闭试试吧……
唯美的心 （站内联系TA）
我也想看看
【求助】MS遇到的问题
作者:
咖啡喝不醉 （站内联系TA） 发布:
2010-12-04
1.discover能量最小化不收敛是什么原因？
这样出来的结果可靠吗？
2.数据不稳定，是不是体系未趋于平衡呢？
怎么解决这个问题呢？
举报删除此信息
qphll （站内联系TA）
如果是有文献可以参照,那么尽量先采用文献值;如果是新的体系,那么很多参数都是需要测试的.
你的两个问题其实反映的是同一个本质:
体系还未平衡.
建议:
（1）首先做minimization,使得体系的overlap消除,这样MD开始的那个初始构型比较合理;
（2）跑足一定的步数,看能量是否收敛.这里的收敛并不是要求能量就不变化了,而是说能量在一个比较小的范围内周期震荡.
看你体系大小,但是一般来讲如果1~2ns以后,体系能量还是有很大的震荡,那么需要考虑你的参数的使用是不是合理.
其实我也是'空对空',以后提问记得上图.
一图胜千言.
咖啡喝不醉 （站内联系TA）
Originallypostedbyqphllat2010-12-0502:
47:
49:
如果是有文献可以参照,那么尽量先采用文献值;如果是新的体系,那么很多参数都是需要测试的.
你的两个问题其实反映的是同一个本质:
体系还未平衡.
建议:
（1）首先做minimization,使得体系的overlap消除...
此为其中的一个片段，
谢谢帮忙再分析一下！
043114076 （站内联系TA）
把结果再优化一下试试
咖啡喝不醉 （站内联系TA）
在做聚乙烯的能量最小化时，聚乙烯的结构是用build直接建成的。
可是无论能量最小化多少次，都显示不收敛。
这是为什么呢？
咖啡喝不醉 （站内联系TA）
Originallypostedby咖啡喝不醉at2010-12-0815:
30:
43:
此为其中的一个，我不知道是怎么回事，是否已经收敛。
谢谢帮忙再分析一下！
043114076 （站内联系TA）
虽然没有达到收敛标准，但可以认为结果有效。
不知道你是用来产生MD的初始构象还是仅仅想最小化，如果是前者已经完全达到标准了
咖啡喝不醉 （站内联系TA）
问题已解决，谢谢各位的帮忙！
如何将纳米粒子及聚合物组装起来
作者:
农岚沐 （站内联系TA） 发布:
2012-11-29
我想做添加纳米粒子的聚合物材料，目前设想的单胞很简单，就是在聚合物的中央添加一个半径为30埃的二氧化硅粒子，聚合物中央也已经相应挖空了。
请问如何将他们组装起来？
或者说我的这个思路就不对？
望高人指点！
粒子填充.jpg
举报删除此信息
jiaoyixiong （站内联系TA）
把两个都保存成PDB格式的文件
直接把其中的一个pdb里的内容复制粘贴到另一个pdb文件的后面，
用VMD打开，使用moveby命令，可以调节二者的相对位置。
当二者的位置调节好之后，再使用
writepdb命令，输出正确格式的PDB文件。
农岚沐 （站内联系TA）
2楼:
Originallypostedbyjiaoyixiongat2012-11-2923:
09:
33
把两个都保存成PDB格式的文件
直接把其中的一个pdb里的内容复制粘贴到另一个pdb文件的后面，
用VMD打开，使用moveby命令，可以调节二者的相对位置。
当二者的位置调节好之后，再使用
writepdb命令，输出正确...
得安装VMD吧？
那太不方便了啊。
农岚沐 （站内联系TA）
我发现用AC来建模的时候，CPU总是只有一个核在转。
我的笔记本是双核的，WIN732位，连着网，最多占用50%。
另外有一台WIN764位的，I7处理器，8核，最多占用13%，就是八分之一。
但是如果我在笔记本上运行Forcite的话，就可以在JobControl里设置双核一起跑，而且接近百分百。
请问各位高人，怎么让AC模块也能百分百跑起来？
农岚沐 （站内联系TA）
我试过直接将1个纳米粒子及80条聚合物单链进行封装，但是都是运行了一段时间之后出现failure，只能得到一个密度严重偏低的大盒子，边长大了接近四倍。
也找不出问题到底出在哪里。
望指点迷津！
jolly1987 （站内联系TA）
4楼:
Originallypostedby农岚沐at2012-11-3008:
45:
33
我发现用AC来建模的时候，CPU总是只有一个核在转。
我的笔记本是双核的，WIN732位，连着网，最多占用50%。
另外有一台WIN764位的，I7处理器，8核，最多占用13%，就是八分之一。
但是如果我在笔记本上运行Forcite的话...
你的MS版本是多少？
AC好像是基于Discover的动力学模块，你试着在Discover/setup里调整JobControl试试
jolly1987 （站内联系TA）
直接将二氧化硅粒子复制，粘贴到右边聚合物晶格里，调整二氧化硅的位置到你挖的空里应该就可以了，然后运行一下结构优化
jolly1987 （站内联系TA）
5楼:
Originallypostedby农岚沐at2012-11-3010:
10:
19
我试过直接将1个纳米粒子及80条聚合物单链进行封装，但是都是运行了一段时间之后出现failure，只能得到一个密度严重偏低的大盒子，边长大了接近四倍。
也找不出问题到底出在哪里。
望指点迷津！
有运行前后的图吗？
用的什么系宗？
农岚沐 （站内联系TA）
8楼:
Originallypostedbyjolly1987at2012-11-3010:
46:
26
有运行前后的图吗？
用的什么系宗？
...
AC里面好像还没涉及到系综的选择吧？
请细细指教。
当前的大盒子，边长472，如果封装完成的话，应该只有90.48，
粒子.jpg
农岚沐 （站内联系TA）
7楼:
Originallypostedbyjolly1987at2012-11-3010:
45:
02
直接将二氧化硅粒子复制，粘贴到右边聚合物晶格里，调整二氧化硅的位置到你挖的空里应该就可以了，然后运行一下结构优化
我试了，可以放进去。
只是还有个很严肃的问题：
我怎么保证我的粒子跟挖出的空心重合在一起？
如果只靠鼠标拖动的话，就算真的做到了，也不能让人信服啊。
coco207 （站内联系TA）
5楼:
Originallypostedby农岚沐at2012-11-3010:
10:
19
我试过直接将1个纳米粒子及80条聚合物单链进行封装，但是都是运行了一段时间之后出现failure，只能得到一个密度严重偏低的大盒子，边长大了接近四倍。
也找不出问题到底出在哪里。
望指点迷津！
你好，我想问一下，我建立聚合物和填料的时候，Add添加为什么只能添加上聚合物，但是纳米填料选不出来呢
coco207 （站内联系TA）
5楼:
Originallypostedby农岚沐at2012-11-3010:
10:
19
我试过直接将1个纳米粒子及80条聚合物单链进行封装，但是都是运行了一段时间之后出现failure，只能得到一个密度严重偏低的大盒子，边长大了接近四倍。
也找不出问题到底出在哪里。
望指点迷津！
建立聚合物和填料的时候，Add添加为什么只能添加上聚合物，但是填料选不出来呢求指点
农岚沐 （站内联系TA）
12楼:
Originallypostedbycoco207at2012-11-3016:
08:
21
建立聚合物和填料的时候，Add添加为什么只能添加上聚合物，但是填料选不出来呢求指点...
我只知道如果是周期性结构的话，在AC是不能添加进去的。
你看看它弹出的提示，也许可以判断出原因。
coco207 （站内联系TA）
13楼:
Originallypostedby农岚沐at2012-11-3016:
30:
29
我只知道如果是周期性结构的话，在AC是不能添加进去的。
你看看它弹出的提示，也许可以判断出原因。
...
没有提示。
如果单独放一个填料构建无定性盒子，就能选上。
但是计算的时候会出现错误，显示AmorphousCellConstructfailedbecausetheconstituentmoleculescontainatomswithunknownforcefieldatomtypes.
jolly1987 （站内联系TA）
10楼:
Originallypostedby农岚沐at2012-11-3011:
44:
25
我试了，可以放进去。
只是还有个很严肃的问题：
我怎么保证我的粒子跟挖出的空心重合在一起？
如果只靠鼠标拖动的话，就算真的做到了，也不能让人信服啊。
...
你的粒子会一直固定在一个地方吗？
如果不是的话，个人觉得可以人为拖动到那个位置，然后运行结构优化，使整个体系合理。
jolly1987 （站内联系TA）
9楼:
Originallypostedby农岚沐at2012-11-3011:
09:
16
AC里面好像还没涉及到系综的选择吧？
请细细指教。
当前的大盒子，边长472，如果封装完成的话，应该只有90.48，
粒子.jpg
...
你是在construction时就失败了，是吗？
那没有涉及系宗，到Dynamic才有。
排除纳米粒子直接封装聚合物链也会失败吗？
如果这个能够成功，那先建这个，然后再将纳米粒子复制进去，结果优化应该也可以吧。
农岚沐 （站内联系TA）
16楼:
Originallypostedbyjolly1987at2012-12-0409:
04:
28
你是在construction时就失败了，是吗？
那没有涉及系宗，到Dynamic才有。
排除纳米粒子直接封装聚合物链也会失败吗？
如果这个能够成功，那先建这个，然后再将纳米粒子复制进去，结果优化应该也可以吧。
...
只是封装聚合物的话是没有问题的。
封装好聚合物之后怎么把粒子复制进去？
应把粒子拖拉进聚合物里的话，粒子和聚合物不就重合在一起了吗？
jolly1987 （站内联系TA）
17楼:
Originallypostedby农岚沐at2012-12-0410:
02:
43
只是封装聚合物的话是没有问题的。
封装好聚合物之后怎么把粒子复制进去？
应把粒子拖拉进聚合物里的话，粒子和聚合物不就重合在一起了吗？
...
我不大了解你们的聚合物材料具体是什么样子的，粒子有多大，完全没有空隙给它吗？
不过，不管建好的模型什么样，分子有没有重合，很少有模型一建好就是完美的状态，你试着先结构优化一下，看看能不能调整好。
首页 | SCI期刊点评 | 中文期刊点评 | 搜索 | 论文范文 | 小木虫论坛
首页 >> 分子模拟 >>查看话题
窗体顶端
窗体底端
【原创】MCM-41的MaterialStudio建模
作者:
zyj8119 （站内联系TA） 发布:
2010-09-15
MS里面自带了很多分子筛，但是假如需要得到像MCM-41这样的,MS里面没有的分子筛该怎么办？
那就得自己建了，以下是主要步骤。
1. File->Import->Materialstudio4.3/share/structures/glasses/SiO2_21A.3d.msi。
2. Build->Symmetry->Supercell->输入A,B,C数值（比如说3*7*2）->按“Createsupercell”。
3. Edit->AtomSelection->Selectbyproperty,然后在下拉菜单中选择“RadialDistance”->Within->10A（挖孔的半径，可以根据不同实验的文献有所变动）->Relativeto->location->输入坐标（如21.42,21.42,0）。
Selectionmode选择第一个->select->右键delete（每次在z方向推进2A，这样在慢慢推进后就会挖出一个圆孔）。
然后根据MCM-41的六方结构，通过几何规则确定其他的圆心，按照以上方法挖出孔道。
4. 点击“AdjustHydrogen”（H）为挖空后的Si补齐电荷。
5. Edit->AtomSelection->Selectbyproperty下拉菜单中选择Element->选择Si->Selectionmode下选择第一个->点击Select->Selectbyproperty下拉菜单中选择connected->Selectionmode下选择第一个->点击Select->Selectbyproperty下拉菜单中选择element->选择H->Selectionmode下选择第二个->点击Select->Modify->Modifyelement->oxygen->点击“AdjustHydrogen”。
6. Edit->Findpatterns找出孔壁上连有3个-OH的Si,将该结构删除，再补足H原子，完成后的MCM-41结构如图1所示，还需要赋予量化计算所得的电荷，然后进行分子动力学优化才能使用Sorption模块或者其他的GCMC软件进行GCMC模拟。
MCM-41的MaterialStudio建模以及GCMC,MD模拟
zyj8119
E-mail:
Departmentofchemistryandmolecularengineering,Eastchinauniversityoftechnology
1.建模过程
MS里面自带了很多微孔分子筛,但是假如需要得到像MCM-41这样的介孔分子筛,MS里面没有的分子筛该怎么办?
那就得自己建了,以下是主要步骤?
1.File->Import->Materialstudio4.3/share/structures/glasses/SiO2-21A.3d.msi?
2.Build->Symmetry->Supercell->输入A,B,C数值（比如说3*7*2）->按“Createsupercell”?
3.Edit->AtomSelection->Selectbyproperty,然后在下拉菜单中选择“RadialDistance”->Within->10A（挖孔的半径,可以根据不同实验的文献有所变动）->Relativeto->location->输入坐标（如21.42,21.42,0）?
Selectionmode选择第一个->select->右键delete（每次在z方向推进2?
这样在慢慢推进后就会挖出一个圆孔）?
无定形SiO2的单胞的边长是一定的,那么此时3*7*2的超晶胞的各个边的边长也是确定的?
超晶胞的边长分别为64.18458?
149.76402?
42.78972?
?
此时按照几何关系,可以计算出每个孔道的圆心位置,中间圆心开始的位置分别是:
（32.09229,18.7205025,0）、（32.09229,56.1615075,0）、（32.09229,93.6025125,0）、（32.09229,131.0435175,0）?
左边上半圆以及四分之一圆孔开始的圆心位置为（0,0,0）、（0,37.44105,0）（0,74.88201,0）、（0,112.323015,0）、（0,149.76402,0）?
右边的半圆和四分之一圆孔的开始圆心位置也可以按照此种方法写出?
4.点击“AdjustHydrogen”（H）为挖空后的Si补齐电荷?
5.Edit->AtomSelection->Selectbyproperty下拉菜单中选择Element->选择Si->Selectionmode下选择第一个->点击Select->Selectbyproperty下拉菜单中选择connected->Selectionmode下选择第一个->点击Select->Selectbyproperty下拉菜单中选择element->选择H->Selectionmode下选择第二个->点击Select->Modify->Modifyelement->oxygen->点击“AdjustHydrogen”,要做这一步的原因是Si不能直接连着H,只能连着O?
6.Edit->Findpatterns找出孔壁上连有3个-OH的Si,将该结构删除,再补足H原子,完成后的MCM-41结构如图1所示?
图1 MCM-41的四孔模型
2.使用Dmol3模块量化计算簇模型的ESP电荷
得到了MCM-41的结构,下一步就要进行量化计算电荷,才能进行GCMC和MD模拟。
怎么计算电荷呢?
这就需要在MCM-41中切取簇模型才行,要切取簇模型的话,就需要破坏骨架,Build->symmetry->non-periodicstructure,然后你就可以随意的删除原子了，得到你所期望的簇模型了?
从基本道理上来说,簇模型是随机选择的,但是为了计算的准确性,最好切取多个簇模型,然后计算各自簇模型中不同原子的电荷,再次求各簇模型的特定原子的电荷平均?
因此可以切取如图2所示的那样的簇模型,然后使用Dmol3模块计算电荷?
图2 MCM-41中所切取的簇模型
对于某个特定的簇模型，Dmol3中有三种电荷表示方式,在接下来的MC和MD计算中,ESP电荷描述方式是最好的，因此在开始计算的时候，一定要勾选Module->Dmol3->Calculation->Properties->Populationanalysis（前面打勾）->ESPcharges（前面打勾），其他的设置按照文献来，然后点击“run”按钮，开始量化计算?
计算结束后，在Dmol3的结果文件（左边Project中扩展名为.outmol的文件）中找到ESP电荷,使用Excel文件分列和排序,求解不同原子的电荷数值平均,然后再把不同簇模型所得到的某个特定原子的平均电荷再次求平均，这个平均电荷将要进行下一步的GCMC计算?
3.使用Sorption模块进行GCMC模拟
现在的电荷也计算好了,模型也搭好了,可以进行进一步的GCMC计算了,使用的是MS中的Sorption模块?
在MCM-41的四孔模型中,点击某种原子,按住Alt键,鼠标双击,在Propertiesexplorer里面找到charge那一项,输入刚才量化计算得到的那个原子的电荷?
每个原子的电荷赋予过程都是一样的,然后就得到了一个真实的带电体系,但是此时由于簇模型和整体模型的电荷差异,也许此时整体模型有少许的电荷过剩,在Modify->charges里面关注整体四孔模型的带电剩余,把此电荷剩余除以四孔模型整体的原子数量（这个在properties->Filter->Symmetrysystem里面可以看到）,得到一个数值,然后把四孔模型中每个种类的原子电荷加上或者减去这个数值,四孔模型的电荷就平衡了?
然后就是按照文献,建立好吸附质的电荷模型,进行GCMC模拟。
此时截断半径、力场等等都要设置好，务必记住截断半径必须小于模拟骨架最短长度的一半?
4.使用Discover模块或者Forcite模块进行MD模拟
GCMC计算会得到很多的lowenergysnapshots,进行MD计算的时候,可以选用Discover模块,也可以选用Forcite模块,由于lowenergysnapshots一般都是低能构型,因此进行MD计
升级会员 