生物信息学 实验核酸序列分析.docx

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生物信息学实验核酸序列分析

核酸序列分析

【实验目的】

1、掌握核酸序列检索的基本步骤；

2、熟悉基于核酸序列比对分析的真核基因结构分析（内含子/外显子分析）；

3、掌握使用DNAclub软件进行核酸序列的基本分析；

【实验内容】

1、使用Entrez信息查询系统检索人瘦素（leptin）的mRNA、基因组DNA、外显子等核酸序列，连接提取该序列内容，阅读序列格式的解释，理解其含义；

2、使用DNAclub对上述核酸序列进行分析’

3、使用DNAclub软件对人瘦素（leptin）的mRNA序列进行可读框架分析；

4、使用NCBI查询系统进行人瘦素（leptin）的基因组序列分析

【实验方法】

1、调用Internet浏览器，并在其地址栏输入Entrez网址：

http:

//www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez；

2、在Search后的选择栏中选择nucleotide；

3、在输入栏输入homosapiensleptin;

4、点击go后显示与LEP相关的序列信息，

5、查找人leptin的mRNA或基因，点击序列接受号后显示序列详细信息；

6、将序列转为FASTA格式保存

7、将上述核酸序列输入DNAClub软件进行序列基本分析（反向或互补序列转换，开放阅读框寻找，序列翻译，酶切位点查找）；

8、根据基因定位信息查找人瘦素的基因组DNA（Contig）的序列接受号及序列识别号，点击序列接受号显示序列详细信息；

9、分析人瘦素（leptin）的基因组序列；查找外显子与内含子序列。

【作业】

1、归纳对人瘦素（leptin）的核酸序列分析的结果，列出主要的分析结果；

2、写出人leptinmRNA序列酶切位点3个。

ORIGIN

1gtaggaatcgcagcgccagcggttgcaaggtaaggccccggcgcgctccttcctccttct

61ctgctggtctttcttggcaggccacagggccccacacaactctggatcccggggaaactg

121agtcaggagggatgcagggcggatggcttagttctggactatgatagctttgtaccgagt

......

10681ctccttgcagtgtgtggttccttctgttttcaggcccaagaagcccatcctgggaaggaa

10741aatgcattggggaaccctgtgcggattcttgtggctttggccctatcttttctatgtcca

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10861caggatcaatgacatttcacacacggtaaggagagtatgcggggacaaagtagaactgca

10921gccagcccagcactggctcctagtggcactggacccagatagtccaagaaacatttattg

......

13021aggcagcccagagaatgaccctccatgcccacggggaaggcagagggctctgagagcgat

13081tcctcccacatgctgagcacttgttctccctcttcctcctgcatagcagtcagtctcctc

13141caaacagaaagtcaccggtttggacttcattcctgggctccaccccatcctgaccttatc

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13261cgtgatccaaatatccaacgacctggagaacctccgggatcttcttcacgtgctggcctt

13321ctctaagagctgccacttgccctgggccagtggcctggagaccttggacagcctgggggg

13381tgtcctggaagcttcaggctactccacagaggtggtggccctgagcaggctgcaggggtc

13441tctgcaggacatgctgtggcagctggacctcagccctgggtgctgaggccttgaaggtca

13501ctcttcctgcaaggactacgttaagggaaggaactctggcttccaggtatctccaggatt

......

16081cactagatggcgagcatcctggccaacatggtgaaaccccgtctctactaaaaacacaaa

16141agttagctgagcgtggtggcgggcgcctgtagtcccagccactcgggaggctgagacagg

16201agaatcgcttaaacctgggaggcggagagtacagtgagccaagatcgcgccactgcactc

16261cggcctgatgacagagcgagattccgtcttaaaaaaaaaaaaaaaaaagtttgtttttaa

16321aaaaatctaaataaaataactttgccccctgc

在genbank查询到有关leptin基因的资料，阅读资料回答以下问题：

在genbank的登录号是哪个？

属于leptin的哪一种分子类型？

来源于什么物种？

该基因在染色体上的定位情况？

Leptin基因有几个外显子，几个内含子？

哪一段是ORF区域，其编码的蛋白质检索号是哪个，编码的蛋白质包含多少氨基酸，信号肽、成熟肽序列分别为哪一段，

LOCUSNM_0002303444bpmRNAlinearPRI13-DEC-2009

DEFINITIONHomosapiensleptin（LEP）,mRNA.

SOURCEHomosapiens（human）

source1..3444

/organism="Homosapiens"

/mol_type="mRNA"

/chromosome="7"

/map="7q31.3"

gene1..3444

/gene="LEP"

/db_xref="GeneID:

3952"

exon1..29

/number=1

exon30..201

/number=2

CDS58..561

/product="leptinprecursor"

/protein_id="NP_000221.1"

sig_peptide58..120

mat_peptide121..558

exon202..3427

/number=3

LOCUSNC_00000716352bpDNAlinearCON10-JUN-2009

DEFINITIONHomosapienschromosome7,GRCh37primaryreferenceassembly.

ACCESSIONNC_000007REGION:

127881331..127897682GPC_000000031

SOURCEHomosapiens（human）

FEATURESLocation/Qualifiers

source1..16352

/organism="Homosapiens"

/mol_type="genomicDNA"

/db_xref="taxon:

9606"

/chromosome="7"

gene1..16352

/gene="LEP"

/note="Derivedbyautomatedcomputationalanalysisusing

genepredictionmethod:

BestRefseq."

/db_xref="GeneID:

3952"

mRNAjoin（1..29,10714..10885,13127..16352）

/product="leptin"

/note="Derivedbyautomatedcomputationalanalysisusing

genepredictionmethod:

BestRefseq."

/transcript_id="NM_000230.2"

/db_xref="GeneID:

3952"

CDSjoin（10742..10885,13127..13486）

/note="Derivedbyautomatedcomputationalanalysisusing

genepredictionmethod:

BestRefseq."

/codon_start=1

/product="leptinprecursor"

/protein_id="NP_000221.1"

/db_xref="GeneID:

3952"