pymol做图简单教程.docx
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pymol做图简单教程
1.将对接好的ligand和蛋白merge(好像每次只能用一个ligand和一个蛋白,否则pymol里会把几个ligand当作一个
2.Merge后exportstructure,存成pdb格式
3.在pymol中打开.pdb
4.在里面找出ligand,点sele的A(action)/rename
Rename这个ligand,这里命名为lig
5.选all,H(hide)everthing
6.选lig,S(show)sticks
7.2j50(就是那个蛋白)S/cartoon
8.在后面的color调整颜色,这里ligand选byelement
2j50选white
9.下面显示氢键,点击2j50的Action,选择find/polarcontacks/tootheratomsinobject,氢键就出来了
10.然后再找氢键作用的残基,可以在上面直接点选,但最好找出氨基酸代码来选取(因为这里面点不准)
Rename它们,以便以后好找,这里rename为res,show它们为line,color为byelement
11.再选display,将background改成white
12.然后分别点选这几个res(因为颜色不同,所以很容易找出来),右键label/residues
13.label出来后,还可以调整它们的位置,点一下左图viewing,就变成了右图的editing,这时就可以按住ctrl键拖动label的位置了
12.大体已经完成了,再进行一些修饰
Setting/transparency/cartoon/50%蛋白的透明度
Setting/label/size18调节字体的大小
Setting/editall
cartoon的颜色改回白色(在filter里输cartoon可以快点找出来,改完后按回车)
//或者输入命令Pymol>setcartoon_colorwhite
在改氢键的线型,在dashgaplengthwidth进行调整把虚线改好看点
Stick也可以改细点
13.电子密度
1)首先,登陆搜索你的蛋白
2)downloadmaps
3)选ccp4格式,generatemap
4)下载后解压,重命名为*.map.ccp4
5)在pymol里打开,在打开的.map,action/mesh,color/blue
6)选中lig,在PyMOL输入isomeshmap,2j50.map,2.0,sele,carve=1.6
7)这样就从原来的map里iso出lig周围的蛋白的电子密度,把2j50.map_mesh关了就可以看见了
然后再调整它的粗细
电子密度周围的线好像有些奇怪,可能设置里哪个地方还没调好吧.
另外,ray1900,980就能生成1900*980分辨率的图片,然后imageas输出.png