基因与蛋白质组数据分析报告.docx

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基因与蛋白质组数据分析报告

基因与蛋白质组学数据分析

实习1作业（生物序列的相似性搜索）

1.使用entrez获取登录号为P26374的蛋白序列，然后通过blastp，搜索nr库中最相似的10个序列（只显示10个最相似的序列）。

Sequencesproducingsignificantalignments:

（Bits）Value

ref|NP_001812.2|choroideremia-likeRabescortprotein2[Hom...13660.0

emb|CAA45979.1|hCHML[Homosapiens]13610.0

ref|XP_514301.1|PREDICTED:

choroideremia-likeRabescortpro..13560.0

ref|XP_537217.1|PREDICTED:

similartoRabproteinsgeranylge..11420.0

ref|XP_001491397.1|PREDICTED:

similartochoroideremia-like...11220.0

ref|XP_863080.1|PREDICTED:

similartoRabproteinsgeranylge...11140.0

ref|XP_610836.1|PREDICTED:

similartochoroideremia-likepro...10980.0

ref|XP_863055.1|PREDICTED:

similartoRabproteinsgeranylge...10950.0

sp|Q9QZD5.2|RAE2_MOUSERabproteinsgeranylgeranyltransferase...10350.0

ref|NP_067325.2|choroideremia-like[Musmusculus]>gb|AAO157...10320.0

即为：

NP_001812.2CAA45979.1XP_514301.1XP_002809299.1XP_537217.1EFB22118.1XP_002717383.1XP_001491397.1XP_863080.1XP_610836.1

2.获取M25113序列，blastp搜索SwissProt库中的相似序列。

P68871.2P02024.2P02025.1P19885.2P02032.1P02028.1Q6WN22.3P68222.2P68232.2Q6WN28.3

3.获取P03958序列，进行psi-blast搜索，看看结果和blastp搜索有什么不同。

Gn.ExTypeS.Begin...End.LenFrPhI/AcDo/TCodRgP....Tscr..

1.01Init+3036633612184606600.98760.06

1.02Intr+2447261516901115953320.99936.12

1.03Intr+3821398616621106803870.99940.18

1.04Intr+410343422401070514330.52536.08

1.05Term+5176528611100113471590.98313.16

1.06PlyA+5650565561.05

2.03PlyA-597259676-1.75

2.02Term-6149606486029628340.466-3.69

2.01Init-65306473582174102740.5478.82

实习2作业（基因组数据注释和功能分析）

实习3作业（核苷酸序列分析）

果：

实习4作业（蛋白质结构与功能预测）