基因与蛋白质组数据分析报告.docx

1、基因与蛋白质组数据分析报告基因与蛋白质组学数据分析实习1作业（生物序列的相似性搜索）1. 使用entrez获取登录号为P26374的蛋白序列，然后通过blastp，搜索nr库中最相似的10个序列(只显示10个最相似的序列)。Sequences producing significant alignments: (Bits) Valueref|NP_001812.2| choroideremia-like Rab escort protein 2 Hom. 1366 0.0 emb|CAA45979.1| hCHML Homo sapiens 1361 0.0 ref|XP_514301.1|

2、PREDICTED: choroideremia-like Rab escort pro. 1356 0.0 ref|XP_537217.1| PREDICTED: similar to Rab proteins geranylge. 1142 0.0 ref|XP_001491397.1| PREDICTED: similar to choroideremia-like . 1122 0.0 ref|XP_863080.1| PREDICTED: similar to Rab proteins geranylge. 1114 0.0 ref|XP_610836.1| PREDICTED: s

3、imilar to choroideremia-like pro. 1098 0.0 ref|XP_863055.1| PREDICTED: similar to Rab proteins geranylge. 1095 0.0 sp|Q9QZD5.2|RAE2_MOUSE Rab proteins geranylgeranyltransferase. 1035 0.0 ref|NP_067325.2| choroideremia-like Mus musculus gb|AAO157. 1032 0.0 即为：NP_001812.2 CAA45979.1 XP_514301.1 XP_002

4、809299.1 XP_537217.1 EFB22118.1 XP_002717383.1 XP_001491397.1 XP_863080.1 XP_610836.12. 获取M25113序列，blastp搜索SwissProt 库中的相似序列。P68871.2 P02024.2 P02025.1 P19885.2 P02032.1 P02028.1 Q6WN22.3 P68222.2 P68232.2 Q6WN28.33. 获取P03958序列，进行psi-blast搜索，看看结果和blastp搜索有什么不同。Gn.Ex Type S .Begin .End .Len Fr Ph I/A

5、c Do/T CodRg P. Tscr.1.01 Init + 303 663 361 2 1 84 60 660 0.987 60.06 1.02 Intr + 2447 2615 169 0 1 115 95 332 0.999 36.12 1.03 Intr + 3821 3986 166 2 1 106 80 387 0.999 40.18 1.04 Intr + 4103 4342 240 1 0 70 51 433 0.525 36.08 1.05 Term + 5176 5286 111 0 0 113 47 159 0.983 13.16 1.06 PlyA + 5650 5655 6 1.05 2.03 PlyA - 5972 5967 6 -1.75 2.02 Term - 6149 6064 86 0 2 96 28 34 0.466 -3.69 2.01 Init - 6530 6473 58 2 1 74 102 74 0.547 8.82实习2 作业（基因组数据注释和功能分析） 实习3作业(核苷酸序列分析)果：实习4作业（蛋白质结构与功能预测）