CIF文件详解.docx

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CIF文件详解

CIF文件详解

（2010-06-2600:

03:

55）

转载

标签：

杂谈

分类：

晶体解析

data_NJU

_audit_creation_method      SHELXL-97  产生CIF的程序名称

_chemical_name_systematic                化合物的系统命名

;

 ?

;

_chemical_name_common         ?

      化合物的俗名

_chemical_melting_point          ?

      化合物的熔点

_chemical_formula_moiety         

 'C15H13N3O'                         化合物的化学式

_chemical_formula_sum

 'C15H13N3O'

_chemical_formula_weight         251.28  化合物的化学式量

loop_

 _atom_type_symbol                      构成化合物的原子散射因子来源

 _atom_type_description

 _atom_type_scat_dispersion_real

 _atom_type_scat_dispersion_imag

 _atom_type_scat_source

 'C' 'C'  0.0033  0.0000

 'InternationalTablesVolCTables4.2.6.8and6.1.1.4'

 'H' 'H'  0.0000  0.0000

 'InternationalTablesVolCTables4.2.6.8and6.1.1.4'

 'N' 'N'  0.0061  0.0000

 'InternationalTablesVolCTables4.2.6.8and6.1.1.4'

 'O' 'O'  0.0106  0.0000

 'InternationalTablesVolCTables4.2.6.8and6.1.1.4'

_symmetry_cell_setting          'Triclinic'       晶系名称

_symmetry_space_group_name_H-M  'Pc  '      空间群名称

loop_

 _symmetry_equiv_pos_as_xyz                   

 'x,y,z'

 'x,-y,z+1/2'                                  晶胞中等效坐标

_cell_length_a                   12.608（8）     晶胞参数

_cell_length_b                   11.023（7）

_cell_length_c                   10.044（7）

_cell_angle_alpha                90.00

_cell_angle_beta                 105.94（3）

_cell_angle_gamma                90.00

_cell_volume                     1342.2（15）

_cell_formula_units_Z            4

_cell_measurement_temperature    291

（2）  测量晶胞时的温度

_cell_measurement_reflns_used    940    用于确定晶胞的衍射点数    

_cell_measurement_theta_min      2.50   用于确定晶胞的衍射点的最小θ值 

_cell_measurement_theta_max      20.48  用于确定晶胞的衍射点的最大θ值 

_exptl_crystal_description       block    被测单晶的外观形状

_exptl_crystal_colour           colourless被测单晶的外观颜色

_exptl_crystal_size_max          0.30   被测单晶的外观尺寸

_exptl_crystal_size_mid          0.26

_exptl_crystal_size_min          0.24

_exptl_crystal_density_meas      ?

        被测单晶的测量密度

_exptl_crystal_density_diffrn    1.244      被测单晶的计算密度

_exptl_crystal_density_method    'notmeasured'测量单晶密度方法

_exptl_crystal_F_000             528       单胞中电子数

_exptl_absorpt_coefficient_mu    0.081       单胞的线性吸收系数

_exptl_absorpt_correction_type   'multi-scan'   吸收校正方法）

_exptl_absorpt_correction_T_min  0.98        最小透过率

_exptl_absorpt_correction_T_max  0.98        最大透过率

_exptl_absorpt_process_details   'SADABS;Bruker,2000' 吸收校正所用方法及其文献

_exptl_special_details;

 ?

                  （实验细节描述）

;

_diffrn_ambient_temperature      291

（2）   衍射实验时温度

_diffrn_radiation_wavelength     0.71073   衍射线波长λ

_diffrn_radiation_type          'MoK\a'    衍射光源

_diffrn_radiation_source        'sealedtube' X-光管类型

_diffrn_radiation_monochromator 'graphite'   单色器类型

_diffrn_measurement_device_type 'BrukerSmartApexCCDareadetector'衍射仪型号

_diffrn_measurement_method      'phiandomegascans'收集衍射数据的方式

_diffrn_detector_area_resol_mean ?

_diffrn_standards_number         ?

设置标准衍射点数

_diffrn_standards_interval_count ?

  标准衍射测量衍射点间隔

_diffrn_standards_interval_time  ?

  标准衍射测量时间间隔

_diffrn_standards_decay_%        ?

测量过程中是否有衰减

_diffrn_reflns_number            11645总衍射点数

_diffrn_reflns_av_R_equivalents  0.0437等效点平均标准误差

_diffrn_reflns_av_sigmaI/netI    0.0321平均背景强度与平均衍射强度之比

_diffrn_reflns_limit_h_min       -16 衍射指标范围

_diffrn_reflns_limit_h_max       16

_diffrn_reflns_limit_k_min       -13

_diffrn_reflns_limit_k_max       14

_diffrn_reflns_limit_l_min       -13

_diffrn_reflns_limit_l_max       12

_diffrn_reflns_theta_min         1.68  结构精修时最小θ角

_diffrn_reflns_theta_max    27.74 结构精修时最大θ角

_reflns_number_total       3110 独立衍射点数

_reflns_number_gt         2784 独立衍射点中强度大于2σ的衍射点数

_reflns_threshold_expression     >2sigma（I）

_computing_data_collection     'SMART（Bruker,2000）'收集衍射数据所用程序

_computing_cell_refinement     'SMART' 精修晶胞参数所用程序

_computing_data_reduction      'SAINT（Bruker,2000）'衍射数据还原所用程序

_computing_structure_solution  'SHELXTL（Bruker,2000）'解析粗结构所用程序

_computing_structure_refinement'SHELXTL'  结构精修所用程序

_computing_molecular_graphics  'SHELXTL'发表论文作图所用程序

_computing_publication_material'SHELXTL'  发表论文制作数据表格所用程序

_refine_special_details结构精修过程中一些细节的说明

;

 RefinementofF^2^againstALLreflections. TheweightedR-factorwRand

 goodnessoffitSarebasedonF^2^,conventionalR-factorsRarebased

 onF,withFsettozerofornegativeF^2^.Thethresholdexpressionof

 F^2^>2sigma（F^2^）isusedonlyforcalculatingR-factors（gt）etc.andis

 notrelevanttothechoiceofreflectionsforrefinement. R-factorsbased

 onF^2^arestatisticallyabouttwiceaslargeasthosebasedonF,andR-

 factorsbasedonALLdatawillbeevenlarger.

;

_refine_ls_structure_factor_coef Fsqd  基于F2的结构精修

_refine_ls_matrix_type           full 精修矩阵类型

_refine_ls_weighting_scheme      calc 权重方案

_refine_ls_weighting_details   权重方案表达式

 'calcw=1/[\s^2^（Fo^2^）+（0.05P）^2^+0.88P]whereP=（Fo^2^+2Fc^2^）/3'

_atom_sites_solution_primary     direct 解析粗结构的方法

_atom_sites_solution_secondary   difmap进一步解析结构的方法

_atom_sites_solution_hydrogens   geom获得氢原子的方法

_refine_ls_hydrogen_treatment    mixed结构精修中氢原子的处理方法

_refine_ls_extinction_method     none 消光校正方案

_refine_ls_extinction_coef       ?

     消光校正系数

_refine_ls_abs_structure_details    处理绝对构型方法和参考文献

 'FlackHD（1983）,ActaCryst.A39,876-881'

_refine_ls_abs_structure_Flack   10（10）绝对构型参数

_refine_ls_number_reflns         3110参加结构精修的衍射点数

_refine_ls_number_parameters     349     参加结构精修的参数数目

_refine_ls_number_restraints     2        结构精修中几何限制数目

_refine_ls_R_factor_all          0.0675    对全部衍射点的R1值

_refine_ls_R_factor_gt           0.0593   对可观察衍射点的R1值

_refine_ls_wR_factor_ref         0.1338   对全部衍射点的wR2值

_refine_ls_wR_factor_gt          0.1302  对可观察衍射点的wR2值

_refine_ls_goodness_of_fit_ref   1.012     对可观察衍射点的S值

_refine_ls_restrained_S_all      1.011      对全部衍射点的S值

_refine_ls_shift/su_max          0.000    最后精修过程的漂移值

_refine_ls_shift/su_mean         0.000    最后精修过程的平均漂移值

loop_                        结构中各原子坐标,各向同性振动参数,原子占有率等

 _atom_site_label

 _atom_site_type_symbol

 _atom_site_fract_x

 _atom_site_fract_y

 _atom_site_fract_z

 _atom_site_U_iso_or_equiv

 _atom_site_adp_type

 _atom_site_occupancy

 _atom_site_symmetry_multiplicity

 _atom_site_calc_flag

 _atom_site_refinement_flags

 _atom_site_disorder_assembly

 _atom_site_disorder_group

C1C1.2011（4）0.4816（5）0.8674（5）0.0472（10）Uani11d...

H1H1.22380.55620.84200.057Uiso11calcR..

C2C1.2551（4）0.4303（4）0.9917（5）0.0457（10）Uani11d...

H2H1.31390.47161.05050.055Uiso11calcR..

C3C1.2239（4）0.3174（4）1.0323（5）0.0417（9）Uani11d...

H3H1.26090.28381.11730.050Uiso11calcR..

C4C1.1362（4）0.2566（4）0.9422（4）0.0418（10）Uani11d...

H4H1.11480.18090.96660.050Uiso11calcR..

C5C1.0805（4）0.3081（5）0.8167（4）0.0469（11）Uani11d...

H5H1.02190.26720.75710.056Uiso11calcR..

C6C1.1126（3）0.4217（4）0.7798（5）0.0421（9）Uani11d...

C7C1.0508（3）0.4875（4）0.6585（5）0.0426（10）Uani11d...

H7H1.06940.56720.64460.051Uiso11calcR..

C8C0.9646（4）0.4321（4）0.5637（5）0.0436（10）Uani11d...

H8H0.94510.35210.57470.052Uiso11calcR..

C9C0.9049（4）0.5050（4）0.4446（4）0.0435（10）Uani11d...

H9H0.91750.58700.43330.052Uiso11calcR..

C10C0.6810（4）0.4686（4）0.1451（4）0.0391（9）Uani11d...

C11C0.5998（4）0.5425（4）0.0516（4）0.0438（10）Uani11d...

C12C0.5471（3）0.5017（4）-0.0823（4）0.0356（8）Uani11d...

H12H0.55870.4233-0.10930.043Uiso11calcR..

C13C0.4793（4）0.5778（4）-0.1716（5）0.0413（9）Uani11d...

H13H0.44380.5497-0.25990.050Uiso11calcR..

C14C0.5136（4）0.7372（4）-0.0082（4）0.0427（9）Uani11d...

H14H0.50250.81650.01650.051Uiso11calcR..

C15C0.5845（3）0.6620（4）0.0872（4）0.0432（10）Uani11d...

H15H0.62160.69140.17430.052Uiso11calcR..

C16C0.4052（4）0.0511（4）-0.2985（4）0.0424（9）Uani11d...

H16H0.4482-0.0181-0.27280.051Uiso11calcR..

C17C0.3238（3）0.0544（4）-0.4232（4）0.0400（9）Uani11d...

H17H0.3127-0.0128-0.48140.048Uiso11calcR..

C18C0.2588（4）0.1560（4）-0.4623（5）0.0455（10）Uani11d...

H18H0.20390.1569-0.54590.055Uiso11calcR..

C19C0.2761（4）0.2580（4）-0.3752（4）0.0417（9）Uani11d...

H19H0.23280.3269-0.40150.050Uiso11calcR..

C20C0.3577（3）0.2565（4）-0.2498（4）0.0356（8）Uani11d...

H20H0.36890.3242-0.19230.043Uiso11calcR..

C21C0.4226（4）0.1536（4）-0.2104（4）0.0462（10）Uani11d...

C22C0.5026（4）0.1586（4）-0.0775（5）0.0462（10）Uani11d...

H22H0.50190.2227-0.01750.055Uiso11calcR..

C23C0.5807（4）0.0677（4）-0.0391（4）0.0433（10）Uani11d...

H23H0.59310.0067-0.09700.052Uiso11calcR..

C24C0.6411（3）0.0828（4）0.1081（4）0.0398（9）Uani11d...

H24H0.64230.15330.15940.048Uiso11calcR..

C25C0.8300（4）-0.1108（5）0.3489（5）0.0502（11）Uani11d...

C26C0.8954（4）-0.0909（4）0.4904（5）0.0441（10）Uani11d...

C27C0.9750（4）-0.0014（4）0.5288（5）0.0405（9）Uani11d...

H27H0.98220.05700.46500.049Uiso11calcR..

C28C1.0442（4）0.0012（5）0.6632（5）0.0505（11）Uani11d...

H28H1.09650.06230.69040.061Uiso11calcR..

C29C0.9555（3）-0.1774（4）0.7183（4）0.0421（9）Uani11d...

H29H0.9483-0.23600.78190.051Uiso11calcR..

C30C0.8865（3）-0.1796（3）0.5848（4）0.0337（8）Uani11d...

H30H0.8341-0.24070.55820.040Uiso11calcR..

N1N0.8334（3）0.4414（3）0.3586（4）0.0397（8）Uani11d...

N2N0.7663（3）0.5206（4）0.2548