分子生物学笔记.docx
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分子生物学笔记
1、分子生物学（狭义）：
即在核酸与蛋白质水平上研究基因的复制，基因的表达（包括RNA转录、蛋白质翻译），基因表达的调控以及基因的突变与交换的分子机制。
2、分子生物学（广义）：
即在分子水平上研究生命现象，或用分子的术语描述生物现象的学科。
3、克里克认为分子生物学基于两个基本原理：
①序列假说：
是指核酸片段的特异性完全由其碱基序列决定，而且这种序列是某一蛋白质氨基酸的密码。
②中心法则：
是指DNA的遗传信息经RNA一旦进入蛋白质，也就不可能再行输出。
4、分子生物学作为所有生命物质的共性学科所遵循的三大原则：
①构成生物大分子的单体是相同的。
共同的核酸语言，即构成核酸大分子的单体均是A、T（U）、C、G；共同的蛋白质语言，构成蛋白质大分子的单体均是20种基本氨基酸。
②生物大分子单体的排列（核苷酸，氨基酸）决定了生物性状的差异和个性特征。
③生物遗传信息的表达的中心法则相同。
5、生物学的三大发现：
DNA双螺旋结构的揭示、遗传密码子的破译、信使RNA的发现。
奠定了DNA-RNA-蛋白质三者之间关系的基础。
第二章：
基因概念的演变与发展
1、遗传学家摩尔根根据对果蝇的遗传试验提出了基因是：
基因像念珠（bead）一样孤立地呈线状一样排列在染色体上，是具有特定功能、能独立发生突变和遗传交换的、“三位一体”的、最小的遗传单位。
2、等位基因：
是指野生型基因（A）发生突变后形成的突变基因（a），它与野生型基因位于相同染色体的同一基因座位上。
当野生型基因（A）向不同方向发生突变形成不同状态的等位基因，又总称为复等位基因。
3、拟等位基因：
将紧密连锁、控制同一性状的非等位基因定义为拟等位基因。
4、科学家们通过对噬菌体突变体与表型之间的关系的研究，提出了顺反子理论：
顺反子是基因的同义词，认为基因是一个具有特定功能的、完整的、不可分割的最小遗传单位。
在一个基因内可以发生突变、重组（交换）。
该理论认为：
基因（即顺反子）是染色体上的一个区段，在一个顺反子内有若干个交换单位，最小的交换单位称为交换子；在一个顺反子中有若干个突变单位，最小的突变单位被称为突变子。
5、全同等位基因：
在同一基因座位中，同一突变位点向不同方向发生突变所形成的等位基因。
6、非全同等位基因：
在同一基因座位中，不同突变位点发生突变所形成的等位基因。
7、DNA是主要的遗传物质，它以两种方式携带遗传信息。
①以中心法则为基础的结构基因遗传信息。
这种DNA信息是通过转录RNA，翻译蛋白质而表达的，以三联体密码子的方式编码，贮存在非模板链（有义链）的一级结构上，并具有简并性。
②调控基因选择性表达的遗传信息，它是以具有特定三维结构的调节蛋白（反式作用因子）与特定核苷酸序列的DNA区段（顺式作用因子）相结合，从而启动某结构基因特异性表达的方式而体现的。
8、DNA作为遗传物质的优点：
贮存遗传信息量大。
1kb的DNA可能编码41000种遗传信息；以A/T、C/G互补配对形成的双螺旋结构稳定，利于复制，便于转录；可以突变以求不断进化，方便修复以求稳定遗传；核糖2’-OH脱氧，使DNA在水中的稳定性高于RNA，DNA中有T无U，消除了C突变为U带来进化中的负担和潜在危险。
9、每条DNA链的基本组成单位或单体是脱氧核苷酸，每个脱氧核苷酸由一个磷酸和一个脱氧核苷组成，而每个脱氧核苷又由一个脱氧核糖和一种碱基组成，在DNA分子中，碱基有两种嘌呤和两种嘧啶。
10、RNA分子与DNA分子在结构上的主要差异在：
①核苷中的核糖为2’非脱氧的OH基。
②碱基中没有T，只有U。
③RNA分子多为单链分子。
④RNA分子的化学稳定性差，易发生降解。
⑤在以DNA为主要遗传物质的生物中，DNA分子链长，数目少，而RNA分子链短，数目多。
11、DNA双链的特点：
①每一条单链具有5ˊ→3ˊ极性，两条单链极性相反，反向平行。
②两条单链之间以氢键相互作用。
③B-螺旋右手螺旋。
④存在大沟与小沟。
12、DNA双螺旋大沟的具有比较重要的生物学功能：
13、影响双螺旋结构稳定性的因素：
①氢键、②磷酸酯键、③生理条件下Na离子可有效地屏蔽两条主链上磷酸基团的静电排斥力、④碱基堆积力（同一条核苷酸链中相邻碱基间的疏水作用力和范德华作用力）、⑤碱基对之间的挤压抵御可以使DNA分子的内能增加，碱基间有序排列的状态破坏，氢键作用力被减弱。
14、DNA的变性：
当天然DNA溶液被加热或受到极端PH溶剂、尿素、酰胺等某些有机试剂处理后，碱基对之间的氢键会发生断裂，或氢键的形成关系会发生改变，或碱基间的堆积力会受到破坏，两条核苷酸链便逐渐彼此分离，形成无规则的线团，也称为熔解。
d.s.DNA→s.s.DNA溶液粘性降低,沉降速度加快，260nm处吸光度值上升。
15、碱基的增色效应（DNA的减色效应）：
DNA热变性研究中，随温度升高单链状态的DNA分子不断增加而表现出A260值递增的效应。
16、变性温度（Tm）：
DNA双链在一定的温度下变成单链，将开始变性的温度至完全变性的温度的平均值称为DNA的变性温度（增色效应达到最大值一半的温度）。
17、变性温度与以下因素有关：
①DNA分子的碱基组成和排列方式。
Tm=69.3+0.41*（G+C）%②对于较大的DNA分子，片段长短对Tm值的影响较小。
较小的DNA分子（小于100bp），片段较短的Tm值小。
③变性剂的影响，通常有机溶剂分子，破环DNA分子的氢键，使Tm值降低。
④随着盐浓度的增加，Tm值增加。
⑤溶液的PH值。
过酸或过碱的环境，均导致Tm值降低。
18、DNA的复性：
已发生变性的DNA溶液在逐渐降温的条件下，两条核苷酸链的配对碱基间又重新形成氢键，恢复到天然DNA的双螺旋结构，也称重退火。
19、影响DNA复性过程的因素：
①阳离子浓度0.18~0.2MNa+可有效屏蔽两条多聚核苷酸链间的静电斥力，促进配对。
②复性反应的温度Tm-25℃可消除S.S.DNA分子内的错误局部配对和二级结构。
③S.S.DNA分子的长度。
S.S.DNA分子越长，扩散速度越慢，复性越慢；S.S.DNA分子越短，扩散速度越快，复性越快。
④S.S.DNA分子的初始浓度。
⑤DNA分子中核苷酸的排列或核苷酸的复杂性。
重复排列序列的DNA分子较随机排列的复性速度更快。
20、C0t（1/2）值：
有50%的单链DNA分子复性成双链分子的反应时间与初始单链DNA浓度的乘积。
也等于二级反应常数k值的倒数（1/k）
21、将最长的没有重复序列的核苷酸序列数定义为复性动力学的复杂性K.C=K*C0t（1/2）。
22、DNA的一级结构：
是指由数量很多的A、T、C、G4种基本核苷酸，通过3’,5’磷酸二酯键连接的直线或环形分子。
23、在不同的生理条件下，DNA可能采取不同的二级结构形式，除了典型的右旋B-DNA结构类型外，尚有右旋A-DNA，左旋Z-DNA。
它们与B-DNA的主要区别是，没有明显的大沟与小沟。
Z-DNA区的基因通常是不表达的。
嘌呤与嘧啶交替排列最易形成Z-DNA。
24、除了正常的DNA双螺旋，在基因组中的DNA还有可能呈现三股螺旋和四股螺旋状态。
三股螺旋DNA可能是分子内（H-DNA）、分子间和平行三股螺旋。
25、三股螺旋DNA的结构特点：
镜像重复或者同源回文的结构。
无论是分子内还是分子间，位于中间的链一定是嘌呤链，故有嘌呤型（嘌呤-嘌呤-嘧啶）和嘧啶型（嘧啶-嘌呤-嘧啶）；主体双螺旋中的碱基是按Watson-Crick氢键方式连接，而其大沟中多余的氢键给体与受体正是第三条链结合的条件基础，不过第三条链上的核苷酸与Watson-Crick碱基对之间的连接氢键被称为Hoogsteen氢键；第三条链至少要有8个碱基以上，其中如果有C，必须在酸性条件下发生质子化后才能形成C+-G/C三碱基基本结构单元；各种碱基间均以二氢键连接。
26、三股螺旋DNA具有的生物学意义：
①是阻止了调节蛋白与DNA序列的结合，关闭基因的表达。
②与重组交换有关，可作为分子剪刀，定点切割DNA。
③可能与RNA形成三股螺旋，是RNA参与基因表观遗传调控的机制之一。
27、尽管到目前为止，尚未在体内发现四股螺旋，但根据真核生物着丝粒区和染色体末端序列的特点，均有形成四股螺旋的可能。
所以他们可能具有比较重要的生物学功能。
（如避免5’端短缩现象，维持线性染色体末端的稳定性，与染色体的有丝分裂和减数分裂有关等）。
28、DNA三级结构：
在细胞内特定的离子浓度、PH条件和拓扑异构酶的环境下，DNA双螺旋分子进一步形成或扭曲成结，或超螺旋或多重螺旋的高级拓扑结构，超螺旋结构最常见。
29、EB分子会使DNA分子局部螺旋紧缩，引起DNA分子不断正超螺旋化。
30、DNA超螺旋均由拓扑异构酶作用。
拓扑异构酶Ⅰ（单聚体蛋白）、Ⅱ（异源四聚体蛋白），作用相反，相互抑制效应维持了体内基本恒定的5%的负超螺旋密度，过低过高都不利。
31、大C值：
某生物单倍体基因组DNA的核苷酸数。
小c值：
受中心法则限定，编码结构基因DNA的核苷酸数。
C值悖论：
亲缘关系接近的同种生物中大C值差别较大；部分高等动物基因组较低等动物的小；人类小c值仅占大C值的10%；病毒利用较小的基因组编码较多的功能基因。
32、重叠基因：
即不同的基因共用一段相同的DNA序列。
有对终止密码漏读、从不同起始密码子起始、采用不同读码框架等方式。
反向重叠基因：
编码在同一DNA区段不同极性单链上的重叠基因，它们的转录方向相反。
同向重叠基因：
编码在同一DNA区段同一极性单链上的重叠基因，它们的转录方向相同。
33、真核生物中由于对内含子的选择性剪接，使从某一DNA区域转录的前体mRNA可形成不同的成熟mRNA，翻译成不同的蛋白质，有时也称其为重叠基因。
34、（重复基因？
）重复序列：
DNA区段中存在的相同的序列拷贝。
35、中度重复序列:
每一重复单位的序列长度为0.1~1kb，每一基因组有10~10000拷贝，C0t（1/2）值为0.001~0.1的组分。
由T-18S-T-5.8S-T-28S-NT构成的rDNA重复单位成簇状排列在核仁组织区，也称为主体rDNA。
（T为转录区、18S为18SrDNA）
36、中度重复序列的特点：
基因拷贝数多、各重复成员之间的序列相同或相似，排列成束状串联，功能相同，具有进化的整体性，在整个基因家族中可以累积突变。
37、高度重复序列：
每一重复单位的序列长度为2~10bp，每一基因组有105~106拷贝，C0t（1/2）值小于0.001的组分。
在真核生物中多存在于着丝点，端粒和结构基因之间。
38、重复序列的形成：
滚环扩增-突变、反转座插入、跳跃复制、不对称交换。
39、间隔基因（断裂基因）：
即真核生物的结构基因是由若干外显子和内含子序列相间隔排列组成的间隔基因。
外显子：
是指DNA上与成熟mRNA对应的核苷酸区段，或结构基因在DNA中的氨基酸编码区，或间隔基因中的非间隔区。
内含子：
是指结构基因中可转录但在mRNA成熟之前又被剪切的核苷酸区段，即DNA与成熟mRNA中的非对应区段，或结构基因在DNA中的氨基酸非编码区，或间隔基因中的间隔区。
PS：
一个基因的内含子可以是另一个基因的外显子。
40、间隔基因存在的普遍性：
①不仅结构基因是，tDNA和rDNA也是间隔基因；②原核生物中也有间隔基因存在；③某些低等真核生物的线粒体、叶绿体基因中也发现断裂现象。
41、间隔基因内含子共同性质：
①间隔基因外显子在基因中的排序和它在成熟mRNA中的排序时一致的；②某种间隔基因在所有组织中都具有相同的内含子成分；③核基因的内含子通常在所有的可读框中都含有，因此一般没有编码功能；④大多数内含子上发生的突变不影响蛋白质的结构，但也有例外，如抑制两边外显子的剪接，阻止mRNA的产生。
42、断裂基因概念的相对性：
内含子也可编码蛋白；外显子不一定编码氨基酸序列；有些真核基因如组蛋白基因、干扰素基因和酵母中多数基因不是断裂基因。
43、间隔基因的生物学意义：
有利于贮存较多的遗传信息；有利于变异和进化。
具体是：
①有利于生物遗传的相对稳定；②增加变异概率，有利于生物的进化；③扩大生物的遗传信息储量；④利用内含子进行代谢调节。
44、转座子：
在基因组中可以移动的一段DNA序列。
（可以转座的遗传单位，也称为跳跃基因。
）
转座：
一个转座子从基因组的一个位置转移到另一个位置的过程。
（由转座子介导的，依赖特定的转座酶和IR序列，诱变剂使用无效，转座位点不依赖序列的同源性，但具有位点序列的偏爱，可以发生较高频率的插入突变和回复突变，将一个特定遗传结构的片段从一个位点转移到另一位点的过程。
）
45、原核生物中转座子：
插入序列（IS）、转座因子A家族、复合型转座子、转座噬菌体。
真核生物中转座子：
剪贴式转座因子、反转录转座子。
46、极性突变：
在一个操纵子中，与操纵基因毗连的结构基因发生终止突变后，它除了影响该基因本身产物的翻译外，还影响其后结构基因多肽的翻译，并且具有极性梯度的特征。
47、转座因子与染色体结构变异的区别（转座机制的基本特点）：
①转座过程的发生不依赖供体位点与靶位点间序列的同源性，转座是属于不依赖recA酶的非同源重组过程；②转座插入的靶位点并非完全随机，它不仅具有对核苷酸重复序列的位点偏爱性，即表现插入热点的专一性，而且具有在特定区域内可随机插入所表现的区域优先性，基于这一特点利用转座因子不易获得覆盖全基因组的插入突变体；③某些转座因子（Tn3）对同类转座因子的插入具有免疫性（排他性）；④转座事件发生后，靶序列在转座因子两侧会形成正向重复（DR）；⑤原核生物中的转座事件具有极性突变效应，当转座子插入到某个操纵子中时，不但能使被插入的结构基因功能丧失，还会使该操纵子中位于靶位点下游的基因表达水平下降；⑥转座因子的切除与转座将产生复杂的遗传学效应。
48、原核转座机制：
首先由转座酶对靶位点的DNA序列进行错切，再将转座子连接到靶位点的凸出单链上，最后由聚合酶填补空缺完成转座。
真核转座机制：
真核中主要是剪贴式转座子，它的过程是通过错位酶切、整合的剪贴过程完成的转座酶识别转座子的末端反向重复序列，并发生错切，5’内切核酸酶对游离的5’单链进行降解，并释放没有“累赘”的转座子，靶位点对空缺处进行填补复制，并随即留下各种“足迹”。
同时转座酶在新的靶位点再次产生错切，转座子连接完成转座的全过程。
49、反转录转座子：
转座子从DNA到RNA再到DNA的转移过程被定义为反转录转座，这类转座子即反转录转座子。
由RNA介导转座过程。
具有高拷贝性和高异质性的特点。
50、真核生物中剪贴式转座子和反转录转座子区别：
①剪贴式转座子都为双因子系统，由自主型转座因子和非自主型转座因子组成自主型转座因子具有自我调控切除和转座的能力，从而可引起被插入的突变基因座产生自主型的回复突变，形成不稳定的易变等位基因或自主型的易变基因；非自主型转座因子是一种相对稳定的转座因子，编码转座酶的基因发生缺失，转座酶的缺乏导致它的转座必须在给予转座酶的前提下被动进行，插入位点突变基因的回复突变也必须有转座酶的存在。
②反转录转座子转移过程是从DNA到RNA再到DNA，该过程由RNA介导。
为真核生物特有，一种相对稳定的转座体系。
可分为病毒类反转座子、非病毒类超家族、散在分布的重复序列3类。
51、转座子的遗传效应：
①诱变效应：
提高重组频率，形成易变基因，导致抗性积累，基因表达关闭，表达下降，编码序列改变，产生极性突变效应，对个体而言是进化选择劣势，对物种而言是进化优势。
②切除效应：
转座子的切除引起其所携带的抗生素抗性基因丢失，准确切除可回复突变；非准确切除可引起DNA缺失，倒位核苷酸的取代突变等足迹效应。
③双转座效应：
又称外显子改组，A基因的外显子连同两侧的内含子一同转座到B基因的内含子中后，成为B基因的外显子。
④位置效应：
带有增强子或者启动子的转座子可增强或启动靶基因的表达。
⑤转座爆炸：
长期处于沉默状态的转座子在某种自然环境下，可能同时进入激活状态，使得大量突变个体产生，引起物种的进化。
52、假基因：
是指具有与功能基因相似的序列，但不能翻译有功能蛋白质的无功能基因。
往往存在于真核生物的多基因家族中。
包括功能基因累积突变型和加工假基因。
53、N值矛盾：
基因数目与生物进化程度和生物复杂性之间的不对称现象。
第三章：
DNA复制
1、DNA复制：
亲代双链DNA分子在DNA聚合酶等相关酶的作用下，分别以每条单链DNA为模板，聚合与模板链碱基可以互补的游离的三磷酸脱氧核糖核苷酸dNTP，合成两条与亲代DNA分子完全相同的子代双链DNA分子的过程。
复制子：
从复制起点到复制终点的DNA区段称为一个复制子。
复制体：
在复制叉处装备并执行复制功能的多酶复合体。
2、DNA复制的特点是半保留、半不连续，沿5ˊ→3ˊ方向延伸。
DNA复制沿5ˊ→3ˊ方向延伸是长期进化的结果。
从能量与电荷等角度可揭示DNA复制为什么沿5ˊ→3ˊ方向进行：
如果DNA链的延伸方向是3’→5’，则新生DNA单链的5’端必须带有三个磷酸基团才能与dNTP的3’-OH发生聚合，显然dNTP所具有的强烈负电荷与新链生物5’末端三磷酸强烈负电荷之间的静电斥力就算是在生理盐中也难以屏蔽，既影响末端核苷酸与模板的配对，也阻止了dNTP向DNA链5’末端的靠近；DNA错误聚合需要进行校正时，必须先对错误聚合的dNMP进行切除，随后需动用其他酶系统添加两个磷酸基团，才能保证下一次聚合反应的进行，既费时又耗能。
3、前导链的复制方向与复制叉延伸方向一致；后随链复制方向与复制叉延伸方向相反。
4、前导链的复制是连续的，后随链以冈崎片段的形式不连续复制，但在大肠杆菌脉冲实验中得到的都是小片段DNA，因为在前导链的复制过程中，虽然有dUTP酶降解dUTP，但还是有1/1200概率的dUTP逃逸并掺入DNA中，尿嘧啶-N-糖苷酶就要将该碱基切除，Ap内切酶将该位点彻底切除成切口，故在该缺口修复之前，长链被断为1200个核苷酸长度的类似冈崎片段的小片段，称为dUMP片段，有别于冈崎片段。
5、复制原点（复制起点）：
复制子中控制启动复制的一段序列。
（DNA分子中能独立进行复制的最小功能单位。
）
6、复制原点具有富含AT和回文对称的序列，这种结构有利于该区解链以发动DNA复制和促进聚合酶与DNA结合。
7、呼吸现象：
DNA复制原点处氢键迅速断裂与再生，导致两条DNA链不断解链与聚合，形成瞬间的单泡状结构的过程，在富含AT的区域内尤为明显。
8、真核生物和原核生物在DNA复制特点：
①大多数原核生物DNA复制是一个起点，双方向进行的，真核生物DNA复制也是双方向进行的；②原核生物一般只有一个复制子，而真核生物具有多个复制子；③原核生物DNA复制，不需要等待一个复制子复制完成后，再进行下一轮复制；④真核生物的每个复制子在一个细胞周期中，只能复制一次；⑤真核生物整个基因组复制子的多少，随着细胞、组织和发育状态有关。
9、DNA聚合酶不能发动子链DNA的复制起始，需要引物，大多数引物分子是一段长度不等的，一般为10个核苷酸左右的RNA分子。
引物分子为DNA聚合酶Ⅲ合成DNA提供了启动聚合的3’-OH末端。
10、M13噬菌体+利福平（RNA聚合酶抑制剂）实验说明：
M13复合型的形成需要RNA聚合酶发动合成一段RNA分子作为引物，还说明复制启动后，RNA引物已经形成，利福平对RNA聚合酶的抑制无效。
11、根据下列实验结果可得出什么实验结论？
P102
说明DNA复制需要的引物是一段RNA，并且大小为10~12个核苷酸。
12、合成引物RNA的RNA聚合酶和负责RNA转录的RNA聚合酶是完全不同的两种酶类。
13、DNA聚合酶Ⅰ中的大片段具有从5’向3’方向的聚合DNA功能和从3’到5’的外切校正功能，但效率较低；小片断有从5’到3’方向的外切核酸酶功能。
14、DNA复制的转录激活：
如同基因转录一样，RNA聚合酶可以使双链DNA分子局部开链，在合成10~12个核苷酸的RNA片段之后，再由DNA聚合酶完成前导链DNA的合成。
在完成近1000~2000个核苷酸的DNA合成后，后随链才在引发酶的作用下开始启动冈崎片段的引物RNA的合成。
15、DNA复制的模式：
新起始方式（复制叉式）、滚环方式（共价延伸方式）、置换式（D环方式）。
16、端粒（P113）：
在染色体末端具有一种特殊的结构，它对维持染色体的稳定性起着十分重要的作用，该结构被称为端粒。
17、Telomerase（端粒酶）:
具有向染色体末端添加端粒重复序列的活性。
✓Aribonucleoprotein（核蛋白RNP）complex
✓RNAcomponent:
template
✓Proteincomponent:
reversetranscriptase（TERT）
18、端粒酶在真核生物线性DNA末端进行复制的过程。
第四章：
RNA转录
1、转录：
是在RNA聚合酶的作用下，以双链DNA中的一条单链（只能以一条为模板，称不对称转录）作为转录的模板，按A-U和G-C配对的原则合成RNA的过程。
2、RNA的转录包括：
起始、延伸、终止3个过程。
3、从启动子到终止子的序列称为转录单位，原核生物中的转录单位多为多顺反子，真核生物中的转录单位为单顺反子。
转录原点记为+1，其上游记为负值（-），下游记为正值（+）。
PS：
在书写基因的核苷酸序列时，一般从左到右书写一条非模板链的序列信息。
4、与转录物互补的DNA链称为模板链，极性方向为3’到5’。
RNA的合成方向是5’到3’。
5、非模板链又称有义链、编码链、正链（+）。
模板链又称反义链、反编码链、无义链、负链（-）。
6、转录的极性：
转录的效率与转录单位的位置有关，这个特点称为转录的极性。
7、转录起始：
是RNA聚合酶与DNA转录启动子结合形成有功能的转录起始复合物的过程。
8、启动子：
指DNA分子上被RNA聚合酶、转录调节因子等所识别并结合形成转录起始复合物的区域。
是控制转录起始的序列，决定基因转录的起始位点和表达强度等。
+1转录起始点碱基只能是A或G。
9、核心启动子:
RNA聚合酶首先识别和结合-35site，RNA聚合酶识别位点，RSite，或称RNA聚合酶松弛结合位点，保守序列TTGAC;-10site，RNA聚合酶结合位点，BSite，RNA聚合酶紧密结合位点，保守序列TATAAT;+1site，RNA聚合酶转录起始位点，ISite，保守序列A/G。
这三个位点合称核心启动子。
10、核心启动子上游的-70~-40区域含有与CAP-cAMP复合物结合，激活转录的正控制位点，称为上游控制因子。
核心启动子与上游控制因子统称为扩展的启动子。
11、综上，原核生物启动子由-35区序列&17+1bp间隔序列&-10区序列组成，共约40碱基。
12、-10序列，-35序列对转录效率的重要性：
-10序列和-35序列可以直接与RNA聚合酶全酶中的σ因子相互作用。
-35区是σ因子的识别位点，该区突变影响σ因子结合效率；-10区富含AT对，是启动子的解链发生位置，σ因子可选择模板链并促使RNA聚合酶与之结合，突变影响开放复合物形成的速度。
13、强启动子和弱启动子的本质区别在于启动子序列与标准启动子序列同源性程度的大小。
如果发生一个突变使启动子偏离标准序列，启动子效应减弱，该突变表现为下调突变，成为弱启动子；如果一个突变使启动子更接近于标准序列，启动子效应增强，表现为上调突变，成为强启动子。
14、真核生物基因转录的顺式元件包括两类：
①与基本转录水平相关的：
也称启动子，负责管家基因的组成型表达。
它包括核心启动子和上游控制元件核心启动子中的帽子位点和-30区保守序列是转录必需因子。
②与特异诱导表达相关的：
增强子和沉默子，不直接与RNA聚合酶互作，它们与其他蛋白质
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