DNAMAN的使用方法.docx

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DNAMAN的使用方法

DNAMAN的使用方法

第五章DNAMAN的使用方法

DNAMAN是一种常用的核酸序列分析软件。

由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA序列分析工具。

本文以DNAMAN5.2.9Demoversion为例，简单介绍其使用方法。

打开DNAMAN，可以看到如下界面:

第一栏为主菜单栏。

除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，如下所示:

第二栏为工具栏:

如下所示:

第三栏为浏览器栏:

如下所示:

在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel工具条，DNAMAN提供20个Channel，如左

所示:

点击Channel工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。

每个Channel可以装入

一个序列。

将要分析的序列（DNA序列或氨基酸序列）放入Channel中可以节约存取

序列时间，加快分析速度。

此版本DNAMAN提供自动载入功能，用户只需激活某个

Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的

Channel中。

本文以具体使用DNAMAN的过程为例来说明如何使用DNAMAN分析序列。

1（将待分析序列装入Channel

（,）通过File|Open命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。

（初始为channel1）可以通过激活不同的channel（例如:

channel5）来改变序列默认装入的Channel。

（,）通过Sequence|LoadSequence菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。

如果只想分析序列的一部分，或者给待分析的序列添加批注，点击激活该序列所在的Channel，通过Sequence|CurrentSequence|AnalysisDefination命令打开一个对话框，如下所示:

对话框选项说明如下:

Name序列名称

CircularDNA环形DNA

Startpos待分析序列起点

Endpos待分析序列终点

根据需要，可以设定上述选项的内容，如果要分析整个序列，可以点击按钮，如果当前序列不是DNA，则可点击按钮，如果要添加或修改批注，可以使用

（添加），（移除），和（清除全部）三个按钮进行操作。

如果要检查序列的正确性，可以点击按钮，则弹出如下对话框:

设定阅读速度后，点击按钮，软件将按顺序语音读出序列，方便检查。

2（以不同形式显示序列

通过Sequence|DisplaySequence命令打开对话框，如下图所示:

根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。

对话框选项说明如下:

Sequence&Composition显示序列和成分

ReverseComplementSequence显示待分析序列的反向互补序列ReverseSequence显示待分析序列的反向序列ComplementSequence显示待分析序列的互补序列DoubleStrandedSequence显示待分析序列的双链序列RNASequence显示待分析序列的对应RNA序列Annotations批注

Include显示内容中包含批注Lowercase显示内容中包含批注（小写字母形式）Only显示内容中仅包含批注Exclude显示内容中不包含批注

3（DNA序列的限制性酶切位点分析

将待分析的序列装入Channel，点击要分析的Channel，然后通过Restriction|Analysis命令打开对话框，如下所示:

参数说明如下:

Results分析结果显示

其中包括:

Showsummary（显示概要）Showsitesonsequence（在结果中显示酶切位点）Drawrestrictionmap（显示限制性酶切图）Drawrestrictionpattern（显示限制性酶切模式图）Ignoreenzymeswithmorethan（忽略切点多于设定的切点个数的酶）

Ignoreenzymeswithlessthan（忽略切点少于设定的切点个数的酶）

TargetDNA（目标DNA特性）

circular（环型DNA），dam/dcmmethylation（dam/dcm甲基化）

allDNAinSequenceChannel（选择此项，在SequenceChannel中的所有序列将被分析，

如果选择了Drawrestrictionpattern，那么当所有的channel中共有两条DNA时，则只

能选择两个酶分析，如果共有三个以上DNA时，则只能用一个酶分析。

选择所需的项目，然后按提示操作点击按扭，出现下列酶选择对话框:

参数说明如下:

Enzyme

代表（enzymedatafile），点击旁边的下拉按钮，出现两个默认选项，restrict.enz和dnamane.enz，如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制酶列表文件名。

其中restrict.enz数据文件包含180种限制酶，dnamane.enz数据文件包含2524种限制酶。

选择其中一个数据文件，相应的酶在左边的显示框中列出（按酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称，则对应的酶被选中，在右边空白框中列出。

要创建酶切列表，可以从左边酶列表中双击鼠标选择多种酶（例如puc18multiplecloningsites），然后点击按钮出现下列对话框:

输入要保存酶列表的文件名，点击按钮即可保存。

自制酶列表可以方便分析一

段序列是否含有特定的酶切位点群。

Cutter酶切识别序列长度

End酶切产生的末端类型其中包括，Blunt（平头末端），5’Overhang（5’突出粘性末端）,3’Overhang（3’突出粘性末端）

系统根据cutter和end的设定情况,在左边酶列表中显示符合全部设定条件的酶。

最后，点击按钮执行操作。

4（DNA序列比对分析（DotMatrixComparision）

要比较两个序列，可以使用DNAMAN提供的序列比对工具DotMatrixComparision（点矩阵比较）通过Sequense|Dotmatrixcomparision命令打开比对界面，如下图:

点击对比界面左上角的按钮，出现下列对话框:

参数说明如下:

Sequencetype序列类型

Sequence1参加比对的第一序列选择框，框内选项说明如下:

如果要比对的序列在Channel中，点击下拉箭头，选择相应的Channel，则被选中的Channel中的序列作为参加比对的第一序列;也可以从文件夹中选择参加比对的序列，在File选择框上点击即可。

通过Length选择参加比对的序列片段。

Sequence2参加比对的第二序列选择框;选项说明同上

ShowSequence选择此项，当同源性大于设定值时，将显示同源性;（此功能未见）Annotations是否显示批注

Comparision比对参数，其中Window代表Windowsize（单位比对长度），Mismatch代表Mismatchsize（单位比对长度中许可的错配值），如果在单位比对长度中，错配值小于Mismatch中设定的值，则划出一个点。

注意，Mismatch值必须小于Windowsize值的1/2。

如果两个序列相同的区域较长，在结果中，则可显示为一条线。

要快速比对，需将Mismatch值设为0。

Bothstran代表Bothstrand（双链比对）选择此项，是指用Sequence2中的序列的正链和负链分别和Sequence1比较。

Sequence2正链与Sequence1比较结果用黑色点表示，Sequence2负链比对结果用红色点表示。

Plotbox点阵图表显示参数，可以分别对Position（坐标起点），Width（宽度值）Height（高度值）Framesize（边框线粗度值）Dotsize（点粗度值）Gridline（网格线）这些参数进行设定。

设定好所有参数后，点击按钮执行操作。

结果如下:

如果想对局部区域仔细观察，可以脱动鼠标左键，框住结果图中某一部分，松开鼠标即可看到局部放大的图像。

双击鼠标可恢复原来结果。

5（序列同源性分析

（1）两序列同源性分析

通过Sequence|TwoSequenceAlignment命令打开对话框，如下所示:

参数说明如下:

BestalignmentofdsDNA当参与比对序列是DNA时，可以根据需要选中此项，则软件将用第一个序列同第二个序列的正负链分别进行比较，以得分较高的那条链作为比对的结果。

Alignmentmethod比对方法，有四种方法可以选择，当选择Quick比对方法时，有两个参数可以设置，K-tuple值和Gap（Gappenalty）值。

增加K-tuple值会降低比对灵敏度，但会稍微加快比对速度。

对于DNA序列，K-tuple值可选范围1—7，默认值是4;对于蛋白质序列，K-tuple值可选范围1—3，默认值为2。

当选择Smith&Waterman（Dynamicalignment）比对方法时，有两个参数Gapopen（Gapopenpenalty缺口罚分）和Gap（gapextensionpenalty缺口延伸罚分）可以设定

（2）多序列同源性分析

通过打开Sequence|MultipleSequenceAlignment命令打开对话框，如下所示:

参数说明如下:

File从文件中选择参加比对的序列

Folder从文件夹中选择参加比对的序列

Channel从channel中选择参加比对的序列

Dbase从数据库中选择参加比对的序列

Remove清除选择的序列（鼠标点击左边显示框中的序列名选择）Clear清除全部序列

点击按钮，出现方法选择对话框:

选择其中一种方法，点击按钮，出现下列对话框:

如果在前一对话框选择的是Fastalignment,则在此对话框中选择Quickalignment,否则选择Dynamicalignment即可。

其它参数不必改变，点击对话框中间的使其它参数取原始默认值。

点击按钮，出现下列对话框:

点击对话框中间的，然后点击执行操作。

结果如下所示:

点击左上角按钮，可以从弹出的对话框中选择不同的结果显示特性选项。

点击

按钮下的按钮，出现下列选择项:

可以通过这些选项，绘制同源关系图（例如Tree|homologytree命令）。

显示蛋白质二级结构（ProteinSecondaryStructure命令），绘制限制性酶切图（RestrictionAnalysis命令）等。

同源关系图举例如下:

（Tree|HomologyTree命令）

6.PCR引物设计

首先，将目标DNA片段装入Channel,并激活Channel。

点击主菜单栏中的Primer主菜单，出现下拉菜单，如下所示:

点击DesignPCRPrimersforDNA命令，出现下列对话框:

参数说明如下:

Primerlocationsontarget引物定位

其中包括下列选项:

Productsize（扩增目的片段大小）

Senseprimer（正向引物选择区）

Antisenseprimer（反向引物选择区）

Primer引物特性包括Length（引物长度），Tm值,GC含量等参数;

Rejectprimer引物过滤（将符合引物过滤条件的引物过滤掉）

包括下列选项:

3’dimer（可形成3’端自我互补的碱基数）

Hairpinstem（可形成发卡颈环结构的碱基数）PolyN（多聚碱基）

3’Uique（3’端严格配对碱基数）

Primer-Primer（含义未知）

Allmatches（引物互补配对百分数）

Consentrations浓度设定

Productforhybridyzat（ion）PCR产物用于SouthernBlot探针杂交点击按钮，出现下列对话框:

.选择需要的选项，点击按钮，出现:

点击按钮，完成操作。

7（画质粒模式图

我们常常要用到各种质粒图，无论是制作幻灯片，还是发表文章，常常需要质粒图。

DNAMAN提供强大的绘质粒图功能，能满足我们的需要。

通过Restriction|Drawmap命令打开质粒绘图界面:

将鼠标移动到圆圈上，等鼠标变形成“I”时，单击鼠标左键，出现如下菜单:

菜单说明如下:

Position当前位置

AddSite添加酶切位点

AddElement添加要素

AddText添加文字

InsertFragment插入片断

CopyFragment复制片断

CutFragment剪切片断

RemoveFragment清除片断

FrameThickness边框线粗细调节点击AddSite选项，出现如下对话框:

参数说明如下:

Name要添加的酶切位点的名称（例如HindIII）

Position位置（以碱基数表示）

点击AddElement选项，出现如下对话框:

参数说明如下:

Type要素类型（共有三种类型，鼠标点击即可切换）（c）olor/Pattern填充色（共有16种颜色供选择）

Name要素名称

Start/End/Size要素起点/终点/粗细度

点击AddText选项，出现如下对话框:

输入要添加的文字，点击Font按钮设置字体和格式，选择Horizontal（水平显示）或Vertical（垂直显示），点击按钮即可。

其它参数说明从略。

在绘图界面空白处，双击鼠标，出现:

通过此对话框，你可以完成各种添加项目的操作，也可以修改已添加的项目。

注意:

你可以通过鼠标双击质粒图上的项目来修改已添加的任何项目，可以通过鼠标移动任何项目。

你可以通过帮助文件获取更多信息。

示例: