MEGA软件系统发育树构建方法.docx
《MEGA软件系统发育树构建方法.docx》由会员分享,可在线阅读,更多相关《MEGA软件系统发育树构建方法.docx(11页珍藏版)》请在冰豆网上搜索。
MEGA软件系统发育树构建方法
MEGA软件——系统发育树构建方法〔图文讲解〕
一、序列文本的准备
构树之前先将目标基因序列都分别保存为txt文本文件中〔或者把所有序列保存在同一个txt文本中,可以用“>基因名称〞作为第一行,然后重起一行编辑基因序列〕,序列只包含序列字母〔ATCG或氨基酸简写字母〕。
文件名名称可以已经您的想法随意编辑。
二、序列导入到Mega5软件
〔1〕打开Mega5软件,界面如下
〔2〕导入需要构建系统发育树的目的序列
OK
选择分析序列类型〔如果是DNA序列,点击DNA,如果是蛋白序列,点击Protein〕
出现新的对话框,创建新的数据文件
选择序列类型
导入序列
导入序列成功。
〔3〕序列比对分析
点击工具栏中“W〞工具,进展比对分析,比对完毕后删除两端不能够完全对齐碱基
〔4〕系统发育分析
关闭窗口,选择保存文件路径,自定义文件名称
三、系统发育树构建
根据不同分析目的,选择相应的分析算法,本例子以N—J算法为例
Bootstrap选择1000,点击pute,开始计算
计算完毕后,生成系统发育树。
根据不同目的,导出分析结果,进展简单的修饰,保存