PubMed中文使用手册.docx
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PubMed中文使用手册
PubMed中文使用手册
〔一〕PubMed简介：
PubMed是美医学图书馆（NLM）下属的生物技术信息中心（NCBI）开发的、基于WWW的查询系统。
PubMed是NCBI Entrez 数个数据库查询系统下中的一个。
PubMed 是提供免费的MEDLINE、PREMEDLINE与其他相关数据库接入效劳，MEDLINE是一个拥有1亿字条的巨大数据库。
PubMed也包含着与提供期刊全文的出版商网址的，来自第三方的生物 学数据，序列中心的数据等等。
PubMed提供与综合分子生物学数据库的与接入效劳，这个数据库归NCBI所有，其容包括：
DNA与蛋白质序列，基因图数据、3D蛋白构象，人类孟德尔遗传在线。
〔二〕页面介绍:
〔更新很快，但其容变化一般不大〕
并单击回车键后，你将进入Pubmed的主页面。
如图：
1.主页面左侧框的介绍〔注：
Cubby和tutorial为最新参加的〕
MeSh Browser你可以用它来分层浏览MesH表
Single Citation Matcher通过填表的形式输入期刊的信息可以找到*单篇的文献或整个期刊的容。
Batch Citation Matcher用一种特定的形式输入期刊的信息一次搜索多篇文献。
Clinical Queries这一局部为临床医生设置，通过过滤的方式将搜索的文献固定在4个围：
治疗、诊断、病原学与预后。
Old PubMed （使用以前的PubMed查询方式）
关于每一项的具体使用方法, 后面将会有详细介绍。
Related Resources
Order Documents提供一种收费性质效劳，可以使用户在当地得到文献的全文拷贝〔费用与发送方式各不一样〕。
Grateful Med是对另一个NLM基于网络的查询系统的。
Grateful Med也提供MEDLINE的接入，并且还有一些其他的数据库如AIDSLINE、HISTLINE等等。
Consumer Health提供与MEDLINE plus的，MEDLINE plus是与消费者安康信息相关的医学图书馆的网络节点。
Clinical Alerts此局部的目的是加快NIH资助的临床研究成果的发布。
2. 主页面底部的介绍
Disclaimer在这里可以得到的相关信息，不承诺责任与担保的声明，与NLM下载的相关政策。
WritetotheHelpDesk发e-mail给NLM消费者效劳部。
NCBI|NLM|NIH这里是对创立和维护PubMed的机构网页。
下面将举例说明查询的主体局部，也就是页面上部的使用方法。
假设我们这次的工作是查找与gallstone、pain有关的文献。
在对话框中输入查询词。
比方我们这次输入的是gallstone pain，然后单击“go〞按钮或按回车键，PubMed将会自动开场检索，并将检索到的相关条目显示在屏幕上。
你可以随时向查询框输入查询词，点击“go〞按钮开场新的查询。
“clear〞按钮可以帮你去除查询框中的容，然后开场一个新的查询。
在查询框前search提示后有一个下拉式菜单，你可以在这里选择其他的信息资源或NCBI的数据库。
Structure 搜索分子构造数据库（MMDB）The Molecular Modeling Database，这个数据库保存的是由*线晶体成像、NMR分光光度法建立的三维分子构造。
Genome 提供所有基因与染色体纪录与图片的查询效劳，这个库中数以百万的基因序列是由庞大的基因排序工作得来的。
PopSet 这个数据库中的容是由相关种族、人类开展、突变研究得来的人类进化与人种差异的结果。
下面我们将详细介绍查询结果屏幕。
Display Option〔显示选项〕
在Display后面有一个下拉式菜单，在这里可以选择各种显示选项。
Summary〔简要格式〕：
在缺省设置下PubMed采用这种显示格式，他所显示的容包括以下几项：
纪录中的所有作者都奖杯显示出来。
相关：
列出相关容，如文章、蛋白质、核苷酸等〔列出的文章不以摘要格式显示〕。
文章题目：
英语以外的语种的题目将被翻译成英语，并且加上括号。
来源：
提供文献所在期刊名的缩写，出版时间，卷，页数，也包括语种〔针对非英语文献〕，出版类型。
没有摘要的文献将显示“No abstract available〞
标识数字：
提供PubMed标示〔PMID〕与MEDLINE唯一标识〔UI〕。
Brief〔简报格式〕：
显示的条目容包括作者姓名、文献名的前10个字母、PubMed唯一标识。
Abstract〔摘要格式〕：
将会显示以下几项容：
文献题目、作者、第一作者单位〔地址〕、期刊来源〔期刊名简写、出版日期、卷、页数〕、如果必要加上标注、出版类型、非英语文章加上标注、摘要、备注、PubMed与MEDLINE的唯一标识。
Legend〔图例格式〕：
显示文献出处、名称、作者、第一作者单位〔地址〕、摘要、PubMed与MEDLINE的唯一标识。
Citation〔引证格式〕：
提供如下信息：
文献出处、文献题目、作者、第一作者单位〔地址〕、如果必要加上标注、出版类型、摘要、红体显示题目中的错误字串、备注、MeSH词、人名作为主题、〔如果存在〕化学物质、〔如果存在〕巨大数字、PubMed与MEDLINE的唯一标识。
MEDLINE格式〔MEDLINE〕：
用两字符的形式显示MEDLINE纪录中所有的容，使用这种格式可以把记录下载到管理书目的软件程序。
Retrieval Summary〔查询概要〕：
查询概要显示了查到所有条目的数量，以及需要多少页来显示，缺省情况下20条/页。
Show后的下拉式菜单可以选择相应得每页显示的条目数。
Page〔选择页数〕：
PubMed根据你的选择而显示不同页的容，所选中的页数以红色显示，单击〉〉或〈〈显示其他页码。
Details〔详细容〕：
1）单击Details按钮可以显示你正在进展的查询方案，包括查询词、MeSH表映射与PubMed词语索引的映射；错误信息，比方禁用词、截断警告、错误拼写等；在编辑框中可以编辑一个新的查询方案，然后重新提交；在这里还可以保存查询方案。
2）你可以在Details的对话框中修改查询方案，然后点击“Search〞按钮进展新的查询。
3）Result下的数字是查询结果，并且可以到现今的查询结果。
PubMed实际上是一个更大数据库PubRef的子集，PubMed的查询一般不包括PubRef中的条目，除非你在编辑框中将“AND notpubref[sb]〞删除。
4）在Details中保存一个查询方案：
单击URL按钮，PubMed将返回到查询结果窗口，经过修改的查询方案将显示在对话框中，并且查询方案也被嵌入URL中，然后使用你的浏览器的书签功能将现在的URL保存成一个书签，保存后，可以编辑书签功能将此书签改为比拟容易记忆的名字，使用方法与其他的书签一样。
5）定期查找功能：
如果你想每隔一段时间进展一次同样的查询，以找到最新的文献，可以这样作：
第一步如保存查询方案，通过选择书签的方式重新运行查询方案，然后，在Limit中的Entrezdate下拉菜单将时间限定在搜索围。
Add to clipboard〔参加剪切板〕剪切板可以帮你保存观察你在一个或多个查询里所查到的容；剪切板中最大的保存数目是500条；如果你连续在PubMed或其他Enterz数据库中不进展任何操作达1小时，剪切板中的容将会消失。
要将条目参加剪切板，先将所需要的条目前的复选框选中，然后单击“Add to clipboard〞按钮，一旦你将一条容参加剪切板，纪录数字的颜色将会改变。
Save〔保存〕功能是保存查询到的条目。
如须保存所有的查询结果，先在Display下的下拉菜单中选择所需显示格式，单级“Save〞按钮。
如果要保存特定的条目，现在条目前的复选框选中，点击“Save〞按钮。
最大的保存的数量是5000，如果你想保存超过这个书目的容，PubMed将显示一条提示你修改查询的信息。
Te*t〔文本〕使用文本功能可以将条目以纯文本的方式重新显示，把那些Web与HTML的容去除，当看完纯文本的容后，按浏览器的“Back〞回到以前的Web页面。
你可以使用此功能将PubMed侧框与按钮除掉，在用打印机打印。
纯文本版本将会显示你所选中的条目的容，如果没有选中任何条目，所有的条目容都江北显示出来。
Order〔定购〕通过一些中间商得到文献的全文。
3.特征栏特征栏可以选择一些其他的功能
Limit
单击特征栏上的Limit显示Limit页，这里你可以设定：
i） 将搜索围设定在一个特定的域。
ii） 将搜索围设定在特定的年龄组、性别组、人类或动物学围。
iii）也可以将搜索限定在*一语种出版的或*一特定的文章类型〔如综述〕。
iv） 设定只搜索包含摘要的文献。
v） 设定搜索Entrez数据库或Publication数据库。
vi） 设定搜索围为PubMed数据库的*一子数据库〔如Abridged Inde* Medicus 或AIDS相关的条目〕。
下面将逐一进展介绍：
Field Selection〔域选择〕你可以把搜索词限定在一个特定的域，缺省设置是所有的域；翻开下拉菜单项选择择你所需的域名。
Only items with abstract〔只搜索包含摘要的条目〕如果将这个复选框选中，将只搜索包含摘要的文献。
Publication Type〔出版类型〕其后的下拉菜单是常用的出版类型列表。
Language〔语言〕
将近40种语言列在此菜单里，都是在搜索时经常用到的。
Age〔年龄〕选择人类学研究的年龄组。
Gender〔性别〕在此下拉菜单项选择择人类学研究的性别组。
Human or Animal〔人类或动物〕在此下拉菜单项选择择研究对象。
Subset〔子集〕你可以将自己的搜索限制在以下4个组中的一个条目处理阶段。
Publisher：
出版商发送来的原样
PreMEDLINE：
正要往MEDLINE中参加的纪录
MEDLINE：
所有MeSH表索引的纪录主题词过滤
AIDS：
NLM’S AIDS数据库期刊组
AIM：
Abridged Inde* Medicus〔120种英文期刊〕
Dental：
牙医学期看的子集
Nursing：
护理学期刊的子集
PubRef：
这是一项将搜索词围扩大的效劳，选择此项将会搜索更广围的科学期刊〔如物理、天文等〕而不是限定在PubMed中，这个选项也可以帮用户搜索到出版商网址上的文献全文。
Date:
（日期） PubMed 中包括自1966年来出版的文献，新条目周二到周四参加。
在PubMed中有两种日期表示方式：
Entrez日期是条目最初被参加PubMed的日期，Publication〔出版〕日期是文献出版时的日期。
PubMed已Entrez日期顺序来显示你的查询结果的，最新被参加的纪录第一个被显示出来。
Limiting by Date〔日期限定〕 使用Entrez下拉式菜单，可以把你的搜索围设定在30天到10年，出版日期下拉菜单有Publication Date 与Entrez Date两项，以确定使用那种日期记法来设定搜索围。
使用From、To框输入一个时间段；以YYYY/MM/DD的格式输入日期〔月和日可不填〕
Limit IndicatorLimit旁边的复选框如果处于选中状态则表示限定条件生效，如果开场搜索，生效的限定条件将会以黄色框Display按钮的上面。
注意再进展其他搜索前将Limit前的复选框去掉，以消除限定条件。
Preview/Inde*〔预览/索引〕
使用特征栏的Preview/Inde*可以做到：
①在显示条目之前显示所查到的文献数。
②随时通过增加查询单词来修改查询方案。
③在特定的搜索域中向方案里参加查询词。
④从Inde*中查看并选择词语来修改查询方案。
⑤在你修改查询时查看方案。
下面将详细加以介绍：
Preview（预览）：
使用此功能可以在显示条目之前显示所查到的文献数。
在输入框中键入搜索词，然后单击Preview，PubMed返回的信息是条目的数量。
通过增加一个或多个单词来修改查询方案。
向查询框中参加另一个词语点击Preview，你可以继续向框中参加多个词语，点击Preview直到你希望得到的容,当修改查询时可以看到搜索方案与查询结果的数量。
Preview显示的是历史记录中最近的三条记录，使用History可以看到最近100次的查询结果。
History中的Clear History按钮也可以去除Preview/Inde*中的容。
向下滚动Preview/Inde*找到“Add to Query or View Inde*〞局部，使用下拉菜单确定一个搜索域，向文本框中参加词语，单击Preview，向查询框中参加词语并且可以看到查询结果。
现在我们向查询框中参加MeSH词Nurse，使用下拉菜单确定一个搜索域，向文本框中填加一个词，单击Preview，你可以一直这样参加单词，单击Preview，直到完成你的搜索方案。
Preview自动使用“AND〞运算符来将单词合为一体，即要求同时查询包含两个词的文献。
使用布尔运算符按钮。
使用布尔运算符将你要查找的词语连接起来，OR代表的是要查找的文献包括第一个搜索词或第二个词，NOT为“否〞，包括第一个搜索词而不包括第二个词的文献。
每参加一个搜索词都要点击Preview来列出搜索结果的数量。
查询举例：
让我们查找一下有关碳水化合物（Carbohydrate）或大豆（Soybeans）对骨质疏松症影响的文献。
使用下拉菜单确定一个搜索域 ，向文本框中参加一个词语，单击AND按钮，我们可以预览结果或者接续向文本框中填加搜索词，我们想找到有关Soybeans的文献，继续往下作，使用下拉菜单项选择择一个搜索域，向文本框中参加Soybeans，单击Preview来查看搜索结果。
Inde*〔索引〕中选择搜索词：
使用索引按钮可以从特定域中选择以索引的单词，并把他们参加查询方案之中。
Inde*〔索引〕中你可以查看*一个特定搜索域中词语列表。
在这里也可以使用布尔运算符来建立一个查询方案。
举例说明：
我们在下拉菜单中选择MeSH Terms作为搜索域，键入搜索词Strikes，点击Inde*按钮，PubMed以字母序显示所选定搜索域中相关的词语，使用滚动条来上下移动列表。
在单词右边的括号里显示的是包括此词语的文献的数量。
使用Up、Down按钮按页上下翻动列表。
对话框显示了搜索词与搜索域，Result显示了文献的数量。
注意：
Preview缺省是AND将查询词语连在一起的。
你可以使用布尔运算符按自己的要求将他们结合起来，但你在使用布尔运算符将查询词语输入对话框以后，必须点击Preview才能看到查询结果。
查询举例：
将以Legislation and Jurisprudence为副标题的Strikes Employs与以Statistics and numerical为副标题的Strikes Employs点击高亮显示，单击AND按钮将选择的查询词参加对话框，选择缺省的设置是以OR连接起来的。
按住Ctrl键，可以在列表中连续选择多个查询词，当你所有需要的查询词都被高亮显示后，单击AND或OR将他们参加对话框，这时在PubMed的对话框中是这样的容：
“Strikes,employee/legislationandjurisprudence〞[MeSHTerms]OR“Strikes,employee/statisticsandnumericaldata〞[MeSHTerms]〞
让我们使用Inde*再把这次搜索修改一下，我们想把搜索缩小到有关Nurse与已设容围，在输入框中键入Nurse后点击Inde*，在索引中选择Nurse并单击AND将其参加对话框中。
点击Preview按钮查看查询结果的数量，对话框中显示的是搜索词、搜索域与布尔运算符。
History〔历史记录〕
历史记录中保存的是你所有的查询方案与查询结果，只有当你运行了一次查询之后，History中才有容。
History屏幕将会显示：
你的查询方案、查询时间、查询到的文献数量。
使用History〔历史记录〕
你可以在查询方案中使用查询序数〔the search Statement Number〕,如#1、#2、#3等等。
例子：
#1 AND #2、#7 AND #14。
如上个例子显示的，布尔运算符的字母必须大写。
History的一些小知识：
a） History所能记录的最大查询数是100
b）一旦查询数量超过100，PubMed会将最早的查询除去，加进最新的一次查询。
c） 如果两次查询容一样，PubMed会将头一次的去除。
注意：
查询序数不能用在Detail中的保存到URL功能中，这是因为尽管查询方案被保存了，但你的History在你1小时没有动作后将会消失，这时你保存的方案中的查询序号也就会失效。
点击 Clear History可以将History中的所有容去除。
Clipboard〔剪切板〕
剪切板可以帮助你保存或查看在一个后多个查询中选择的条目，然后就可以打印、保存、订购剪切板中的容了。
将条目左边的复选框选中，单击“Add to clipboard〞就可以将其参加剪切板中，一旦*条被参加，剪切板的记录将会改变颜色。
剪切板使用的小知识
a） 如果你没有用复选框选择任何条目，而去点击Add to clipboard，PubMed将会向其中参加500个条目。
b）剪切板中最大的储存数是500条。
c） 剪切板中的容如果你一小时没有任何操作将会消失。
使用剪切板
点击特征条上的Clipboard来观看剪切板中的容，如果想删除剪切板中的*些工程，先将其左面的复选框选中，然后点击Remove from clipboard按钮；要想清空剪切板，不选任何条目，单击Remove from clipboard按钮。
保存剪切板中的容，首先选择一种显示方式，选中你想要的条目〔如果想保存所有的条目，则哪个也不选〕，点击Save按钮。
Order〔订购〕在PubMed中查到的只是有关一篇文献的信息，而真正的文献全文是不提供的。
PubMed的Order功能提供的就是通过一些中介机构来获得全文的效劳，这项效劳通常是收费的。
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