PubMed中文使用手册.docx

1、PubMed中文使用手册PubMed中文使用手册 一PubMed简介：PubMed是美医学图书馆(NLM)下属的生物技术信息中心(NCBI)开发的、基于WWW的查询系统。 PubMed是NCBIEntrez数个数据库查询系统下中的一个。 PubMed是提供免费的MEDLINE、PREMEDLINE与其他相关数据库接入效劳，MEDLINE是一个拥有1亿字条的巨大数据库。 PubMed也包含着与提供期刊全文的出版商网址的，来自第三方的生物学数据，序列中心的数据等等。 PubMed提供与综合分子生物学数据库的与接入效劳，这个数据库归NCBI所有，其容包括：DNA与蛋白质序列，基因图数据、3D蛋白构象

2、，人类孟德尔遗传在线。 二页面介绍:更新很快，但其容变化一般不大并单击回车键后，你将进入Pubmed的主页面。如图：1. 主页面左侧框的介绍注：Cubby和tutorial为最新参加的MeShBrowser你可以用它来分层浏览MesH表 SingleCitationMatcher通过填表的形式输入期刊的信息可以找到*单篇的文献或整个期刊的容。 BatchCitationMatcher用一种特定的形式输入期刊的信息一次搜索多篇文献。 ClinicalQueries这一局部为临床医生设置，通过过滤的方式将搜索的文献固定在4个围：治疗、诊断、病原学与预后。 OldPubMed(使用以前的PubMed

3、查询方式) 关于每一项的具体使用方法,后面将会有详细介绍。 RelatedResources OrderDocuments提供一种收费性质效劳，可以使用户在当地得到文献的全文拷贝费用与发送方式各不一样。 GratefulMed是对另一个NLM基于网络的查询系统的。GratefulMed也提供MEDLINE的接入，并且还有一些其他的数据库如AIDSLINE、HISTLINE等等。 ConsumerHealth提供与MEDLINEplus的，MEDLINEplus是与消费者安康信息相关的医学图书馆的网络节点。 ClinicalAlerts此局部的目的是加快NIH资助的临床研究成果的发布。 2.主页

4、面底部的介绍Disclaimer 在这里可以得到的相关信息，不承诺责任与担保的声明，与NLM下载的相关政策。Write to the Help Desk发e-mail给NLM消费者效劳部。NCBI|NLM|NIH这里是对创立和维护PubMed的机构网页。下面将举例说明查询的主体局部，也就是页面上部的使用方法。假设我们这次的工作是查找与gallstone、pain有关的文献。 在对话框中输入查询词。比方我们这次输入的是gallstonepain，然后单击“go按钮或按回车键，PubMed将会自动开场检索，并将检索到的相关条目显示在屏幕上。你可以随时向查询框输入查询词，点击“go按钮开场新的查询。

5、“clear按钮可以帮你去除查询框中的容，然后开场一个新的查询。在查询框前search提示后有一个下拉式菜单，你可以在这里选择其他的信息资源或NCBI的数据库。 Structure搜索分子构造数据库(MMDB)TheMolecularModelingDatabase，这个数据库保存的是由*线晶体成像、NMR分光光度法建立的三维分子构造。 Genome提供所有基因与染色体纪录与图片的查询效劳，这个库中数以百万的基因序列是由庞大的基因排序工作得来的。 PopSet这个数据库中的容是由相关种族、人类开展、突变研究得来的人类进化与人种差异的结果。 下面我们将详细介绍查询结果屏幕。 DisplayOpt

6、ion显示选项 在Display后面有一个下拉式菜单，在这里可以选择各种显示选项。 Summary简要格式：在缺省设置下PubMed采用这种显示格式，他所显示的容包括以下几项： 纪录中的所有作者都奖杯显示出来。 相关：列出相关容，如文章、蛋白质、核苷酸等列出的文章不以摘要格式显示。 文章题目：英语以外的语种的题目将被翻译成英语，并且加上括号。 来源：提供文献所在期刊名的缩写，出版时间，卷，页数，也包括语种针对非英语文献，出版类型。没有摘要的文献将显示“Noabstractavailable 标识数字：提供PubMed标示PMID与MEDLINE唯一标识UI。 Brief简报格式：显示的条目容包

7、括作者姓名、文献名的前10个字母、PubMed唯一标识。 Abstract摘要格式：将会显示以下几项容：文献题目、作者、第一作者单位地址、期刊来源期刊名简写、出版日期、卷、页数、如果必要加上标注、出版类型、非英语文章加上标注、摘要、备注、PubMed与MEDLINE的唯一标识。 Legend图例格式：显示文献出处、名称、作者、第一作者单位地址、摘要、PubMed与MEDLINE的唯一标识。 Citation引证格式：提供如下信息：文献出处、文献题目、作者、第一作者单位地址、如果必要加上标注、出版类型、摘要、红体显示题目中的错误字串、备注、MeSH词、人名作为主题、如果存在化学物质、如果存在巨大

8、数字、PubMed与MEDLINE的唯一标识。 MEDLINE格式MEDLINE：用两字符的形式显示MEDLINE纪录中所有的容，使用这种格式可以把记录下载到管理书目的软件程序。 RetrievalSummary查询概要：查询概要显示了查到所有条目的数量，以及需要多少页来显示，缺省情况下20条/页。 Show后的下拉式菜单可以选择相应得每页显示的条目数。 Page选择页数：PubMed根据你的选择而显示不同页的容，所选中的页数以红色显示，单击或显示其他页码。 Details详细容： 1)单击Details按钮可以显示你正在进展的查询方案，包括查询词、MeSH表映射与PubMed词语索引的映射；

9、错误信息，比方禁用词、截断警告、错误拼写等；在编辑框中可以编辑一个新的查询方案，然后重新提交；在这里还可以保存查询方案。 2)你可以在Details的对话框中修改查询方案，然后点击“Search按钮进展新的查询。 3)Result下的数字是查询结果，并且可以到现今的查询结果。PubMed实际上是一个更大数据库PubRef的子集，PubMed的查询一般不包括PubRef中的条目，除非你在编辑框中将“ANDnotpubrefsb删除。 4)在Details中保存一个查询方案：单击URL按钮，PubMed将返回到查询结果窗口，经过修改的查询方案将显示在对话框中，并且查询方案也被嵌入URL中，然后使用

10、你的浏览器的书签功能将现在的URL保存成一个书签，保存后，可以编辑书签功能将此书签改为比拟容易记忆的名字，使用方法与其他的书签一样。 5)定期查找功能：如果你想每隔一段时间进展一次同样的查询，以找到最新的文献，可以这样作：第一步如保存查询方案，通过选择书签的方式重新运行查询方案，然后，在Limit中的Entrezdate下拉菜单将时间限定在搜索围。 Addtoclipboard参加剪切板剪切板可以帮你保存观察你在一个或多个查询里所查到的容；剪切板中最大的保存数目是500条；如果你连续在PubMed或其他Enterz数据库中不进展任何操作达1小时，剪切板中的容将会消失。要将条目参加剪切板，先将所

11、需要的条目前的复选框选中，然后单击“Addtoclipboard按钮，一旦你将一条容参加剪切板，纪录数字的颜色将会改变。Save保存功能是保存查询到的条目。如须保存所有的查询结果，先在Display下的下拉菜单中选择所需显示格式，单级“Save按钮。如果要保存特定的条目，现在条目前的复选框选中，点击“Save按钮。最大的保存的数量是5000，如果你想保存超过这个书目的容，PubMed将显示一条提示你修改查询的信息。 Te*t文本使用文本功能可以将条目以纯文本的方式重新显示，把那些Web与HTML的容去除，当看完纯文本的容后，按浏览器的“Back回到以前的Web页面。你可以使用此功能将PubMe

12、d侧框与按钮除掉，在用打印机打印。纯文本版本将会显示你所选中的条目的容，如果没有选中任何条目，所有的条目容都江北显示出来。 Order定购通过一些中间商得到文献的全文。 3. 特征栏 特征栏可以选择一些其他的功能Limit单击特征栏上的Limit显示Limit页，这里你可以设定：i)将搜索围设定在一个特定的域。 ii)将搜索围设定在特定的年龄组、性别组、人类或动物学围。 iii)也可以将搜索限定在*一语种出版的或*一特定的文章类型如综述。 iv)设定只搜索包含摘要的文献。 v)设定搜索Entrez数据库或Publication数据库。 vi)设定搜索围为PubMed数据库的*一子数据库如Abr

13、idgedInde*Medicus或AIDS相关的条目。 下面将逐一进展介绍： FieldSelection域选择你可以把搜索词限定在一个特定的域，缺省设置是所有的域；翻开下拉菜单项选择择你所需的域名。 Onlyitemswithabstract只搜索包含摘要的条目如果将这个复选框选中，将只搜索包含摘要的文献。 PublicationType出版类型其后的下拉菜单是常用的出版类型列表。 Language语言 将近40种语言列在此菜单里，都是在搜索时经常用到的。 Age年龄选择人类学研究的年龄组。 Gender性别在此下拉菜单项选择择人类学研究的性别组。 HumanorAnimal人类或动物在此

14、下拉菜单项选择择研究对象。 Subset子集你可以将自己的搜索限制在以下4个组中的一个条目处理阶段。 Publisher：出版商发送来的原样 PreMEDLINE：正要往MEDLINE中参加的纪录 MEDLINE：所有MeSH表索引的纪录主题词过滤 AIDS：NLMSAIDS数据库期刊组 AIM：AbridgedInde*Medicus120种英文期刊 Dental：牙医学期看的子集 Nursing：护理学期刊的子集 PubRef：这是一项将搜索词围扩大的效劳，选择此项将会搜索更广围的科学期刊如物理、天文等而不是限定在PubMed中，这个选项也可以帮用户搜索到出版商网址上的文献全文。 Date

15、:(日期)PubMed中包括自1966年来出版的文献，新条目周二到周四参加。在PubMed中有两种日期表示方式：Entrez日期是条目最初被参加PubMed的日期，Publication出版日期是文献出版时的日期。PubMed已Entrez日期顺序来显示你的查询结果的，最新被参加的纪录第一个被显示出来。 LimitingbyDate日期限定使用Entrez下拉式菜单，可以把你的搜索围设定在30天到10年，出版日期下拉菜单有PublicationDate与EntrezDate两项，以确定使用那种日期记法来设定搜索围。使用From、To框输入一个时间段；以YYYY/MM/DD的格式输入日期月和日可

16、不填 LimitIndicatorLimit旁边的复选框如果处于选中状态则表示限定条件生效，如果开场搜索，生效的限定条件将会以黄色框Display按钮的上面。注意再进展其他搜索前将Limit前的复选框去掉，以消除限定条件。 Preview/Inde*预览/索引 使用特征栏的Preview/Inde*可以做到： 在显示条目之前显示所查到的文献数。 随时通过增加查询单词来修改查询方案。 在特定的搜索域中向方案里参加查询词。 从Inde*中查看并选择词语来修改查询方案。 在你修改查询时查看方案。 下面将详细加以介绍： Preview(预览)：使用此功能可以在显示条目之前显示所查到的文献数。在输入框中

17、键入搜索词，然后单击Preview，PubMed返回的信息是条目的数量。 通过增加一个或多个单词来修改查询方案。向查询框中参加另一个词语点击Preview，你可以继续向框中参加多个词语，点击Preview直到你希望得到的容,当修改查询时可以看到搜索方案与查询结果的数量。Preview显示的是历史记录中最近的三条记录，使用History可以看到最近100次的查询结果。History中的ClearHistory按钮也可以去除Preview/Inde*中的容。 向下滚动Preview/Inde*找到“AddtoQueryorViewInde*局部，使用下拉菜单确定一个搜索域，向文本框中参加词语，单击

18、Preview，向查询框中参加词语并且可以看到查询结果。 现在我们向查询框中参加MeSH词Nurse，使用下拉菜单确定一个搜索域，向文本框中填加一个词，单击Preview，你可以一直这样参加单词，单击Preview，直到完成你的搜索方案。Preview自动使用“AND运算符来将单词合为一体，即要求同时查询包含两个词的文献。 使用布尔运算符按钮。使用布尔运算符将你要查找的词语连接起来，OR代表的是要查找的文献包括第一个搜索词或第二个词，NOT为“否，包括第一个搜索词而不包括第二个词的文献。每参加一个搜索词都要点击Preview来列出搜索结果的数量。 查询举例： 让我们查找一下有关碳水化合物(Ca

19、rbohydrate)或大豆(Soybeans)对骨质疏松症影响的文献。使用下拉菜单确定一个搜索域，向文本框中参加一个词语，单击AND按钮，我们可以预览结果或者接续向文本框中填加搜索词，我们想找到有关Soybeans的文献，继续往下作，使用下拉菜单项选择择一个搜索域，向文本框中参加Soybeans，单击Preview来查看搜索结果。 Inde*索引中选择搜索词：使用索引按钮可以从特定域中选择以索引的单词，并把他们参加查询方案之中。Inde*索引中你可以查看*一个特定搜索域中词语列表。在这里也可以使用布尔运算符来建立一个查询方案。 举例说明：我们在下拉菜单中选择MeSHTerms作为搜索域，键入

20、搜索词Strikes，点击Inde*按钮，PubMed以字母序显示所选定搜索域中相关的词语，使用滚动条来上下移动列表。在单词右边的括号里显示的是包括此词语的文献的数量。使用Up、Down按钮按页上下翻动列表。 对话框显示了搜索词与搜索域，Result显示了文献的数量。注意：Preview缺省是AND将查询词语连在一起的。你可以使用布尔运算符按自己的要求将他们结合起来，但你在使用布尔运算符将查询词语输入对话框以后，必须点击Preview才能看到查询结果。 查询举例： 将以LegislationandJurisprudence为副标题的StrikesEmploys与以Statisticsandnu

21、merical为副标题的StrikesEmploys点击高亮显示，单击AND按钮将选择的查询词参加对话框，选择缺省的设置是以OR连接起来的。按住Ctrl键，可以在列表中连续选择多个查询词，当你所有需要的查询词都被高亮显示后，单击AND或OR将他们参加对话框，这时在PubMed的对话框中是这样的容：“Strikes, employee/legislation and jurisprudence MeSH Terms OR “Strikes, employee/statistics and numerical data MeSH Terms让我们使用Inde*再把这次搜索修改一下，我们想把搜索缩小

22、到有关Nurse与已设容围，在输入框中键入Nurse后点击Inde*，在索引中选择Nurse并单击AND将其参加对话框中。点击Preview按钮查看查询结果的数量，对话框中显示的是搜索词、搜索域与布尔运算符。 History历史记录 历史记录中保存的是你所有的查询方案与查询结果，只有当你运行了一次查询之后，History中才有容。History屏幕将会显示：你的查询方案、查询时间、查询到的文献数量。 使用History历史记录 你可以在查询方案中使用查询序数thesearchStatementNumber,如#1、#2、#3等等。 例子：#1AND#2、#7AND#14。 如上个例子显示的，布

23、尔运算符的字母必须大写。 History的一些小知识： a)History所能记录的最大查询数是100 b)一旦查询数量超过100，PubMed会将最早的查询除去，加进最新的一次查询。 c)如果两次查询容一样，PubMed会将头一次的去除。 注意：查询序数不能用在Detail中的保存到URL功能中，这是因为尽管查询方案被保存了，但你的History在你1小时没有动作后将会消失，这时你保存的方案中的查询序号也就会失效。 点击ClearHistory可以将History中的所有容去除。 Clipboard剪切板 剪切板可以帮助你保存或查看在一个后多个查询中选择的条目，然后就可以打印、保存、订购剪切

24、板中的容了。将条目左边的复选框选中，单击“Addtoclipboard就可以将其参加剪切板中，一旦*条被参加，剪切板的记录将会改变颜色。 剪切板使用的小知识 a)如果你没有用复选框选择任何条目，而去点击Addtoclipboard，PubMed将会向其中参加500个条目。 b)剪切板中最大的储存数是500条。 c)剪切板中的容如果你一小时没有任何操作将会消失。 使用剪切板 点击特征条上的Clipboard来观看剪切板中的容，如果想删除剪切板中的*些工程，先将其左面的复选框选中，然后点击Removefromclipboard按钮；要想清空剪切板，不选任何条目，单击Removefromclipboard按钮。 保存剪切板中的容，首先选择一种显示方式，选中你想要的条目如果想保存所有的条目，则哪个也不选，点击Save按钮。 Order订购在PubMed中查到的只是有关一篇文献的信息，而真正的文献全文是不提供的。PubMed的Order功能提供的就是通过一些中介机构来获得全文的效劳，这项效劳通常是收费的。