运用mega5构建系统发生进化树.docx

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运用mega5构建系统发生进化树

运用mega5构建系统发生进化树

1．准备序列文件

准备fasta格式序列文件（fasta格式：

大于号>后紧跟序列名，换行后是序列。

举例如下）。

每条序列可以单独为一个文件，也可以把所有序列放在同一文件内。

核酸序列：

>sequence1_name

CCTGGCTCAGGATGAACGCT

氨基酸序列：

>sequence2_name

MQSPINSFKKALAEGRTQIGF

2．多序列比对

打开MEGA5，点击Align，选择Edit/BuildAlignment，选择Createanewalignment，点击OK。

这时需要选择序列类型，核酸（DNA）或氨基酸（Protein）。

选择之后，在弹出的窗口中直接Ctrl+V粘贴序列（如果所有序列在同一个文件中，即可全选序列，复制）。

也可以：

点击Edit，选择InsertSequenceFromFile，选择序列文件（可多选）。

序列文件加载之后，呈蓝色背景（为选中状态）。

点击按钮，选择AlignDNA（如果是氨基酸序列，则会出现AlignProtein）。

弹出的窗口中设置比对参数，一般都是采用默认参数即可。

点击OK，开始多序列比对。

比对完成后，呈现以下状态。

这时需要截齐两端含有---的序列：

选中含有---的序列，按键Delete删除（注意：

两端都需要截齐）。

截齐之后，保存文件为：

filename.mas

3．构建系统进化树

多序列比对窗口，点击Data，选择PhylogeneticAnalysis，弹出窗口询问：

所用序列是否编码蛋白质，根据实际情况选择Yes或No。

此时，多序列比对文件就激活了，可以返回MEGA5主界面建树了。

MEGA5主界面。

点击Phylogeny，选择Construct/TestNeighbor-JoiningTree…弹出的对话框询问：

是否使用当前激活的数据，选择Yes。

这时弹出建树参数设置对话框，更改No.ofBootstrapReplications为1000，其他参数默认即可，点击Compute。

这里解释一下，Construct/TestMaximumLikelihoodTree…（ML）或Construct/TestNeighbor-JoiningTree…（NJ）或Construct/TestMinimum-EvolutionTree…（ME）为三种不同的建树方法，NJ方法最常用。

建树完成，效果如下所示。

注意，要点击Bootstrapconsensustree查看树形。

保存文件为filename.mts（可以用MEGA5打开）。

4．后期修改

为了美观，也是为了满足发表文章的要求，需要对进化树进行树形、字体、字号的修改。

点击View，选择Options。

弹出窗口中，在Tree标签中可以修改枝与枝之间的距离（TaxonSeparation）、枝长（BranchLength）和树宽（TreeWidth），调整至美观即可。

Branch标签中，可以选择勾选“Hidevalueslowerthan%”，一般隐藏50%以下的数值。

其他的参数可以自行研究，一般默认即可。

文字字体、字号的修改。

方法1：

点击Image，选择SaveasPDFfile，保存至filename.pdf。

打开软件AdobeIllustratorCS6，文件---打开---选择刚刚保存的PDF文件。

修改好之后，文件---导出---可以导出很多种类型的文件。

一般选择保存成TIFF（.tif）文件，颜色模式选择RGB，勾选LZW压缩，其他默认。

方法2：

点击Image，选择CopytoClipboard。

粘贴到Word中，右击进化树图片，编辑图片。

即可更改字体字号。

修改好可以了。

或者进一步导出图片格式：

先将该word文件打印生成PDF文件，再用AdobeIllustratorCS6或