整理蛋白质组信息学实验汇总.docx
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整理蛋白质组信息学实验汇总
实验三、多序列比对
一、软件平台
clustalX、bioedit、DnaMan
二、过程
Clustal：
LoadSequence（数据文件必须在ClustalX目录里）
菜单Alignment->AlignmentParameters->MultipleAlignmentParameters进入参数设置页面
alignment->docompletealignment，进行完全比对（生成.dnd和.aln文件）
比对完成，选择保存结果文件的格式phy：
File->SaveSequenceas->
结果处理：
Bioedit:
导入.aln文件
“掐头去尾”edit
DnaMan:
打开DnaMan,依次打开“文件/打开指定的/多重比对”，载入ClustalX比对后的.aln文件
点击options，参数设置，在这里，你可以设置每行显示的序列，是否显示一致序列，彩色或黑白等
点击Output,输出为图形文件
实验五、分子进化与系统发育分析
一、软件平台
clustalX,
MEGA,
Phylip（注：
phylip使用方法可搜“phylip软件的说明”）
TreeView
二、实验过程
ClustalX：
（1）使用CLUSTALX多序列比对，输出格式为*.PHY（具体见上文）
（2）下载phylip，双击打开SEQBOOT,按路径输入刚才生成的*.PHY文件；设定适当参数（4n+1）；输出outfile1文件。
（3）打开PROTPARS（最大简约性法）【可选，具体情况具体分析】，输入outfile1文件后，得到outfile2和outtree1;
（4）打开CONSENSE程序，输入outtree2，运行输出outfile3和outtree3文件;
（5）树文件outtree3用TREEVIEW软件打开显示
MEGA软件：
（1）File->openafile/session->打开fasta文件，选择相应的datatype
（2）Align->edit/buildaligns->Retrievesequencesfromafile,打开文件；
（3）点击Phylogeny选项，选择建树方法，建树保存。
实验六、蛋白质预测
一、实验平台
PredictProtein（账号），JPred，SOPMA
二、实验结果
首先下载好序列数据
（1）PredictProtein：
（Dashboard中右上角Html）
二级结构:
Prediction（brief）;
结构域：
Protein-Proteinbinding;
Motif：
pattern-ID;
跨膜区：
PHDresult；
二硫键：
Resultforquery.blastpsimat中的数字；
实验七、预测结构并同源建模
一、实验平台
Swiss-model,modeller,PROCHECK,Molpobity,VMD
二、实验过程
用swiss-model和modeller分别预测如下序列的结构，并用PROCHECK和Molpobity分别评价所得预测模型，详细注释所得结果；
Modeller用法：
（搜索“modeller中文教程”，陈照强博客）、、
下载模板，并去除杂原子（pdb或swiss-model）；将待建序列处理成.ali文件；【
>P1;nature
sequence:
nature:
:
:
:
:
:
:
0.00:
0.00】
（1）单模板：
align.pymodel_single.py
evaluate_model1.py（pdb）evaluate_model2.py（ali）
使用得到的profile中数据作图;modeller同源建模后，使用chimera对模型做了1500步的最速下降法，得到最终模型
（2）多模板：
评估软件：
http:
//nihserver.mbi.ucla.edu/SAVES/
实验八、蛋白质功能预测
1,blast序列，数据库选择nr，保存blast结果，查看domain信息以及系统进化树关系http:
//blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
2,protscale工具，web.expasy.org/protscale/
3,ProtParam工具计算等电点等信息（Gravy值的范围在2~-2之间，正值表面此蛋白为疏水蛋白，负值表明是亲水蛋白）、http:
//web.expasy.org/protparam/
4,mitif_scan查找motif、http:
//myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/motif_scan
5,三维结构信息，二级结构:
http:
//gor.bb.iastate.edu/https:
//www.predictprotein.org/三级结构:
http:
//swissmodel.expasy.org/repository/
6,相互作用：
http:
//string-db.org/newstring_cgi/show_network_section.pl
7,信号肽http:
//www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/
8,跨膜区域分析http:
//www.ch.embnet.org/cgi-bin/TMPRED_form_parser
9,Pathwayhttp:
//smart.embl-heidelberg.de/smart/
10,蛋白质修饰http:
//ptmcode.embl.de/
11,疾病相关http:
//databases.lovd.nl/shared/transcripts/ERBB2
12,代谢途径SMARThttp:
//smart.embl-heidelberg.de/
实验九、蛋白质翻译后修饰
磷酸化位点：
phosphositePlus:
http:
//www.phosphosite.org/Login.jsp
糖基化位点：
dbPTM:
http:
//dbptm.mbc.nctu.edu.tw/
二、建设项目环境影响评价
1.环境影响评价依据的环境标准体系
（1）结合评价对象的特点，阐述编制安全预评价报告的目的。
实验十、cytoscape应用实践
○1导入test.sif文件：
importNetwork（MultipleFileTypes）
○2修改布局：
LayoutCytoscapeLayoutSpringEmbedded
（1）结合评价对象的特点，阐述编制安全预评价报告的目的。
○3寻找配体分子chainB直接相互作用的残基：
Search框中搜索”B”,SelectNodesFirstNeighborsofSelectedNodes;
3.划分评价单元○4将子网络取出：
FileNewNetworkFromSelectedNodes,alledges
一、环境影响评价的发展与管理体系、相关法律法规体系和技术导则的应用○5不同颜色标注不同相互作用类型：
PluginsRINalyzerVisualProperties
（1）资质等级。
评价机构的环评资质分为甲、乙两个等级。
环评证书在全国范围内使用，有效期为4年。
（4）建设项目环境保护措施及其技术、经济论证。
发现规划环境影响报告书质量存在重大问题的，审查时应当提出对环境影响报告书进行修改并重新审查的意见。
1.环境影响评价工作等级的划分
实验十二、KEGG使用
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