生物信息学BLAST实验报告.docx

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生物信息学BLAST实验报告

南方医科大学实验报告

姓名

学号

专业年级

基础学院生物信息学教研室

题目

BLAST

日期

实验者

一、实验目的

1，了解BLAST算法原理

2，掌握BLAST参数设定的意义

3，利用BLAST解决生物学问题，如寻找给定序列（DNA或者蛋白质）的同源序列。

二、实验器材

电脑

三、方法与步骤

给定人蛋白RBP4（NP_006735）或者用自己的序列。

1限定物种为人（Homosapiens），在参考序列数据库中搜索，列出结果（具体比对不列）。

1）进入BLAST主页

http:

//blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

2）限定物种为人Homosapiens

3）在参考序列数据库中搜索

4）CLICKBLAST

2分别限定物种为Musmusculus，Rattusnorvegicus，Drosophilamelanogaster，Bostaurus，Daniorerio，各列出E值最小的两条序列。

1）选择物种

3）输入序列，选择数据库和BALST程序，点击BLAST

4）E值最小的两个序列

5）其余物种依次重复

四、结果与讨论

限定物种为人（Homosapiens），在参考序列数据库中搜索，列出结果（具体比对不列）。

分别限定物种为Musmusculus，Rattusnorvegicus，Drosophilamelanogaster，Bostaurus，Daniorerio，各列出E值最小的两条序列。

Musmusculus

Rattusnorvegicus

Drosophilamelanogaster

Bostaurus

Daniorerio