Phylip中文使用说明.docx
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Phylip中文使用说明
Phylip中文使用说
Introduction
PHYLIP程序的运行
这些程序要按照一定的顺序来运行。
前一个程序的输出作为下一个程序的输入。
如何合理的组合这些程序也很关键。
在windows中，PHYLIP程序可通过双击程序的图标来启动，或是在命令行中输入程序的名称来启动。
我们建议使用命令行方式，因为你也许能看到一些错误提示。
它启动的方是：
开始->所有程序->附件->命令提示符。
大部分PHYLIP程序运行方法相同。
程序把infile作为默认输入文件，如果没有找到它将要求用户输入数据文件的名称。
输出结果写在outfile文件中。
有些则写在outfile和outtree或plotfile中。
因为大部分程序使用默认的输入和输出文件名，所以在下一步的分析前，要重命名你想保存的文件。
比如，你用Dnadist得到了距离矩阵（outfile），你还想试试不同的设置，那么再做矩阵计算前，你可以把outfile重命名为dnadist_outfile，或其它名称，这样你就能区别两次的结果了。
程序
重抽样工具
该程序生成一系列的特殊的随机样本，保存在outfile中。
这些样本在后继的分析中作为一个序列对文件，要设置选项M（usemultipledatasets）。
Seqboot 生成随机样本，用bootstrap和jack-knife方法。
距离方法：
顺序使用这些程序。
首先，用dandist或protdist程序计算序列比对结果的距离矩阵。
接着这个矩阵被fitch、kitsch或neighbor程序转换为树。
Dandist和protdist程序的输出文件是outfile。
在运行fitch、kitsch或neighbor前，outfile应该重命名为infile或另外的名字。
fitch、kitsch和neighbor的输出文件是outfile和outtree。
Dnadist DNA距离矩阵计算器
Protdist 蛋白质距离矩阵计算器
Fitch 没有分子时钟的Fitch-Margoliash树
Kitsch 有分子时钟的Fitch-Margoliash树
Neighbor Neighbor-Joining和UPGMA树
基于字符的方法
这些程序读入一个序列对，它们的输出文件是outfile和outtree。
Dnapars DNA简约法
Dnapenny DNA简约法usingbranch-and-bound
Dnaml DNA最大似然，无分子时钟
Dnamlk DNA最大似然，有分子时钟
Protpars 蛋白质简约法
Proml 蛋白质最大似然法
画树
这些程序可画newick格式的树。
如，danml程序生成的树。
Drawgram和drawtree生成文件为plotfile，而retree生成outtree。
Drawgram 画有根树
Drawtree 画无根树
Retree interactivetree-rearrangement
一致树
用多重树构建一致树。
如，dnapars可生成多重树，可用consense程序来汇总。
Bootstrap的结果也由它来汇总为一棵majorityruletree。
Consense drawsconsensustreesfrommultipletrees
树的距离
计算多个树间的基于拓朴结构的距离。
该方法可用来比较不同分析方法的结果。
Treedist 计算树拓朴结构间的距离
Example距离法
一．获取序列
一般自己通过测序得到一段序列（已知或未知的都可以），通过NCBI的BLAST获取相似性较高的一组序列，下载保存为FASTA格式。
用BIOEDIT等软件编辑序列名称，注意PHYLIP在DOS下运行，文件名不能超过10位，超过的会自动截留前面10位。
二、多序列比对
目前一般应用CLASTALX进行，注意输出格式选用PHY格式。
生成的指导树文件（DND文件）可以直接用TREEVIEW打开编辑，形式上和最终生成的进化树类似，但是注意不是真正的进化树。
在clusterx中，生成的phylip文件的序列名称被截断成10字符，所以命名时注意要让树中出现什么名字。
三、构建进化树
N-J法建树
依次应用PHYLIP软件中的SEQBOOT.EXE、DNADIST.EXE、NEIGHBOR.EXE和CONSENSE.EXE打开。
具体步骤如下：
（1）打开seqboot.exe
Seqboot首先检查该程序所在文件夹中是否有infile文件。
如果没有找到infile，它就会提示你输入序列比对文件。
输入文件名：
输入你用CLASTALX生成的PHY文件（*.phy）。
J选项有三种条件可以选择，分别是Bootstrap、Jackknife和Permute。
在此选择BootStrap
R为bootstrap的次数，R选项让使用者输入重复的replicate数目。
所谓replicate就是用Bootstrap法生成的一个多序列组。
根据多序列中所含的序列的数目的不同可以选取不同的，常用100或者1000。
（设你输入的值为M，即下两步DNADIST.EXE、NEIGHBOR.EXE中的M值也为100或者1000）
当我们设置好条件后，键入Y按回车。
得到一个文件outfile，这个文件包括了1000个replicate。
输入Randomnumberseedoddnumber:
（4N+1）（eg:
1、5、9…）
改好了y
得到outfile（在phylip文件夹内）
改名为seqbootoutfile
（2）打开Dnadist.EXE
输入seqbootoutfile
得到dnadist的菜单
NucleicacidsequenceDistanceMatrixprogram,version3.66
Settingsforthisrun:
DDistance（F84,Kimura,Jukes-Cantor,LogDet）?
F84
GGammadistributedratesacrosssites?
No
TTransition/transversionratio?
2.0
COnecategoryofsubstitutionrates?
Yes
WUseweightsforsites?
No
FUseempiricalbasefrequencies?
Yes
LFormofdistancematrix?
Square
MAnalyzemultipledatasets?
No
IInputsequencesinterleaved?
Yes
0Terminaltype（IBMPC,ANSI,none）?
ANSI
1PrintoutthedataatstartofrunNo
2PrintindicationsofprogressofrunYes
Ytoaccepttheseortypetheletterforonetochange
输入d按回车将循环得到不同的进化模式（一般不选）
输入m修改M值，再按D，然后输入1000（M值对应前面BootStrap中的重复数值）
y
得到outfile（在phylip文件夹内）
改名为dnadistoutfile
（3）打开Neighboor.EXE
输入dnadistoutfile
菜单
Neighbor-Joining/UPGMAmethodversion3.66
Settingsforthisrun:
NNeighbor-joiningorUPGMAtree?
Neighbor-joining
OOutgrouproot?
No,useasoutgroupspecies1
LLower-triangulardatamatrix?
No
RUpper-triangulardatamatrix?
No
SSubreplicates?
No
JRandomizeinputorderofspecies?
No.Useinputorder
MAnalyzemultipledatasets?
No
0Terminaltype（IBMPC,ANSI,none）?
ANSI
1PrintoutthedataatstartofrunNo
2PrintindicationsofprogressofrunYes
3PrintouttreeYes
4Writeouttreesontotreefile?
Yes
Ytoaccepttheseortypetheletterforonetochange
选项J，设置随即分布
选项O是让使用者设定一个序列作为outgroup，这个不选，在后期用treeview或者mega打开再选择。
输入m，修改M=1000（M值）
输入Randomnumberseedoddnumber:
（4N+1）（eg:
1、5、9…）
按Y
得到outfile和outtree（在phylip文件夹内）
改outtree为neighborouttree，outfile改为neighboroutfile
（4）打开consense.exe
输入neighborouttree
y
得到outfile和outtree（在phylip文件夹内）
Outfile可以改为*.txt文件，用记事本打开阅读。
outtree可改为njouttree
想用treeview看到树图的bootstrap值必须用consense做出的outtree
（5）打开drawgram.exe（有根）或者drawtree.exe（无根）（这一步也可以不做）
该程序首先寻找文件fontfile，如果找不到它（如果你没有把字体文件之一改为fontfile的话），它会提示输入一个字体文件。
输入font1。
P选择图像输出格式
W对应的最终画图设备改为MS-windowsbitmap。
它还要要求你输入树的维数，比如说2000*2000。
Y按回车。
Drawgram打开一个新的窗口，你可以看到一棵树，如果你满意这个结果，选择file菜单中的plot。
在当前文件夹中出现一个plotfile文件。
如果你将它重命名为plotfile.bmp，就可用图形工具将它打开了。
四、进化树编辑和阅读
outtree可改为*.tre文件，直接双击在treeview里看；也可以不改文件扩展名，直接用treeview、PHYLODRAW、NJPLOT等软件打开编辑。
TREEVIEW可以显示BOOTSTRAN值，序列较多（60条以上）的时候打开直接显示有明显的重叠，可以在打印预览中显示，或输出为EMFWMF图片文件看，但是序列较多时BOOTSTRAN值的显示位置比较乱，和序列名称有重叠。
PHYLODRAW的编辑功能较强，可以自由调节X、Y轴的长度。
输出格式为BMP、PS格式。
缺点是不能直接显示BOOTSTRAN值，包括打开TREEVIEW输出的NEX文件，而且输出的BMP文件不全，类似截屏文件，可以用PHOTOSHOP进行拼接合成，添加BOOTSTRAN值和注解符号等。
据说也可以将PS文件用记事本打开，改变其中的字号，然后通过ADOBE DISTRILLOR将PS转化为PDF，就可以解决问题。
如果发现还有重叠，可以再次改变PS文件中的字号大小，直到合适为止。
NJPLOT可以显示BOOTSTRAN值和分值长度。
但是不能调节图片X、Y轴的长度。
也可以用CLASTALX中的BOOTSTRANN-JTREE法生成进化树，TREE菜单输出格式选项（OUTPUTFORMATOPTION）中的BOOTSTRANLABELSON选NODE（节点）。
在treeview里，选择tree菜单,然后把showinternaledgelables的选项打勾了，直接打开生成的文件bootstrap的值就可以显示出来
建MP,ML树将Dnadist和Neighboot两步分修别改为Dnapars和Dnaml，两步变作一步，其余步骤相同。
蛋白质距离法构建N-J树
蛋白质构建树软件使用步骤
DNA构建树软件使用步骤
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