Phylip中文使用说明.docx

1、Phylip中文使用说明Phylip中文使用说IntroductionPHYLIP程序的运行这些程序要按照一定的顺序来运行。前一个程序的输出作为下一个程序的输入。如何合理的组合这些程序也很关键。在windows中，PHYLIP程序可通过双击程序的图标来启动，或是在命令行中输入程序的名称来启动。我们建议使用命令行方式，因为你也许能看 到一些错误提示。它启动的方是：开始-所有程序-附件-命令提示符。大部分PHYLIP程序运行方法相同。程序把infile作为默认输入文件，如果没有找到它将要求用户输入数据文件的名称。输出结果写在 outfile文件中。有些则写在outfile和outtree或plot

2、file中。因为大部分程序使用默认的输入和输出文件名，所以在下一步的分析前，要重命名你想保存的文件。比如，你用Dnadist得到了距离矩阵 （outfile），你还想试试不同的设置，那么再做矩阵计算前，你可以把outfile重命名为dnadist_outfile，或其它名称，这样你就 能区别两次的结果了。程序重抽样工具该程序生成一系列的特殊的随机样本，保存在outfile中。这些样本在后继的分析中作为一个序列对文件，要设置选项M（use multiple datasets）。Seqboot 生成随机样本，用bootstrap和jack-knife方法。距离方法：顺序使用这些程序。首先，用dan

3、dist或protdist程序计算序列比对结果的距离矩阵。接着这个矩阵被fitch、kitsch或 neighbor程序转换为树。Dandist和protdist程序的输出文件是outfile。在运行fitch、kitsch或neighbor 前，outfile应该重命名为infile或另外的名字。fitch、kitsch和neighbor的输出文件是outfile和outtree。Dnadist DNA距离矩阵计算器Protdist 蛋白质距离矩阵计算器Fitch 没有分子时钟的Fitch-Margoliash树Kitsch 有分子时钟的Fitch-Margoliash树Neighbor N

4、eighbor-Joining和UPGMA树基于字符的方法这些程序读入一个序列对，它们的输出文件是outfile和outtree。Dnapars DNA简约法Dnapenny DNA简约法using branch-and-boundDnaml DNA最大似然，无分子时钟Dnamlk DNA最大似然，有分子时钟Protpars 蛋白质简约法Proml 蛋白质最大似然法画树这些程序可画newick格式的树。如，danml程序生成的树。Drawgram和drawtree生成文件为plotfile，而retree 生成outtree。Drawgram 画有根树Drawtree 画无根树Retree i

5、nteractive tree-rearrangement一致树用多重树构建一致树。如，dnapars可生成多重树，可用consense程序来汇总。Bootstrap的结果也由它来汇总为一棵 majority rule tree。Consense draws consensus trees from multiple trees树的距离计算多个树间的基于拓朴结构的距离。该方法可用来比较不同分析方法的结果。Treedist 计算树拓朴结构间的距离Example 距离法一获取序列一般自己通过测序得到一段序列（已知或未知的都可以），通过NCBI的BLAST获取相似性较高的一组序列，下载保存为FAST

6、A格式。用BIOEDIT等软件编辑序列名称，注意PHYLIP在DOS下运行，文件名不能超过10位，超过的会自动截留前面10位。二、多序列比对目前一般应用CLASTAL X进行，注意输出格式选用PHY格式。生成的指导树文件（DND文件）可以直接用TREEVIEW打开编辑，形式上和最终生成的进化树类似，但是注意不是真正的进化树。在cluster x中，生成的phylip文件的序列名称被截断成10字符，所以命名时注意要让树中出现什么名字。三、构建进化树N-J法建树依次应用PHYLIP软件中的SEQBOOT.EXE、DNADIST.EXE、NEIGHBOR.EXE和CONSENSE.EXE打开。具体步

7、骤如下：（1）打开seqboot.exeSeqboot首先检查该程序所在文件夹中是否有infile文件。如果没有找到infile，它就会提示你输入序列比对文件。输入文件名：输入你用CLASTAL X生成的PHY文件（*.phy）。J选项有三种条件可以选择，分别是 Bootstrap、Jackknife和Permute。在此选择BootStrapR为bootstrap的次数，R选项让使用者输入重复的replicate数目。所谓replicate就是用Bootstrap法生成的一个多序列组。根据多序列中所含的序列的数目 的不同可以选取不同的，常用100或者1000。（设你输入的值为M，即下两步DN

8、ADIST.EXE、NEIGHBOR.EXE中的M值也为100或者1000）当我们设置好条件后，键入Y按回车。得到一个文件 outfile，这个文件包括了1000个replicate。输入Random number seed odd number: (4N+1)(eg: 1、5、9)改好了y得到outfile（在phylip文件夹内）改名为seqbootoutfile（2）打开Dnadist.EXE输入seqbootoutfile得到dnadist的菜单Nucleic acid sequence Distance Matrix program, version 3.66Settings for

9、 this run:D Distance (F84, Kimura, Jukes-Cantor, LogDet)? F84G Gamma distributed rates across sites? NoT Transition/transversion ratio? 2.0C One category of substitution rates? YesW Use weights for sites? NoF Use empirical base frequencies? YesL Form of distance matrix? SquareM Analyze multiple data

10、 sets? NoI Input sequences interleaved? Yes0 Terminal type (IBM PC, ANSI, none)? ANSI1 Print out the data at start of run No2 Print indications of progress of run YesY to accept these or type the letter for one to change输入d按回车将循环得到不同的进化模式（一般不选）输入m修改M值，再按D，然后输入1000（M值对应前面BootStrap中的重复数值）y得到outfile（在p

11、hylip文件夹内）改名为dnadistoutfile （3）打开Neighboor.EXE输入dnadistoutfile菜单Neighbor-Joining/UPGMA method version 3.66Settings for this run:N Neighbor-joining or UPGMA tree? Neighbor-joiningO Outgroup root? No, use as outgroup species 1L Lower-triangular data matrix? NoR Upper-triangular data matrix? NoS Subrep

12、licates? NoJ Randomize input order of species? No. Use input orderM Analyze multiple data sets? No0 Terminal type (IBM PC, ANSI, none)? ANSI1 Print out the data at start of run No2 Print indications of progress of run Yes3 Print out tree Yes4 Write out trees onto tree file? YesY to accept these or t

13、ype the letter for one to change选项J，设置随即分布选项O是让使用者设定一个序列作为outgroup，这个不选，在后期用treeview或者mega打开再选择。输入m，修改M=1000（M值）输入Random number seed odd number: (4N+1)(eg: 1、5、9)按Y得到outfile和outtree（在phylip文件夹内）改outtree为neighborouttree，outfile改为neighboroutfile(4)打开consense.exe输入neighborouttreey得到outfile和outtree（在phy

14、lip文件夹内）Outfile可以改为*.txt文件，用记事本打开阅读。outtree可改为njouttree想用treeview看到树图的bootstrap值 必须用consense 做出的outtree（5）打开 drawgram.exe（有根） 或者drawtree.exe(无根)(这一步也可以不做)该程序首先寻找文件fontfile，如果找不到它（如果你没有把字体文件之一改为fontfile 的话），它会提示输入一个字体文件。输入font1。P 选择图像输出格式W对应的最终画图设备改为MS-windows bitmap。它还要要求你输入树的维数，比如说2000 * 2000。Y按回车。

15、Drawgram打开一个新的窗口，你可以看到一棵树，如果你满意这个结果，选择file菜单中的plot。在当前文件夹中出现一个 plotfile文件。如果你将它重命名为plotfile.bmp，就可用图形工具将它打开了。四、进化树编辑和阅读outtree可改为*.tre文件，直接双击在treeview里看；也可以不改文件扩展名，直接用treeview、PHYLODRAW、NJPLOT等软件打开编辑。TREEVIEW可以显示BOOTSTRAN值，序列较多（60条以上）的时候打开直接显示有明显的重叠，可以在打印预览中显示，或输出为EMF WMF图片文件看，但是序列较多时BOOTSTRAN值的显示位置

16、比较乱，和序列名称有重叠。PHYLODRAW的编辑功能较强，可以自由调节X、Y轴的长度。输出格式为BMP、PS格式。缺点是不能直接显示BOOTSTRAN值，包括打开TREEVIEW输出的NEX文件，而且输出的BMP文件不全，类似截屏文件，可以用PHOTOSHOP进行拼接合成，添加BOOTSTRAN值和注解符号等。据说也可以将PS文件用记事本打开，改变其中的字号，然后通过ADOBEDISTRILLOR将PS转化为PDF，就可以解决问题。如果发现还有重叠，可以再次改变PS文件中的字号大小，直到合适为止。 NJPLOT可以显示BOOTSTRAN值和分值长度。但是不能调节图片X、Y轴的长度。也可以用CLASTAL X中的BOOTSTRAN N-J TREE法生成进化树，TREE菜单输出格式选项（OUTPUT FORMAT OPTION）中的BOOTSTRAN LABELS ON 选NODE（节点）。在treeview里，选择tree菜单 ,然后把show internal edge lables 的选项打勾了，直接打开生成的文件bootstrap的值就可以显示出来建MP,ML树将Dnadist和Neighboot两步分修别改为Dnapars和Dnaml，两步变作一步，其余步骤相同。蛋白质距离法构建N-J树蛋白质构建树软件使用步骤DNA构建树软件使用步骤