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Chemdraw技巧

第二章Chemdraw的使用及技巧

 

输入温度摄氏度的方法:

打开输入文本框——view——showcharactermapwindow——选择第一列倒数第五个,然后输入大写的C即可

第一节绪论

1.1安装ChemDraw

1.2ChemDraw界面结构

ChemDraw的主操作界面如图2-2

图2-2ChemDraw界面

1.3Undo和Redo命令

可以通过点击图标

来进行操作。

下面是对结构工具栏主要部分的使用的描述。

1.4默认设置的变化

File菜单的下拉选项中Preference可以改变各种默认设置。

1.5ChemDraw文件操作

ChemDraw文件本身的格式是*.cdx。

在File/ApplyDocumentSettingsfrom…中集成了国际很多通用的格式,经常用的会是ACS格式。

不同的格式对ChemDraw画分子结构有不同的要求。

例如:

下面是ACS(美国化学会)所有杂志包括JACS对ChemDraw画分子结构的要求:

1)Asdrawingsettingsselect:

chainangle120°

bondspacing18%ofwidth

fixedlength14.4pt(0.508cm,0.2in.)

boldwidth2.0pt(0.071,0.0278in.)

linewidth0.6pt(0.021cm,0.0084in.)

marginwidth1.6pt(0.056cm,0.0222in.)

hashspacing2.5pt(0.088cm,0.0347in.)

2)Astextsttingsselect:

FontHelvetica

Size10pt

3)Underthepreferenceschoose:

UnitsPoints

Tolerances3Pixels

4)Setthepagesetupto100%

5)Labelthedrawings:

"Reduceto75%ofcurrentsizeforpublication."

每次打开一个文件就会出现一个新的文件窗口,如果打开多个文件,文件窗口只显示最后打开的文件,通过Ctrl+Tab可以进行窗口的变换。

也可以用Window来切换。

第二节化学结构的绘制

2.1键工具

1.固定键的长度,角度

软件对键的长度有一定的限制,在Object下拉菜单中,点击Fixedlengths,则画出的键长度固定。

同样的方法Fixedangles用于固定键的角度,默认值15度为一个单位。

如果需要临时改变键的长度或者角度,按下Alt键,同时按动键到所需长度和角度即可。

对于画好的键只想改变方向不改变长度可以A、按住shift,光标移到键的一端移动即可

B、用选取框Marquee

2.楔键

工具

点击楔键工具——放在需要的地方——单击,放开之前可以随意改变方向

也可以放在已画好的键的中间(会出现相应的图标),将其改成楔形键

3.多重键的绘制

工具栏中双键图标中选择

4.碳氢长链的绘制

使用

无环链工具,选择。

按住鼠标,上下移动可以改变长链的方向。

2.2环工具

环己烷椅式结构可以用两个方位进行绘制,选择

工具,点击即可得到水平方向环,按住shift点击则得到竖直方向环。

在放开之前可以随意改变方向。

除了环己烷椅式结构外,其他环工具在按住Ctrl键时点击均会得到不定域共轭结构,如图2-4。

图2-4组合键对环工具的影响

对于苯环,双键可以绘制成任意两个方向之一,可以通过按下shift键同时单击进行切换。

如图2-5。

图2-5shift键对于苯环方向的影响

或者在放开之前旋转改变方向。

2.3画原子

选择相应原子,旋转

2.4键的前后交叉

把一个被交叉在前面的键移到后面的方法。

用框选框选择键,点击object菜单中的bringtofront和sendtoback实现。

第三节文本说明和文字标记

4.1文本

建立文本的方法:

利用文本工具

,在所希望处单击即可。

(也可以在所需处双击出现输入框)需要重新编辑的话,在原文本处单击。

在工具栏Text下拉菜单中,可以改变字体,字形,以及字号。

在字形子菜单中包括三种常见字的操作:

Superscript、Subscript、Formula,Superscript是上标,Subscript是下标,Formula字形,数字自动缩小,比如输入C6H6时,自动形成C6H6。

文本文件默认的是左对齐

输入希腊字母和一些化学符号时

A、在view菜单中,选择ShowCharacterMapWindow即可在弹出的对话框中选择;

B、改变字形处选择symbol然后根据所需符号的形声对应字母输入,例如字母与希腊字母对应关系α-a,β-b,π-p,ω-w等等,

第四节绘制轨道和符号

4.1轨道工具

点击会出现一系列子目录,使用方便,可以绘制各种轨道。

4.2化学符号

即可进入,分别就一些并不常用的符号工具举例进行演示。

1)

分别表示沿Z轴向平面外伸和进入的H原子。

如图2-8

图2-8H点H划的应用

2)

阳离子阴离子符号,在对应原子附近定位,当出现反色的小方块时,点击即可,符号会自动集成到原字上。

表示带电的基团。

其他的仅举一例,如图2-9。

图2-9正电荷符号的应用

另外,所有化学符号,按住shift键同时拖动鼠标可以进行旋转。

第六节绘制箭头,弧及其他图形

6.1箭头工具

所有箭头工具如图2-13,根据需要选择,点击放开之前可进行箭头的拉伸,缩短和转向。

选中箭头,出现相应的图标后也可以进行整体的旋转(还有相应的角度),。

图2-13箭头工具

6.2基元工具

内含一些球形工具,用于绘制3D分子结构,线工具,用于绘制直线虚线等,可以画立体图形,如正八面体等。

还有一些方框工具,可以把所绘结构放到方框中,更为正规。

6.3括号工具

内含大小中括号

6.4弧形工具

可以绘制固定角度的弧,同样选中弧形出现相应图标后可以进行旋转和大小的调整。

6.5笔工具

笔工具可以绘制一些图形和曲线,图2-14是一些用笔工具绘制的图形。

图2-14笔工具的使用范例

1.单击绘制

在曲线开始处单击,移动光标,再次单击得到第二个点,两点以直线相连,依次类推,图2-15为用单击操作绘制的图形。

图2-15笔工具单击操作绘制的图形

2.按动绘制曲线

●在曲线开始处单击,移动光标,再次单击得到第二个点并且按动,通过控制柄的移动,得到不同弧度的曲线,继续单击并按动,得到下一段曲线,依此类推。

按ESC键或选择另一个工具退出编辑。

此功能主要用于绘制化学反应机理等。

第七节选择应用

7.1选择应用及旋转、缩放

选择框,一个是任意形状选中,一个是规则矩形选中,选中物体后,同时具有缩放和旋转物体功能。

选中物体后,光标指向在所出现矩形框的最上面的有上角的一个黑色的直角弧,出现一个具有双箭头的弧线,按住鼠标左键即可旋转所绘图形。

鼠标移向右下角时出现一个双箭头拉伸符,按住既可缩放图形。

如图2-17。

而在双击双箭头符号时会出现一个对话框,可以设置拉伸的百分比和旋转的具体角度。

便于操作。

如图2-18。

图2-17矩形选择框的使用

图2-18拉伸旋转数字对话框

7.2移动结构

1.选择结构后,光标移至结构处变为手形,此时按住鼠标左键即可拖动结构。

2.按住shift键在进行以上操作可以进行限制在水平竖直位置的移动,绘制化学方程式的时候十分管用。

3.另外,选中结构,通过键盘上的四个方向键可以在方向键所指方向上进行小幅度移动,同时按住alt键进行刚才的操作进行该方向上较大幅度移动。

7.3复制结构

1.选中结构,按住Ctrl键同时按动鼠标左键拖动即可得到一个同样的结构

2.Ctrl+shift+按动可以在水平方向进行复制。

7.4拉曲(rotate)被选结构

选中结构,按住shift,并把鼠标指向右下角改变尺寸的箭头处,即可以进行上下或者左右的拉伸。

第八节绘制技巧

用快捷键标记原子

每次绘制键的时候,最后一个被绘制的原子将是快捷键。

如绘制甲苯,在绘制一个苯环和一根键后直接按C,此时自动会出现CH3。

如图2-19。

图2-19最后原子的标注

俗名(nickname的应用)

俗名的输入:

定位于已绘制的结构中的原子处。

按“=”键

从中选择所需要结构,回车或者点击OK即可。

 

检查结构信息

1.检查结构structure/checkstructure

将会在对话框中给出出错信息。

2.分析信息view/showanalysisinformation

在其中会给出分子式(formula),精确质量(exactmass),分子量(molecularweight),元素分析(elementanalysis),也就是结构中每种元素的质量百分比。

可以有选择的进行复制粘贴。

 

第十节结构的整体处理

object菜单中的align子菜单可以对结构进行对齐处理。

第十一节特别功能

11.1推测NMR谱

绘制结构,全部选中,在Structure中选择1HNMRShift命令得到1HNMR谱,选择12CNMRShift命令得到12CNMR谱

11.2实验仪器的绘制

在模板中有很多实验仪器,可以绘制装置图。

画出结构得到名称:

框选所画结构——convertnametostructure即可

 

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