系统发育树的编辑.docx

系统发育树的编辑.docx

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系统发育树的编辑

系统发育树的编辑与图形输出

*可用于系统发育树编辑与图形输出的软件很多，可根据研究目的和使用习惯选择其中的一种或几种使用。

与系统发育分析软件一样，各种编辑系统发育树的软件也可在一下网址下载：

evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html#Plotting

bioinfo.unice.fr/biodiv/Tree_editors.html

Dendroscope的使用

*该软件可免费下载，地址是：

-ab.informatik.uni-tuebingen.de/software/dendroscope

*该软件安装后必须注册，否则部分功能无法解锁，注册密码可在下载软件的网页的“Dowload”条目下点击“Obtainalicensekeyonline”

[Useoftheprogramrequiresa license.Academiclicensesarefreelyavailabletoallacademicusers.Usageinnon-academicsettingsrequiresafreecommericallicense. Allusesoftheprogrammustbeacknowledgedby citingourpaper onDendroscope. Obtainalicensekeyonline.]

Yourpersonallicence-keyis:

fuice

GUANGXINORMAL

fuicewwwhotmail.

11590779

一、树的导入和选择

运行“Dendroscope”，点击“File→Open”，在弹出的“打开”对话框中指定要打开的树文件，点击“确定”按钮即可导入树文件。

如果一个文件中包含多棵树，可用“Tree→NextTree”和“Tree→PreviousTree”菜单命令选择。

用“File→RecentFiles”可直接打开最近编辑过的树文件。

用“Windows→EnterTree”菜单命令可以在弹出的“Input”小窗口中直接用键盘输入一棵Newick格式的树。

二、树的编辑

1.分支的选择：

用“Select→……”菜单命令可根据需要选择部分或全部分支。

“Select→SelectAll”：

选择全部分支和节点。

用“Select→DeselectAll”或将鼠标移到非树区域点击左键可取消全部选择。

“Select→SelectNodes”：

选择全部分支节点，包括末端分类单元；按住“Shift”键点击鼠标左键可选定任意数量的分支节点。

用“Select→DeselectNodes”可取消对节点的选择。

“Select→SelectEdges”：

选择全部分支；按住“Shift”键点击鼠标左键可选定任意数量的分支。

用“Select→DeselectEdges”可取消对分支的选择。

“Select→SelectLabeledNodes”：

选择有标签的节点；按住“Shift”键点击鼠标左键可选定任意数量的分支节点。

用“Select→DeselectNodes”可取消对这些节点的选择。

“Select→SelectLabeledLeaves”：

选择树的分支末端（即树叶leaves），按住“Shift”键点击鼠标左键可选定任意数量的分支末端。

用“Select→DeselectNodes”可取消对这些分支末端的选择。

“Select→SelectRoot”：

选择树根节点，用“Select→DeselectNodes”可取消对树根节点的选择。

“Select→SelectNon-terminal”：

选择不与分支末端相连的分支，按住“Shift”键点击鼠标左键可选定任意数量的非末端分支。

用“Select→DeselectEdges”可取消对这些分支的选择。

“Select→InvertSelection”：

可选定与刚才的选定的对象相反的对象。

例如，先用“Select→SelectNodes”命令选定分支节点，则用“Select→InvertSelection”命令可转而选定所有分支；先用“Select→SelectNon-terminal”命令选定了不与分支末端相连的分支，则用“Select→InvertSelection”命令可转而选定所有的与分支末端相连的分支；先用“Select→SelectRoot”选定了树根节点，则用“Select→InvertSelection”命令可转而选定所有的非根节点和分支；其余类推。

2.分支塌陷、提取子树及导入分类单元图像

“Option→Collapse”：

[Collapseselectednodes]可以使选定节点以后的分支塌陷，合并为一个关系不确定的分支群。

用“Option→Uncollapse”命令可以指定恢复塌陷的分支；用“Option→UncollapseSubtree”命令可以恢复选定节点以下的所有塌陷的子树。

“Option→CollapseComplement”：

[Collapsethecomplementofcurrentlyselectednodes]使当前选定节点的互补分支（即与选定节点构成单系的分支？

）塌陷。

用“Option→Uncollapse”命令可以指定恢复塌陷的分支；用“Option→UncollapseSubtree”命令可以恢复选定节点以下的所有塌陷的子树。

“Option→CollapseAtLevel”：

[Collapseallnodesatgivendepthintree]在指定的分支水平上使分支塌陷；分支水平的计算方法是从树根算起，第1个不与末端分支直接连接的分支为1级分支，1级分支之后的不与末端分支直接连接的分支为2级分支，其余类推。

用“Option→Uncollapse”命令可以指定恢复塌陷的分支；用“Option→UncollapseSubtree”命令可以恢复选定节点以下的所有塌陷的子树。

“Option→ExtractSubtree”：

[Extractsthesubtreeinducedbythesetofselectednodes]提取由选定的节点集形成的子树。

“Option→LoadTaxonImages”：

[Loadtaxonimagesfromadirectory]，从指定路径导入分类单元图像（导入后若想删除，应该如何操作？

）。

“Option→SetImageSize”：

可设置导入的分类单元图像的高度。

“Option→ImagePosition”：

[Setlayoutofimagestothegivenpositionoflabel]调节分类单元图像在与分支末端标签（分类单元名称）的相对位置。

*在“Option→……”菜单命令下还可生成不同要求的合一树，但一般用户不会使用该功能。

3.线条及分支末端标签（分类单元名称）的编辑

（1）一般特性的编辑

选定分支或分支末端标签，点击“Edit→Format”菜单命令（或将鼠标移到选定的对象上单击右键，在弹出菜单中选择“EditEdgeLabel”选项），在弹出来的“Format”对话框中可编辑线条粗细（Edgewidth）、线条形状（Edgestyle）、节点大小（Nodesize）、节点形状（Nodeshape）、线条和末端标签的颜色（在调色板Swatches中调节，要选中“Linecolor”和“Labelcolor”才能调节，“Recent”小调色板记录了最近使用过的颜色，因此，只要小调色板中有需要的颜色，也可以从小调色板中选择调整）、标签的字体（Font）/字号（Size）/粗体（Bold）/斜体（Italic）甚至旋转标签（“rotatelabeleft”和“rotatelabelright”图标，要使标签恢复原来的位置，点击“View→Repositionlabels”菜单命令）。

（2）末端分支标签的查找与替换

用“Edit→Find/Replace”菜单命令可以查找指定的末端分支标签并用新的标签替换。

选定末端分支标签后单击右键，在弹出菜单中点击“EditNodeLabel”选项将弹出“Input”对话框，在“EditNodeLabel”栏输入新的标签名称，点击“OK”按钮即可替换原来的标签。

4.系统发育树的图形布局编辑

使用“Tree→……”菜单命令可以选择自己喜欢的或符合需要的图形布局。

5.图形的缩放与节点/线条标签的显示及隐藏。

（1）图形的放大与缩小：

点击“View→FullyContract”或“View→ZoomtoFit”菜单命令可以使树紧缩而在屏幕上显示整棵树的轮廓；点击“View→FullyExpand”菜单命令可以使树的分类单元紧密排列但又可以清楚浏览（程序默认的最佳显示比例）；将鼠标移到树的区域的任何位置，滚动鼠标滚轮可调节树的分类单元之间的间隔（即紧缩或扩展程度），以便浏览；点击“View→UseMagnifier”菜单命令可以显示放大镜用于放大和缩小图的显示比例（放大镜以鱼眼方式显示树的分类单元之间的间隔，即屏幕中间的分类单元之间间隔最宽，两侧依次紧缩，一般情况下不必使用），再次点击该命令可以隐藏放大镜。

将鼠标移到窗口右侧的滚动条区域，滚动鼠标滚轮可以上下滚动浏览树的分支，也可直接用鼠标拖动滚动条或点击滚动条上下两端的“▲”和“▼”图标来滚动浏览。

（2）节点/线条标签的显示、隐藏及查找/替换

用“View→ShowNodeLabels”菜单命令可以显示节点标签，用“View→HideNodeLabels”可以隐藏节点标签。

用“View→ShowEdgeWeights”或“View→ShowEdgeLabels”菜单命令可以显示线条标签，“View→HideEdgeLabels”可以隐藏线条标签。

“View→SparseLabels”：

Showsparsenon-overlappingsubsetofalllabels.

“View→RadialLabels”：

Rotatelabelstomatchdirectionsofedges.

“View→RepositionLabels”：

Resetthepositionsofalllabels.

三、树的输出

1.以文本形式保存树文件

经过编辑后的树文件若想以文本形式保存，最好使用“File→SaveAs…”另存，以便保留系统发育分析时生成的原始树文件供不同分析时使用。

保存时要注意选用合适的文件格式，可选“*.den”/“*.dendro”格式或其它格式“AllFiles”。

若用“File→Export…”菜单命令，则可选择“Dendro”、“Newick”或“Nexus”格式。

2.以图形形式输出树文件

发表论文时需要使用图形系统发育树，经过编辑后的树可通过“File→Exportimage…”菜单命令输出为图形文件。

输出图形前可将鼠标移到系统发育树的区域（见图形的缩放），通过滚动鼠标转轮将分支之间的间距调整到最佳状态，必须以矢量图格式（*.eps）输出图形，以便保证图形放大缩小时分辨率不发生改变。

FigTreev1.1.2.exe使用说明

*该软件必须在Java环境下才能运行。

[FigTreerequiresaJavaVirtualMachinetorun.Manysystemswillalreadyhavethisinstalled.Itrequiresatleastversion1.5ofJavatorun.ThelatestversionsofJavacanbedownloadedfrom:

java.sun./.]

*该软件可很方便地选择树的分支并根据需要设置不同的颜色，选择合适的图形布局，对树重新赋根，调节树的分支线的粗细，显示或隐藏节点和分支标签及调整比例尺等，但尚不知道如何编辑分类单元名称。

一、导入树文件

该软件是一个免安装可执行文件，可与树文件一起拷贝到一个独立的文件夹下使用。

双击该程序文件，用弹出来的“打开”对话框指定并打开需要编辑的树文件。

与其它许多软件不同，该软件必须在导入树文件时才能运行，无法空载运行；程序启动后若要打开另外一个树文件，则可点击“File→Open…”菜单命令，程序将在一个新窗口中打开树文件。

二、编辑树文件

1.查找

FigTreev1.1提供了多种类型的查找功能，可用工具栏图标或菜单命令“Edit→Find…Ctrl+F”打开查找功能，最常用的应该是根据分类单元名称查找。

2.树的分支选择及相关编辑：

窗口上方的工具栏中有分支选择模式图标，用于设置分支选择模式（SelectionMode）。

（1）节点选择模式（Node）：

在该选择模式下，用鼠标左键单击分支可以选定单一分支，按住“Shift”键用鼠标左键单击可选定多个分支，用“Edit→SelectallCtrl+A”可以选定全部分支。

（2）分支选择模式（Clade）：

在该模式下，用鼠标左键单击某一分支可选定组成该单系分支的所有子分支（subclade），即选定一个单系群（Monophyly）。

（3）分类单元选择模式（Taxa）：

该模式用于选择和编辑？

分类单元标签。

一旦选定全部或部分分支，窗口上方工具栏中分支选择模式图标左边的图标

将被激活，由灰色显示变为深色显示，可用于对树进行编辑，与这些图标功能对应的菜单命令均在“Tree→……”菜单命令下。

最常用的功能选项有：

（1）用“Colour”图标设置选定分支的颜色；

（2）用“Rotate”图标调换选定分支下的两个二歧子分支的位置；

（3）用“Reroot”图标以选定分支为参照重新对树赋根。

若要取消重新赋根的操作，则在窗口左边工具栏的“Tree”选项下取消“Roottree”选项，或用“Tree→Clearrooting”菜单命令即可）。

3.编辑树的图形布局

在FigTree窗口的左边有一列工具栏（如左下图），第一项即为“Layout”功能。

点击靠左边的“”按钮，可显示该功能选项的下拉菜单选项（如右下图）。

其它功能选项的选择操作与“Layout”相同。

：

这三个按钮用于选择树的不同布局形状；表示“rectangularlayout”，即直角分支形状，表示“Polarlayout”，表示“Radiallayout”。

“Zoom”：

放大或缩小树的显示比例。

“Expansion”：

调整分支之间的距离。

“FishEye”：

调整树的广角效果，即中间分支间隔较宽，上下两边分支间隔较窄。

“RootLength”：

调整根的长度。

“Curvature”：

调整分支的曲度

“AlignTipLabel”：

选择物种名称（或标识符）是否右对齐。

选择“Polarlayout”形状时，将出现以下几个选项：

“Rootangle”、“Aanglerange”、“Rootlength”可供调节。

若需对树的形状作更多的调整，需要使用窗口左边工具栏中“Tree”选项下的“Ordernodes”和“transformbranches”选项，前者可以按节点顺序（升序increasing或降序decreasing）排列树的分支，后者可按“等长”（equal）、“进化分支图”（cladogram）和“根据比例显示”（proportional）等显示树的形状。

4.选择树：

用“Currenttree”选项可以选择需要显示和编辑的树（如果树文件中保存有多棵树），也可以通过“Tree→Nexttree/Previoustree”来选择。

5.调整分支线条粗细：

用“Appearance”选项下的“Lineweight”选项可以调整树的分支线条粗细（左下图）。

6.调整树：

用“Tree”选项可以对树根“roottree”、节点顺序ordernodes和分支改变（transformbranches）等进行调整；“transformbranches”选项下有“equal”、“cladogram”（进化分支图，进化树）和“proportional”三个选项。

调整树的更多选项可参考“2.树的分支选择及相关编辑”和“3.编辑树的图形布局”。

7.调整树的末端标签：

用“Tiplabels”选项可以对树的末端标签进行设置。

8.调整节点标签：

用“Nodelabels”选项可以对树的节点标签进行设置。

9.调整分支标签：

用“Branchlab…”选项可以对树的分支标签进行设置。

10.调整比例尺：

用“ScaleBar”选项可以对比例尺进行设置。

11.调整比例尺基准线（Axis）：

用“Scaleaxis”选项可以对树的比例尺基准线进行设置。

三、输出树文件

1.以文本形式保存树文件

经过编辑后的树文件若想以文本形式保存，最好使用“File→SaveAs…”另存，以便保留系统发育分析时生成的原始树文件供不同分析时使用。

2.以图形形式输出树文件

发表论文时需要使用图形系统发育树，经过编辑后的树可通过“File→ExportGraphic…Ctrl+E”菜单命令输出为图形文件。

FigTree以某些格式输出图形文件时背景色为彩色，这是软件本身的缺陷，因此输出时要选用那些背景色为白色的图形格式。

TreeView的使用

一、树的导入和选择

运行Treeview，点击“File→Open”菜单命令，在“打开”对话框中将“文件类型”设置为“Allfiles（*.*）”，选定要打开的树文件，点击“打开”按钮即可导入树文件。

也可直接在相应的文件夹下选定要打开的树文件，点击右键，在弹出的菜单中选择“打开”，然后在弹出的“打开方式”对话框中选择“TreeView”，点击“确定”按钮。

当一个树文件中包含有多棵树时，用TreeView打开文件时显示的是文件中的第1棵树。

要显示其它的树，可通过“Tree→Choose…”菜单命令选择或直接使用窗口上方的工具栏图标；前一种方式可任意选择，后一种方式只能按顺序选择。

二、树的编辑

1.树的图形形状选择

（1）树的形状风格（Treestyle）可直接通过窗口上方工具栏图标选择。

[通过“Edit→Preferences”菜单命令选择，在弹出来的“Preferences”窗口的“Treestyle标签”中为何不能设置树的形状风格？

]

“Radialtree”：

无根树，与“Tree→Unrooted”菜单命令对应。

“Cladogram”：

与“Tree→Slantedcladogram”菜单命令对应。

“Rectangularcladogram”：

与“Tree→Rectangularcladogram”菜单命令对应。

“Phylogram”：

与“Tree→Phylogram”菜单命令对应。

（2）树的节点顺序：

可通过“Tree→Oder”菜单命令进行设置。

2.树的分支编辑

通过“Edit→Edittree…Ctrl+E”菜单命令，可以打开“TreeEditor”窗口对树进行编辑。

“TreeEditor”窗口上方工具栏中有一排快捷编辑图标，各图标的功能如下：

“Movebranch”：

“Collapsebranch”：

打破该分支与邻近分支之间的系统发育关系。

要恢复被打破的系统发育关系，点击“Edit→UndoCollapsebranch”菜单命令即可；该命令只能恢复前一步的操作，无法前几步的操作。

“Collapseclade”：

打破该分支上的所有分类单元间的系统发育关系。

恢复操作则点击“Edit→UndoCollapseclade”菜单命令。

“Reroottree”：

以指定的分支对树重新赋根。

恢复操作则点击“Edit→UndoReroottree”菜单命令。

对树重新赋根也可通过“Tree→Defineoutgroup”菜单命令指定外群，然后点击“Tree→Rootwithoutgroup”菜单命令来实现（不可选择“Radialtree”或点击“Tree→Unrooted”菜单命令，否则无法赋根）。

“Rotatedescendants”：

转换后裔（descendant）位置。

“Swapdescendants”：

交换后裔。

“Laderiseleft”：

“Laderiseright”：

“Labelinternalnode”：

标注部节点。

选择该按钮后将鼠标移到相应的分支上，当分支呈灰色显示时单击左键，在谈弹出的“EditNodeLabel”小窗口中输入节点标记数值，点击“OK”按钮即可。

要取消，进行同样的操作，删除“NodeLabel”框中的数值，点击“OK”即可。

3.分类单元名称的编辑

用“Style→[Plain/Bold/Italic]/[Size/Font]”菜单命令可以编辑分类单元名称的字体（包括加粗和斜体）和字号，但无法更改分类单元名称？

4.树的缘标签编辑：

通过“Tree→Showinternaledgelabels”菜单命令可显示或隐藏树的缘标签，通过“Tree→Internallabelfont”菜单命令可以设置缘标签的字体和字号。

三、树的保存及图形输出

1.以文本形式保存树：

编辑后的树可以文本形式另存备用，点击“File→Saveas”菜单命令。

2.用于发表论文的图形格式的系统发育树可用“Tree→Printtrees”菜单命令输出，在弹出的“Printtrees”窗口中点击“Print”按钮，再在弹出“打印”窗口中设置相关打印参数（一般不需设置），点击“确定”按钮，在弹出来的“另存为”窗口中选择保存路径，“*.tif”格式的系统发育树图形将保存在指定的位置。

也可以使用“File→Print”菜单命令，将直接弹出“打印”窗口，其它操作相同。