如何用Diamond构建Polyhedral图.docx

如何用Diamond构建Polyhedral图.docx

《如何用Diamond构建Polyhedral图.docx》由会员分享，可在线阅读，更多相关《如何用Diamond构建Polyhedral图.docx（17页珍藏版）》请在冰豆网上搜索。

关于如何构建晶体结构，我们前期介绍了CrystalMaker这款软件。

下面几期内容我们将介绍另外一款常用的晶体结构软件“Diamond”。

本期内容将介绍如何用Diamond构建立体多边形结构（本期内容来自广州大学汤政斌同学的投稿，在此表示感谢）。

1.导入晶胞：

  ①把cif文件拖入diamond即可；或者openafile（直接打开）

  ②打开后，弹出以下窗口，点击下一步，即可。

③继续点击下一步。

④当弹出picturedesign设置窗口时，建议把background颜色选白色（个人爱好）。

⑤按下一步，再按完成，即出现下图。

2.添加与修饰多面体

①点击工具栏的Build,选择Polyhedra——AddPolyhedra（添加多面体）。

②选择中心原子与对应配位原子，构成多面体。

（首先Al和O配位）然后，点击Design。

③a.弹出polyhedradesign设置窗口（颜色选了turquoise，透明度调至0.6），然后点击Material。

b.弹出Materialsettings窗口如下图（Blue调至0.3）个人觉得此处可以把多面体调亮一点，更有光泽。

   c.总体设置如下图。

 d.设置完上述步骤，即可点击Applynow。

e.Al和O配位的效果图如下。

④重复步骤二的①-③，建立Lu和O的配位的多面体结构（红色、透明度：

0.8；materialsetting——Red:

0.50）。

即可得到如下效果图。

⑤添加骨架，点击工具栏的picture——PolyhedralDesigns——把勾去掉

添加骨架后的效果图

  ⑥设置Al和Lu原子的颜色：

工具栏——picture——atomdesign

效果图

3.①选择其中一个Lu原子点击鼠标右键——copy

②点击工具栏的Edit——CopyToNewPicture

Copytonewpicture后的效果图如下：

③选中整个多面体结构，点击工具栏Build——ConnectAtoms

效果图

 ④选中整个多面体，对着骨架右键，点击Add——BondLabels

弹出设置窗口如下图

效果图如下

⑤a.为中心原子添加标签，右键中心原子，Add——AtomsLabels

b.点击工具栏Picture——AtomsDesigns（设置中心原子颜色）

效果图

⑥a.选择随便其中一个原子，右键——copy；再点击工具栏Edit——copytonewpicture，得到新的图如下，把所有氧原子选中（按着Ctrl键，点击鼠标左键），再点击右键——destroy——atoms.

b.对球体进行颜色编辑

4.导出图片。

a.点击工具栏的picture——layout——bitmap——调成200或者300（个人喜欢，看起来更清晰）。

b.点击edit——copy，即可在PPT等中粘贴。