G09流程.docx

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G09流程

1、用GVIEW构建分子模型

2、选择工作类型，这里选结构优化，可以根据需要选择

3、选择方法和基组

一般情况下使用DFT里面的B3LYP方法，6-31G（d）基组，自旋设置为默认（defaultspin）即可，电荷可以根据实际情况设置，自旋（spin）系统会自动给出

4、溶剂模型，默认是气相下的优化，可以自己设置溶剂模型

5、addinformation，如果使用混合基组的话，可以把混合基组复制到下面的空白处

6、点击edit，保存

7、删除chk文件的路径，chk的名称可以任意设置，最好是英文名称，用汉字的话系统可能会报错。

8、保存，GVIEW会提示是否提交到本机计算，如果要提交集群的话直接cancel。

9、使用ssh客户端登陆集群

10、点击菜单栏的黄色图标出现如下的对话框，在新弹出的对话框新建自己的文件夹

11、把最外面的g09.pbs文件复制到新建的文件夹下，把用GVIEW生成的文件也一并复制进来，后缀由.gjf改成.com在新文件夹下双击打开pbs，打开方式选择写字板

12、修改pbs文件，下面三个路径全部改成上面新建文件夹的路径

下面的文件名称改成输入文件的路径和名称（FILENAME那一行）

13、关闭并保存pbs文件

14、在原来的登陆集群的文字界面上提交作业

ls：

显示当前文件夹下的内容

cd+文件夹名称：

进入该文件夹

qusbg09.pbs：

提交g09.pbs文件到集群

提交以后系统会给出jobid，记下提交的作业号，方便以后查询

qstat:

查看作业状态，排队为Q，正在计算为R

15、等待计算完成后，进入自己设置的文件夹下，可以看到如下内容

16、包括错误日志文件（31509.m1.ER），输出文件（31509.m1.OU），chk文件（test.chk）等。

下载输出文件

17、在本地电脑把文件后缀名称由.OU改成.out，使用GVIEW打开

18、输出文件也可以用记事本打开，查看里面的详细信息。