G09流程.docx
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G09流程
1、用GVIEW构建分子模型
2、选择工作类型,这里选结构优化,可以根据需要选择
3、选择方法和基组
一般情况下使用DFT里面的B3LYP方法,6-31G(d)基组,自旋设置为默认(defaultspin)即可,电荷可以根据实际情况设置,自旋(spin)系统会自动给出
4、溶剂模型,默认是气相下的优化,可以自己设置溶剂模型
5、addinformation,如果使用混合基组的话,可以把混合基组复制到下面的空白处
6、点击edit,保存
7、删除chk文件的路径,chk的名称可以任意设置,最好是英文名称,用汉字的话系统可能会报错。
8、保存,GVIEW会提示是否提交到本机计算,如果要提交集群的话直接cancel。
9、使用ssh客户端登陆集群
10、点击菜单栏的黄色图标出现如下的对话框,在新弹出的对话框新建自己的文件夹
11、把最外面的g09.pbs文件复制到新建的文件夹下,把用GVIEW生成的文件也一并复制进来,后缀由.gjf改成.com在新文件夹下双击打开pbs,打开方式选择写字板
12、修改pbs文件,下面三个路径全部改成上面新建文件夹的路径
下面的文件名称改成输入文件的路径和名称(FILENAME那一行)
13、关闭并保存pbs文件
14、在原来的登陆集群的文字界面上提交作业
ls:
显示当前文件夹下的内容
cd+文件夹名称:
进入该文件夹
qusbg09.pbs:
提交g09.pbs文件到集群
提交以后系统会给出jobid,记下提交的作业号,方便以后查询
qstat:
查看作业状态,排队为Q,正在计算为R
15、等待计算完成后,进入自己设置的文件夹下,可以看到如下内容
16、包括错误日志文件(31509.m1.ER),输出文件(31509.m1.OU),chk文件(test.chk)等。
下载输出文件
17、在本地电脑把文件后缀名称由.OU改成.out,使用GVIEW打开
18、输出文件也可以用记事本打开,查看里面的详细信息。