arlequin的使用说明.docx

arlequin的使用说明.docx

《arlequin的使用说明.docx》由会员分享，可在线阅读，更多相关《arlequin的使用说明.docx（21页珍藏版）》请在冰豆网上搜索。

arlequin的使用说明

arlequin的使用说明

Arlequin3.1的使用说明

Arlequin功能的概述

Moleculardiversity—分子多态性

Mismatchdistribution—错配分布

Haplotypefrequencyestimation—单倍型频率估计

Linkagedisequilibrium—连锁不平衡:

检测不同位点上等位基因的非随机关联

Hardy-Weinbergequilibrium—哈温—伯格平衡

Tajima’sneutralitytest—Tajima中性检测

Fu’sneutralitytest—Fu中性检测

Ewens-wattersonneutralitytest—Ewens-watterson中性检测

以上三个中性检测都是基于无限位点模型，适用于DNAsequence和RFLP单倍型。

Chakraboety’samalgamationtest—Chakraboety’s融合检测，检测人群的均一性和同质性，和中性选择等。

MinimuSpanningNetwork（MSN，最小扩张树或称之为最小支撑树，给予分子差异。

AMOVA—分子差异度分析，用以评测人群的遗传结构

Parwisegeneticdistances—遗传距离的估计

Exacttestofpopulationdifferentiation—检测随机交配群体单倍型的非随机分布

Assignmenttestofgenotype—通过估计等位基因平率将单个基因型分被盗特定的人群中。

Arlequin3.1分析的数据文件的格式必须是以*arq为扩增名

方法:

用Clustalx比对后保存一个PHY格式的文件，在DNAsp中打开该文件，点击Generate中的Haplotypedatefile，设置considered，其余的参数不变，在其中的Generate中选其中的ArlequinHaplotypeList即可保存下用Arlequin3.1分析的文件的格式（在importdate中可以进行文件格式的转换，Arlequin的数据转化为Arlequin、Genepop、Biosys、phylip、Mega、WinAmova）

首先打开Arlequin3.1的界面如下:

点击openproject，出现如下的界面:

选择你要分析数据的文件，一般扩增名为*arp

下面以例子中的文件加以说明:

点击打开，

Projecttitle所分析数据的名称

Genotypicdate输入数据是单倍型还是双倍性Gameticphase:

确定输入数据中配子片段是否已知Recessivedate:

确定输入数据是否为阴性Datetype:

输入数据的类型

Missingdate:

缺失数据用什么字符表示

对上面的例子进行数据设置

点击Setting出现如下的界面

点击Generalsetting情况如下:

点击Haplotypeinference（单倍型频率），出现如下界面

选中右侧的设置情况，如果输入的数据的形式属于配子片段已知的单倍型数据或基因型数

据，则操作界面如下

继续设置，点击Moleculardiversityindices（在分子水平上计算遗传分歧度的几个参数）

设置后，出现如下图的结果

Standarddiversityindices:

计算几种常见的分歧度参数，如等位基因的数目、分离

位点的数目、杂合的水平等.

Moleculardiversityindices:

隔离位点的数目（s）、单倍型的数目（nh）、单倍型的多样性（Hd）

Computeminmumspanningnetworkamonghaplotype:

利用每个居群的单倍型数据计算最小支撑树和最小支撑扩张网络图。

Moleculardistance:

选择遗传距离，包括配对差异距离和核苷酸差异数的百分比。

Theata（Hom）:

通过估计观测到的纯质性H而得到一个参数

Theata（s）:

通过估计观测到的隔离位点S的个数而得到的一个参数Theata（k）:

通过估计观测到的等位基因K的个数

Theata（π）通过平均配对差异数而得到的一个参数。

点击Arlequinconfiguration出现如下的结果

点击Browse,选择要分析的数据，如下图

点击打开如下图

点击projectwizard进行设置，这里面数据的设置，可以通过viewproject打开的文本格式

来作为参考，进行设置

点击viewproject出现的文本格式中包含了所要设置的数据的情况

设置后，出现如下的数据:

点击Start,就会进行分析，将会得到一系列的结果。

出现的结果在一个与原来的文件名相同的文件夹，运行的结果是Html文件。

AMOVA,是指对分子差异性的分析。

它通过对所研究居群进行不同层次的归类和划分，可界定不同的遗传结构并进行统计学检验，从而估计出群体间、群体内以及个体间不同层次所表现出的差异占总变异的多少，这种方法可以讨论不同海拔高度、不同语系、以及地理群体间是否存在相应的遗传变异。

LocusbylocusAMOVA每个基因单独进行分子差异性的分析Includeinindividuallevelforgenotypicdata包括个体间金银分歧度协方差组成和相关的固定指数。

它计算出的是观察到的基因间的差异。

Numberofpermutations用来检测方差组成和固定指数的置换数的值，如果数值是0则不会有任何检测结果。

Computeminimumspanningnetworkamonghaplotype利用分子差异计算并绘制单倍型之间的系统树。

Geneticstrcture中的populationcomparision选项，会出现如下的界面Populationcomparation计算人群之间不相似指数（遗传距离）的大小，如Fst（短片段的基因的遗传距离）和Nei’s（人群之间和人群内部的平均背对差异）。

ComputationofFst:

计算所有配对人群的Fst值。

Renyolds’sdistance:

计算Renyolds’s等线性化的Fst，这适合于分歧时间较短的样本。

Slatkin’sdistance:

计算源于配对间的Fst的Slatkin’s遗传距离。

Pairwisedifference:

计算Nei’人群内部和人群之间的平均配对差异数。

Computerelativepopulations:

计算所有背对人群之间的相对人群大小，也可以计算人群之间的分析时间。

出现的几个界面的设置

Configuration

Projectwizard

Import—export

Structureeditor

Arlequinsetting

Arlequinconfiguration

ELBsetting

AMOVAsetting

LDsetting

Neutralitytest

Output

Input文件的建立:

[Profile]

Title="AnexampleofDNAsequencedate"

NbSamples=29

GenotypicData=0

MissingData="?

"

DataType=DNA

LocusSeparator=NONE

[Data]

[[Samples]]

SampleName="DC1"

SampleSize=5

SampleData={

Hap71G--TGAAC---TCGAT--AC--------G---T--TG--A-

Hap101G--TGAAC---TC-AT--AC--------G---T---TG-A-

Hap203G--TGA--AC-TC-AT--AC---------G--T---TG-A-

}

SampleName="LH1"

SampleSize=5

SampleData={

Hap11A-GTGAACA--TCA-T--AC---------G--T---TGA--Hap21A-GTGAAC---TCA-T--AC---------G--T---TGA--Hap81G--TGAAC---TC-AT--AC--------G---T--TGG-A-Hap171GT--GAAC---TC-AT--AC--G-----G---T---TG-A-Hap201G--TGA--AC-TC-AT--AC---------G--T---TG-A-}

SampleName="LH2"

SampleSize=5

SampleData={

Hap61G--TGAAC---TC-AT--AC--------G---T--TG--A-Hap122GT--GAAC---TC-AT--AC--------G---T---TG-A-Hap352A-GTGA--AC-TC-AT--ACC--------G--T---TGGA-}

SampleName="DF1"

SampleSize=5

SampleData={

Hap62G--TGAAC---TC-AT--AC--------G---T--TG--A-Hap101G--TGAAC---TC-AT--AC--------G---T---TG-A-Hap121GT--GAAC---TC-AT--AC--------G---T---TG-A-Hap251G--TGA--AC-TCGAT--AC---------G--T---TG-A-}

SampleName="DF2"

SampleSize=5

SampleData={

Hap61G--TGAAC---TC-AT--AC--------G---T--TG--A-Hap204G--TGA--AC-TC-AT--AC---------G--T---TG-A-}

SampleName="BY1"

SampleSize=5

SampleData={

Hap11A-GTGAACA--TCA-T--AC---------G--T---TGA--Hap91G--TGAAC---TC-AT--AC-------AGG-ATCATGG-A-Hap204G--TGA--AC-TC-AT--AC---------G--T---TG-A-}

SampleName="BY2"

SampleSize=5

SampleData={

Hap61G--TGAAC---TC-AT--AC--------G---T--TG--A-Hap101G--TGAAC---TC-AT--AC--------G---T---TG-A-Hap181G--TGAAC---TC-AT--AC--------G---T---TGGA-Hap201G--TGA--AC-TC-AT--AC---------G--T---TG-A-Hap261G--TGA--AC-TC-AT-TAC---------G--T---TG-A-}

SampleNam