platon常用功能Word文件下载.docx
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P<
5
Ring
0.9488（6）
-0.1535（17）
-0.2760（17）
3.45
（2）#O（3）
0.003
（2）#N
（2）
-0.003（3）#N（3）
0.005（4）#C（16）
-0.005（4）
说明：
Nr1代表第一个环
#O（3）
0.005（4）#C（16）代表这个环（或者平面）是由O（3）N
（2）C（16）组成的
3.计算二面角：
Angles（Degrees）BetweenPlanes示例：
1,2=
75.1（3）
1,3=
1.95（19）
1,4=
3.6
（2）
1,5=
72.0
（2）
1,6=
8.62（14）
1,7=
57.37（17）
1,8=
61.32（19）
1,9=
86.15（17）
1,10=
52.05（18）
1,11=
34.29（19）
1,12=
1.95（15）
1,13=
19.0
（2）
1,14=
20.5
（2）
1,15=
39.6
（2）
1,16=
75.3
（2）
1,17=
14.2
（2）
1,18=
72.05（19）
2,3=
74.0（3）
2,4=
72.0（3）
2,5=
4.8（3）
2,6=
73.7
（2）
2,7=
69.6
（2）
2,8=
31.5（3）
2,9=
19.4
（2）
2,10=
58.4（3）
2,11=
80.4（3）
2,12=
73.5
（2）
2,13=
83.6（3）
75.1（3）代表由环1、环2平面的二面角为75.1（3）度
4.计算平面Q,T值（每个原子偏离由该组原子构成平面的程度）
RingPuckeringAnalysis示例：
====================================================================================================================================
6-MemberedRing
（1）
Cu
（1）
-->
O（3）
C（21）
C（16）
C（15）
N（3）
sp3
sp2
sp2
Dev.（Ang）
-0.2468
0.1930
-0.0247
-0.0898
0.0361
0.1322
Cs（I）-Asym-Par（Deg）
9.47
17.77
27.11
27.11
C2（I）-Asym-Par（Deg）
41.03
38.18
32.23
32.23
RingBondAngle（Deg）
91.46
125.24
122.00
122.78
127.35
121.97
Tors（I-J）（Deg）
33.15
-26.30
1.64
4.54
12.84
-26.10
Cs（I-J）-Asym-Par
（Deg）
38.44
28.94
35.98
35.98
C2（I-J）-Asym-Par
7.92
31.08
26.11
7.92
26.11
RingBondDistance（Ang）
1.9005
1.3627
1.4050
1.4777
1.2575
2.0189
WeightedAverageRingBondDistance=1.5704（999,999）Ang.-NOTE:
1stesd.Internal,2ndesdExternal.
WeightedAverageAbs.TorsionAngl.=
17.43（41,528）Deg.
see:
e.g.Domenicanoetal.,ActaCryst.（1975）,B31,221-234.
Cremer&
PoplePuckeringParameters
Q
（2）
=
0.2978Ang.,
Phi
（2）
=191.7850Deg
Q（3）
-0.1922Ang.
:
C&
P-PuckeringAnalysismaybeDUBIOUSsince%（BondDistanceRange/Average）=
48.5>
25.0%
PuckeringAmplitude（Q）=
0.3544Ang,Theta=
122.84Deg,
Phi
该六元环由Cu
（1）
N（3）组成
计算结果为PuckeringAmplitude（Q）=
但有时程序不能计算Puckering，如果计算的话就会给出数值。
5.pi-pi等弱相互作用
ShortRing-Interactions示例：
AnalysisofShortRing-InteractionswithCg-CgDistances<
6.0AngstromandBeta<
60.0Deg.
-Cg（I）
=PlanenumberI（=ringnumberin（）above）
-Alpha
=DihedralAnglebetweenPlanesIandJ（Deg）
-Beta
=AngleCg（I）-->
Cg（J）orCg（I）-->
MevectorandnormaltoplaneI（Deg）
-Gamma
=AngleCg（I）-->
Cg（J）vectorandnormaltoplaneJ（Deg）
-Cg-Cg
=DistancebetweenringCentroids（Ang.）
-CgI_Perp=PerpendiculardistanceofCg（I）onringJ（Ang.）
-CgJ_Perp=PerpendiculardistanceofCg（J）onringI（Ang.）
-Slippage=DistancebetweenCg（I）andPerpendicularProjectionofCg（J）onRingI（Ang）.
-P,Q,R,S
=J-PlaneParametersforCarth.Coord.（Xo,Yo,Zo）
Cg（I）Res（I）
Cg（J）
Cg-Cg
TransformedJ-PlaneP,Q,R,S
Alpha
Beta
GammaCgI_PerpCgJ_PerpSlippage
Cg
（1）
->
Cg
（1）
4.282
（2）
-0.94880.15350.2760
-0.0349
0.00
37.10
3.415
2.583
4.299
（2）
-6.9128
36.35
3.463
2.548
Cg
（2）
5.489（3）
-0.0914-0.47010.8779
-1.6886
75.12
51.28
56.49
3.030
3.433
5.099（3）
-2.3511
47.51
62.33
2.368
3.445
Cg（3）
4.267
（2）
-0.95280.11990.2790
-0.4655
1.95
37.13
38.43
3.342
3.402
5.939
（2）
-7.3721
54.17
53.12
3.565
3.476
Cg（4）
5.891
（2）
-0.94620.09990.3079
-0.6473
3.58
55.13
55.82
3.309
3.367
4.357
（2）
-0
里面的符号如Cg-Cg等在数据前面都有解释：
Cg-Cg环重心间的距离
CgI_Perp环I到环J的垂直距离
6.氢键作用分析
PotentialHydrogenBonds示例：
AnalysisofPotentialHydrogenBondsandSchemeswithd（D...A）<
R（D）+R（A）+0.50,d（H...A）<
R（H）+R（A）-0.12Ang.,D-H...A>
100.0Deg
Note:
-ARUcodesin
arewithreferencetotheCoordinatesprintedabove（Possiblytransformed,whenMOVE.NE.1.555）
NrTypResDonor---H....Acceptor
D-H
H...A
D...A
D-H...A
A..H..A*A'
..H..A"
Sum（XY,YZ）
Sum（XZ）
1Intra1O（3）
--H（37）
..O（4）
0.91
2.24
2.6084
104
2
1O（3）
..O（5）
2.11
2.9767
161'
85'
350.00
3Intra1O（6）
--H（38）
..O（7）
0.89
2.18
2.6027
108
4
1O（6）
..O（10）
0.89
2.09
2.9482
163'
88'
359.00
5
1O（5）
--H（39）
..O
（1）
0.90
2.14
2.8616
137
6
..O
（2）
3.0557
150'
72'
--H（40）
..O（3）
2.40
122
8
2.12
2.9481
153'
70'
345.00
9
1O（10）--H（41）
..O（6）
2.52
110
10
2.08
2.9566
166'
68'
344.00
11
1O（10）--H（42）
..O（8）
2.21
2.9609
141
12
..O（9）
2.20
2.9627
143'
356.00
3>
O（15）--H（44）
..?
0.90
13
1C
（1）
--H
（1）
..N（7）
0.93
3.3012
163
14Intra1C（36）--H（36A）..O（3）
0.97
2.50
3.3334
144
15
1C（36）--H（36B）..O（11）
0.97
2.49
3.3706
151
TranslationofARU-codetoEquivalentPositionCode
===================================================
=2-x,-y,-z
=1-x,1-y,-z
=1-x,-y,-z
分析出分子内氢键（intra）和分子间氢键（标有对称性代码的如2755.01，对称操作见底部的注释：
=2-x,-y,-z）
需要指出，platon有时计算的值是错误的，最好用mercury检查一下，相差太大肯定就有问题。
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