DNAStar中文说明书资料下载.pdf
《DNAStar中文说明书资料下载.pdf》由会员分享,可在线阅读,更多相关《DNAStar中文说明书资料下载.pdf(73页珍藏版)》请在冰豆网上搜索。
SetEnds被打开(如右)。
在5框和3框中键入50和850钮。
在5框和3框中键入50和850击OK。
单击Open打开序列。
击OK。
当EditSeq窗口打开时,序列长度显示在右上角。
通过“settingends,”现在你只有最初序列中的801bp的片段。
SetEnds选择在全部Lasergene应用程序中都可以使用。
2生命经纬寻找开放读框寻找开放读框在这入门的一部分中,我们将确定序列中最大的ORF,并翻译它。
在这入门的一部分中,我们将确定序列中最大的ORF,并翻译它。
从SEARCHMENU找到ORF,点击打开会出现右边的对话框。
单击FindNext寻找第一个ORF的位置。
继续点击FindNext直到你把ORF的位置选定在位置183-455。
ORF的坐标会出现在EditSeq窗口的顶端附近。
DNA序列翻译DNA序列翻译这一节中我们介绍如何翻译我们的ORF,不过任何序列中的读框内部分翻译。
如果你的选择是在三联码的读框内,三联码指示棒显示为实心黑线(如左图)。
如果这一节中我们介绍如何翻译我们的ORF,不过任何序列中的读框内部分翻译。
如果都可以用下面的方法进行都可以用下面的方法进行3生命经纬你的选择是不在三联码的读框内,左边的箭头和右面的箭头显示向左或向右移动一个bp,以使所选序列成为三的倍数。
你的选择是不在三联码的读框内,左边的箭头和右面的箭头显示向左或向右移动一个bp,以使所选序列成为三的倍数。
选定ORF,从GOODIESMENUranslate)。
翻译的蛋白翻译的蛋白菜单中选择翻译(T质序列出现在一菜单中选择翻译(T质序列出现在一个新的未命名窗口中(如右图)。
它是使个新的未命名窗口中(如右图)。
它是使用标准的遗传密码翻译的。
用标准的遗传密码翻译的。
4生命经纬使用其它遗传密码使用其它遗传密码根据你的序列的来源,你可以选择使用非标准的遗传密码进行翻译等操作。
在这节中,我们将标准的遗传密码转换成CiliateMacronuclear密码。
根据你的序列的来源,你可以选择使用非标准的遗传密码进行翻译等操作。
从GOODIESMENU菜单选择GeneticCodes打开,子菜单显示如左。
单击“CiliateMacronuclear”就实现了遗传密码的转换,EditSeq现在使用的就是CiliateMacronuclear的遗传密码。
同样可以将遗传密码转换为其它类型。
遗传密码的编辑遗传密码的编辑这一节中我们修改CiliateMacronuclea这一节中我们修改CiliateMacronuclea?
从GOODIESMENU菜单选从GOODIESMENU菜单选r的遗传密码。
择Editr的遗传密码。
择Edit?
点击DNA点击DNA?
单击任何要编辑的密码,单击任何要编辑的密码,?
密码子,单击SetStarts按钮。
第二的遗传密码密码子,单击SetStarts按钮。
第二的遗传密码SelectedCode。
这将打开右面的窗口,窗口显示遗传密码是怎样翻译DNA和RNA序列的。
如以DNA形式展示密码,SelectedCode。
如以DNA形式展示密码,按钮。
编辑时,按钮。
编辑时,从其目前的位置拖到新氨基酸对应的位置则可。
如使用不同的启始从其目前的位置拖到新氨基酸对应的位置则可。
如使用不同的启始窗就会被打开,可以进行起始密码子选择。
窗就会被打开,可以进行起始密码子选择。
5生命经纬?
就会变成绿色,而且列的反向互补及反向转换就会变成绿色,而且列的反向互补及反向转换单击任何氨基酸(或者codon位置),该密码子单击任何氨基酸(或者codon位置),该密码子旁边出现一个箭头,它就被设定为起始密码子了。
如要去除,只需单击它即可。
如不保存,则单击取消;
如要保存,单击保存为。
旁边出现一个箭头,它就被设定为起始密码子了。
序序列的正确输入。
ENU菜单,选反向互补序列(ReverseComplement),AST检索列的正确输入。
ENU菜单,选反向互补序列(ReverseComplement),AST检索下面的步骤可以用于反向测定的序下面的步骤可以用于反向测定的序?
选定序列。
从GOODIESM从GOODIESM或者把序列颠倒过来(ReverseSequence)命令,则被选定的序列就被翻转互补或翻转过来了。
或者把序列颠倒过来(ReverseSequence)命令,则被选定的序列就被翻转互补或翻转过来了。
BLBLNCBI的BLAST服务器上对TETHIS21序列进行相似性比NCBI的BLAST服务器上对TETHIS21序列进行相似性比?
数据库默数据库默下面我们将在下面我们将在较。
注意为了进行BLAST查找必须保证因特网的连接。
如果你没有连接因特网,跳过这部分,继续下一部分。
较。
选定序,或者从EDIT菜单中选择Sel选定序,或者从EDIT菜单中选择SelectAll。
ectAll。
从网络检索菜单(NETSEARCH从网络检索菜单(NETSEARCHMENU),选择BLAST查找。
BLAST对话框就会出现。
程序默认为blastn,MENU),选择BLAST查找。
程序默认为blastn,认是nr,参数转换请参照帮助。
认是nr,参数转换请参照帮助。
单击OK开始查找。
6?
寻找结果显示为两部寻找结果显示为两部生命经纬分(如下)。
上边的部分是按可能性的顺序显示检索到的序列的名字,下面的部分显示上面部分具体结果。
有关“scores网点http:
/www一般来说,更主要的score性。
BLAST结果窗最上边的3钮被用来打开,或者保存检索到的序列,或者让你了解更多的有关信息。
分(如下)。
选定序列与提交序列(上边序列)比较的”和“expectation”的详细的信息在NCBI.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST.可以找到。
和更低的expectation提示较好的相似选定序列与提交序列(上边序列)比较的”和“expectation”的详细的信息在NCBI.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST.可以找到。
和更低的expectation提示较好的相似?
的对话框出现。
序列。
如果EditSeq提示至少2序一个单独的EditSeq窗口。
下面的对话框出现。
下面?
小的灰色的对话框出现。
下面我们从用“CreateDocument”钮来打开评分最高的5序列开始:
单击CreateDocument。
一个小下面我们从用“CreateDocument”钮来打开评分最高的5序列开始:
一个小?
在左上角有一个下拉菜单显示在左上角有一个下拉菜单显示默认(default)。
单击下拉菜单框中写入5。
默认(default)。
,选顶端(Top)。
并在右面的文本,选顶端(Top)。
并在右面的文本?
单击OK,EditSeq自动查对多余列是同一个,请点击OK。
EditSeq将从因特网数据库下在单一的序列,并分别打开单击OK,EditSeq自动查对多余列是同一个,请点击OK。
EditSeq将从因特网数据库下在单一的序列,并分别打开我们用“BatchSave”钮将3-10序列保存为EditSeq文件:
选定从顶端起第3个序列。
单击BatchSave。
我们用“BatchSave”钮将3-10序列保存为EditSeq文件:
7生命经纬?
单击下拉菜单,选Next。
并在右面的文本框中写入8。
点击SetLocation,显示文件夹对话框。
选定你点击SetLocation,显示文件夹对话框。
选定你?
要保存序列的位置。
单击OK回到灰色的对话框。
EditSeq少2序列是同一个,请最后我们可以使用“LaunchBrowser”钮查看序列的详细信息要保存序列的位置。
EditSeq少2序列是同一个,请最后我们可以使用“LaunchBrowser”钮查看序列的详细信息选择Launch选择Launch?
单击OK保存序列,文件扩展为“.