简单组建linux集群及并行编译vasp过程Word文档下载推荐.docx

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P43.2，内存：

2G，硬盘：

80G，网卡：

千兆网卡（5千多每台）

华为24口千兆交换机（4千多）集群软件环境：

建一个简单的集群，其实并不难，主要配置nis，nfs，rsh，mpi就好了。

推荐大家看一本书《微机集群组建、优化和管理》车静光著，机械工业出版社。

我的集群，采用suse9.3，操作系统其实也很重要，这次试了很多操作系统，redhat9，rhas4无法识别网卡，rocks无法安装，如果硬件没有什么问题，建议大家可以试下rockscluster这个集群系统，rocks集操作系统和集群于一体，安装完成并行环境就已经建立，而且还配备了pbs管理软件，非常简单，容易上手，只是我的硬件不太兼容，本来是想装rocks的，无奈，只有自己动手了。

Suse配置nis,nfs非常简单，因为suse强大的yast，就像window一样方便，只要鼠标轻点几下就ok。

1．Linux系统的安装，suse安装也非常简单，在此不想详细讲太多，主要是在分区的时候要注意，最要自己手动分区，对于服务器来说，最好能分一个独立的分区/home，因为节点机器要通过nfs共享服务器的/home。

注意的是一下几个软件包一定要安装nfs（nfs－utils），nis（ypbind），rsh（rsh－server）。

2．基本的网络配置（通过yast的网卡配置）

服务器的：

192.168.1.253hostname：

node0域名：

node0.cluster节点机器：

192.168.1－192.168.1.10hostname：

node1－node10域名：

node*.cluser

掩码：

255.255.255.0

3.服务器的配置

3.1．Nfs设置

NFS（NetWorkFileSystem）是一种使用比较多的网络文件系统，它以它的安装容易，使用方便得到很多Linux爱好者的使用。

在使用NFS时，我们把需要共享的分区或者文件按照一定的规范共享出去，想使用这个资源的机器使用mount命令把共享的资源加载到自己的系统上，然后就可以像使用自己的本地文件系统一样方便。

进入图形yast－network－nfsserver，之后开始配置，点击adddirectory：

之后设置两个共享目录，/home,/usr/local/，然后加入共享这两个目录的主机通配符192.168.1.0/255.255.255.0rw,root_squash,sync。

其实配置nfs就是修改/etc/exports文件，你也可以直接修改成

/home/192.168.1.1/255.255.255.0（rw,root_squash,sync）

/usr/local192.168.1.1/255.255.255.0（rw,root_squash,sync）

Ok,NFS就这样配置好了。

3.2NIS的配置

NIS（NetworkInformationService）是实现网络上各Linux机器之间的重

要数据分享。

这些数据包括用户帐号，密码，组文件，主机文件，等等。

在集群中我们要做到单一的镜象就需要NIS的一些服务。

比如我们不需要在每个节点上

建立各自的用户，而是在master上建立一个用户以后，就同时在其它的节点上能够访问到这个用户。

下面是我的配置过程：

Yast—network—nisserver—createnismasterserver之后填入nisdomain

name就是域名，我们填nodeO.CIuster，之后一些信息一般选默认就可以了，之后要配置hosts:

netmask:

255.255.255.255network:

127.0.0.1

255.255.0.0network:

192.168.0.0

ok,之后完成，进入/var/yp目录，执行make就最后完成nis的配置。

注意的是如果你新建用户了，要注意执行make命令更新nis信息。

最后启动网络服务yast—network-startservice进入设置，开启shell，login两项服务。

3.3rsh的配置

注意修改这两个文件/etc/hosts/etc/hosts.equiv所建立用户的.rhosts，这

个文件和/hosts.equiv文件内容设置相同。

Hosts的文件信息，最后修改成：

127.0.0.1localhost

192.168.1.253node0.clusternode0

192.168.1.1node1.clusternode1

192.168.1.10node10.clusternode10

Hosts.equiv:

Node0

Node1

Node10

把所有节点的信息输入到这两个文件，等节点机器的配置好后，你就可以用命令

rloginnode*,登陆节点机器，这样就可以对节点机器进行操作了。

节点机器的配置

配置nis，nfs的情况基本和服务器类似，只是进入yast的时候选择的是nis客户端，和nfs客户端即可，这里不再详细说明。

之后启动rsh服务，启动过程,编辑/etc/xinetd.d/rsh将其中内容“disable=yes”改成“disable=no”，

重新restartxinetd，激活rsh#chkconfig—level345rshon

#/etc/rc.d/xinetdrestart,这样就配置好rsh了，

Lam-mpi的编译安装使用。

（1）到lam—mpi官方网站www.lam-mpi.org下载最新的源代码，注意不要下载rpm格式的，要自己编译tar.gz格式的

（2）用“tarzxvflam-7.1.1.tar.gz”解压

（3）进入该目录配置编译信息（后面编译vasp中的makefile有）

./configure—prefix=/usr/local/lam-7.1.1withCFLAGS=—O—with

—fc=ifortwith—f77flags=—O—without—romio

几点说明，前面是配置lam－mpi的安装路径/usr/local/lam-7.1.1,指定的编译器是intel的fortran编译器ifort

（4）然后执行make进行编译，最后执行makeinstall安装，ok成功安装lam－mpi

之后最好把/usr/local/lam-7.1.1/bin加入到搜索路径中，具体做法vi编辑/etc/profile找到

#makepathmorecomfortable

＃iftest,,,thenPATH=/usr/local/bin:

/usr/bin:

/usr/X11R6/bin:

/usr/local/lam-7.1.1/bin

Ok,这样就设置好路径了，注意的是服务器和节点机器都要设置，因为我们是通过nfs共享lam。

之后新建一个文件，lamhosts，输入nodeO,执行lamboot—lamhosts

如果显示有lam的相关信息，那说明安装成功。

之后顺便说一下lam的使用的几个命令，注意执行lam不能在root下操作

1）新建一个文件，说明要使用并行计算的几个机器，vilamhosts加入你要计算的机器，比如nodeOnode1node2,每个机器一行

2）lamboot—vlamhosts启动lam—mpi

3）mpirun—np*program*为你运行机器的台数，progran为并行程序，在vasp中我就直接运行mpirun—np1Ovasp

4）运行结束，记得wipe—vlamhosts释放机器，否则节点机器无法关机，我经常忘记执行这个命令，导致关机的时候无法正常关机.。

lfc8.0并行vasp的编译（参考了本论坛的［转帖］VASP程序的编译（valenhou））感觉vasp安装不同操作系统不同的版本情况有很大不一样，在suse中并行vasp4.6我编译不成功，并行vasp4.5成功，串行4.6也成功，在rhas4.0中串行vasp4.6无法成功编译，vasp4.5则没有问题，大家如果编译不成功的话，可以试试不同版本。

下面讲讲我的并行编译。

首先要安装好fortran的编译器ifc这个不详细讲了，重要是要配置好路径，节点机器也是同样问题，ifc可以通过nfs共享，节点机器只要设置好路径就好了。

1．下载数学库libgoto，我的是intel平台我下libgoto_prescott32p-r1.00.so，之后我把他放在vasp上一级目录/usr/local/lib中

2．解压vasp.4.5.tar.gz和vasp.4.lib.tar.gz，注意把vasp安装在usr/local

的共享目录中

Tarzxvfvasp.4.5.tar.gztarzxvfvasp.4.lib.tar.gz

3.cdvasp.4.lib

cpmakefile.linux_ifc_P4makefile

vimakefile把当中的编译命令ifc改为ifort，在8.0中的命令是ifort不是ifc

之后执行make命令得到libdmy.a。

4.cdvasp.4.5

vimakefile把前面第50行的FC=IFC部分用#注释掉，第80—82的cpp部分

也注释掉

之后就是136行bias=/usr/local/lib/libgoto_prescott32p-r1.00.so

-Isvml

LAPAC用139行vasp自带的lapack,

把第166行和167行有关FFT3D的行前加上注释号，如下面的

#FFT3D=fft3dfurth.offt3dlib.o

#FFT3D=fftw3d.offt3dlib.o/opt/libs/fftw-3.0.1/lib/libfftw3.a

之后把202,203行mpi部分fc=mpif77的#去掉

把212行有关CPP的行前的注释号去掉

把226和227行有关SCAB行，加上注释号

把239和243行有关FFT3D的行，改成如下的内容：

#FFT:

fftmpi.owithfft3dlibofJuergenFurthmueller

FFT3D=fftmpi.offt