简单组建linux集群及并行编译vasp过程Word文档下载推荐.docx

1、 P4 3.2 ， 内存： 2 G， 硬盘： 80G ， 网卡：千兆网卡 （5 千多每台）华为 24 口千兆交换机（ 4 千多） 集群软件环境：建一个简单的集群，其实并不难，主要配置 nis ， nfs ， rsh ， mpi 就好了。推荐大家看一本书微机集群组建、优化和管理车静光著，机械工业 出版社。我的集群，采用 suse9.3 ，操作系统其实也很重要，这次试了很多操作 系统， redhat9 ， rhas4 无法识别网卡， rocks 无法安装， 如果硬件没有什么问题， 建议大家可以试下 rocks cluster 这个集群系统， rocks 集操作系统和集群于一 体，安装完成并行环境就

2、已经建立，而且还配备了 pbs 管理软件，非常简单，容 易上手，只是我的硬件不太兼容， 本来是想装 rocks 的，无奈，只有自己动手了。Suse配置nis , nfs非常简单，因为suse强大的yast，就像window 一样方便， 只要鼠标轻点几下就 ok。1Linux 系统的安装， suse 安装也非常简单，在此不想详细讲太多，主要是在 分区的时候要注意， 最要自己手动分区， 对于服务器来说， 最好能分一个独立的 分区/home，因为节点机器要通过nfs共享服务器的/home。注意的是一下几个软 件包一定要安装 nfs （ nfs utils ）， nis （ ypbind ）， rsh

3、 （ rsh server ）。 2基本的网络配置（通过 yast 的网卡配置）服务器的： 192.168.1.253 hostname ： node0 域名： node0.cluster 节点机器： 192.168.1 192.168.1.10 hostname ： node1node10 域名： node*.cluser掩码： 255.255.255.03.服务器的配置3.1Nfs 设置NFS（NetWork File System）是一种使用比较多的网络文件系统，它以它的安装 容易，使用方便得到很多Linux爱好者的使用。在使用NFS时，我们把需要共享 的分区或者文件按照一定的规范共享出

4、去，想使用这个资源的机器使用 mount 命令把共享的资源加载到自己的系统上， 然后就可以像使用自己的本地文件系统 一样方便。进入图形 yast network nfs server ，之后开始配置， 点击 add directory ： 之后设置两个共享目录， /home,/usr/local/ ，然后加入共享这两个目录的主机 通配符 192.168.1.0/255.255.255.0 rw,root_squash, sync 。其实配置 nfs 就 是修改 /etc/exports 文件，你也可以直接修改成/home/ 192.168.1.1/255.255.255.0（rw,root_s

5、quash,sync）/usr/local 192.168.1.1/255.255.255.0（rw,root_squash,sync）Ok, NFS就这样配置好了。3.2NIS的配置NIS（Network In formation Service） 是实现网络上各Linux机器之间的重要数据分享。这些数据包括用户帐号，密码，组文件，主机文件，等等。在集群 中我们要做到单一的镜象就需要 NIS的一些服务。比如我们不需要在每个节点上建立各自的用户，而是在 master上建立一个用户以后，就同时在其它的节点上 能够访问到这个用户。下面是我的配置过程：Yast network nis server

6、create nis master server 之后填入 nis domainname就是域名，我们填nodeO.CIuster，之后一些信息一般选默认就可以了， 之后要配置hosts :netmask: 255.255.255.255 network : 127.0.0.1 255.255.0.0 network : 192.168.0.0ok,之后完成，进入/var/yp目录，执行make就最后完成nis的配置。注意的是 如果你新建用户了，要注意执行 make命令更新nis信息。最后启动网络服务 yast network-start service 进入设置，开启shell ，login

7、 两项服务。3.3rsh 的配置注意修改这两个文件/etc/hosts /etc/hosts.equiv 所建立用户的.rhosts，这个文件和/hosts.equiv 文件内容设置相同。Hosts的文件信息，最后修改成：127.0.0.1 localhost192.168.1.253 node0.cluster node0192.168.1.1 node1.cluster node1192.168.1.10 n ode10.cluster node10Hosts.equiv:Node0Node1Node10把所有节点的信息输入到这两个文件， 等节点机器的配置好后，你就可以用命令rlog in

8、 node*,登陆节点机器，这样就可以对节点机器进行操作了。节点机器的配置配置nis，nfs的情况基本和服务器类似，只是进入 yast的时候选择的是nis 客户端，和nfs客户端即可，这里不再详细说明。之后启动rsh服务，启动过程, 编辑 /etc/xi netd.d/rsh 将其中内容“ disable = yes” 改成“ disable = no”，重新 restart xinetd ，激活 rsh #chkconfig level 345 rsh on#/etc/rc.d/xinetd restart, 这样就配置好 rsh 了，Lam- mpi的编译安装使用。（1） 到lam mpi

9、官方网站www.lam-mpi.org下载最新的源代码，注意不要下载 rpm格式的，要自己编译tar.gz格式的（2）用“ tar zxvf lam - 7.1.1.tar.gz ”解压（3）进入该目录配置编译信息（后面编译vasp中的makefile有）./con figure prefix =/usr/local/lam-7.1 .1 with CFLAGS= O withfc=ifort with f77flags= O without romio几点说明，前面是配置 lammpi 的安装路径 /usr/local/lam-7.1.1, 指定的编译 器是 intel 的 fortran

10、编译器 ifort（4）然后执行make进行编译，最后执行 make in stall安装，ok成功安装lam mpi之后最好把 /usr/local/lam-7.1.1/bin 加入到搜索路径中，具体做法 vi 编辑 /etc/profile 找到#make path more comfortableif test ,then PATH=/usr/local/bin:/usr/bin:/usr/X11R6/bin:/usr/local/lam-7.1.1/binOk, 这样就设置好路径了， 注意的是服务器和节点机器都要设置， 因为我们是通 过nfs共享lam。之后新建一个文件，lamhost

11、s，输入nodeO,执行lamboot lamhosts如果显示有 lam 的相关信息，那说明安装成功。之后顺便说一下 lam 的使用的几个命令，注意执行 lam 不能在 root 下操作1 ）新建一个文件，说明要使用并行计算的几个机器， vi lamhosts 加入你要计算的机器，比如 nodeO node1 node2 , 每个机器一行2）lamboot v lamhosts 启动 lam mpi3）mpirun np * program * 为你运行机器的台数， progran 为并行程序， 在 vasp 中我就直接运行 mpirun np 1O vasp4）运行结束，记得 wipe v

12、 lamhosts 释放机器，否则节点机器无法关机，我 经常忘记执行这个命令，导致关机的时候无法正常关机 . 。lfc8.0 并行vasp的编译（参考了本论坛的转帖VASP程序的编译（valenhou） 感觉 vasp 安装不同操作系统不同的版本情况有很大不一样，在 suse 中并行 vasp4.6 我编译不成功，并行 vasp4.5 成功，串行 4.6 也成功，在 rhas4.0 中串 行 vasp4.6 无法成功编译， vasp4.5 则没有问题，大家如果编译不成功的话，可 以试试不同版本。下面讲讲我的并行编译。首先要安装好 fortran 的编译器 ifc 这个不详细讲了，重要是要配置好

13、路径，节点机器也是同样问题， ifc 可以通过 nfs 共享，节点机器只要设置好路径就好了。1下载数学库 libgoto ，我的是 intel 平台我下 libgoto_prescott32p-r1.00.so ， 之后我把他放在 vasp 上一级目录 /usr/local/lib 中2解压 vasp.4.5.tar.gz 和 vasp.4.lib.tar.gz ，注意把 vasp 安装在 usr/local的共享目录中Tar zxvf vasp.4.5.tar.gz tar zxvf vasp.4.lib.tar.gz3.cd vasp.4.libcp makefile.linux_ifc_

14、P4 makefilevi makefile 把当中的编译命令 ifc 改为 ifort ，在 8.0 中的命令是 ifort 不是 ifc之后执行make命令得到libdmy.a 。4.cd vasp.4.5vi makefile 把前面第50行的FC=IFC部分用#注释掉，第80 82的cpp部分也注释掉之后就是 136 行 bias = /usr/local/lib/libgoto_prescott32p-r1.00.so-IsvmlLAPAC用 139行 vasp 自带的 lapack ,把第166行和167行有关FFT3D的行前加上注释号，如下面的#FFT3D = fft3dfurth.o fft3dlib.o#FFT3D = fftw3d.o fft3dlib.o /opt/libs/fftw-3.0.1/lib/libfftw3.a之后把202, 203行mpi部分fc = mpif77的#去掉把212行有关CPP的行前的注释号去掉把226和227行有关SCAB行，加上注释号把239和243行有关FFT3D的行，改成如下的内容：#FFT: fftmpi.o with fft3dlib of Juerge n FurthmuellerFFT3D = fftmpi.o fft