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3)transactionfactor反式作用因子参与基因表达调控的因子,它们与特异的靶基因的顺式元件结合起作用。

编码反式作用因子的基因与被反式作用因子调控的靶序列(基因)不在同一染色体上。

反式作用因子有两个重要的功能结构域:

DNA结合结构域和转录活化结构域,它们是其发挥转录调控功能的必需结构。

反式作用因子可被诱导合成,其活性也受多种因素的调节。

同一类序列特异性的反式作用因子由多基因家族所编码,它们具有特定的蛋白质结构(如上述的锌指结构、碱性亮氨酸拉链、螺旋-环-螺旋基元等)和蛋白质结构上的同源性,因而构成反式作用因子家族,如类固醇激素受体家族、AP1家族等

4)centraldogma中心法则中心法则(geneticcentraldogma),是指遗传信息从DNA传递给RNA,再从RNA传递给蛋白质,即完成遗传信息的转录和翻译的过程。

也可以从DNA传递给DNA,即完成DNA的复制过程。

这是所有有细胞结构的生物所遵循的法则。

在某些病毒中的RNA自我复制(如烟草花叶病毒等)和在某些病毒中能以RNA为模板逆转录成DNA的过程(某些致癌病毒)是对中心法则的补充。

5)doublehelix双螺旋DNA双螺旋(DNAdoublehelix):

一种核酸的构象,在该构象中,两条反向平行的多核甘酸链相互缠绕形成一个右手的双螺旋结构。

碱基位于双螺旋内侧,磷酸与糖基在外侧,通过磷酸二脂键相连,形成核酸的骨架。

碱基平面与假象的中心轴垂直,糖环平面则与轴平行,两条链皆为右手螺旋。

双螺旋的直径为2nm,碱基堆积距离为0.34nm,两核甘酸之间的夹角是36゜,每对螺旋由10对碱基组成,碱基按A-T,G-C配对互补,彼此以氢键相联系。

维持DNA双螺旋结构的稳定的力主要是碱基堆积力。

双螺旋表面有两条宽窄`深浅不一的一个大沟和一个小沟。

6)majorgroove大沟绕B-DNA双螺旋表面上出现的螺旋槽(沟),深的沟(约2.2nm交叉)称为大沟,浅的沟(约1.2nm交叉)称为小沟。

大沟,小沟都、是由于碱基对堆积和糖-磷酸骨架扭转造成的。

7)DNAdenaturationDNA分子变性DNA变性指DNA分子由稳定的双螺旋结构松解为无规则线性结构的现象。

变性时维持双螺旋稳定性的氢键断裂,碱基间的堆积力遭到破坏,但不涉及到其一级结构的改变。

凡能破坏双螺旋稳定性的因素,如加热、极端的pH、有机试剂甲醇、乙醇、尿素及甲酰胺等,均可引起核酸分子变性。

变性的结果DNA的紫外线吸收增加,比旋光度和粘度降低,密度也增加。

这种效应叫做增色效应。

8)Tm(meltingtemperature)溶解温度对双链DNA进行加热变性,当温度升高到一定高度时,DNA溶液在260nm处的吸光度突然明显上升至最高值,随后即使温度继续升高,吸光度也不再明显变化。

若以温度对DNA溶液的紫外吸光率作图,得到的典型DNA变性曲线呈S型(如下图)。

可见DNA变性是在一个很窄的温度范围内发生的。

通常将核酸加热变性过程中,紫外光吸收值达到最大值的50%时的温度称为核酸的解链温度,由于这一现象和结晶的融解相类似,又称融解温度

9)anneal/renaturation分子复性DNA的复性指变性DNA在适当条件下,二条互补链全部或部分恢复到天然双螺旋结构的现象,它是变性的一种逆转过程。

热变性DNA一般经缓慢冷却后即可复性,此过程称之为annealing)。

DNA的复性不仅受温度影响,还受DNA自身特性等其它因素的影响。

10)palindromicsequence回文序列1)单条核酸序列内以对称点为中心,两侧碱基互补的核心序列区域。

含有该区域的双链DNA从不同方向阅读不同单链时其序列一致,常见于限制酶的作用位点。

(2)具有对称结构的DNA片段,即双链DNA中似发夹的结构,每条链从3'

或5'

方向阅读时其核苷酸序列均相同。

11)CvalueparadoxC值矛盾生物体的单倍体基因组所含DNA是恒定的,称为C值(Cvalue),是每一物种的一个特征。

不同物种C值的差异很大(表12)。

当进化增加了生物体结构与功能的复杂性时,基因组也相应地增大。

在某些生物中,这种规律并不适用。

有些单细胞真核生物的基因组大小并不比原核生物有明显的增加,生物基因组大小同生物在进化上所处地位的高低没有关系,这种现象就叫C值矛盾(Cvalueparadox)

12)overlappinggene重叠基因重叠基因(overlappinggene)是指两个或两个以上的基因共有一段DNA序列,或是指一段DNA序列成为两个或两个以上基因的组成部分。

重叠基因有多种重叠方式。

例如,大基因内包含小基因;

前后两个基因首尾重叠一个或两个核苷酸;

几个基因的重叠,几个基因有一段核苷酸序列重叠在一起,等等。

重叠基因中不仅有编码序列也有调控序列,说明基因的重叠不仅是为了节约碱基,能经济和有效地利用DNA遗传信息量,更重要的可能是参与对基因的调控。

13)repetitivegene重复基因重复基因指染色体上存在多数拷贝基因,重复基因往往是生命活动最基本,最重要的功能相关的基因。

14)splittinggene间隔基因真核生物结构基因,由若干个编码区和非编码区互相间隔开但又连续镶嵌而成,去除非编码区再连接后,可翻译出由连续氨基酸组成的完整蛋白质,这些基因称为断裂基因

 

2分子生物学的研究方法(5)

1)vector载体载体(vector)在基因工程重组DNA技术中将DNA片段(目的基因)转移至受体细胞的一种能自我复制的DNA分子。

三种最常用的载体是细菌质粒、噬菌体和动植物病毒

2)plasmid质粒质粒是细菌拟核裸露DNA外的遗传物质,为环形闭合的双股DNA,存在于细胞质中,质粒编码非细菌生命所必须的某些生物学性状,如性菌毛、细菌素、毒素和耐药性等,大小从1-200kb不等,为双链、闭环的DNAHYPERLINK"

\o"

分子"

分子,并以超螺旋状态存在于宿主细胞中。

质粒具有可自主复制、传给子代、也可丢失及在细菌之间转移等特性,与细菌的遗传变异有关。

3)reportgene报告基因报告基因(reportergene)是一种编码可被检测的蛋白质或酶的基因,也就是说,是一个其表达产物非常容易被鉴定的基因。

把它的编码序列和基因表达调节序列相融合形成嵌合基因,或与其它目的基因相融合,在调控序列控制下进行表达,从而利用它的表达产物来标定目的基因的表达调控,筛选得到转化体。

4)PCR(polymerasechainreaction)聚合酶链式反应聚合酶链式反应(PCR)扩增样品中的DNA量和富集众多DNA分子中的一个特定的DNA序列的一种技术。

在该反应中,使用与目的DNA序列互补的寡核苷酸作为引物,进行多轮的DNA合成。

其中包括DNA变性,引物退火和在TapDNA聚合酶催化下的DNA合成。

在分子克隆和DNA分析中有着以下多种用途:

(1)生成双链DNA中的特异序列作为探针;

(2)由少量mRNA生成cDNA文库;

(3)从cDNA中克隆某些基因;

(4)生成大量DNA以进行序列测定;

(5)突变的分析;

(6)染色体步移;

(7)RAPD、AFLP、RFLP等DNA多态性分析等

5)TaqETaq酶从水生栖热菌(Taq)中分离出的具有热稳定性的DNA聚合酶,对于PCR的应用有里程碑的意义,该酶可以耐受90℃以上的高温而不失活,不需要每个循环加酶,使PCR技术变得非常简捷、同时也大大降低了成本,PCR技术得以大量应用,并逐步应用于临床。

3DNA复制(16)

1)replicon复制子基因组中DNA复制的单位,包括复制原点。

2)replisome复制体在细菌复制叉上形成的多蛋白质结构,它能完成复制。

包括DNA聚合酶和其它酶。

3)replicationorigin复制起点基因组中单一DNA复制时的所需要的起始序列。

(含AT碱基对丰富,易解链。

真核细胞染色体含有多个起始点,而细菌染色体和质粒中只有一个。

4)semi-conservationreplicationDNA半保留复制通过亲本DNA双螺旋两链分开,每一链作为模板合成新的互补链的复制方式。

5)semi-discontinuousreplication半不连续复制半不连续复制是指DNA复制时,前导链上DNA的合成是连续的,后随链上是不连续的,故称为半不连续复制。

6)Okazakifragment冈崎片段在DNA不连续复制过程中,沿着后随链的模板链合成的新DNA片段(其长度在真核与原核生物当中存在差别,真核生物的冈崎片段长度约为100~200核苷酸残基,而原核生物的为1000~2000核苷酸残基)。

7)transcriptionalactivation转录激活通过染色体结构改变或转录因子直接结合或各类辅助因子间接作用,而激活基因启动子起始转录的调控作用。

8)RNApol(RNApolymerase)RNA聚合酶):

以一条DNA链或RNA为模板催化由核苷-5′-三磷酸合成RNA的酶。

是催化以DNA为模板(template)、三磷酸核糖核苷为底物、通过磷酸二酯键而聚合的合成RNA的酶。

因为在细胞内与基因DNA的遗传信息转录为RNA有关,所以也称转录酶。

9)dnaG(primase)引发酶一种依赖于DNA的RNA聚合酶,其功能是在DNA复制过程中先合成一段RNA引物,在这引物上延伸新合成的DNA片段。

10)primosome引发体DNA复制时,解旋酶、引发酶等多种蛋白质组成的蛋白质复合体,在后随链模板上移动,生成短片段RNA引物,用于DNA聚合酶合成冈崎片段。

11)covalenceelongation共价延伸方式即滚环方式,这是一种单向复制的特殊方式,在一条断裂的亲本链的3'

-OH上不断地发生DNA聚合作用,因而叫共价延伸

12)rollingcirclereplication滚环复制一种复制模式,复制叉沿环形模板复制一定次数,每个反应中新合成的链将前一反应中合成的链抛出,形成与环状模板链互补的一系列线性序列。

13)singlestrandbindingprotein(SSB)单链结合蛋白结合于螺旋酶沿复制叉方向向前推进产生的单链区,防止新形成的单链DNA重新配对形成双链DNA或被核酸酶降解的蛋白质。

14)laggingstrand后随链与复制叉移动的方向相反,通过不连续的5ˊ-3ˊ聚合合成的新的DNA链。

15)nucleosomereplication核小体复制

16)

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