美国病理学会对于二代测序临床诊断的实验室标准.docx

上传人:b****7 文档编号:9831322 上传时间:2023-02-06 格式:DOCX 页数:19 大小:34.34KB
下载 相关 举报
美国病理学会对于二代测序临床诊断的实验室标准.docx_第1页
第1页 / 共19页
美国病理学会对于二代测序临床诊断的实验室标准.docx_第2页
第2页 / 共19页
美国病理学会对于二代测序临床诊断的实验室标准.docx_第3页
第3页 / 共19页
美国病理学会对于二代测序临床诊断的实验室标准.docx_第4页
第4页 / 共19页
美国病理学会对于二代测序临床诊断的实验室标准.docx_第5页
第5页 / 共19页
点击查看更多>>
下载资源
资源描述

美国病理学会对于二代测序临床诊断的实验室标准.docx

《美国病理学会对于二代测序临床诊断的实验室标准.docx》由会员分享,可在线阅读,更多相关《美国病理学会对于二代测序临床诊断的实验室标准.docx(19页珍藏版)》请在冰豆网上搜索。

美国病理学会对于二代测序临床诊断的实验室标准.docx

美国病理学会对于二代测序临床诊断的实验室标准

美国病理学会(CAP)对于二代测序临床诊断的实验

室标准

相对于桑格测序来说,二代测序的较高的通量和每个碱基所消耗较低的本钱,使得其快速应用于临床检测领域。

尽管在1988年美国病理学会(CAP)没有给出这项技术在临床诊断上的实验室标准标准。

但在过去的几年,能够提供二代测序检测效劳的实验室相应的不断增加。

目的:

针对应用二代测序技术的临床诊断给出一个检查清单用以标准化实验操作平台和生物信息数据分析平台。

因为基于NGS的临床检测是一个新的诊断技术,而且相对于一代测序其更为复杂,所以目前亟需针对这些检测制定新的标准标准。

设计:

针对NGS制定必要的规章制度,促进这项技术更好地应用于临床检测。

在2011年CAP成立了NGS工作组委员会,以对检测清单的工程内容进展仔细研究。

结果:

在CAP分子病理学检测清单中总共包含针对实验操作平台和生物信息数据分析平台的18项实验室认证要求清单。

结论:

这项经CAP委员会认真考虑后所给的报告陈述了对于制定新的检测清单的重要性。

其中包含文件、批准、质保、验证、异常日志、监控升级、各个版本解释及报告、附带的发现、数据储藏、可追溯性模板、数据传送保密性等的处理。

DNA测序即二代测序技术(NGS)由七十年代的化学测序法和桑格测序法逐渐演化而来。

NGS与一代测序主要的不同是其可以并行的对数以百万的DNA短片段同时测序而非仅有一种DNA片段。

在九十年代中期基于荧光毛细管凝胶电泳的自动化桑格测序的产生使得DNA测序普遍应用于临床诊断。

而NGS更高的通量远远超过自动化桑格测序。

二代测序的较高的通量和每个碱基所消耗较低的本钱,使得其快速应用于临床检测领域,尽管NGS各方面分析都更为复杂。

包括数据获得和储藏的案例远超出于1988年临床检验科改善后的实验室修正案,对于后续数据计算具有较大挑战性。

NGS检测的领域涉及遗传病、实体瘤、恶性血液病、传染性疾病,人类白细胞抗原分析,非侵害性产前诊断,胎儿染色体异常检测。

安装,在发布的个体的生物信息学工具或运行算法方面,利用可替换的配置参数定制路径。

无论哪种情况,实验室必须以文件形式记录所有的与默认设置不同的自定义内容或者明确指明所用到的参数、路径、数值等。

大局部的生物信息分析通过与参考序列进展比对,参考序列的版本号及组装的详细信息都需要明确指出。

当描述生物信息路径时,实验室应该以文件的形式记录所有的数据分析,包括每一步输入和输出的文件。

对于每一步的正常表现,实验室应该也制定和记录质控参数。

例如,首要步骤,一个实验室会决定采纳一套标准,如特定仪器质量过滤后,通过的可读序列数量。

变异位点识别的标准是必不可少的,用到的参数阈值包含测序深度,变异位点质量评分,等位基因读取比率。

在后期数据筛选的流程和依据也需要表达在SOP文件中。

NGS生物信息分析流程验证

实验室对生物信息分析的验证生效以及当有变动时对整个分析流程或流程的一局部性能进展从新验证生效。

从新认证的程度范围由修改变动内容而定。

正如实验流程一样,在确立一个包含序列分析可读文件的生物信息分析流程时,实验室会经历一个自身不断修正的过程。

对于能够完成从测序实验到生物信息分析的整个流程的实验室,生物信息分析路径的验证生效应该包含整体的验证。

一旦实验室形成并经历性确实定了最正确操作,并对流程完成了充足的检测,下一步就是再利用含有变异位点的样品产生的序列执行并文件化,进展全面的验证。

对于内部研发的软件工具或供给商提供的已经锁定的软件工具(如对根底工具没有进展任何修改),这些步骤是必不可少的。

对于实验测序平台,需要对充足的样品数量进展分析•,去评价其诊断分析的灵敏性,特异性和重复性。

样本数量的评估应由实验本身决定。

一些参数如基因数量的评估,基因区域的评估,以及需要检测的变异类型最终都应确认控制的数量,良好的特征样品(例如人类基因组单体型图样本或的固有的细胞系或设计的变异),或之前诊断过的样品。

众所周知,假基因以及与靶序列高度同源的序列的出现对与准确的序列图谱映射,序列比对,及相关的变异识别都有干扰。

在一个给定的临床诊断实验中,需要对干扰的程度进展判定。

尽管在生物信息分析上高度同源序列的设置调整的挑战,可能会解决掉,但是实验室仍需要设置一个独立的可替代性分析方法去应对这一领域的问题。

NGS工作组认为全面详尽的定义假阳性和假阴性对应的错误率是不可行的。

然而实验室应该在变异类型上对典型的实例的错误率进展评估。

通过对照样品、特征样品可以对这些错误率进展评估。

假阳性的错误率可以通过可替代性的测序方法进展确定。

假阴性的错误率很难确定,因为其起源于多种情况,包括在给定靶区域内测序深度的缺乏,变异的识别的缺少可能因为质量评分设置较低,序列读取的方向分布(正向、反向)无法满足质控标准。

在用一个可替代方法验证变异识别的过程中,通过分析靶序列的侧翼区域去确定这个变异识别流程能否发现所有可能的变异。

例如,当用桑格测序确认一个变异时,可以设计引物对,不仅对变异区域进展测序,而且对侧翼序列进展测序,然后就能检测是否存在变异,查找与生物信息分析途径鉴定结果的对应关系。

在文库制备时,应用分子编码已成为NGS中的常用做法。

实验室需要确定标签序列在混合池中的特异性,并且确认在分析的过程中,能够准确的识别区分标签序列。

在索引分析和样品合并时,接收或拒绝一条读长需要设立一标准。

例如一些实验室只承受具有索引的读长,且索引序列与建库时所用索引是一致的。

对于含有索引序列的读取量的百分数的监测可以测试出来源于其它索引序列污染的存在。

这个测试与检测限相关,如在肿瘤样品中确认体细胞突变,生物信息分析途径需要其参数进展评估。

可以通过降低含有变异位点的样品浓度验证其检测极限。

对于确认变异位点的生物信息分析途径的验证都是专用的,除了分析含有杂合基因型的特殊样品的检测极限外,以上讨论都是与之广泛相关的。

当应用外显子或全基因组测序以确认相关的候选基因时,基于此,实验室必须额外的对生物分析途径进展验证。

例如,在遗传疾病的情况下,实验室通过对具有多种(隐性、显性、有害变异、致病性变异)序列分析读取设置。

一旦生物信息分析途径经过验证符合实验室的要求,并已经实施,当分析途径有任何改变时,需要对其重新验证。

能够使其重新生效的实际方法是利用分析验证过的序列文件用新参数对其重新简单地分析工这种方法可能会产生一样的、或更少的、或更多的变异位点,这些结果需要进一步验证。

对于外显子组或全基因组的序列,生物分析途径的改变也能产生一个新的假定的候选基因名单。

作为生物分析途径验证或从新验证的法规资料将会包含验证生效记录和临床应用的备用证明文件。

NGS信息分析流程•质量管理体系

对于NGS信息分析途径,实验室应有一份文件化的质量控制体系。

实验室必须依据对应的质控标准来监测NGS数据分析的常规性工作。

对临床样品分析时,与预期的质量控制指标的偏离需要调查,并给出解决。

一些样品包含以下这些情况:

NGS数据分析的生物信息输出可能会显示通过质量评分要求的序列读取数量的缺乏。

另一种情况,根据人类基因组突变频率的相关信息,确定的变异的数量可能会脱离实际期望值。

另外的样品具有偏高的索引序列读取的数量,以至于无法专门的别离。

这种偏差说明技术上存在误差,或操作过程的失误。

一个适宜的质量控制系统提供工作流程,去查明导致过失的可能的原因,并制定适宜的补救措施。

如与预期结果相偏差,实验室应记录下来,并以文献的形式记录用来确定原因和修正的相关措施。

遵从的证据(法规资料)不仅应包含质量控制监测指标的文件编制,还应有关于偏差及相应研究和补救措施的记录描述。

生物信息流程的更新

实验室有一个政策针对监控,文件编制,补丁版本的执行,升级和其它生物信息分析途径的更新。

检测工程要求实验室制定并遵循一项程序,对生物分析途径的各局部制定和实施更新。

二代测序生物分析途径常常会用到开源代码软件的多个程序包,处理内容、报告分析方面的数据库。

由于这一领域的不断改良演变,实验室必须有一项政策监控更新,版本补充。

这项政策应该注明更新的日期。

例如,实验室在相关发布后就执行更新,或在一定的间隔期[一季度,半年,一年)后进展更新,这由更新的性质和相关紧迫性决定。

由于在这些更新后需要对生物信息分析流程重新验证生效,后一种方法使得更新与重新验证合并,这将是更有效的。

最后实验室保存记录,并能清晰地以文件的形式记录定期的监管执行更新。

应着重强调的是,是否更新,何时更新,是由实验室主任决定。

数据储存

实验室有一个规定,与生物信息分析途径产出的数据,中间的数据,以及最终的数据储存有关。

实验室必须确立并执行关于数据储存的一项规定。

NGS产生的大的数据文件以及相关的数据分析,包括流动细胞成像文件,序列碱基识别和相应质量评分序列读取文件,以及随后分析中产生的中间文件。

通常在一段较长时间内保存所有的文件是不实际的,所以清单要求授权实验室确立一项关于数据储存的规定,指定的数据文件保存时间,及最终报告之后哪些文件需要保存。

NGS工作组建议,如果可行的话,实验室保存含有质量评分的序列文件(如FASTQ文件)或保存一个能够再生的文件档案(如BAM文件)。

这些格式将会允许在后来重新分析、对于全基因组或其它较大的序列数据,保存FASTQ文件或标准档案格式较长时间将会花费较高的费用,然而,新的压缩格式提供了一个近期的解决方案。

这些文件要保存多长时间是一个复杂的问题,与文件大小,实验室文件储存能力,法医学考虑,地方、地区、国家对数据储存的要求。

最后必须强调数据文件的储存时间与地方、地区、国家对数据储存的要求保持一致。

版本的可追溯性

利用NGS数据文件,生物信息分析途径的特定的版本对于每个病人的报告都是可以追溯的。

用于NGS数据分析的特定版本的组成局部,从哪获得,相关的配制1命令行参数或其它配制项)都能够被追溯。

之前已经提到,对于应用生物信息分析流程去分析NGS数据,尤其是主要基于开源代码的软件时,其经常由多个程序包、脚本、数据库组成。

单个的软件包或脚本性能,内置的或外部的数据库对于整个生物信息分析的性能具有重要的影响。

因此,利用特定的生物分析流程对每个病人的数据进展分析,并生成报告是极为重要的。

对于内部产生的脚本和软件包,如有改动也应以文件形式记录,但是这些不必要出现在病人的报告中。

总的来说,应用特定实验室指定的分析流程(如:

NGS流程V1.0.1)作为参考是可以被承受的。

对于单个的组件和配置的组合,特定实验室指定的流程应该是独一无二的。

因此,软件程序包、脚本、或内部外部的数据库的不同的版本的改变,需要一个新的独特的特定实验室并对其重新验证。

异常记录

实验室利用生物信息分析流程分析过程中,对病人案例的偏离SOP的异常日志进展保存维护。

在生物信息分析流程分析过程中,与SOP有任何的差异都应该以文件从形式记录在异常日志中,包括软件包、脚本、版本号、数据库、命令行或相关参数的改变。

在生物信息分析流程分析过程中,任何运行失败都应记录在异常日志中,包括问题,结果调查,所进展的修改,相互的交流,实验室主任的签署,委派人员等。

异常日志要求与病人的报告保持联系,实验室主任可以选择任何相关的SOP偏差与咨询医师进展交流。

异常日志的文件化也应并入到质量保障月报告中。

一些偏差,例如由于网络、电脑或储存失败需从新运行的,或需要不同的参数运行一个特定的步骤,必须文件记录其结果输出和解释。

例如,一个实验室可能会需要在特定工具里改变设置以充分的对一个病例的某一变异或基因区域进展充分的分析。

偏差的原因的描述,以及产生偏差的特殊局部应记录在异常日志中。

每一个偏差应链接到对应病人案例中,由实验室主任给出恰当的评价。

由于有担保,这种偏差可以包含在最终的报告中,或详细的与咨询医师进展交流。

在进展生物信息分析时与漏洞或故障相关的偏差需要记录在异常日志中。

漏洞、受影响的案例,提出的矫正措施,必须经过实验室主任审核批准,签字,注明日期。

可能由于硬件或软件或操作失误导致生物信息分析完全的失败,也应该记录在异常日志中,并以文件形式记录出现的错误。

NGS数据传送的保密性

实验室应有一项规程,在NGS数据在内部或外部的储存、传送时保持时,应确保病人信息的保密和平安。

二代测序产生的大量的数据,尤其是基因测序,含有病人的姓名,出生日期,用药数量记录或其他的受保护的安康信息,用以对病人的身份鉴定。

实验室必须建立严格的程序确保病人的私人信息受到保护。

实验室必须强化一些关于基因组信息传送给医疗保健机构或第三方机构(如提供云计算资源或实验室效劳类的机构)的规程。

规程中应包括数据加密,平安数据传送,访问时的用户身份识别鉴定。

实验室应该遵照安康保险携带和账户行为能力的标准要求,例如与外部供给商建立商业协议,包括严格的充分的评估适宜的方法保障病人临床基因组数据发送和接收的机密性。

序列变异位点的解释报告

对变异位点的解释和报告应遵循专业机构推荐的指导方针。

随着NGS技术的采用,临床实验室正在扩大他们的检测工程名单,如从单基因到基因模块再到外显子组,再到全基因组。

显而易见的,实验室将对多个关键的在以前报道中引起疾病的变异位点进展NGS测序。

目前,大局部的基因变异的实验报告都是遵循人类基因组变异协会命名法以及来自美国遗传医学协会(ACMG)的变异分类指导方针。

术语命名的参考最初由Antonarakis和Dunnen在2001年发布,但目前已经发生显著地变化及附加上一些内容。

因此,建议实验室采用这些参考指南的最新网络版本。

ACMG的变异分类的参考方针目前正在修订,新版本将包含变异位点的解释的参考内容。

建议应用ACMG的对于遗传疾病的分类系统作为参考,以提高变异位点分类的一致性。

疾病和基因特异性修饰将应该记录在案。

对于其他临床基因组检测(肿瘤或病原体诊断),实验室应该对变异分类持有最正确的判断,并采纳现有的参考指南。

在一些文献中存在混淆的地方,如何使用副本文字进展变异的编号缺乏一致性,在临床报告中也是如此。

如由基因MUTYH产生的多个转录本,利用复杂的命名法去描述基因中的突变位点。

其中两个主要的转录本是hMYHal(NM-012222.2)和hMYHa3(NM-001048171.1),由546和535个氨基酸组成的多肽。

由于第3外显子的可变剪切造成hMYHa3比hMYHa3少33个核甘酸,修剪掉第3外显子5'端11个氨基酸(GMIAECPGAPAL大多数文献命名突变体时用的是hMYHa3,然而一些文献利用全长转录本hMYHal进展命名。

当对基因MUTYH出具检测报告时,或来自不同实验室对其的报告进展比较时,注明应用哪一个转录本进展命名是极为重要的。

实验室已经将这两个最常见的转录本命名为p.Tyrl65Cys和p.Gly382Aspo在临床报告中,当有名称变化时,实验室应该有一套机制去监管此类事情,并给予高度的重视。

因此为了防止混淆,报告中要注释所用转录本的检索号及对应的蛋白排列。

在一个样本中,对序列变异的观察的准确解释对于临床检测是极为重要的,因为它整合了变异对于功能基因所有可能的破坏和病人的临床表型,以确定是否是这个变异引起的疾病。

在过去的几年里,不同的名词术语已经应用到临床报告中,这意味着测序结果在不断变化,包括致病性的,有害的,疾病相关联的,并带有possible,probably,likely,VUS和VOUS(未知的临床意义,未确定的临床意义)修饰词。

标准的序列变异参考已经推荐给遗传类疾病,但对于肿瘤和传染性病原体诊断仍然是不牢靠的。

对于遗传疾病,最普遍的应用的分类分为5个类别,

(1)致病性的,12)可能致病性的,(3)不确定的临床意义,(4)可能良性的(5)良性的。

当描述序列变异造成的临床影响时,实验室应引起重视,并仔细的考虑疾病因果关系的证据,普通人群中的频率,以及相关功能性研究。

从大的工程工程(外显子组变异效劳器,千人基因组方案等)里免费的获得外显子组或全基因组测序数据后,实验室应该利用相关的数据库和计算机工具(如表所示)去注释序列改变对疾病的影响程度。

对于大规模的检测,如外显子测序或全基因组测序,一个基因对疾病的因果关系的证据的评价,以及对变异类型、遗传形式的理解是非常重要的。

例如没有确定在发病中有具体作用的一个基因的功能性缺失变异,不可以假设其引起疾病。

附带性遗传研究报告

与临床诊断目的无关的附带性遗传研究报告,实验室应对此进展标准。

当进展单基因、基因模块、外显子、全基因组测序测序时,临床上会产生重要的遗传研究发现,但与检测的表现型无关。

这种现象同样也会出现在对某种特定疾病进展特定分析的情况中。

其可能会包含识别与常染色体显性疾病,隐性疾病携带状态,普遍的药物反响等位基因标记有关的变异。

着手利用NGS的临床检测,应该意识到这种偶然的研究发现的潜力,并且对于是否以及如何报告这些这些实验检测应该有相关规定。

最近公布的ACMG推荐标准,去报告医学上可操作的偶然发现,其中包含一个最低量的基因名单,如果发现的突变位点,就应出具其报告。

实验室可以选择遵循ACMG的推荐,但并不是期望一定要报告在这些基因中的发现。

实验室就偶然的发现,可以制定自己的标准。

如果实验室的标准不对偶然性发现进展报道,或者限制对一特定疾病报告偶然的发现,对于此实验室应该清楚在检测报告中声明。

当决定是否透漏给病人某一遗传信息时,道德准那么也应考虑进来。

公开附带性发现相关的平安等级由疾病的严重程度、临床可控程度、或其它风险效益因子决定。

例如,常见的疾病风险等位基因,2型糖尿病,相较于遗传信息说明倾向于医学上可以或不可以治愈的恶性肿瘤或孟德尔遗传病而言,具有相对较低的风险,或药理学风险信息具有不同后果严重程度。

所有的这些方面在将信息反响给病人时都应该考虑到。

NGS检测的转诊(外包)政策

实验室应制定相关政策,用以标准在NGS检测转诊时,选择参考实验室或其它效劳供给机构。

转诊可以包括整个的NGS检测进程或仅仅是实验室操作进程和生物信息分析进程的某一个。

带有数据分析挑战性的复杂的NGS临床检测导致了传统实验检测模式的转变。

尽管大多数临床实验室内部进展全部的NGS检测进程,目前已有不断增多的实验室将检测的局部进程外包给外部的公司。

例如,CLIA实验室不进展大量的数据分析能力,将生物信息分析流程外包给外部公司。

另一方面,生物信息供给商或相关机构具有较高的数据分析处理能力,但是不具有CLIA实验设施,将实验室操作进程外包给外部实验室。

随着这种临床工作流程分工成为一种趋势,NGS工作组决定对2014版的NGS检测单参加一个应对转诊规定的要求。

CAP实验室检查要求单41350写明,实验室主任对于选择外部参考实验室或效劳商负有责任。

实验室主任应保证外部实验室操作进程或生物信息分析效劳的性能质量。

在一些具体的方面,实验室主任应考虑选择外部参考实验室或效劳商以保证

(1)能够完成临床检测的周期对于临床需求来说是可承受的;

(2)外部实验室提供的实验室操作进程是经CLIA验证的或能够满足CAP要求的标准;(3〕外部生物信息分析结果的质量和准确性已通过高标准的验证。

备注

在过去相当短的一段时间,NGS已经由根底临床研究转化到临床诊断。

应用NGS进展多基因模块、外显子组、全基因组测序的临床诊断实验室正在不断增长。

CAP确定了采用NGS的临床实验室需要制定针对于NGS的认证要求。

本文突出介绍了由NGS工作组制定的资格认可要求的内容,并清楚地讲解工作组在开展这种临床需求的视角。

NGS领域仍在继续快速的演变提升,反映在仪器、试剂、分析工具及软件的升级。

工作组以NGS资格认证要求的视角,应用根本的临床诊断要求,促培临床实验室采用NGS的责任,确保病人的平安。

这些原那么包括流程步骤的文件化,通过适当的验证示范证明实验室规程,制定质量管理体系。

考虑到实际上技术的快速变革,以及基于NGS检测类型、分析规模的不同,NGS工作组针对不同的NGS临床检测制定了一些常规要求,并允许实验室灵活的标准各自的方法途径以满足要求,另外同时提供了相当多的监管标准。

应用于本文中的与命名、解释、及附带性结果报道适用于应用NGS技术进展遗传疾病检测。

在之前处理关于单基因遗传病检测的认证需求时,实际上已经非常明确的制定了实验室标准。

尤其是关于命名术语,变异位点的解释,意外发现等,在之前都已有发布。

工作组选择稍晚的对NGS的要求进展介绍,以便有益于更好地技术革新,并在专业领域水平上形成共识。

在推出一个相关的认证要求前,关于体细胞变异注释的指导手册需要制定出来。

出于对体细胞变异解释指导手册的要求,NGS多基因模块和外显子检测己经被着重提出。

基于NGS的分子肿瘤的认证要求包括样品分析前的评价,以及对NGS检测结果的影响。

分析前的一些指标,如福尔马林固定,石蜡包埋等对于结果的影响并没有被确定,因此委员会认为太具体的制定这些特殊要求为时尚早。

由于基于NGS的诊断学不断进化和成熟,NGS工作组认为NGS的认证要求需要回访并修订。

随着资格认证的发布出版,CAP在执行时随后有许多来自于实验室的问题。

特别是实验室定期的寻求关于需求的说明,形成的问题为工作组提供反响,指引讨论关注与改善和澄清这些要求。

另外,NGS工作组认识到最初制定的认证要求不能覆盖全部临床实验室NGS追求的应用。

操作上,NGS工作组经过了整整一年的时间进展会议和面对面会议。

讨论作为这些活动的一局部,重点关注于修正扩大认证要求。

随着CAP认证要求的周期性修订和出版,NGS工作组有能力正式的提交修订和扩展NGS认证要求。

当前的认证要求已经经过一次正式的修订,额外的修订和扩大正在进展。

工作组对反响和此领域的经历进展进一步的商议,未来的NGS相关认证版本会不断的被修改和更新。

但在过去的几年,能够提供二代测序检测效劳的实验室相应的不断增加。

尽管在1988年美国病理学会(CAP)没有给出这项技术在临床诊断上的实验室标准标准。

为应对这种需求,CAP成立了NGS工作组委员会,以在这项技术开展初期制定第一套临床检验标准。

考虑到基于NGS的测序技术是在原有技术上对仪器、测序反响试剂、生物信息分析等的改良,工作组致力于制定一套用于标准NGS临床检测的工作框架管理标准以更好地采纳基于NGS的检测技术。

二代测序技术由两局部组成,实验操作平台和生物信息分析平台。

实验操作平台一般包含所有的以下流程:

病人样品采集处理,核酸提取,片段化,分子标签,外显子组或基因组靶序列富集,接头连接,扩增,文库准备,上样,序列读出。

序列是通过对数以百万的DNA片段的读取全自动化的产生。

化学实验反响后便是大规模的计算和生物信息分析•。

通过各种的算法将测到的短的序列去比对匹配人类参考基因组序列。

经过图谱比对后,与参考基因组不同的核甘酸变异被识别出来。

另一个独立进程是去逐一的或组合的根据其相应的临床表现去分析与临床相关的变异类型。

对于个别病人案例,已经被确认的变异参考其正常基因功能受损的注释内容进展评估,如早产转录因子、截断蛋白、非同义突变对蛋白功能的影响或剪接位点的改变。

为了对疾病和有害突变的关系做出明智的决定,需要根据病人的临床病症结合基因组研究成果。

作图比对、变异识别、变异注释以及一定程度上的临床解释包含了生物信息分析的全部工作框架。

CAPNGS工作组考虑到化学实验反响平台与生物信息分析平台是相别离的,所以制定的标准也是分开的。

一局部实验室利用国外的设备去进展一局部的二代测序检测。

一个实验室提供从实验操作平台到生物信息分析,他们临床检测的验证可以整合起来。

在CAP分子病理学检测清单中总共包

展开阅读全文
相关资源
猜你喜欢
相关搜索

当前位置:首页 > 总结汇报 > 学习总结

copyright@ 2008-2022 冰豆网网站版权所有

经营许可证编号:鄂ICP备2022015515号-1