感染性疾病的实验室诊断.docx
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感染性疾病的实验室诊断
感染性疾病的实验室诊断
感染性疾病的实验室诊断介绍
实验室检查可直接对微生物进行检测（如：
肉眼观察、利用显微镜观察、病原体在培养基上生长）或者间接对微生物进行检测（如抗体检测）。
一般的检测手段包括
·显微镜检查 （ 显微镜检查）
·培养 （培养）
·免疫学试验（凝集反应试验如乳胶凝集试验、酶免疫测定、蛋白质印迹、沉淀试验、补体结合试验） 免疫学试验
·核酸为基础的鉴定方法（ 以核酸为基础的鉴定方法）
·非核酸鉴定方法（ 以非核酸为基础的鉴定方法）
培养通常是明确微生物的金标准，但是结果可能要在数天或数周后才能得到，并且不是所有的病原体都可以通过培养得到，因此可以选择其他有参考价值的试验。
当一种病原体得到培养及鉴定后，实验室就可以评估其对抗微生物药物的敏感性 药敏试验。
有时也可以用分子生物学的方法来检测特定的耐药基因。
一些试验（如革兰染色，常规的需氧培养）可以检出多种病原体，并且通常在许多可疑的感染性疾病的诊断中被使用。
然而由于通过这些试验可能使得一些病原体被遗漏，因此临床医生必须知道对每种可疑病原体检测所用的每个试验的局限性。
当出现可能被遗漏的情况时，医生需要对怀疑的病原体进行特异性的检测（如特异染色或特异培养基）或建议实验室选择更多有针对性的试验进行检测。
显微镜检查
显微镜检查速度快，但是准确性有赖于检测者的经验以及检测设备的质量。
除标准的实验室外，由于质控方面的不足常常限制了医生选择显微镜检查作为确诊的方法。
组织的显微镜检查可能需要区分病原微生物来自于侵袭性疾病或仅仅为表面定植－这种区分往往难以由培养来判别。
虽然有一些不能被染色的标本要通过水分固定来检出真菌、寄生虫（包括蠕虫的卵和幼虫）、阴道来源细胞和能动的微生物（如毛滴虫属）、梅毒螺旋体（通过暗视野显微镜），但是大多数标本用染剂处理后都能使病原体带有颜色，让它们在背景中突显出来。
为了提高真菌的可分辨度，可用10%氢氧化钾（KOH）溶解周围的组织和非真菌病原体。
虽然不被染色也是100%具有特异度的，但是临床医生还是以推测可能的病原体来要求所选用的染剂。
大多数样本用革兰染剂染色，如果怀疑是分枝杆菌则要选用抗酸染剂。
然而有一些病原体使用这些染剂则不能被轻易观察到；如果怀疑是此类病原体，需要使用不同的染剂或采用其他可以进行鉴定的方法。
因为显微镜检查时通常要求标本中微生物的浓度达到1 × 104-5/mL，所以许多体液标本（如CSF，尿液）在进行检查前需进行浓缩处理（如离心法）。
革兰染色
革兰染色是通过细菌能保留紫色晶体染剂（革兰阳性——蓝色）或不能保留（革兰阴性——红色）以及细胞的形态学（如杆菌或球菌）和细胞的排列（如：
丛状、链状、二倍体）来将细菌分类。
可以根据这些特征最终确定抗生素治疗方案。
用革兰染色后的形态及染色特征来发现病原微生物的方法可鉴定出多种细菌感染。
革兰染色是将标本通过热固定于载玻片上，相继用革兰紫色晶体、碘、脱色剂和复染剂（具有代表性的是番红精）处理。
抗酸染色和改良抗酸染色
这些染色法用于鉴定“抗酸”微生物（分枝杆菌类）和“中等抗酸”微生物（主要是放线菌类）。
除了用于一些寄生虫的囊合子（如隐孢子虫）外，它们也用于红线菌属以及和其有关菌属的染色。
分枝杆菌在痰液中的含量达到10 000个／ml就能被检测出，但是因为它常常在标本中以更低的浓度水平存在，检测的灵敏度因此受限。
通常几毫升的痰液在氢氧化钠去污染后经过离心浓缩才被用于抗酸染色。
尽管一些中等抗酸的微生物很难从分枝杆菌中区分出来，但是这种方法的特异度仍较可信。
荧光染色
这些方法可用于更低浓度的标本（<1×104细胞数/mL）的检测。
具体例子包括吖啶氮蒽橙色荧光（细菌和真菌），金胺-玫瑰红和金胺O荧光（分枝杆菌），白色含钙荧光（真菌，尤其是皮肤癣菌）。
病原菌抗体和荧光剂偶联（直接或间接免疫荧光）理论上可以提高检测的灵敏度和特异度。
然而由于这些试验结果的解读和解释有一定的困难，因此商业上仅极少数方法有利用价值而常规使用（如肺孢菌和军团杆菌属直接荧光抗体试验）。
印度墨汁（胶态碳）染色
这种方法用于检测那些有细胞悬浮的体液（如CSF沉淀物）中主要含有新型隐球菌和其他具有包囊的真菌标本。
该方法主要是使背景视野被染色而不是微生物本身被染色，染色后使微生物的荚膜呈晕轮状而易被观察到。
在CSF中其灵敏度不如隐球菌抗原检测。
特异度也受到限制：
白细胞也可能呈现包囊状。
Warthin-Starry银染法和Dieterle 染色
这些银染色用于显现如螺旋体,幽门螺杆菌 （Helicobacter pylori）, 微孢子虫和 巴尔通氏体（Bartonella henselae） （猫抓病的病原）等细菌。
赖特染色和吉姆萨染色
这两种方法用于检测血液中的寄生虫，吞噬细胞和组织细胞中的荚膜组织胞浆菌，细胞内由病毒和衣原体所形成的包涵体，耶氏肺孢菌的滋养体，以及一些细胞内细菌。
三色染色（果莫里-Wheatley染色）和铁苏木精染色
这些染色方法用于检测肠道内的原虫。
果莫里-Wheatley染色用于检测微孢子虫。
它可能遗漏蠕虫卵和幼虫，并且用于检测隐孢子虫也不可靠。
真菌和人的细胞会被染色。
铁苏木精染色可以鉴别染色的细胞、细胞包含物和细胞核。
当用于对蠕虫卵进行染色时，应避免染得太深而难以检测。
培养
培养是指微生物在一种有营养的固体或液体培养基上面或里面生长，使得微生物的数量增加从而更利于鉴定。
培养也可以更加容易进行抗微生物制剂敏感性试验。
临床和实验室进行交流是必要的。
虽然大多数标本都接种于普通培养基上（如血或巧克力琼脂），但是一些病原菌的培养需要包含有特殊的营养成分和抑制剂或者需要其他特殊的条件（ 分离常见细菌所选用的培养基）；如果怀疑是这些病原菌中的一种或者患者已经接受抗微生物制剂的治疗，应该将这些情况告知实验室。
告知实验室标本的来源有利于实验室根据特殊部位常见的菌群区分病原菌。
分离常见细菌所选用的培养基
病原体
首选培养基
类杆菌种
卡那霉素-万古霉素血琼脂
脆弱类杆菌
类杆菌七叶苷（含有庆大霉素和胆汁）
百日咳杆菌
博代-让古琼脂加甲氧西林或头孢氨苄
Regan-Lowe头孢氨苄琼脂
马血-炭琼脂
洋葱伯克霍尔德菌
葱头假单胞菌琼脂
空肠弯曲菌或大肠弯曲菌
弯曲菌-选择琼脂（如，头孢哌酮-万古霉素琼脂）
白喉棒状杆菌
Tinsdale琼脂胱氨酸-亚碲酸盐血琼脂吕弗勒凝结血清法
大肠埃希菌肠出血性（有志贺毒素产生的，包括O157-H7）
麦康凯山梨醇琼脂
兔拉弗朗西丝菌
血-或巧克力-胱氨酸琼脂
军团杆菌
缓冲炭酵母浸出物琼脂
淋病奈瑟菌，脑膜炎奈瑟菌
改良的Thayer-Martin琼脂NewYorkCity琼脂
钩端螺旋体
含有兔血清的Fletcher或Stuart培养基或含有牛血清清蛋白吐温80的钩端螺旋体培养基
沙门菌属和志贺菌属
可生长在标准的麦康基或伊红-美蓝培养基上。
可选择：
Hektoen或木糖-赖氨酸-脱氧胆酸盐培养基，沙门菌属-志贺菌属琼脂，革兰阴性或富含亚硒酸盐的肉汤
弧菌
硫代硫酸盐-柠檬酸盐-胆汁盐蔗糖
耶尔森菌属
Cefsulodin-氯苯酚-新生霉素琼脂
标本的采集非常重要。
在感染性疾病的诊断中，在感染部位采集标本是主要原则。
应该在病变前缘，而不是中心，进行采样。
拭子的使用令人气馁。
然而，如果需要使用一个拭子，植绒拭子应该被优先选，因为它可以获取更多的标本。
用于分子学检测方法的拭子（ 以核酸为基础的鉴定方法）必须同其将被使用的特定检测方法相匹配。
选择错误类型的拭子可产生假阴性。
木柄拭子不利于某些病毒生存；棉签拭子对于一些细菌和衣原体是有毒的。
血培养标本采集时需要对皮肤进行清洁和消毒（如聚维酮碘药签消毒、干燥，再用70%的乙醇脱碘）。
常常需要从多个不同的部位留取多份样本，如果可能应该在发热达到高峰时留取标本。
仅仅在一份血样本中有皮肤和黏膜常见菌群生长说明是污染造成的。
如果一份血液样本是从深部留置管获得，那么也应该再留取一份外周血管血液标本，这样有助于区分是全身性的菌血症还是导管相关性感染。
来自感染导管中的标本培养结果与同时来自外周血管的血标本培养结果相比较，通常阳性结果出现较快，并且包含有较多种微生物。
部分真菌，特别是霉菌（如曲霉类），通常不能通过血培养获得。
为了尽量限制可能造成污染的正常菌群的生长，样本必须以最快的速度接种于适宜的培养基中。
为了精准确定病原体的数量，应尽量防止其他病原体的生长；应该立即将样本运送至实验室，若可能耽误接种，则可先将样本进行冷冻（在多数情况下）。
某些病原培养需要特殊的条件。
厌氧菌不应该从正常菌群的部位留取样本进行培养，因为不可能做到从正常菌群中区分出病原菌。
样本必须隔绝空气，做到该点颇为困难。
对于用拭子采集的样本，可以利用厌氧培养基运送。
然而，对于厌氧菌的培养，液体标本（如脓肿内容物）优于拭子标本。
液体标本应该用排空空气的注射器收集（以尽可能减少标本与氧气的接触），装在注射器（去除针头并盖好针帽）或转移至厌氧菌瓶中送到实验室。
分枝杆菌属培养有相当困难。
含有正常菌群的样本必须首先进行去污和浓缩。
结核分枝杆菌和一些其他的分枝杆菌生长缓慢。
通常结核分枝杆菌在液体培养基中的生长速度快于在固体培养基中。
常规使用的采用液体培养基的自动系统能够在2周内得到结果，而使用固体培养基如Lowenstein-Jensen琼脂的则需要≥4周的时间。
此外，在样本中可能只含有极微量的微生物。
同一部位留取多份样本有助于最大限度获得阳性结果。
在将标本丢弃前应该给予8周时间进行培养。
若怀疑为非常见的分枝杆菌，事先应该告知实验室。
病毒通常将来自拭子和组织的标本接种于含有抗细菌和抗真菌物质的培养基中培养。
将标本接种于组织培养物上，该培养物支持可疑的病毒生长而抑制所有其他微生物生长。
病毒（如水痘带状疱疹）具有高度的不稳定性，应该在采集后1小时内接种于组织培养物上。
标准的组织培养是最敏感的。
瓶内病毒培养可能更快地提供结果。
通过常规的培养方法不能检出某些病毒，需要选择其他的方法加以明确（如用酶免疫测定法检测EB病毒、乙肝和戊肝病毒、HIV、人T-淋巴细胞病毒；用血清学试验检测甲肝和丁肝病毒；以核酸为基础的方法检测HIV）。
常规病毒培养不生长的常见病毒
常见疾病
病毒
诊断试验
急性发热性疾病、脑膜脑炎
甲病毒属、黄病毒属、布亚病毒（例如圣路易斯脑炎病毒、拉克罗斯脑炎病毒）
EIA
腹泻
轮状病毒、杯状病毒（诺罗病毒）、星状病毒
EM或IEM
传染性单核细胞增多症
E-B病毒
EIA、以核酸为基础的方法
出血热、淋巴细胞性脉络丛脑膜炎
丝状病毒、沙粒病毒（例如拉沙热、埃博拉病毒）
EM
肝炎
甲型肝炎、丁型肝炎
血清学试验，以核酸为基础的方法
乙型肝炎、戊型肝炎
EIA、以核酸为基础的方法
丙型肝炎、庚型肝炎
以核酸为基础的方法、EIA
玫瑰疹、卡波西肉瘤、播散性感染
疱疹病毒6，7，8
以核酸为基础的方法、EIA
获得性免疫缺乏综合征
HIV
以核酸为基础的方法、EIA、蛋白质印迹法
第五病
人细小病毒B19
以核酸为基础的方法、EIA
成人T细胞性白血病
人类T淋巴细胞病毒
EIA
进行性多灶性脑白质病、肾感染
多瘤病毒（JC和BK）
以核酸为基础的方法
天花、猴痘、牛痘、传染性软疣
痘病毒科
以核酸为基础的方法、EM、取决于病毒的培养
狂犬病
狂犬病病毒
EM，IFA
风疹
风疹病毒
EIA，IFA
EIA=酶联免疫测；EM=电子显微镜检；IEM=免疫电子显微镜检查；IFA=免疫荧光测定法。
必须将真菌样本接种于含有抗细菌物质的培养基上。
在标本被丢弃前，应该给予其3到4周的培养时间。
药敏试验
药敏试验是通过将一种微生物浓缩后使其与特定的经过浓缩的抗微生物药物接触，以确定该抗微生物制剂针对该种微生物的易损性。
药敏试验可用于细菌、真菌和病毒。
对于一些微生物来说，通过对一种药物所获得的结果可以预测与其类似药物的试验结果。
因此，无需对所有的现存药物都进行试验。
药敏试验在体外进行，因此在体内可能影响治疗成功与否的因素没被考虑在内（如药效学和药代动力学、特定部位的药物浓度、宿主的免疫状态、特定部位宿主的自我防御机制）。
因此，药敏试验的结果不是总能预测治疗效果。
药敏试验可以通过定性法、半定性法或者用以核酸为基础的方法进行。
试验也能测定不同的抗微生物制剂组合后的疗效（增效试验）。
定性法
定性法的准确性较定量法差。
结果通常被报告为：
·敏感
·中介
·耐药
一些尚未建立耐药标准的菌株可能仅被报告为敏感或不敏感。
建立起表示S，I和R的具体药物浓度基于多种因素，特别是药代动力学，药效学，临床和微生物学数据。
对于生长速度快的微生物，通常适合使用圆盘扩散法（也被称为Kirby-Bauer试验）进行试验。
该方法是将浸透有抗生素的圆盘放置于已经接种了待检测微生物的琼脂平板上。
接种后（标准的为16～18小时后），测量每一个圆盘周围因抑制微生物生长而产生区带的直径大小。
根据每一微生物-抗生素组合所显示的直径大小而分别表示为S、I或R。
其他的一些不需要进行牢固黏附的试验方法可用于单一微生物对单一药物耐药、或对一类药物耐药、或对特定的抗微生物复合制剂耐药（如甲氧西林耐药并产生β-内酰胺酶的 金黄色葡萄球菌对苯唑西林耐药）的快速筛查。
半定量法
半定性法是测定在体外一种药物抑制一种特定的微生物生长所需的最小浓度。
该最小抑菌浓度（MIC）以数值1到4表示为：
S（敏感），I（中介），R（耐药）或有时为不敏感。
MIC的测定最多用于细菌，包括分枝杆菌和厌氧菌，但有时也用于真菌，特别是念珠菌属。
也可以测定最小杀菌浓度（MBC），但是在技术上有一定困难，解释结果的标准也尚待确定。
MBC的价值在于它能提示一种药物是抑菌剂或是杀菌剂。
将抗生素稀释后置于琼脂或肉汤培养基中，然后再接种微生物。
肉汤培养基稀释法是金标准，但是该方法工作量大，因为在每一根试管中只能检测一种药物的浓度。
更有效的方法是使用一种聚酯薄膜制成的条带，在条带上沿长轴方向依浓度梯度浸透有一种抗生素。
将条带放置于含有接种物的琼脂平皿上，根据开始出现对微生物产生抑制的条带位置可确定MIC；在同一平皿上可以对多种抗生素进行检测。
MIC与微生物对药物的敏感性以及游离药物（未与蛋白结合的药物）在组织中达到的浓度相关。
如果药物在组织中的浓度高于MIC，可以达到理想的治疗效果。
从MIC研究得到的S，I，和R结果通常与可达到的血清，血浆，或尿液中游离药物浓度相关。
以核酸为基础的检测法
这些试验运用了类似于应用于微生物鉴定的核酸技术（ 以核酸为基础的鉴定方法），但是这些技术在经过改良后主要用于测定耐药基因或者突变。
以mecA为例，这是一种金黄色葡萄球菌对苯唑西林耐药的基因；一旦微生物中有此基因出现，不需要关注药敏试验的结果就可以认为该微生物对所有的β-内酰胺药物耐药。
然而，虽然已经发现了一定数量的类似基因，但是它们的出现并非都导致耐药的发生。
并且，由于可能有新的突变或者其他耐药基因出现，因此特定基因的存在并不能决定药物的敏感性。
正是因为这些原因以及由于试验受到数量、价格昂贵、不能广泛应用等因素的限制，使得核酸检测不能替代培养和药敏试验成为常规的检查。
免疫学试验
免疫学试验检测病人标本中病原体的原理为：
用抗原来检测针对病原体的抗体或用抗体来检测病原体的抗原。
操作方法多样，但是如果不能立即进行试验时，标本应该被冷冻起来以防止污染菌过度生长。
凝集反应实验
在凝集反应试验（如乳胶凝集反应、聚集反应）中，先将微粒（乳胶小珠或者细菌体）与一种抗原或者抗体试剂发生偶联，剂发生偶联，再将该复合微粒与样本（如CSF、血清）混合；如果在样本中存在目标抗原或者抗体，可以与微粒交联，即发生可以检测的凝集反应。
如果试验结果显示阳性，将体液标本进行连续的稀释并检测。
使用大量的稀释液后仍发生凝集反应说明原目标抗原或者抗体的浓度较高。
滴定度是用发生凝集反应时使用的最大稀释液量的倒数来定义的；如32表示液体稀释至起始浓度的1/32时最终可发生凝集反应。
一般来说，凝集反应与其他许多方法相比速度较快，但是灵敏度较差。
该法亦可用于测定一些细菌的血清型。
补体结合
补体结合试验是测量在血清或CSF中使得补体消耗的（补体固定的）抗体水平。
这项试验用于诊断一些病毒和真菌的感染，尤其是球孢子菌病。
将样本和一定量的补体与抗原一起培养，然后测定目标抗体。
补体固定的程度表明样本中这一抗体的相对含量。
试验可以测定IgM和IgG抗体的滴定度，或者可以改良后用于测定相应的抗原。
试验是精确的，但是具体应用因为工作量大以及需要大量的对照而受到限制。
酶免疫测定
酶免疫测定试验是用与酶连接的抗体去测定抗原、抗体，并且可以确定抗体的量的方法。
酶免疫测定（EIA）和酶联免疫吸附剂测定（ELISA）是这种方法的2个代表。
由于大多数酶免疫测定试验的敏感性高，因此它们常常用于进行筛选试验。
可以通过类似于凝集反应试验中的连续稀释样本的方法来测滴定度。
试验的灵敏度虽然一般都较高，但是有时可以因为患者的年龄、微生物的血清型、或者是疾病所处的临床阶段等因素影响而变化。
沉淀试验
沉淀试验是通过对凝胶（琼脂糖）中或者在液体中抗原－抗体复合物所形成的沉淀进行测定，从而确定体液中是否含有抗原或者抗体。
沉淀试验有许多种类（如，ouchterlony双扩散，计数免疫电泳），但是这些试验的应用都极为有限。
通常将血液样本与抗原试剂混合来测定患者的抗体，最常应用于可疑真菌感染或者化脓性脑膜炎。
由于取得阳性结果需要大量的抗体或者抗原，因此灵敏度不高。
蛋白印迹（Western blot）法
蛋白印迹法是通过与目标抗原（如病毒成分）反应后在膜上形成斑点，从而测定患者样本（如血清或其他体液）中的抗微生物抗体。
蛋白印迹有很高的灵敏度，虽然常常不如筛查试验（比如ELISA）的特异度高，但是仍具有较高的特异度。
因此，此项试验常用于在筛选试验得到阳性结果后进行进一步确认。
线性免疫检测（LIA）和重组体免疫印迹技术（RIBA）是蛋白印迹技术经改良后的方法，使用的是人造的或者重组的抗原；免疫层析法则可快速筛选出标本中特异性的微生物抗原以及患者的抗体。
在这三种之中，免疫层析法是最容易操作并且最常用的 - 例如，可以检测产生志贺毒素的微生物, 新型隐球菌（Cryptococcus neoformans） 荚膜抗原，以及流感病毒。
以非核酸为基础的鉴定方法
一旦通过培养后分离出微生物，就应进行鉴定。
以非核酸为基础的鉴定方法主要是利用微生物的表型特征（功能的或者形态学的）进行鉴定。
微生物在培养基上的生长特征，比如菌落的大小、颜色和形状，结合革兰染色、更多的直接检测试验可以为种类的鉴定提供线索。
有很多生化试验可以应用，但是每一项试验都受到微生物种类（如需氧或者厌氧细菌）的限制。
一些试验通过使用不同的基质让微生物生长以估计其能力。
其他的试验是评估关键酶的存在或者活性（如，如凝固酶、过氧化氢酶）。
试验通常连续地进行，前一个试验的结果决定着下一个试验的选择。
这些试验的顺序繁多且在不同的实验室之间是有差别的。
以非核酸为基础的鉴定方法包括手工的方法、自动化系统法或者色谱法。
一些商家可以提供包含有一组单独试验的试剂盒，可使用单个的接种物同时进行检测，有利于检测出更多的微生物。
多重试验体系可以使结果更加精确，但是可能需要数天才能得到结果。
色谱法
微生物的组成成分或者产物可以通过使用高效液相色谱仪（HPLC）或者气体色谱仪进行分离和鉴别。
通常是将一种微生物的脂肪酸作为基本数据，通过与其进行对照来鉴别。
色谱法可用于鉴别需氧和厌氧菌、分枝杆菌以及真菌。
试验的准确性依赖于对样本进行培养的条件以及基本数据的质量，因此该项试验欠准确或者是不完整的。
质谱学
质谱法可以检测一份标本中不同质量的各种蛋白质。
特定病原体具有独特的蛋白质，因此相关蛋白质的质量以及丰富的蛋白质数量有时可以用来鉴定微生物。
这种方法的优点是，微生物可以在一小时内被鉴定（传统方法可能需要24至48小时）来鉴定。
目前，一种被称为基质辅助激光解析飞行时间（MALDI-TOF）的质谱分析法已被用于鉴定细菌（包括分zhi杆菌，酵母和霉菌。
以核酸为基础的鉴定方法
分子鉴定已经在临床上越来越普遍的被应用;其快速得到的鉴定结果使患者能够得到特定的抗菌治疗，从而避免因经验性治疗导致的疗程延长以及潜在的不合理用药。
以核酸为基础的方法是测定从微生物中提取的微生物特异性DNA或RNA序列。
序列在体外可以或者不可以被扩增。
以核酸为基础的方法通常具有高特异度、高灵敏度，可用于检测所有种类的微生物，并可快速提供结果。
结果能够快速得到。
因为每个检测通常是针对特定的微生物，临床医师必须知道可能的诊断以此来进行相应的监测。
例如，当一个有流感症状的病人来就诊，而当时流感季节已经结束了，那么去做更普遍的病毒诊断性试验（例如病毒培养）远好于去做流感相关的特异性检测，因为其他的一些病毒（如副流感病毒、腺病毒）可能就是病因。
最近的进展已经使得多重分析得到了发展，其中一个基于核酸的试验可以检测并区分≥2个的致病微生物。
多重分析通常不如单个目标检测及定性检测敏感
以核酸为基础的试验是定性的，但是对于某些感染（如HIV、巨细胞病毒、人T淋巴细胞病毒）可以采用定量方法；这些方法可用于诊断以及监测治疗的效果。
目标为核酸序列但不需要进行扩增的技术通常在下列情况下使用有限：
微生物已经被首先培养或者在标本中有高浓度的微生物存在（如在A群链球菌引起的咽炎中、在沙眼衣原体和淋病双球菌引起的生殖器感染中。
核酸扩增技术是将少量微生物DNA或RNA复制许多倍，这样就可以对样本中非常微量的微生物进行检测，并且不需要进行培养。
这些技术尤其适用于通过培养或者用其他方法检测有困难的病原（如病毒、专性细胞内病原体、真菌、分枝杆菌等），或者那些微量存在的微生物。
此类试验包括目标序列的扩增（如聚合酶链反应[PCR]、反转录-PCR[RT-PCR]、链置换扩增技术、转录扩增）、信号扩增（如分支DNA测定法、杂交捕获）、探针扩增（如连接酶链反应、裂解酶-侵入、循环探针）、或者扩增后分析（如扩增产物的序列测定、微点阵分析、以及实时PCR进行解链曲线分析）。
在送至分子诊断实验室之前，合理的标本采集及保存是非常重要的。
由于扩增技术非常灵敏，来自样本或者设备的微量污染都可导致假阳性结果。
尽管具有很高的灵敏度，但是有时即使患者已出现临床症状时仍有假阴性结果（如西尼罗河病毒感染）。
尽可能地将假阴性结果降至最低的措施有：
·避免使用木制柄的或者头端为棉的拭子（拭子应能用于扩增检测）
·迅速将标本转运
·转运时间>2小时的标本应冷藏或冷冻
在核算扩增检测中冰冻是最典型的标本保存方法。
然而如果怀疑的病毒本身不稳定（如水痘-带状疱疹病毒，流感病毒，HIV-2）或者需要进一步做病毒培养（标本冷冻后可能无法用于标准培养），那么标本应该冷藏保存而不是冷冻。
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