pymol基本操作.docx

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pymol基本操作

简介&安装

Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由WarrenLyfordDeLano编写，并且由DeLanoScientificLLC负责商业发行。

Pymol被用来创作高品质的分子〔特别是生物大分子如蛋白质〕三维结构。

据软件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用Pymol来制作的。

Pymol名字的来源：

“Py〞表示该软件基于python这个计算机语言，“Mol〞如此是英文分子〔molucule〕的缩写，表示该软件用来显示分子结构。

由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需要的朋友有所帮助。

今天先来说说安装吧。

自2006年8月1日起，DeLanoScientific对事先编译好的PyMOL执行程序〔包括beta版〕采取限定下载的措施。

目前，只有付费用户可以取得。

不过源代码目前还是可以免费下载，供使用者编译。

如果你和我一样，不想为此花钱的话：

1.如果你是Windows用户，首先下载Pymol的源代码。

然后安装CygWin，并且确保正确安装以下模块：

▪C++（gccorg++packagename）

▪Python

▪OpenGL

▪PNG

然后在源代码目录里面依次运行：

2.如果你是Linux用户，首先确保以下东东已安装：

▪Python

▪Pmw

▪OpenGLdriver〔我用的是NVdia〕

▪libpng

▪Subversionclient〔下载源代码需要〕

然后下载Pymol的源代码

然后进入源代码目录

#cdpymol-src

开始依次编译

#pythonsetup.pyinstall#pythonsetup2.pyinstall

拷贝执行脚本到某个$PATH，安装就搞定了

#cp./pymol/usr/bin

如果运行时得到错误信息"ImportError:

NomodulenamedPmw"，那么你应该运行

#pythonsetup2.pyinstallpmw

如果你在使用Gentoo，请确保编译python时添加了tcl/tk支持，否如此运行是会提示错误"ImportError:

Nomodulenamed_tkinter"

#USE="tcltk"emergepython

好了，下面我们就可以进入Pymol的世界了。

根本的鼠标操作

里主要介绍一下Pymol的根本操作，包括窗口菜单、加载文件、图像的根本鼠标操作等等。

当你打开Pymol后，你将会看到如如下图所示的界面：

该界面分为2窗口，上面的外部GUI窗口〔ExternalGUI〕和下面的ViewerWindow。

ViewerWindow又分为左右两块，左边用来显示结构图像的〔Viewer〕，右边如此是一个内部GUI窗口〔InternalGUI）。

Viewer自身包含一个命令行〔如图中左下方的PyMOL>提示符〕，可以用来输入Pymol命令；在InernalGUI中如此可以选定一些特定的对象并完成一些操作。

ExternalGUI如此包含一个标准菜单、一个输出区、一个命令行输入区以与右边的一些常用命令按钮。

请注意，标准的“复制、剪切和粘贴〞操作只能在ExternalGUI中完成，并且必须使用“Ctrl＋C、Ctrl＋X以与Ctrl＋V〞来完成，这也是这个所谓的外部GUI的最重要的优点。

加载文件，有二种方法：

1.在ExternalGUI中选择File－Open

2.使用命令行：

load

例如我们现在从.pdb.org上下载了一个离子通道蛋白的pdb文件〔PENTAMERICLIGANDGATEDIONCHANNELFROMERWINIACHRYSANTHEMI〕，名字为2vl0.pdb，然后用pymol打开它：

load2vl0

该蛋白质的结构就被显示出来啦，如如下图：

根本的图像操作:

是不是觉得上面的那个三维结构图看起来乱七八糟的阿，那是因为蛋白质分子都是由成千上万个原子组成的，而Pymol打开pdb文件时是默认把所有的原子都显示在那个小小的Viewer窗口里面的，当然看起来就很乱了。

这时候就需要我们对这个图像进展一些操作，来得到漂亮的清晰的蛋白质三维结构图。

先说说鼠标吧。

∙任意旋转图像：

对准图像的任意处点住鼠标左键然后移动鼠标。

∙放大/缩小图像：

对准图像的任意处点住鼠标右键然后移动鼠标：

向上是缩小，向下如此是放大。

∙移动图像：

对准图像的任意处点住鼠标中键或者滚轮，然后移动鼠标。

∙设定图像旋转中心：

Ctrl＋Shift＋鼠标中键或滚轮。

∙移动剪切平面：

Shift＋鼠标右键。

鼠标上下移动：

调整前剪切平面〔离你近的〕；鼠标左右移动：

调整后剪切平面〔离你远的〕。

最后一项“移动剪切平面〞有点不容易理解，需要多试几次。

配合下面的示意图你会发现Pymol的这项设定其实很方便。

今天没时间了，明天还要出远门，就学到这里吧，用下面这个图作为完毕，其实就是用cartoon的形式显示了上面的那个蛋白质，不过还比拟难看。

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Byweilu

PyMOL用法〔教程二〕

根底Pymol命令

这里主要介绍一下Pymol的一些根本命令操作。

就像Linux一样，要想更好的操作Pymol，掌握一些常用的命令是必不可少的。

Pymol是区分大小写的，不过目前为止Pymol还是只用小写，所以记住，所有的命令都是使用小写字母的。

当你开始用Pymol来完成一个项目时，你也许想会让Pymol自动保存你所有输入过的命令，以方便日后你再次读取并修改。

这个可以通过创建一个log文件来达到，该文件的后缀名应为.pml，记住，Pymol像Linux一样支持Tab键命令补全：

Pymol>log_open

如果你想终止记录，只需要键入：

Pymol>log_close

好了，现在载入pdb文件〔继续前用的pdb文件〕：

现在Pymol就创建了一个叫2vlo的对象，你可以在内部GUI窗口里面看见这个项目的名字。

但是你也可以自己定义该项目的名字〔如test〕：

Pymol>load2vlo.pdb,test

下面说说如何来操作你新建的对象。

首先：

Pymol>showrepresentationPymol>hiderepresentation

其中representation可以为：

cartoon,ribbon,dots,spheres,surface和mesh。

使用这2个命令可以让Pymol以不同的方式显示蛋白质结构。

例如当我们键入：

Pymol>hidelinesPymol>showribbon

我们将得到如下结果：

也许你已经注意到结构中有2个一模一样的蛋白质分子，只是方向不同而已，那么如何让Pymol只显示当中的一个分子呢？

首先输入如下命令：

Pymol>labelall,chains

这个命令的作用是让Pymol给蛋白质结构中的“链〞编号，你会发现，第一个分子由“链〞A－E组成，第二个如此由F－J组成。

好了，如果我们想把一个蛋白质分子去掉，那么只要把“链〞A－E或者F－J去掉即可：

Pymol>hideribbon,chainf+g+h+i+j

上面的东东还可以这样完成：

Pymol>selecttest,chainf+g+h+i+jPymol>hideribbon,test

上面的第一句命令的作用是选择“链〞F－J，并命名为test，然后在第二句命令中隐藏它。

这样做的好处是，一旦你选择并命名了某个目标，你可以在后面随时对它进展各种操作。

并且你在右边的控制面板里面也可以看到你选定的目标，并可以对其进展操作。

比如你可以：

Pymol>hideeverything,testPymol>showcartoon,test

这样你会得到：

　说到这里就提到了Pymol的一个比拟重要的东东，就是选择并命名目标，它的根本语法就是：

Pymol>selectselection-name,selection-expression

其中名字可以由字母[A/a－Z/z]，数字[0－9]已经下划线[_]组成，但是要防止使用：

!

#$%^&*（）'"[]{}\|~`<>?

/

如果你要删除你选定的目标或者整个对象，你可以：

Pymol>deleteselection-namePymol>deleteobject-name

下面讲讲如何给对象以与目标改变颜色。

预定义的颜色名字可以在外部GUI窗口的Settings－Colors中找到：

Pymol>colorcolor-namePymol>colorcolor-name,selection-expression

比如我们可以：

Pymol>colorred,sshPymol>coloryellow,sssPymol>colorgreen,ssl+""

其中“ss〞代表secondarystructure，“h〞代表Helix，“s〞代表Betasheet，l+""代表Loop和所以其他结构。

这3句的作用分别是把所有的Helix变成红色；把所有的Betasheet变成黄色；把所有的Loop以与其他局部变成绿色，于是我们得到：

Pymol可以同时打开多个pdb文件：

Pymol>loadPymol>load

如果你想暂时关闭/打开某个对象，可以这样：

Pymol>disableobject-name-1Pymol>enableobject-name-1

你也可以用disable命令去除最后一个选择的目标上出现的粉红色的小点，但是该命令并不会使你选定的目标不可见。

Pymol>disableselection-name

使用鼠标通常是改变图像视角的最方便的方法，不过命令如zoom，orient等等有时候使用起来也是很有用的，它们提供了另一种改变图像视角的方法。

放大选定目标：

Pymol>zoomselection-name

定向选定目标，可以使选定目标最大的尺寸水平显示，次大的尺寸竖直显示：

：

Pymol>orientselection-name

你也可以用view命令保存你目前的视角，注意，该命令只保存视角，并不保存你的对象显示方式：

Pymol>viewkey,action

其中“key〞是你随便给当前视角定的名字，“action〞可以为：

store或者recall。

如果不加任何“action〞，如此默认为recall：

Pymol>viewv1,storePymol>viewv1,recallPymol>viewv1

说了这么多，最后说说如何保存文件吧。

Pymol有3个层面的保存方式，下面来分别说说。

1.使用log_open命令把你所有使用过的命令记录为一个文本文档：

Pymol>log_openscript-file-name

这样以后当你再次调用该文档时，Pymol将执行上面的所有命令：

Pymol>script-file-name

不过注意，如果你想记录当前视角，如此必须使用get_view命令。

你可以选择外部GUI窗口中的File－Append/Resume/CloseLog来分别暂停记录/恢复记录/停止记录该文档。

你可以随时编辑该文档。

在linux下，该文档的默认保存目录为当前用户的home目录。

2.如果你想下次打开Pymol时直接回到当前所在的状态，那么你可以选择外部GUI