伯杰氏细菌系统分类学手册.docx
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伯杰氏细菌系统分类学手册
伯杰氏细菌系统分类学手册
伯杰氏细菌系统分类学手册
《伯杰氏细菌系统分类学手册》（“Bergry’sManualofSystematicBacteriology”），第二版，2001年春，Springer-Verlag公司，GergeM.Garrity,MattewWinters和NeniseB.Searles
第二版五卷本与第一版相比又有较大改动，与第八、第九版伯杰氏细菌鉴定学手册也有明显区别。
它不是根据表型，而是以系统发生（进化）的框架为基础。
参照了16SrDNA的序列。
编辑们预计在手册第一卷到最后一卷出版的5、6年间，可能会再发现100多个新属。
他们会不断修订错误，在后继出版的各卷中，出一个新的分类大纲。
伯杰氏手册公司的网站（www.cme.msu.edu/bergeys）也会定期更新。
第二版的第一卷在2001年5月出版；第二卷在2004年2月出版。
古生菌域（Domain“Archaea”）
1.第AI门泉古生菌门（Crenarchaeotaphy.nov.）
第I纲热变形菌纲（Thermoproteiclass.nov.）
第I目热变形菌目（Thermoproteales）
第I科热变形菌科（Thermoproteaceae）
第I属热变形菌属（Thermoproteus）
第II属热杆菌属（Caldivirga）
第III属热棒菌属（Pyrobaculum）
第IV属热枝菌属（Thermocladium）
第II科热丝菌科（Thermofilaceae）
第I属热丝菌属（Thermofilum）
第II目硫还原古球菌目（Desulfurococcalesord.nov.）
第I科硫还原古球菌科（Desulfurococcaceae）
第I属硫还原古球菌属（Desulfurococcus）
第II属（Acidolobus）
第III属气热菌属（Aeropyrum）
第IV属浆果状火球菌属（Ignicoccus）
第V属葡萄嗜热菌属（Staphylothermus）
第VI属斯梯特氏菌属（Stetteria）
第VII属恐硫球菌属（Sulfophobococcus）
第VIII属热盘菌属（Thermodiscusgen.nov.）
第IX属耐热球菌属（Thermosphaera）
第II科热网菌科（Pyrodictiaceae）
第I属热网菌属（Pyrodictium）
第II属栖高温菌属（Hyperthermus）
第III属热叶菌属（Pyrolobus）
第III目硫化叶菌目（Sulfolobales）
第I科硫化叶菌科（Sulfolobaceae）
第I属硫化叶菌属（Sulfolobus）
第II属酸菌属（Acidianus）
第III属生金球菌属（Metallosphaera）
第IV属栖冥河菌属（Stygiolobus）
第V属硫代谢球菌属（Sulfurisphaera）
第VI属硫化球菌属（Sulfurococcus）
2.第AII门广古生菌门（Euryarchaeotaphy.nov.）
第I纲甲烷杆菌纲（Methanobacteriaclass.nov.）
第I目甲烷杆菌目（Methanobacteriales）
第I科甲烷杆菌科（Methanobacteriaceae）
第I属甲烷杆菌属（Methanobacterium）
第II属甲烷短杆菌属（Methanobrevibacter）
第III属甲烷球形菌属（Methanosphaera）
第IV属甲烷嗜热杆菌属（Methanothermobacter）
第II科甲烷嗜热菌科（Methanothermaceae）
第I属甲烷嗜热菌属（Methanothermus）
第II纲甲烷球菌纲（Methanococciclass.nov.）
第I目甲烷球菌目（Methanococcales）
第I科甲烷球菌科（Methanococcaceae）
第I属甲烷球菌属（Methanococcus）
第II属甲烷嗜热球菌属（Methanothermococcusgen.nov.）
第II科甲烷热球菌科（Methanocaldococcaceaefam.nov.）
第I属甲烷热球菌属（Methanocaldococcusgen.nov.）
第II属甲烷干热菌属（Methanotorrisgen.nov.）
第II目甲烷微菌目（Methanomicrobiales）
第I科甲烷微菌科（Methanomicrobiaceae）
第I属甲烷微菌属（Methanomicrobium）
第II属甲烷袋状菌属（Methanoculleus）
第III属产甲烷袋菌属（Methanofollis）
第IV属产甲烷菌属（Methanogenium）
第V属叶形甲烷菌属（Methanolacinia）
第VI属甲烷盘菌属（Methanoplanus）
第II科甲烷粒菌科（Methanocorpusculaceae）
第I属甲烷粒菌属（Methanocorpusculum）
第III科甲烷螺菌科（Methanospirillaceaefam.nov.）
第I属甲烷螺菌属（Methanospirillum）
未定属
第I属产甲烷石状菌属（Methanocalculus）
第III目甲烷八叠球菌目（Methanosarcinales）
第I科甲烷八叠球菌科（Methanosarcinaceae）
第I属甲烷八叠球菌属（Methanosarcina）
第II属甲烷拟球菌属（Methanococcoides）
第III属甲烷喜盐菌属（Methanohalobium）
第IV属甲烷嗜盐菌属（Methanohalophilus）
第V属甲烷叶菌属（Methanolobus）
第VI属甲烷微球菌属（Methanomicrococcus）
第VII属甲烷盐菌属（Methanosalsumgen.nov.）
第II科鬃毛甲烷菌科（Methanosaetaceaefam.nov.）
第I属鬃毛甲烷菌科属（Methanosaeta）
第III纲盐杆菌纲（Halobacteriaclass.nov.）
第I目盐杆菌目（Halobacteriales）
第I科盐杆菌科（Halobacteriaceae）
第I属盐杆菌属（Halobacterium）
第II属盐盒菌属（Haloarcula）
第III属盐棒杆菌属（Halobaculum）
第IV属盐球菌属（Halococcus）
第V属富盐菌属（Haloferax）
第VI属盐几何形菌属（Halogeometricum）
第VII属盐杆状菌属（Halorhabdus）
第VIII属盐红菌属（Halorubrum）
第IX属盐栖菌属（Haloterrigena）
第X属无色嗜盐菌属（Natrialba）
第XI属钠线菌属（Natrinema）
第XII属嗜盐碱杆菌属（Natronobacterium）
第XIII属嗜盐碱球菌属（Natronococcus）
第XIV属嗜盐碱单胞菌属（Natronomonas）
第XV属碱红菌属（Natronorubrum）
第IV纲热原体纲（Thermoplasmataclass.nov.）
第I目热原体目（Thermoplasmatalesord.nov.）
第I科热原体科（Thermoplasmataceaefam.nov.）
第I属热原体属（Thermoplasma）
第II科嗜酸古菌科（Picrophilaceae）
第I属嗜酸古菌属（Picrophilus）
第III科铁原体科（Ferroplasmataceae）
第I属铁原体属（Ferroplasma）
第V纲热球菌纲（Thermococciclass.nov.）
第I目热球菌目（Thermococcales）
第I科热球菌科（Thermococcaceae）
第I属嗜热球菌属（Thermococcus）
第II属古老球菌属（Palaeococcus）
第III属热球菌属（Pyrococcus）
第VI纲古生球菌纲（Archaeoglobiclass.nov.）
第I目古生球菌目（Archaeoglobalesord.nov.）
第I科古生球菌科（Archaeoglobaceaefam.nov.）
第I属古生球菌属（Archaeoglobus）
第II属铁球菌属（Ferroglobus）
第VII纲甲烷嗜高热菌纲（Methanopyriclass.nov.）
第I目甲烷嗜高热菌目（Methanopyralesord.nov.）
第I科甲烷嗜高热菌科（Methanopyraceaefam.nov.）
第I属甲烷嗜高热菌属（Methanopyrus）
3.细菌域“Bacteria”第BI门产液菌门（Aquificaephy.nov.）
第I纲产液菌纲（Aquificaeclass.nov.）
第I目产液菌目（Aquificalesord.nov.）
第I科产液菌科（Aquificaceaefam.nov.）
第I属产液菌属（Aquifex）
第II属热杆菌属（Calderobacterium）
第III属氢杆菌属（Hydrogenobacter）
第IV属热发状菌属（Thermocrinis）
未定属
第I属脱硫杆状菌属（Desulfurobacterium）
4.第BII门栖热袍菌门（Thermotogaephy.nov.）
第I纲栖热袍菌纲（Thermotogaeclass.nov.）
第I目栖热袍菌目（Thermotogalesord.nov.）
第I科栖热袍菌科（Thermotogaceaefam.nov.）
第I属栖热袍菌属（Thermotoga）
第II属闪烁杆菌属（Fervidobacterium）
第III属地袍菌属（Geotoga）
第IV属石袍菌属（Petrotoga）
第V属栖热腔菌属（Thermosipho）
5.第BIII门热脱硫杆菌门（Thermodesulfobacteriaphy.nov.）
第I纲热脱硫杆菌纲（Thermodesulfobacteriaclass.nov.）
第I目热脱硫杆菌目（Thermodesulfobacterialesord.nov.）
第I科热脱硫杆菌科（Thermodesulfobacteriaceaefam.nov.）
第I属热脱硫杆菌属（Thermodesulfobacterium）
6.第BIV门异常球菌——栖热菌门（Deinococcus-Thermus）
第I纲异常球菌纲（Deinococciclass.nov.）
第I目异常球菌目（Deinococcales）
第I科异常球菌科（Deinococcaceae）
第I属异常球菌属（Deinococcus）
第II目栖热菌目（Thermalesord.nov.）
第I科栖热菌科（Thermaceaefam.nov.）
第I属栖热菌属（Thermus）
第II属稍热菌属（Meiothermus）
7.第BV门金矿菌门（Chrysiogenetesphy.nov.）
第I纲金矿菌纲（Chrysiogenetesclass.nov.）
第I目金矿菌目（Chrysiogenalesord.nov.）
第I科金矿菌科（Chrysiogenaceaefam.nov.）
第I属金矿菌属（Chrysiogenes）
8.第BVI门绿屈挠菌门（Chloroflexiphy.nov.）
第I纲绿屈挠菌纲（Chloroflexi）
第I目绿屈挠菌目（Chloroflexales）
第I科绿屈挠菌科（Chloroflexaceae）
第I属绿屈挠菌属（Chloroflexus）
第II属绿丝菌属（Chloronema）
第III属螺丝菌属（Heliothrix）
第II科颤绿细菌科（Oscillochloridaceae）
第I属绿颤细菌属（Oscillochloris）
第II目滑柱菌目（Herpetosiphonales）
第I科滑柱菌科（Herpetosiphonaceae）
第I属滑柱菌属（Herpetosiphon）
第BVII门热微菌门（Thermomicrobiaphy.nov.）
第I纲热微菌纲（Thermomicrobiaclass.nov.）
第I目热微菌目（Thermomicrobialesord.nov.）
第I科热微菌科（Thermomicrobiaceaefam.nov.）
第I属热微菌属（Thermomicrobium）
第BVIII门硝化螺菌门（Nitrospiraphy.nov.）
第I纲硝化螺菌纲（Nitrospira）
第I目硝化螺菌目（Nitrospirales）
第I科硝化螺菌科（Nitrospiraceae）
第I属硝化螺菌属（Nitrospira）
第II属钩端螺菌属（Leptospirillum）
第III属磁细菌属（Magnetobacterium）
第IV属热脱硫弧菌属（Thermodesulfovibrio）
第BIX门铁还原杆菌门（Deferribacteresphy.nov.）
第I纲铁还原杆菌纲（Deferribacteresclass.nov.）
第I目铁还原杆菌目（Deferribacteralesord.nov.）
第I科铁还原杆菌科（Deferribacteraceaefam.nov.）
第I属铁还原杆菌属（Deferribacter）
第II属氮还原弧菌属（Denitrovibrio）
第III属弯枝菌属（“Flexistipes”）
第IV属地弧菌属（Geovibrio）
未定属
第I属互养菌属（Synergistes）
第BX门蓝细菌门（Cyanobacteria）
第I纲蓝细菌（Cyanobacteria）
第I亚组
第I科
第I形态属管孢蓝细菌属（Chamaesiphon）
第II形态属色球蓝细菌属（Chroococcus）
第III形态属蓝细菌属（Cyanobacterium）
第IV形态属蓝菌属（Cyanobium）
第V形态属蓝丝菌属（Cyanothece）
第VI属蓝菌属（Dactylococcopsis）
第VII形态属粘杆菌属（Gloeobacter）
第VIII形态属粘球蓝细菌属（Gloeocapsa）
第IX形态属粘杆蓝细菌属（Gloeothece）
第X形态属微囊蓝胞菌属（Microcystis）
第XI形态属原绿球菌属（Prochlorococcus）
第XII形态属原绿蓝细菌属（Prochloron）
第XIII形态属聚球蓝细菌属（Synechococcus）
第XIV形态属集胞蓝细菌属（Synechocystis）
第II亚组
第I科
第I形态属蓝囊胞菌属（Cyanocystis）
第II形态属小皮果蓝细菌属（Dermocarpella）
第III形态属斯塔尼尔氏菌属（Stanieria）
第IV形态属异球蓝细菌属（Xenococcus）
第II科
第I形态属拟色球蓝细菌属（Chroococcidiopsis）
第II形态属粘八叠球菌属（Myxosarcina）
第III形态属宽球蓝细菌属（Pleurocapsa）
第III亚组
第一科
第I形态属节螺蓝细菌属（Arthrospira）
第II形态属博氏蓝细菌属（Borzia）
第III形态属发毛针蓝细菌属（Crinalium）
第IV形态属吉特勒氏线状蓝细菌属（Geitlerinema）
第V属盐螺旋藻属（Halospirulina）
第VI形态属纤发鞘丝蓝细菌属（Leptolyngbya）
第VII形态属湖丝蓝细菌属（Limnothrix）
第VIII形态属鞘丝蓝细菌属（Lyngbya）
第IX形态属微鞘蓝细菌属（Microcoleus）
第X形态属颤蓝细菌属（Oscillatoria）
第XI形态属浮霉丝状蓝细菌属（Planktothrix）
第XII形态属原绿丝蓝细菌属（Prochlorothrix）
第XIII形态属假鱼腥蓝细菌属（Pseudanabaena）
第XIV形态属螺旋蓝细菌属（Spirulina）
第XV形态属斯塔尔氏蓝细菌属（Starria）
第XVI形态属束蓝细菌属（Symploca）
第XVII形态属束毛蓝细菌属（Trichodesmium）
第XVIII形态属灰线蓝细菌属（Tychonema）
第IV亚组
第I科
第I形态属鱼腥蓝细菌属（Anabaena）
第II形态属项圈蓝细菌属（Anabaenopsis）
第III形态属蓝束丝蓝细菌属（Aphanizomenon）
第IV形态属蓝螺菌属（Cyanospira）
第V形态属拟筒孢蓝细菌属（Cylindrospermopsis）
第VI形态属筒孢蓝细菌属（Cylindrospermum）
第VII形态属节球蓝细菌属（Nodularia）
第VIII形态属念珠蓝细菌属（Nostoc）
第IX形态属伪枝蓝细菌属（Scytonema）
第II科
第I形态属眉蓝细菌属（Calothrix）
第II形态属胶须蓝细菌属（Rivularia）
第III形态属单歧蓝细菌属（Tolypothrix）
第V亚组
第I科
第I形态属拟绿胶蓝细菌属（Chlorogloeopsis）
第II形态属飞氏蓝细菌属（Fischerella）
第III形态属吉特勒氏蓝细菌属（Geitleria）
第IV形态属（Iyengariella）
第V形态属拟念珠蓝细菌属（Nostochopsis）
第VI形态属真枝蓝细菌属（Stigonema）
第BXI门绿菌门（Chlorobiphy.nov.）
第I纲“绿菌纲”（“Chlorobia”）
第I目绿菌目（Chlorobiales）
第I科绿菌科（Chlorobiaceae）
第I属绿菌属（Chlorobium）
第II属绿臂菌属（Ancalochloris）
第III属绿滑菌属（Chloroherpeton）
第IV属暗网菌属（Pelodictyon）
第V属突柄绿菌属（Prosthecochloris）
第BXII门变形杆菌门（Proteobacteriaphy.nov.）
第I纲“阿耳法变形杆菌纲”（“Alphaproteobacteria”）
第I目红螺菌目（Rhodospirillales）
第I科红螺菌科（Rhodospirillaceae）
第I属红螺菌属（Rhodospirillum）
第II属固氮螺菌属（Azospirillum）
第III属磁螺菌属（Magnetospirillum）
第IV属棕色螺菌属（Phaeospirillum）
第V属红篓菌属（Rhodocista）
第VII属红螺旋菌属（Rhodospira）
第VII属海玫瑰菌属（Rhodothalassium）
第VIII属玫瑰弧菌属（Rhodovibrio）
第IX属蔷薇螺菌属（Roseospira）
第X属斯科曼氏球菌属（Skermanella）
第II科醋杆菌科（Acetobacteraceae）
第I属醋杆菌属（Acetobacter）
第II属嗜酸菌属（Acidiphilium）
第III属酸球形菌属（Acidisphaera）
第IV属酸胞菌属（Acidocella）
第V属酸单胞菌属（Acidomonas）
第VI属（Asaia）
第VII属脆弱球菌属（Craurococcus）
第VIII属葡糖酸醋杆菌属（Gluconacetobacter）
第IX属葡糖杆菌属（Gluconobacter）
第X属副脆弱球菌属（Paracraurococcus）
第XI属红球形菌属（Rhodopila）
第XII属玫瑰球菌属（Roseococcus）
第XIII属星状菌属（Stella）
第XIV属扎瓦尔金氏菌属（Zavarzinia）
第II目立克次氏体目（Rickettsiales）
第I科立克次氏体科（Rickettsiaceae）
第I属立克次氏体属（Rickettsia）
第II属东方体属（Orientia）
第III属沃尔巴克氏体属（Wolbachia）
第II科埃里希氏体科（Ehrlichiaceae）
第I属埃里希氏体属（Ehrlichia）
第II属埃及小体属（Aegyptianella）
第III属无形小体属（Anaplasma）
第IV属考德里氏体属（Cowdria）
第V属新立克次氏体属（Neorickettsia）
第VI属（Xenohaliotis）
第III科“全孢螺菌科”（“Holosporaceae”）
第I属全孢螺菌属（Holospora）
第II属杀手杆菌屑（Caedibacter）
第III属溶菌属（Lyticum）
第IV属多核杆菌属（Polynucleobacter）
第V属类杀手杆菌属（Pseudocaedibacter）
第VI属共生小体属（Symbiotes）
第VII属罩杆菌属（Tectibacter）
第VIII属（Odyssella）
第III目红杆菌目（Rhodobacterales）
第I科红杆菌科（Rhodobacteraceae）
第I属红杆菌属（Rhodobacter）
第II属阿赫兰氏菌属（Ahrensia）
第III属下水道球菌属（Amaricoccus）
第IV属南极杆菌属（Antarctobacter）
第V属芽殖杆菌属（Gemmobacter）
第VI属海氏菌属（Hirschia）
第VII属生丝单胞菌属（Hyphomonas）
第VIII属海洋杆状菌属（Maricaulis）
第IX属甲基盒菌属（Methylarcula）
第X属十八杆菌属（Octadecabacter）
第XI属副球菌属（Paracoccus）
第XII属小红卵菌属（Rhodovulum）
第XIII属玫瑰菌属（Roseibium）
第XIV属（Roseinatrono
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