pymol做图简单教程.docx

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pymol做图简单教程

pymol做图简单教程

1.将对接好的ligand和蛋白merge（好像每次只能用一个ligand和一个蛋白,否则pymol里会把几个ligand当作一个

2.Merge后exportstructure,存成pdb格式

3.在pymol中打开.pdb

4.在里面找出ligand,点sele的A（action）/rename

Rename这个ligand,这里命名为lig

10.然后再找氢键作用的残基，可以在上面直接点选，但最好找出氨基酸代码来选取（因为这里面点不准）

Rename它们，以便以后好找，这里rename为res，show它们为line，color为byelement

11.再选display，将background改成white

12.然后分别点选这几个res（因为颜色不同,所以很容易找出来）,右键label/residues

13.label出来后,还可以调整它们的位置,点一下左图viewing,就变成了右图的editing,这时就可以按住ctrl键拖动label的位置了

12.大体已经完成了,再进行一些修饰

Setting/transparency/cartoon/50%蛋白的透明度

Setting/label/size18调节字体的大小

Setting/editall

cartoon的颜色改回白色（在filter里输cartoon可以快点找出来,改完后按回车）

//或者输入命令Pymol>setcartoon_colorwhite

在改氢键的线型,在dashgaplengthwidth进行调整把虚线改好看点

Stick也可以改细点

13.电子密度

1）首先,登陆http:

//eds.bmc.uu.se/eds/搜索你的蛋白

2）downloadmaps

3）选ccp4格式,generatemap

4）下载后解压,重命名为*.map.ccp4

5）在pymol里打开,在打开的.map,action/mesh,color/blue

6）选中lig,在PyMOL输入isomeshmap,2j50.map,2.0,sele,carve=1.6

7）这样就从原来的map里iso出lig周围的蛋白的电子密度,把2j50.map_mesh关了就可以看见了

然后再调整它的粗细

电子密度周围的线好像有些奇怪,可能设置里哪个地方还没调好吧.

另外,ray1900,980就能生成1900*980分辨率的图片,然后file/saveimageas输出.png