或译DNA定序是指分析特定DNA片段的碱基序列.docx
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或译DNA定序是指分析特定DNA片段的碱基序列
DNA定序
DNA测序（DNAsequencing，或译DNA定序）是指分析特定DNA片段的碱基序列，也就是腺嘌呤（A）、胸腺嘧啶（T）、胞嘧啶（C）与鸟嘌呤的（G）排列方式。
RNA测序则通常将RNA提取后，反转录为DNA后使用DNA测序的方法进行测序。
目前应用最广泛的是由FrederickSanger发明的Sanger双脱氧链终止法（ChainTerminationMethod）。
新的测序方法，例如454生物科学的方法和焦磷酸测序法。
Sanger测序法
Sanger（桑格）双脱氧链终止法是Sanger于1975年发明的。
测序过程需要先做一个PCR反应。
PCR过程中，双脱氧核糖核酸可能随机的被加入到正在合成中的DNA片段里。
由于双脱氧核糖核酸多脱了一个氧原子，一旦它被加入到DNA链上，这个DNA链就不能继续增加长度。
最终的结果是获得所有可能获得的、不同长度的DNA片段。
目前最普遍最先进的方法，是将双脱氧核糖核酸进行不同荧光标记。
将PCR反应获得的总DNA通过毛细管电泳分离，跑到最末端的DNA就可以在激光的作用下发出荧光。
由于ddATP,ddGTP,ddCTP,ddTTP（4种双脱氧核糖核酸）荧光标记不同，计算机可以自动根据颜色判断该位置上碱基究竟是A，T，G，C中的哪一个。
454生物科学和焦磷酸测序法
454测序法由454生物科学发明，是一个类似焦磷酸测序法的新方法。
2003年向GenBank提交了一个腺病毒全序列，使得他们的技术成为Sanger测序法后第一个被用来测生物基因组全序列的新方法。
454使用类似于焦磷酸测序的方法，有着相当高的读取速度，大约为5小时可以测两千万碱基对。
已测序的生物指其基因组已经被完全测序的生物。
其中部分生物的DNA序列已经被完全注释，功能性的片段（如基因等）已作图。
借助於基因组研究及高通量处理等技术，越来越多的生物的全部基因被人们获得。
自从1995年以来已经有150个基因组被解密，将近每个星期有新的物种添加进来。
已测序的生物列表
下表是目前爲止已经被相当完全测序的生物。
古菌
∙Aeropyrumperni'-ArchaeaausjapanischenThermalquellen
∙Archaeoglobusfulgidu'-Schwefel-Archaea
∙Halobacteriumspec'-ArchaeaausSalzseen
∙Methanobacteriumthermoautotrophicu'-MethanproduzierenderArchaea
∙Methanococcoidesburtoni'-k?
ltetoleranteundaerobeArchaeaausdemAceLake,Antarktis
∙Methanococcusjannaschi'-TiefseearchaeaanBlackSmokern
∙Methanococcusmaripalud'-ArchaeaausSalzseeninGeorgia
∙Methanogeniumfrigidu'-k?
ltetoleranteundaerobeArchaeaausdemAceLake,Antarktis
∙Methanopyruskandler'-TiefseearchaeaanBlackSmokern
∙Methanosarcinaacetivoran'-Archaeaaus?
lquellen,Kuhm?
genu.a.
∙Methanosarcinamaze'-ArchaeamitderF?
higkeitAcetatu.a.abzubauen
∙[equitans'-Archaeaanhei?
enQuellen,ParasitandererMikroorganismen
∙Pyrobaculumaerophilu'-Archaeaaushei?
enQuellen
∙Pyrococcusabyss'-TiefseearchaeaanBlackSmokern
∙Pyrococcusfuriosu'-TiefseearchaeaanBlackSmokern
∙Pyrococcushorikoshi'-TiefseearchaeaanBlackSmokern
∙Pyrolobusfumari'-TiefseearchaeaanBlackSmokern
∙Sulfolobussolfataricu'-Archaeaaushei?
enSchwefelquellen
∙Sulfolobustokodai'-Archaeaaushei?
enSchwefelquellen
∙Thermoplasmaacidophilu'-sehrs?
ureliebenderArchaea,reinigtBergwerkshaldenu.a.
∙Thermoplasmavolcaniu'-w?
rmeliebenderArchaea
细菌
∙[tumefaciens'-PflanzenpathogenesBakterium,tumorbildend
∙Aquifexaeolicu'-HyperthermophilesMeeresbakterium
∙[anthracis'-Anthrax-Erreger
∙[cereus'-ErregereinerLebensmittelvergiftung
∙Bacillushaloduran'-EnzymproduzierendesBakterium（Industriellgenutzt）
∙[subtilis'-EnzymproduzierendesBakterium（Industriellgenutzt）
∙Bacteroidesthetaiotaomicro'-Darmbakterium
∙Bifidobacteriumlongu'-Darmbakterium
∙Blochmanniafloridanu'-BakteriuminSymbiosemitErnteameisen
∙[bronchiseptica'-ErregerchronischerInfektionenderAtemwege
∙[parapertussis'-ErregervonmildemKeuchhusten
∙[pertussis'-ErregervonKeuchhusten
∙Borreliaburgdorfer'-Borreliose-Erreger
∙Bradyrhizobiumjaponicu'-Kn?
llchenbakteriumderSojabohne
∙[melitensis'-ErregerdesMaltafiebers
∙Brucellasui'-potentielleBiowaffederUSA,wirktabtreibend
∙Buchneraaphidicol'-BakteriuminSymbiosemitBlattl?
usen
∙Burkholderiamalle'-ErregerdesRotzesbeiHuftieren,auchhumanpathogen（EinsatzalsBiowaffe）
∙Burkholderiapseudomalle'-ErregerderMelioidose,voralleminSüdostasien
∙[jejuni'-ErregereinerLebensmittelvergiftung
∙Caulobactercrescentu'-Sü?
wasserbakterium
∙Chlamydiamuridaru'-AtemwegsinfektionenbeiMausundMeerschweinchen
∙Chlamydophilacavia'-AugenentzündungenbeiMeerschweinchen
∙Chlamydiatrachomati'-ErregerderHarnr?
hrenentzündung
∙[pneumoniae'-ErregereinerBronchitis
∙Chlorobiumtepidu'-GrünesSchwefelbakterium
∙Chromobacteriumviolaceu'-humanpathogenesBakterium（DiarrhoeundandereErkrankungen）
∙Clostridiumacetobutylicu'-Aceton-undButanol-produzierendesBakterium
∙[perfringens'-ErregerDiarrhoeetc.
∙[tetani'-Tetanus-Erreger
∙[diphtheriae'-ErregerderDiphtherie
∙[jeikeium'-nosokomialpathogenerHautbewohner
∙Corynebacteriumefficien'-BakteriumzurProduktionvonAminos?
urenu.a.
∙[burnetti'-ErregerdesQ-Fieber
∙Deinococcusradioduran'-extremstrahlungstolerantesBakterium
∙Desulfotaleapsychrophil'-extremk?
ltetolerantesBakteriumdesarktischenEismeeres
∙Desulfovibriovulgari'-Bakteriumaus?
lfeldern,wirtschaftlicherSch?
dling
∙[faecalis'-Darmbakterium,Modellorganismus
∙[coli'-Darmbakterium,Modellorganismus
∙Fusobacteriumnucleatu'-VerbreitetesBakteriumimZahnbelag
∙[ducreyi'-ErregerdesSchanker
∙[influenzae'-ErregereinerErk?
ltung
∙Helicobacterhepaticu'-ErregerchronischerHepatisundvonLebergeschwürenbeiM?
usen.
∙[pylori'-ErregervonMagengeschwüren
∙[plantarum'-Milchs?
urebakterium
∙[lactis'-K?
sebakterium
∙''Legionellapneumophila-ErregerderLegion?
rskrankheit
∙''Leifsoniaxyli-einpflanzenpathogenesBakterium
∙Leptospirainterrogan'-ErregerderLeptospirosis
∙Listeriainnocu'-nichtpathogeneListeria-Art
∙Listeriamonocytogene'-ErregereinerLebensmittelvergiftung
∙Mannheimiasucciniciproducen'-symbiotischesBakteriumimMagenvonKühen
∙Mesoplasmafloru'-BakteriummitextremkleinenGenom
∙Mesorhizobiumlot'-Kn?
llchenbakteriumbeiLotus-Arten
∙[leprae'-ErregerderLepra
∙[bovis'-ErregerderRindertuberkulose
∙[paratuberculosis'-ErregerderRinderkrankheitJohne'sDesease
∙[tuberculosis'-ErregerderTuberkulose
∙Mycoplasmagallisepticu'-ErregereinerchronischenAtemwegserkrankungbeiGeflügel
∙Mycoplasmagenitaliu'-ErregervonInfektionendesGenitaltraktes
∙Mycoplasmapenetran'-ErregervonEntzündungendesHarn-undGenitaltraktessowiederAtemwege,evtl.assoziiertmitdemHI-Virus（AIDS）
∙Mycoplasmapneumonia'-ErregereinerBronchitis
∙Mycoplasmapulmoni'-ErregervonInfektionendesHarn-undGenitaltraktessowiederAtemwegebeiM?
usen
∙Neisseriameningitidi'-ErregerderMeningitis（Hirnhautentzündung）
∙[europaea'-Nitratbakterium
∙Oceanobacillusiheyensi'-Tiefseebakterium
∙[multocida'-ErregervonVogelcholera,AnsteckenderKaninchenschnupfen,H?
morrhagischemFieberbeiWeideviehundArthritisbeiSchweinenundMenschenu.a.
∙[luminescens'-BakteriuminSymbiosemitinsektenpathogenenFadenwürmern
∙[gingivalis'-ErregervonParodontose
∙[marinus'-Meeresbakterium
∙Pseudomonasaeruginos'-alsOpportunistbeigeschw?
chtemImmunsystempathogen
∙Pseudomonasputid'-BodenbakteriumzumAbbauvonVerseuchungen
∙Pseudomonassyringa'-PflanzenpathogenesBakterium,u.a.Tomatensch?
dling
∙Ralstoniasolanacearu'-PflanzenpathogenesBakterium,WelkebeiHundertenverschiedenerPflanzenarten
∙Rhodopirellulabaltic'-RotesMeeresbakterium
∙Rhodopseudomonaspalustri'-Purpurbakterium
∙Rickettsiaconori'-ErregerdesMittelmeer-Fleckfieber
∙Rickettsiaprowazeki'-ErregerdesTyphus
∙Rickettsiasibiric'-ErregervonZeckenfieberinNordasien
∙Rickettsiatyph'-ErregerdesM?
usetyphus（auchhumanpathogen）
∙[typhi'-ErregerdesTyphusfieber
∙[typhimurium'-ErregerdesTyphusfieberbeiderMaus
∙Shewanellaoneidensi'-MetallabbauendesBodenbakterium
∙Shigellaflexneri'-evtl.UrsachevonPl?
tzlichemKindstod
∙[meliloti'-Kn?
llchenbakteriumdesAlfalfa
∙[aureus'-ErregervonScharlachfieberundToxinschocks
∙[epidermidis'-Hautbakterium,pathogenbeiWunden
∙[agalactiae'-ErregervonschwerenNeugeboreneninfektionen,Meningitisu.a.
∙[mutans'-ErregervonKaries
∙[pneumoniae'-ErregervonLungenentzündungen,MenigitisundBlutvergiftungen
∙[pyogenes'-ErregervonRheumatischemFieber,Toxinschocksu.a.
∙[avermitilis'-AntibiotikaproduzierendesBakterium（industriellgenutzt）
∙[coelicolor'-AntibiotikaproduzierendesBakterium（industriellgenutzt）
∙Thermoanaerobactertengcongensi'-Bakteriumaushei?
enQuelleninVolksrepublikChina
∙Thermotogamaritim'-sehrs?
ureliebendesBakterium,reinigtBergwerkshaldenu.a.
∙Thermusthermophilu'-hitzeliebendesBakteriumausJapan,findetEinsatzinderPCRundanderswo.
∙[pallidum'-ErregerderSyphilis
∙Tropherymawhipple'-ErregerderWhipple-Krankheit
∙Ureaplasmaurealyticu'-ErregervonInfektionendesHarn-undGenitaltraktes
∙[cholerae'-ErregerderCholera
∙[fischeri'-Leuchtbakterium,dasimMeerlebtundfürdieQualit?
tsbestimmungvonAbwasserverwendetwird
∙Vibrioparahaemolyticu'-ErregerschwererMagen-Darm-Entzündungen
∙Vibriovulnificu'-Meeresbakterium,kannzuErkrankungendurchVerzehrvonrohenMeeresorganismenführen.
∙[glossinidia'-ErregerderSchlafkrankheit
∙Wolinellasuccinogene'-BakteriumimKuhmagen
∙[axonopodis'-PflanzenpathogenesBakterium,erzeugtZitronenkrebsbeiZitrusfrüchten
∙[campestris'-PflanzenpathogenesBakterium,erzeugtSchwarzf?
ulebeiKreuzblütern
∙Xylellafastidios'-PflanzenpathogenesBakterium,schwererSch?
dlinginObst-,Nuss-undKaffee-PlantageninNord-undSüdamerika
∙[pestis'-ErregerderPest
蓝藻
∙Anabaenaspec.'-Fadenblaualge
∙Gloeobacterviolaceu'-primitiveBlaualge
∙Synechococcusspec'-Meeres-Blaualge
∙Synechocystisspec'-Meeres-Blaualge
oThermosynechococcuselongatu'-ThermophileBlaualge
真核生物
原生生物
∙Leishmaniainfantu'-一种利什曼原虫
∙Leishmaniamajo'-一种利什曼原虫
∙Plasmodiumfalciparum'-恶性疟原虫
∙Plasmodiumyoeliiyoeli'-约氏疟原虫，引起啮齿动物疟疾
∙Thalassiosirapseudonan'-一种海洋硅藻
∙Trypanosomabruce'-一种锥体虫
∙Trypanosomacongolens'-一种锥体虫
∙Trypanosomacruc'-一种锥体虫
∙Trypanosomaviva'-一种锥体虫
真菌
∙Ashbyagossypi'-感染柑橘类和棉花的真菌
∙Aspergillusfumigatu'-烟麴霉，人类致病菌
∙Aspergillusnidulan'-构巢麴霉
∙Debaryomyceshanseni'-耐盐的酵母
∙Encephal
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