或译DNA定序是指分析特定DNA片段的碱基序列.docx

1、或译DNA定序是指分析特定DNA片段的碱基序列DNA定序DNA测序（DNA sequencing，或译DNA定序）是指分析特定DNA片段的碱基序列，也就是腺嘌呤（A）、胸腺嘧啶（T）、胞嘧啶（C）与鸟嘌呤的（G）排列方式。RNA测序则通常将RNA提取后，反转录为DNA后使用DNA测序的方法进行测序。目前应用最广泛的是由Frederick Sanger发明的Sanger双脱氧链终止法（Chain Termination Method）。新的测序方法，例如454生物科学的方法和焦磷酸测序法。Sanger测序法Sanger（桑格）双脱氧链终止法是Sanger于1975年发明的。测序过程需要先做一个P

2、CR反应。PCR过程中，双脱氧核糖核酸可能随机的被加入到正在合成中的DNA片段里。由于双脱氧核糖核酸多脱了一个氧原子，一旦它被加入到DNA链上，这个DNA链就不能继续增加长度。最终的结果是获得所有可能获得的、不同长度的DNA片段。目前最普遍最先进的方法，是将双脱氧核糖核酸进行不同荧光标记。将PCR反应获得的总DNA通过毛细管电泳分离，跑到最末端的DNA就可以在激光的作用下发出荧光。由于ddATP, ddGTP, ddCTP, ddTTP（4种双脱氧核糖核酸）荧光标记不同，计算机可以自动根据颜色判断该位置上碱基究竟是A，T，G，C中的哪一个。 454生物科学和焦磷酸测序法454测序法由454生物

3、科学发明，是一个类似焦磷酸测序法的新方法。2003年向GenBank提交了一个腺病毒全序列，使得他们的技术成为Sanger测序法后第一个被用来测生物基因组全序列的新方法。454使用类似于焦磷酸测序的方法，有着相当高的读取速度，大约为5小时可以测两千万碱基对。 已测序的生物指其基因组已经被完全测序的生物。其中部分生物的DNA序列已经被完全注释，功能性的片段（如基因等）已作图。借助於基因组研究及高通量处理等技术，越来越多的生物的全部基因被人们获得。自从1995年以来已经有150个基因组被解密，将近每个星期有新的物种添加进来。 已测序的生物列表下表是目前爲止已经被相当完全测序的生物。 古菌 Aero

4、pyrum perni - Archaea aus japanischen Thermalquellen Archaeoglobus fulgidu - Schwefel-Archaea Halobacterium spec - Archaea aus Salzseen Methanobacterium thermoautotrophicu - Methanproduzierender Archaea Methanococcoides burtoni - k?ltetolerante und aerobe Archaea aus dem Ace Lake, Antarktis Methanoc

5、occus jannaschi - Tiefseearchaea an Black Smokern Methanococcus maripalud - Archaea aus Salzseen in Georgia Methanogenium frigidu - k?ltetolerante und aerobe Archaea aus dem Ace Lake, Antarktis Methanopyrus kandler - Tiefseearchaea an Black Smokern Methanosarcina acetivoran - Archaea aus ?lquellen,

6、Kuhm?gen u. a. Methanosarcina maze - Archaea mit der F?higkeit Acetat u. a. abzubauen equitans - Archaea an hei?en Quellen, Parasit anderer Mikroorganismen Pyrobaculum aerophilu - Archaea aus hei?en Quellen Pyrococcus abyss - Tiefseearchaea an Black Smokern Pyrococcus furiosu - Tiefseearchaea an Bla

7、ck Smokern Pyrococcus horikoshi - Tiefseearchaea an Black Smokern Pyrolobus fumari - Tiefseearchaea an Black Smokern Sulfolobus solfataricu - Archaea aus hei?en Schwefelquellen Sulfolobus tokodai - Archaea aus hei?en Schwefelquellen Thermoplasma acidophilu - sehr s?ureliebender Archaea, reinigt Berg

8、werkshalden u. a. Thermoplasma volcaniu - w?rmeliebender Archaea细菌 tumefaciens - Pflanzenpathogenes Bakterium, tumorbildend Aquifex aeolicu - Hyperthermophiles Meeresbakterium anthracis - Anthrax-Erreger cereus - Erreger einer Lebensmittelvergiftung Bacillus haloduran - Enzymproduzierendes Bakterium

9、 (Industriell genutzt) subtilis - Enzymproduzierendes Bakterium (Industriell genutzt) Bacteroides thetaiotaomicro - Darmbakterium Bifidobacterium longu - Darmbakterium Blochmannia floridanu - Bakterium in Symbiose mit Ernteameisen bronchiseptica - Erreger chronischer Infektionen der Atemwege paraper

10、tussis - Erreger von mildem Keuchhusten pertussis - Erreger von Keuchhusten Borrelia burgdorfer - Borreliose-Erreger Bradyrhizobium japonicu - Kn?llchenbakterium der Sojabohne melitensis - Erreger des Maltafiebers Brucella sui - potentielle Biowaffe der USA, wirkt abtreibend Buchnera aphidicol - Bak

11、terium in Symbiose mit Blattl?usen Burkholderia malle - Erreger des Rotzes bei Huftieren, auch humanpathogen (Einsatz als Biowaffe) Burkholderia pseudomalle - Erreger der Melioidose, vor allem in Sdostasien jejuni - Erreger einer Lebensmittelvergiftung Caulobacter crescentu - S?wasserbakterium Chlam

12、ydia muridaru - Atemwegsinfektionen bei Maus und Meerschweinchen Chlamydophila cavia - Augenentzndungen bei Meerschweinchen Chlamydia trachomati - Erreger der Harnr?hrenentzndung pneumoniae - Erreger einer Bronchitis Chlorobium tepidu - Grnes Schwefelbakterium Chromobacterium violaceu - humanpathoge

13、nes Bakterium (Diarrhoe und andere Erkrankungen) Clostridium acetobutylicu - Aceton- und Butanol-produzierendes Bakterium perfringens - Erreger Diarrhoe etc. tetani - Tetanus-Erreger diphtheriae - Erreger der Diphtherie jeikeium - nosokomial pathogener Hautbewohner Corynebacterium efficien - Bakteri

14、um zur Produktion von Aminos?uren u. a. burnetti - Erreger des Q-Fieber Deinococcus radioduran - extrem strahlungstolerantes Bakterium Desulfotalea psychrophil - extrem k?ltetolerantes Bakterium des arktischen Eismeeres Desulfovibrio vulgari - Bakterium aus ?lfeldern, wirtschaftlicher Sch?dling faec

15、alis - Darmbakterium, Modellorganismus coli - Darmbakterium, Modellorganismus Fusobacterium nucleatu - Verbreitetes Bakterium im Zahnbelag ducreyi - Erreger des Schanker influenzae - Erreger einer Erk?ltung Helicobacter hepaticu - Erreger chronischer Hepatis und von Lebergeschwren bei M?usen. pylori

16、 - Erreger von Magengeschwren plantarum - Milchs?urebakterium lactis - K?sebakterium Legionella pneumophila - Erreger der Legion?rskrankheit Leifsonia xyli - ein pflanzenpathogenes Bakterium Leptospira interrogan - Erreger der Leptospirosis Listeria innocu - nicht pathogene Listeria-Art Listeria mon

17、ocytogene - Erreger einer Lebensmittelvergiftung Mannheimia succiniciproducen - symbiotisches Bakterium im Magen von Khen Mesoplasma floru - Bakterium mit extrem kleinen Genom Mesorhizobium lot - Kn?llchenbakterium bei Lotus-Arten leprae - Erreger der Lepra bovis - Erreger der Rindertuberkulose para

18、tuberculosis - Erreger der Rinderkrankheit Johnes Desease tuberculosis - Erreger der Tuberkulose Mycoplasma gallisepticu - Erreger einer chronischen Atemwegserkrankung bei Geflgel Mycoplasma genitaliu - Erreger von Infektionen des Genitaltraktes Mycoplasma penetran - Erreger von Entzndungen des Harn

19、- und Genitaltraktes sowie der Atemwege, evtl. assoziiert mit dem HI-Virus (AIDS) Mycoplasma pneumonia - Erreger einer Bronchitis Mycoplasma pulmoni - Erreger von Infektionen des Harn- und Genitaltraktes sowie der Atemwege bei M?usen Neisseria meningitidi - Erreger der Meningitis (Hirnhautentzndung)

20、 europaea - Nitratbakterium Oceanobacillus iheyensi - Tiefseebakterium multocida - Erreger von Vogelcholera, Ansteckender Kaninchenschnupfen, H?morrhagischem Fieber bei Weidevieh und Arthritis bei Schweinen und Menschen u.a. luminescens - Bakterium in Symbiose mit insektenpathogenen Fadenwrmern ging

21、ivalis - Erreger von Parodontose marinus - Meeresbakterium Pseudomonas aeruginos - als Opportunist bei geschw?chtem Immunsystem pathogen Pseudomonas putid - Bodenbakterium zum Abbau von Verseuchungen Pseudomonas syringa - Pflanzenpathogenes Bakterium, u. a. Tomatensch?dling Ralstonia solanacearu - P

22、flanzenpathogenes Bakterium, Welke bei Hunderten verschiedener Pflanzenarten Rhodopirellula baltic - Rotes Meeresbakterium Rhodopseudomonas palustri - Purpurbakterium Rickettsia conori - Erreger des Mittelmeer-Fleckfieber Rickettsia prowazeki - Erreger des Typhus Rickettsia sibiric - Erreger von Zec

23、kenfieber in Nordasien Rickettsia typh - Erreger des M?usetyphus (auch humanpathogen) typhi - Erreger des Typhusfieber typhimurium - Erreger des Typhusfieber bei der Maus Shewanella oneidensi - Metallabbauendes Bodenbakterium Shigella flexneri - evtl. Ursache von Pl?tzlichem Kindstod meliloti - Kn?l

24、lchenbakterium des Alfalfa aureus - Erreger von Scharlachfieber und Toxinschocks epidermidis - Hautbakterium, pathogen bei Wunden agalactiae - Erreger von schweren Neugeboreneninfektionen, Meningitis u. a. mutans - Erreger von Karies pneumoniae - Erreger von Lungenentzndungen, Menigitis und Blutverg

25、iftungen pyogenes - Erreger von Rheumatischem Fieber, Toxinschocks u. a. avermitilis - Antibiotikaproduzierendes Bakterium (industriell genutzt) coelicolor - Antibiotikaproduzierendes Bakterium (industriell genutzt) Thermoanaerobacter tengcongensi - Bakterium aus hei?en Quellen in Volksrepublik Chin

26、a Thermotoga maritim - sehr s?ureliebendes Bakterium, reinigt Bergwerkshalden u. a. Thermus thermophilu - hitzeliebendes Bakterium aus Japan, findet Einsatz in der PCR und anderswo. pallidum - Erreger der Syphilis Tropheryma whipple - Erreger der Whipple-Krankheit Ureaplasma urealyticu - Erreger von

27、 Infektionen des Harn- und Genitaltraktes cholerae - Erreger der Cholera fischeri - Leuchtbakterium, das im Meer lebt und fr die Qualit?tsbestimmung von Abwasser verwendet wird Vibrio parahaemolyticu - Erreger schwerer Magen-Darm-Entzndungen Vibrio vulnificu - Meeresbakterium, kann zu Erkrankungen d

28、urch Verzehr von rohen Meeresorganismen fhren. glossinidia - Erreger der Schlafkrankheit Wolinella succinogene - Bakterium im Kuhmagen axonopodis - Pflanzenpathogenes Bakterium, erzeugt Zitronenkrebs bei Zitrusfrchten campestris - Pflanzenpathogenes Bakterium, erzeugt Schwarzf?ule bei Kreuzbltern Xy

29、lella fastidios - Pflanzenpathogenes Bakterium, schwerer Sch?dling in Obst-, Nuss- und Kaffee-Plantagen in Nord- und Sdamerika pestis - Erreger der Pest蓝藻 Anabaena spec. - Fadenblaualge Gloeobacter violaceu - primitive Blaualge Synechococcus spec - Meeres-Blaualge Synechocystis spec - Meeres-Blaualg

30、e o Thermosynechococcus elongatu - Thermophile Blaualge真核生物原生生物 Leishmania infantu - 一种利什曼原虫 Leishmania majo - 一种利什曼原虫 Plasmodium falciparum - 恶性疟原虫 Plasmodium yoelii yoeli - 约氏疟原虫，引起啮齿动物疟疾 Thalassiosira pseudonan - 一种海洋硅藻 Trypanosoma bruce - 一种锥体虫 Trypanosoma congolens - 一种锥体虫 Trypanosoma cruc - 一种锥体虫 Trypanosoma viva - 一种锥体虫真菌 Ashbya gossypi - 感染柑橘类和棉花的真菌 Aspergillus fumigatu - 烟麴霉，人类致病菌 Aspergillus nidulan - 构巢麴霉 Debaryomyces hanseni - 耐盐的酵母 Encephal