Cervus教程完整可编辑版.docx

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一、CERVUS用于群体遗传学分析

1.先将数据输入excel表格中。

SSR的输入格式如图1

图1

Individual一列指的是某一群体中的个体编号；sex指编号对应个体的性别，这一列可有可无；20a，20b两列表示的是编号为20的微卫星位点在一个个体中的两个等位基因。

用0,0表示没有数据或者测不出来或者这个位点丢失。

2.将excel中的数据转化为文本文件格式，如图2，图3

图2

图3

3.将生成的txt文件导入到CERVUS，如图4

图4

出现图5对话框

点击“select”，选择刚才生成的txt文件，导入。

IDincolumn指的是个体编号所在的列，一般都为1。

Firstalleleincolumn指的是最先出现等位基因的列。

如果有sex那一列，就填3,；如果没有sex那一列，就填2。

Numberofloci指的是输入的数据中包括几个SSR位点。

点击saveas，选择计算完生成的文件保存的地址。

生成的文件有两个，如图6

图6

打开123.txt，如图7

图7

Locus一列指的是SSR位点的名称，K指的是某一SSR位点的等位基因数，N指的是群体个体数，Hobs指的是观测杂合度，HExp指的是期望杂合度，PIC指的是多态信息含量。

SNP输入格式如图8

图8

因为SNP是二等位性的，所以可以将等位基因A用1，等位基因B用2表示，其他都与SSR相同。